<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL646054.20	1	GAATTCAAGCCCCATACCTAAACATAATAAAAGCAATATACATAAAAAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196632	GAATTCAAGCCCCATACCTAAACATAATAAAAGCAATATACATAAAAAAT	196681

AL646054.20	51	ATTAAATTAAATGGGGAGATACTTGAAGTGATCCCACTAAAATCAAGGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196682	ATTAAATTAAATGGGGAGATACTTGAAGTGATCCCACTAAAATCAAGGAA	196731

AL646054.20	101	AAGACAAGGCTGCCCACTTTCTCCACATCTATTTAATACAGTACTCAAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196732	AAGACAAGGCTGCCCACTTTCTCCACATCTATTTAATACAGTACTCAAAG	196781

AL646054.20	151	TTCTAGCTAGAGCTATAAGACAACAAAAGGAGATCAAGAGGATACAAGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196782	TTCTAGCTAGAGCTATAAGACAACAAAAGGAGATCAAGAGGATACAAGTT	196831

AL646054.20	201	GGCAAAGAAGAAGTCAAGGTATCACTATTTGTAGATTATATGATAGCATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196832	GGCAAAGAAGAAGTCAAGGTATCACTATTTGTAGATTATATGATAGCATA	196881

AL646054.20	251	CATAAGTGACCCCCAAAATTTTACCAGAGCACTTCTACAGCTGATAAACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196882	CATAAGTGACCCCCAAAATTTTACCAGAGCACTTCTACAGCTGATAAACA	196931

AL646054.20	301	ACTTCAGCAAAGTGGGTGGACATACAGTCAACTCAAACAAATCAGTATCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196932	ACTTCAGCAAAGTGGGTGGACATACAGTCAACTCAAACAAATCAGTATCC	196981

AL646054.20	351	TTCCTTTATAACCAGGCTGAGAAAGAAATCTTGGAAACAATACCTTTACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	196982	TTCCTTTATAACCAGGCTGAGAAAGAAATCTTGGAAACAATACCTTTACA	197031

AL646054.20	401	ATAGTCACAAATAATATAAAATATCTTAGTGTGACTCTAATCAAACAAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197032	ATAGTCACAAATAATATAAAATATCTTAGTGTGACTCTAATCAAACAAGT	197081

AL646054.20	451	GTAAGATCTGTATGACAAGAATCTCAAGTTTCAAAAGAAAGAAATTGAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197082	GTAAGATCTGTATGACAAGAATCTCAAGTTTCAAAAGAAAGAAATTGAAG	197131

AL646054.20	501	AAGACCTTAGAAGATGGGACGATCTTCCATGCCCATGGATTGGTAGGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197132	AAGACCTTAGAAGATGGGACGATCTTCCATGCCCATGGATTGGTAGGATT	197181

AL646054.20	551	AACATTGTAGTAACATAGCCACCCTATCAAATCTATAGATTCAACATAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197182	AACATTGTAGTAACATAGCCACCCTATCAAATCTATAGATTCAACATAAT	197231

AL646054.20	601	CCCCATCAAAATTCCAACACAATTCTTCACAGACATGGAAAGAGTAATTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197232	CCCCATCAAAATTCCAACACAATTCTTCACAGACATGGAAAGAGTAATTC	197281

AL646054.20	651	TTAATTTCATATGGAAAAATAAAAATACTGGATAGTGAAAACAATTCTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197282	TTAATTTCATATGGAAAAATAAAAATACTGGATAGTGAAAACAATTCTTA	197331

AL646054.20	701	ACAATAAAAGAACTTCTGGGGGAATCACCATCCCTGACCTCAAACTGTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197332	ACAATAAAAGAACTTCTGGGGGAATCACCATCCCTGACCTCAAACTGTAC	197381

AL646054.20	751	TACAGAGCAATATTGAAAAACAAAACAGCCCTTCCGCTCGACTCGAGACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197382	TACAGAGCAATATTGAAAAACAAAACAGCCCTTCCGCTCGACTCGAGACT	197431

AL646054.20	801	CGACCCCCAGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACACCCACAAGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197432	CGACCCCCAGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACACCCACAAGGG	197481

AL646054.20	851	CCCACACGGGACTCCCCACGGGATCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197482	CCCACACGGGACTCCCCACGGGATCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACAC	197531

AL646054.20	901	AGCGCCTGCCCCAATCCAATCGCACGCAACCTGAGACTGCGGTACATAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197532	AGCGCCTGCCCCAATCCAATCGCACGCAACCTGAGACTGCGGTACATAGG	197581

AL646054.20	951	GAAGCAGGCTACCCGGGCCTGATCTGGGGCACAAGTCCCTTCTGCTCGAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197582	GAAGCAGGCTACCCGGGCCTGATCTGGGGCACAAGTCCCTTCTGCTCGAC	197631

AL646054.20	1001	TCGAGCCCCGGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACTCCCGCAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197632	TCGAGCCCCGGGCTACCTTGCCAGCAGAGTCTTGCCCAACTCCCGCAAGG	197681

AL646054.20	1051	GCCCACACAGGATTCCACACGTGATCCTAAGACCTCTAGTGAGTGGAACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197682	GCCCACACAGGATTCCACACGTGATCCTAAGACCTCTAGTGAGTGGAACA	197731

AL646054.20	1101	CAACTTCTGCCAGGAGTCTGGTTCGAACACCAGATATCTGGGTACCTGCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197732	CAACTTCTGCCAGGAGTCTGGTTCGAACACCAGATATCTGGGTACCTGCC	197781

AL646054.20	1151	TTGCAAGAAGAGAGCTTGCCTGCAGAGAATACTCTGCCCACTGAAACTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197782	TTGCAAGAAGAGAGCTTGCCTGCAGAGAATACTCTGCCCACTGAAACTAA	197831

AL646054.20	1201	GGAGAGTGCTACCCTCCAGGTCTGCTTATAGAGGCTAACAGAGTCACCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197832	GGAGAGTGCTACCCTCCAGGTCTGCTTATAGAGGCTAACAGAGTCACCTG	197881

AL646054.20	1251	AAGAACAAGCTCTTAACAGTGACAACTAAAACAGCTAGCTTCAGAGATTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197882	AAGAACAAGCTCTTAACAGTGACAACTAAAACAGCTAGCTTCAGAGATTA	197931

AL646054.20	1301	CCAGATGGCGAAAGGCAAACGTAAGAATCCTACTAACAGAAATCAAGACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197932	CCAGATGGCGAAAGGCAAACGTAAGAATCCTACTAACAGAAATCAAGACC	197981

AL646054.20	1351	ACTCACCATCATCAGAACGCAGCACTCCCACCCCACCTAGTCCTGGGCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	197982	ACTCACCATCATCAGAACGCAGCACTCCCACCCCACCTAGTCCTGGGCAC	198031

AL646054.20	1401	CCCAACACAACCGAAAATCTAGACCCAGATTTAAAAACATTTCTCATGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198032	CCCAACACAACCGAAAATCTAGACCCAGATTTAAAAACATTTCTCATGAT	198081

AL646054.20	1451	GATGATAGAGGACATCAAGAAGGACTTTCATAAGTCACTTAAAGAATTAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198082	GATGATAGAGGACATCAAGAAGGACTTTCATAAGTCACTTAAAGAATTAC	198131

AL646054.20	1501	AGGAGAGCACTGCTAAAGAGTTACAGGCCCTTAAAGAAAAGCAGGAAAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198132	AGGAGAGCACTGCTAAAGAGTTACAGGCCCTTAAAGAAAAGCAGGAAAAC	198181

AL646054.20	1551	ACAGCCAAACAGGTAGAAATCATTAAAGAAAAACAGGAAAACACATCCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198182	ACAGCCAAACAGGTAGAAATCATTAAAGAAAAACAGGAAAACACATCCAA	198231

AL646054.20	1601	ACAGGTGATGGAAATGAACAAAACCATACTAGAACTAAAAGGGGAAGTAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198232	ACAGGTGATGGAAATGAACAAAACCATACTAGAACTAAAAGGGGAAGTAG	198281

AL646054.20	1651	ACACAATAAAGAAAACCCAAAGCAAGGCAACGCTGGAGATAGAAACCCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198282	ACACAATAAAGAAAACCCAAAGCAAGGCAACGCTGGAGATAGAAACCCTA	198331

AL646054.20	1701	GGAAAGAGATCTGGAACCACAGATGCGAGCATCAGCAACAGAATACAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198332	GGAAAGAGATCTGGAACCACAGATGCGAGCATCAGCAACAGAATACAAGA	198381

AL646054.20	1751	AATGGAAGAGAGAATCTCAGGTGCAGAAGATTCCATAGAGAACATCGACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198382	AATGGAAGAGAGAATCTCAGGTGCAGAAGATTCCATAGAGAACATCGACA	198431

AL646054.20	1801	CATCAGTCAAAGAAAATACAAAATGCAAAAGGATCCTAACTCAAAACATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198432	CATCAGTCAAAGAAAATACAAAATGCAAAAGGATCCTAACTCAAAACATC	198481

AL646054.20	1851	CAGGTAATCCAGGACACAATGAGAAGACCAAACCTACTGATAATAGGAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198482	CAGGTAATCCAGGACACAATGAGAAGACCAAACCTACTGATAATAGGAAT	198531

AL646054.20	1901	TGATGAGAATGAAGATTTTCAACTTAAAGGGCCAGCTAATATCTTCAACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198532	TGATGAGAATGAAGATTTTCAACTTAAAGGGCCAGCTAATATCTTCAACA	198581

AL646054.20	1951	AAATAATAGAAGAAAACTTCCCAAACATAAAAAAAGAGATGCCCATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683804.15	198582	AAATAATAGAAGAAAACTTCCCAAACATAAAAAAAGAGATGCCCATGATC	198631

Overview

Query
AL646054.20 - 202305 bps
Hit
AL683804.15 - 198631 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link