<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL672260.25	1	GAATTCATATGTATCCACAAAGGATCACAATAGTGAAAGCAATCCCAAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71521	GAATTCATATGTATCCACAAAGGATCACAATAGTGAAAGCAATCCCAAGG	71570

AL672260.25	51	AGGCATTACAGTACCTGAGCTCAGATTAGATCATAGAGCTATAGTGACAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71571	AGGCATTACAGTACCTGAGCTCAGATTAGATCATAGAGCTATAGTGACAA	71620

AL672260.25	101	AGACAAAGACAGACTGGTCATGGCCAGCATTATGGTACCTGAGCTCAGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71621	AGACAAAGACAGACTGGTCATGGCCAGCATTATGGTACCTGAGCTCAGAT	71670

AL672260.25	151	TACATCATAGAGTATAGTGACAAAGACAGGCTGGTCATGGCATTGAAATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71671	TACATCATAGAGTATAGTGACAAAGACAGGCTGGTCATGGCATTGAAATA	71720

AL672260.25	201	GGCAGATAGACCAATGGCATAGAATAGAGAAACCATACATAAAATGGCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71721	GGCAGATAGACCAATGGCATAGAATAGAGAAACCATACATAAAATGGCAC	71770

AL672260.25	251	AGCTATGTTAACTTAATTTTTGACAGAGGAAGCGAAAACTACTTTGGGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71771	AGCTATGTTAACTTAATTTTTGACAGAGGAAGCGAAAACTACTTTGGGAA	71820

AL672260.25	301	AAAGATAGCTTATTCAACAAATGTTGCTAACAAAATTGGATTTCCGCCTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71821	AAAGATAGCTTATTCAACAAATGTTGCTAACAAAATTGGATTTCCGCCTG	71870

AL672260.25	351	TAGAAGAGTGAAATTAGATTCTTATATTTCATTGTGTACAATTGAAATCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71871	TAGAAGAGTGAAATTAGATTCTTATATTTCATTGTGTACAATTGAAATCC	71920

AL672260.25	401	TGAAACACTGAAGCCCTTAGAAGAAAACACAGGATATGTCAAGATATCAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71921	TGAAACACTGAAGCCCTTAGAAGAAAACACAGGATATGTCAAGATATCAG	71970

AL672260.25	451	GGTAGACATGTGCTTGTTAAAGAGAAGATCAACAGCATAGTAACTAACGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	71971	GGTAGACATGTGCTTGTTAAAGAGAAGATCAACAGCATAGTAACTAACGC	72020

AL672260.25	501	CAGTATCAACAGATGACACGACATGAAAACAAAAAACGTTCTGTTGAGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72021	CAGTATCAACAGATGACACGACATGAAAACAAAAAACGTTCTGTTGAGCA	72070

AL672260.25	551	AAGGAAAACAGCAGAGTTAACAGACAGTGCACAGGGTGGGAGAAAACCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72071	AAGGAAAACAGCAGAGTTAACAGACAGTGCACAGGGTGGGAGAAAACCCA	72120

AL672260.25	601	CACCAGCTACACTTCAGACAAGGGGCTAAGATCCAGAATTCACAAAGAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72121	CACCAGCTACACTTCAGACAAGGGGCTAAGATCCAGAATTCACAAAGAAC	72170

AL672260.25	651	ACCTGAAATGAACTAACTACCAAGGGAATAAGGTTGTCAGTTGATAAATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72171	ACCTGAAATGAACTAACTACCAAGGGAATAAGGTTGTCAGTTGATAAATG	72220

AL672260.25	701	GACAAATGAACGGAATAGACAGTTTTCAAACAAAGAAATACAAATGGCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72221	GACAAATGAACGGAATAGACAGTTTTCAAACAAAGAAATACAAATGGCCA	72270

AL672260.25	751	ATAACTATTTTTAAAAGTGTGTGTGTGGTGGCACATGCTTTTAATCCCAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72271	ATAACTATTTTTAAAAGTGTGTGTGTGGTGGCACATGCTTTTAATCCCAG	72320

AL672260.25	801	CACTCGGGAGGCAGAGGCAAGTGGATTTCTGACTTCGAGGCCAGCCTGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72321	CACTCGGGAGGCAGAGGCAAGTGGATTTCTGACTTCGAGGCCAGCCTGGT	72370

AL672260.25	851	CTATAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72371	CTATAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCT	72420

AL672260.25	901	CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAACACAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72421	CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAACACAAC	72470

AL672260.25	951	AAAAAAAACAACAAAAAAAAAGTATTTAATCCCTCAAGCCATTAGGAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72471	AAAAAAAACAACAAAAAAAAAGTATTTAATCCCTCAAGCCATTAGGAAAA	72520

AL672260.25	1001	TGCAAATTAGAACTACGTTGATATAATACTCACCCCACACAGAATGACTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72521	TGCAAATTAGAACTACGTTGATATAATACTCACCCCACACAGAATGACTA	72570

AL672260.25	1051	TCATTCACAAATGCTGAAGAAGGGCAGGGTGGATGGAGAAAGGAATCTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72571	TCATTCACAAATGCTGAAGAAGGGCAGGGTGGATGGAGAAAGGAATCTTT	72620

AL672260.25	1101	ATTCACTATTGATGAGATTGGTGAGGTTACAAATTAATGTAGCCATTGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72621	ATTCACTATTGATGAGATTGGTGAGGTTACAAATTAATGTAGCCATTGTG	72670

AL672260.25	1151	GAAATCAGTTTGGGGATTTCTCAAAATAAACAAAAAAACTACCATGGTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72671	GAAATCAGTTTGGGGATTTCTCAAAATAAACAAAAAAACTACCATGGTGA	72720

AL672260.25	1201	TGATAATAGAATTGGTTGTTTTCTTTAAACATAGTACAACTGTTCATTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72721	TGATAATAGAATTGGTTGTTTTCTTTAAACATAGTACAACTGTTCATTTA	72770

AL672260.25	1251	GTCAAGCATTTGTTGAGTGGCTACTATTGCCTGTACATTCCTAAGTACTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72771	GTCAAGCATTTGTTGAGTGGCTACTATTGCCTGTACATTCCTAAGTACTA	72820

AL672260.25	1301	GGAAAGCAATGTCAAAGGCAATCTGTACACCCTGTCTTCCATGTGTGCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72821	GGAAAGCAATGTCAAAGGCAATCTGTACACCCTGTCTTCCATGTGTGCCC	72870

AL672260.25	1351	AGAAATTGGGGACAGTGATGACATGAGCTACAGCTTCTCTATGATGAACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72871	AGAAATTGGGGACAGTGATGACATGAGCTACAGCTTCTCTATGATGAACT	72920

AL672260.25	1401	GTTGCTACTGTAGGAAAGACTGAGACACCACTGTGGTTTGGATAGGACGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72921	GTTGCTACTGTAGGAAAGACTGAGACACCACTGTGGTTTGGATAGGACGG	72970

AL672260.25	1451	GTCTCCCTGAGACTCATGCACTTGAATACATAGTCCCCCAGCTGAATGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	72971	GTCTCCCTGAGACTCATGCACTTGAATACATAGTCCCCCAGCTGAATGCT	73020

AL672260.25	1501	GTTTGGGGGAGGCTATGGAACCTAAGAAGTGGAGTCTGGCTGGAAGAAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73021	GTTTGGGGGAGGCTATGGAACCTAAGAAGTGGAGTCTGGCTGGAAGAAGT	73070

AL672260.25	1551	GAGTCGCTGGGGGTGGGGGTGGGGCTGGTATAGCCCCACTTCCAACTTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73071	GAGTCGCTGGGGGTGGGGGTGGGGCTGGTATAGCCCCACTTCCAACTTGC	73120

AL672260.25	1601	TCCTTGCTCCCAGAATACAGAGGCAGGGTGGCCACCTACTCCACACTCCG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73121	TCCTTGCTCCCAGAATACAGAGGCAGGGTGGCCACCTACTCCACACTCCG	73170

AL672260.25	1651	TTATCATGCCCATCAGTCCCCCACCCCCAGCCCACATGGCCTGTATCCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73171	TTATCATGCCCATCAGTCCCCCACCCCCAGCCCACATGGCCTGTATCCTG	73220

AL672260.25	1701	TGAGCCAAAATAAGTCCTTCCCCCCTTAAGTTTCTTCTCAGATCAAAGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73221	TGAGCCAAAATAAGTCCTTCCCCCCTTAAGTTTCTTCTCAGATCAAAGCA	73270

AL672260.25	1751	TGAGCAAAGTAACTAACGGACACTTCATTTACTCCTGAGGTTTGGAGAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73271	TGAGCAAAGTAACTAACGGACACTTCATTTACTCCTGAGGTTTGGAGAGG	73320

AL672260.25	1801	CTTCCAAAGCGGTGTGTGGGCCAAAGGACCAGTGAGAATCAGCAGAAAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73321	CTTCCAAAGCGGTGTGTGGGCCAAAGGACCAGTGAGAATCAGCAGAAAGT	73370

AL672260.25	1851	AGACCATCAGGGATGGAAGGGAACCTTCCACTAGGAGAGAACCGCAAAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73371	AGACCATCAGGGATGGAAGGGAACCTTCCACTAGGAGAGAACCGCAAAGC	73420

AL672260.25	1901	AAATACTTAGGCAAAATAGAGTTTGGAGGGAAATGCAGAGGAGATTAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73421	AAATACTTAGGCAAAATAGAGTTTGGAGGGAAATGCAGAGGAGATTAGAA	73470

AL672260.25	1951	TGGGTGTAGGGTGGGCAAGGTCTTCTGGTGGTTTGTATAAGGCAACTAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672281.18	73471	TGGGTGTAGGGTGGGCAAGGTCTTCTGGTGGTTTGTATAAGGCAACTAAC	73520

Overview

Query
AL672260.25 - 169010 bps
Hit
AL672281.18 - 73520 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link