<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 1300 bps

Full alignment

AL672161.18	1	TTCAGCTGATCCAGCTCTGAATTTTATAACAGTTGTTTCTAGTACCTTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL672211.7	78853	TTCAGCTGATCCAGCTCTGAATTTTATAACAGTTGTTTCAAGTACCTTTG	78902

AL672161.18	51	GTGCAAATACTGTTACAATTACTTCCCGCAGACATTTTTGAATCTATATC	100
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	78903	GTGCAAATACTGTAACAATTACTTCCCGCAGACATTTTTGAATCTATATC	78952

AL672161.18	101	TGAAGTTATTTCAGTTCCTCGTTTCAGTGGTCAGTAACAGTGTAGTTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
AL672211.7	78953	TGAAGTTATTTCAGTTCCTCGTTTCAGTGGTCAGTGACAGTGTAGTTTTT	79002

AL672161.18	151	ACCTTCACAACTCTGATGAGGATTTTCAGCTGATAGACGTGAAGCTGCAG	200
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL672211.7	79003	ACCTTCACAACTCTGATGAGGATTTTCAGCTGATAGACGTGAAGTTGCAG	79052

AL672161.18	201	GTCCATGCGGTCTGTCAACCACGTGCCCAAGAGGTTCATTGTGCTGGTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL672211.7	79053	GTCCATGCGGTCTGTCAACCACGTGCCCAGGAGGTTCATTGTGCTGGTGT	79102

AL672161.18	251	ACCATTGCTGAAACACAAATACATGATTCTCCAGCAAACACAGACACACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79103	ACCATTGCTGAAACACAAATACATGATTCTCCAGCAAACACAGACACACA	79152

AL672161.18	301	GAAAAATGCTGCCACACACAAACACGCATCTACAGAAACACAACACAAAC	350
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79153	GAAAAATGCTGCCACACACAAACACGTATCTACAGAAACACAACACAAAC	79202

AL672161.18	351	ACACAAGCACTGTATACAATAGATTTAAATCACAATGATGAGCAAATGAG	400
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79203	ACACAAGCACTGTATACAGTAGATTTAAATCACAATGATGAGCAAATGAG	79252

AL672161.18	401	CATTGATTTAGTACAAGATCTAAAAATAATCCTTAACCTGATTTACTACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79253	CATTGATTTAGTACAAGATCTAAAAATAATCCTTAACCTGATTTACTACA	79302

AL672161.18	451	ACTCTAAATTGACTATTTTACTCTTCTTGACTGTTTGTGTACGTATGGAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79303	ACTCTAAATTGACTATTTTACTCTTCTTGACTGTTTGTGTACGTATGGAT	79352

AL672161.18	501	CAAAGACAAAAAAGCCATCTATGTGGAAAATCGTTCCTTTTTTATAATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79353	CAAAGACAAAAAAGCCATCTATGTGGAAAATCGTTCCTTTTTTATAATAA	79402

AL672161.18	551	GAATAATAATTACATTTTTATAGCGCTCTTCTGGACACTCATAGCTTTAC	600
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
AL672211.7	79403	GAATAATAATTACATTTTTATAGCGCTCTTTTGGACACTCATAGCTTTGC	79452

AL672161.18	601	ACATTTTTGGGGGAATCTCCTCATGCACCACCAGTGTGCAGCATCCAGCT	650
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79453	ACATTTTTGGGGGAATCTCGTCATGCACCACCAGTGTGCAGCATCCAGCT	79502

AL672161.18	651	GGAGGCAGCTGTGCCAGACCACACCACACAATTTTATCCAATTTTAAATT	700
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79503	GGAGGCAGCAGTGCCAGACCACACCACACAATTTTATCCAATTTTAAATT	79552

AL672161.18	701	ATCTATCCGACTTTAATGTCTCATCCGAAAGACGGGACTCATTAAACAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL672211.7	79553	ATCTATCCGACTTTAATGTCTCATCCGAAAGACGGGACTTATTAAACAGA	79602

AL672161.18	751	CTAGAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATTACGATGGGACTCATTAAACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79603	CTAGAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATTACGATGGGACTCATTAAACA	79652

AL672161.18	801	GTATAGAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATTATGACCCACACAGACCGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   
AL672211.7	79653	GTATAGAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATGAGGACCCACACAGAC---	79699

AL672161.18	851	AGGTTAAGCACCGCCTGCTGGTCTCACCAACACCACCTCCATCACCAACC	900
			               ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
AL672211.7	79700	---------------TGCTGGTCTCACCAACACCACCTCCATTACCAACC	79734

AL672161.18	901	TAACTTTCCCATGTGGTCTTCCATCCAGGTACTGCCCAGGCACAGCCCTG	950
			|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL672211.7	79735	TAGCTTTCCCATGTGGTCTTCCATCCAGGTAATGCCCAGGCACAGCCCTG	79784

AL672161.18	951	CTTAGCTTCAGTGGGCGACCATGTGAGAGTTCCAGAAAGCTAGCTGCCCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79785	CTTAGCTTCAGTGGGCGACCATGTGAGAGTTCCAGAAAGCTAGCTGCCCG	79834

AL672161.18	1001	TAAATGGTTGCCATTTAACAATATTATTATGTTCCAGGCTAGTCTAAGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
AL672211.7	79835	TAAATGGTTGCCATTTAACAATATTATTATGTTCCAGGCTAGTCTTAGAT	79884

AL672161.18	1051	GCTTTGATTTTTTTTTTTTTTAGGCTGGACTAGCAAGAACTAACATTGTG	1100
			||||| |||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79885	GCTTTAATTTT------TTTTAGGCTGGACTAGCAAGAACTAACATTGTG	79928

AL672161.18	1101	GTGAAATAAAATCCATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATT	1150
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
AL672211.7	79929	GTGAAATAAAATCCATTCATTCGTTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTGTT	79978

AL672161.18	1151	AATCAGGGGTTGTCACAGCGAAATGAAACGACATCGCTATACTTGCATGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL672211.7	79979	AATCAGGGGTTGTCACAGCGAAATGAAACGATATCGCTATACTTGCATGG	80028

AL672161.18	1201	CACATTTGGTCCCCACAATGTCAGCAATGTATCTCCATAGACATAATACG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80029	CACATTTGGTCCCCACAATGTCAGCAATGTATCTCCATAGACATAATACG	80078

AL672161.18	1251	TTTTATAAAGCCCACCCCTACAACCCTAAAACCAACATTCACTGAGAACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80079	TTTTATAAAGCCCACCCCTACAACCCTAAAACCAACATTCACTGAGAACC	80128

AL672161.18	1301	TAACAAAATTTCAGTGTTAAAGGACCACGTTAACTGATTTTTAGGCAGTT	1350
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80129	TAACAAAATTTCAGTGTTAAAAGACCACGTTAACTGATTTTTAGGCAGTT	80178

AL672161.18	1351	TTAATTACGAGGACACAACACATGTCCTTGCAAACCACCACCAATACCAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80179	TTAATTACGAGGACACAACACATGTCCTTGCAAACCACCACCAATACCAT	80228

AL672161.18	1401	TTCATTATTTAATTGATCCTTGTAAACCACATAAACAATTACAAACTTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80229	TTCATTATTTAATTGATCCTTGTAAACCACATAAACAATTACAAACTTGG	80278

AL672161.18	1451	ATTTACTTTGGTTCCTGTGTATAAATCACTTCTGGACATATTATTTAATC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80279	ATTTACTTTGGTTCCTGTGTATAAATCACTTCTGGACATATTATTTAATC	80328

AL672161.18	1501	CATTCACCAAAATGGGACATCTTGCTTTTGACCCATATGGGACTTCAGCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80329	CATTCACCAAAATGGGACATCTTGCTTTTGACCCATATGGGACTTCAGCG	80378

AL672161.18	1551	TCAACGCTTGACTGAAGGCGTGTCTGAAGTTGGGGCTAAAGCGATCGTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80379	TCAACGCTTGACTGAAGGCGTGTCTGAAGTTGGGGCTAAAGCGATCGTCA	80428

AL672161.18	1601	TAGCAGCGTCAGCCAATGAAATTCAGTCAGCAATAGGCCACTGTCTAGCT	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
AL672211.7	80429	TAGCAGCGTCAGCCAATGAAATTCAGTCAGCAATAGGCCACTGTCTTGCT	80478

AL672161.18	1651	GGTGTATTTGATACAGCGATCTGATTGGCTGACGCTTCCGTCGGCACTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80479	GGTGTATTTGATACAGCGATCTGATTGGCTGACGCTTCCGTCGGCACTTG	80528

AL672161.18	1701	AAAAGTCGAGCTAGTCCCAACTTCTGCAGCAAGCAACGTCTCTGAAGCGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80529	AAAAGTCGAGCTAGTCCCAACTTCTGCTGCAAGCAACGTCTCTGAAGCGG	80578

AL672161.18	1751	TGCCGACGGATCCACAATGCAGTTCTGGAACGCCTGACGTCGCCCATATA	1800
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80579	TGCCGACGGATCCACAATGCAGTTCGGGAACGCCTGACGTCGCCCATATA	80628

AL672161.18	1801	AAGTTAATGGGAAGTGTTGACGCTGACGATAGTGGGTTTCCTCTTTTAAA	1850
			|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
AL672211.7	80629	AAGTTAATGGGAAGTGTTGATGCTGACGATAGTGGGTTTCCTCTTTAAAA	80678

AL672161.18	1851	ATTTAACATCAAGTGCACTCATTTCACTCATCGATTGCTAAAATGTACAA	1900
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80679	ATTTAACATCAAGTGCACTCCTTTCACTCATCGATTGCTAAAATGTACAA	80728

AL672161.18	1901	TAGGTTGAAGTGAGCTTTAAGAGCCACTGATGACATTACAGGGAAATGTT	1950
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80729	TAGGTTGAAGTGAGCTTTAAGAGCCATTGATGACATTACAGGGAAATGTT	80778

AL672161.18	1951	GTAGATAAAACAGGTCCCTTAAAAGAAGTCCTTCTGTCACAGTCTTGATC	2000
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
AL672211.7	80779	ATAGATAAAACAGGTCCCTTAAAAGAAGTCCTTCTGTCACAGTTTTGATC	80828

Compact alignment

AL672161.18	1	TTCAGCTGATCCAGCTCTGAATTTTATAACAGTTGTTTCTAGTACCTTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL672211.7	78853	TTCAGCTGATCCAGCTCTGAATTTTATAACAGTTGTTTCAAGTACCTTTG	78902

AL672161.18	51	GTGCAAATACTGTTACAATTACTTCCCGCAGACATTTTTGAATCTATATC	100
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	78903	GTGCAAATACTGTAACAATTACTTCCCGCAGACATTTTTGAATCTATATC	78952

AL672161.18	101	TGAAGTTATTTCAGTTCCTCGTTTCAGTGGTCAGTAACAGTGTAGTTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
AL672211.7	78953	TGAAGTTATTTCAGTTCCTCGTTTCAGTGGTCAGTGACAGTGTAGTTTTT	79002

AL672161.18	151	ACCTTCACAACTCTGATGAGGATTTTCAGCTGATAGACGTGAAGCTGCAG	200
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL672211.7	79003	ACCTTCACAACTCTGATGAGGATTTTCAGCTGATAGACGTGAAGTTGCAG	79052

AL672161.18	201	GTCCATGCGGTCTGTCAACCACGTGCCCAAGAGGTTCATTGTGCTGGTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL672211.7	79053	GTCCATGCGGTCTGTCAACCACGTGCCCAGGAGGTTCATTGTGCTGGTGT	79102

skip 50 bps 100% identity alignment

AL672161.18	301	GAAAAATGCTGCCACACACAAACACGCATCTACAGAAACACAACACAAAC	350
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79153	GAAAAATGCTGCCACACACAAACACGTATCTACAGAAACACAACACAAAC	79202

AL672161.18	351	ACACAAGCACTGTATACAATAGATTTAAATCACAATGATGAGCAAATGAG	400
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79203	ACACAAGCACTGTATACAGTAGATTTAAATCACAATGATGAGCAAATGAG	79252

skip 150 bps 100% identity alignment

AL672161.18	551	GAATAATAATTACATTTTTATAGCGCTCTTCTGGACACTCATAGCTTTAC	600
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
AL672211.7	79403	GAATAATAATTACATTTTTATAGCGCTCTTTTGGACACTCATAGCTTTGC	79452

AL672161.18	601	ACATTTTTGGGGGAATCTCCTCATGCACCACCAGTGTGCAGCATCCAGCT	650
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79453	ACATTTTTGGGGGAATCTCGTCATGCACCACCAGTGTGCAGCATCCAGCT	79502

AL672161.18	651	GGAGGCAGCTGTGCCAGACCACACCACACAATTTTATCCAATTTTAAATT	700
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79503	GGAGGCAGCAGTGCCAGACCACACCACACAATTTTATCCAATTTTAAATT	79552

AL672161.18	701	ATCTATCCGACTTTAATGTCTCATCCGAAAGACGGGACTCATTAAACAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL672211.7	79553	ATCTATCCGACTTTAATGTCTCATCCGAAAGACGGGACTTATTAAACAGA	79602

skip 50 bps 100% identity alignment

AL672161.18	801	GTATAGAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATTATGACCCACACAGACCGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   
AL672211.7	79653	GTATAGAGTCCCCTTCACTATACTGGGGCATGAGGACCCACACAGAC---	79699

AL672161.18	851	AGGTTAAGCACCGCCTGCTGGTCTCACCAACACCACCTCCATCACCAACC	900
			               ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
AL672211.7	79700	---------------TGCTGGTCTCACCAACACCACCTCCATTACCAACC	79734

AL672161.18	901	TAACTTTCCCATGTGGTCTTCCATCCAGGTACTGCCCAGGCACAGCCCTG	950
			|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL672211.7	79735	TAGCTTTCCCATGTGGTCTTCCATCCAGGTAATGCCCAGGCACAGCCCTG	79784

skip 50 bps 100% identity alignment

AL672161.18	1001	TAAATGGTTGCCATTTAACAATATTATTATGTTCCAGGCTAGTCTAAGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
AL672211.7	79835	TAAATGGTTGCCATTTAACAATATTATTATGTTCCAGGCTAGTCTTAGAT	79884

AL672161.18	1051	GCTTTGATTTTTTTTTTTTTTAGGCTGGACTAGCAAGAACTAACATTGTG	1100
			||||| |||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	79885	GCTTTAATTTT------TTTTAGGCTGGACTAGCAAGAACTAACATTGTG	79928

AL672161.18	1101	GTGAAATAAAATCCATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATT	1150
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
AL672211.7	79929	GTGAAATAAAATCCATTCATTCGTTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTGTT	79978

AL672161.18	1151	AATCAGGGGTTGTCACAGCGAAATGAAACGACATCGCTATACTTGCATGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL672211.7	79979	AATCAGGGGTTGTCACAGCGAAATGAAACGATATCGCTATACTTGCATGG	80028

skip 100 bps 100% identity alignment

AL672161.18	1301	TAACAAAATTTCAGTGTTAAAGGACCACGTTAACTGATTTTTAGGCAGTT	1350
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80129	TAACAAAATTTCAGTGTTAAAAGACCACGTTAACTGATTTTTAGGCAGTT	80178

skip 250 bps 100% identity alignment

AL672161.18	1601	TAGCAGCGTCAGCCAATGAAATTCAGTCAGCAATAGGCCACTGTCTAGCT	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
AL672211.7	80429	TAGCAGCGTCAGCCAATGAAATTCAGTCAGCAATAGGCCACTGTCTTGCT	80478

skip 50 bps 100% identity alignment

AL672161.18	1701	AAAAGTCGAGCTAGTCCCAACTTCTGCAGCAAGCAACGTCTCTGAAGCGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80529	AAAAGTCGAGCTAGTCCCAACTTCTGCTGCAAGCAACGTCTCTGAAGCGG	80578

AL672161.18	1751	TGCCGACGGATCCACAATGCAGTTCTGGAACGCCTGACGTCGCCCATATA	1800
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80579	TGCCGACGGATCCACAATGCAGTTCGGGAACGCCTGACGTCGCCCATATA	80628

AL672161.18	1801	AAGTTAATGGGAAGTGTTGACGCTGACGATAGTGGGTTTCCTCTTTTAAA	1850
			|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
AL672211.7	80629	AAGTTAATGGGAAGTGTTGATGCTGACGATAGTGGGTTTCCTCTTTAAAA	80678

AL672161.18	1851	ATTTAACATCAAGTGCACTCATTTCACTCATCGATTGCTAAAATGTACAA	1900
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80679	ATTTAACATCAAGTGCACTCCTTTCACTCATCGATTGCTAAAATGTACAA	80728

AL672161.18	1901	TAGGTTGAAGTGAGCTTTAAGAGCCACTGATGACATTACAGGGAAATGTT	1950
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL672211.7	80729	TAGGTTGAAGTGAGCTTTAAGAGCCATTGATGACATTACAGGGAAATGTT	80778

AL672161.18	1951	GTAGATAAAACAGGTCCCTTAAAAGAAGTCCTTCTGTCACAGTCTTGATC	2000
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
AL672211.7	80779	ATAGATAAAACAGGTCCCTTAAAAGAAGTCCTTCTGTCACAGTTTTGATC	80828

Overview

Query
AL672161.18 - 83902 bps
Hit
AL672211.7 - 80828 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link