<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL591674.3	1	GATCATTTGAGAAGTGTGAGTGCTCTGAATTGGGCTCAGACTTGGTTCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	22980	GATCATTTGAGAAGTGTGAGTGCTCTGAATTGGGCTCAGACTTGGTTCAC	23029

AL591674.3	51	TTGGCCAGCCGTGGCCCGGTTGGAAGTGGTGTGTTAGAGCGTGGTTCACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23030	TTGGCCAGCCGTGGCCCGGTTGGAAGTGGTGTGTTAGAGCGTGGTTCACC	23079

AL591674.3	101	AGGCCTCAGATACGGTATGCTTATAGTGTGAGTGCAAAGTGCACCTGAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23080	AGGCCTCAGATACGGTATGCTTATAGTGTGAGTGCAAAGTGCACCTGAGA	23129

AL591674.3	151	CCGAAACTGAAGATGAGATGTGACTTTTAAGGGACTGTTTTATATGGATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23130	CCGAAACTGAAGATGAGATGTGACTTTTAAGGGACTGTTTTATATGGATT	23179

AL591674.3	201	TATTAATCATTCTTACTGTTCAATGAACGCAAACTGTCGTAGATTATTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23180	TATTAATCATTCTTACTGTTCAATGAACGCAAACTGTCGTAGATTATTAA	23229

AL591674.3	251	AGACGCAAACCCCTCACTGCATCACAACTGCACCCTAAGCAAACCCCTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23230	AGACGCAAACCCCTCACTGCATCACAACTGCACCCTAAGCAAACCCCTTC	23279

AL591674.3	301	ACTCCTGCAGCACGTGGTATTTATCATTGTTTTTGAGTGTCAAAAGTGGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23280	ACTCCTGCAGCACGTGGTATTTATCATTGTTTTTGAGTGTCAAAAGTGGC	23329

AL591674.3	351	TGATCTGTTCGGTGAAATATTTGACTGCGTGTCACTTCATCTCAAACGAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23330	TGATCTGTTCGGTGAAATATTTGACTGCGTGTCACTTCATCTCAAACGAT	23379

AL591674.3	401	TTAAAACGATATAACGATATAAAGAAATGTCTACTGTGCCGAGCGAGAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23380	TTAAAACGATATAACGATATAAAGAAATGTCTACTGTGCCGAGCGAGAGC	23429

AL591674.3	451	GCTTCTTAAACTGAACAATGCATCATCGATGACGTAAGTGTGCTCAGGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23430	GCTTCTTAAACTGAACAATGCATCATCGATGACGTAAGTGTGCTCAGGCC	23479

AL591674.3	501	CGAATGCGATTCCCGGTTCAAGGCAACTGTGCATAGTGTAAGTACGCCCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23480	CGAATGCGATTCCCGGTTCAAGGCAACTGTGCATAGTGTAAGTACGCCCT	23529

AL591674.3	551	TAGGCTCATGACCTGCTGTGCTTCAGTTATAATCCCCTAAATGTCTGGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23530	TAGGCTCATGACCTGCTGTGCTTCAGTTATAATCCCCTAAATGTCTGGGA	23579

AL591674.3	601	GTTTCCTCTGCTAAACATCTGTGAGTTTTTAACAGTATATTTTAATAGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23580	GTTTCCTCTGCTAAACATCTGTGAGTTTTTAACAGTATATTTTAATAGTA	23629

AL591674.3	651	ACCTATATTTTAATAGTGGTTACAGTCTCCTGATTGTATAGTAATTACAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23630	ACCTATATTTTAATAGTGGTTACAGTCTCCTGATTGTATAGTAATTACAT	23679

AL591674.3	701	AATAATGAATTCATAAATAATAGTTCCTCTATATGTATCAGAAATTCTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23680	AATAATGAATTCATAAATAATAGTTCCTCTATATGTATCAGAAATTCTCC	23729

AL591674.3	751	TAAACTTACAGTCTCAGAGTCAAATGATATTTTAACAAAGCTTTCTGCTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23730	TAAACTTACAGTCTCAGAGTCAAATGATATTTTAACAAAGCTTTCTGCTA	23779

AL591674.3	801	GCACTTTACAATACGAGACACATAGTTAATTTACTAACATGATCTAATAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23780	GCACTTTACAATACGAGACACATAGTTAATTTACTAACATGATCTAATAA	23829

AL591674.3	851	TAAACAATACTTGTACATCATTTATTAATCATAGTTCCACATTTACTAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23830	TAAACAATACTTGTACATCATTTATTAATCATAGTTCCACATTTACTAAT	23879

AL591674.3	901	GCAGTATTACAATACAAATTCATGCTTGTTAACATTAGTTAATGGACTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23880	GCAGTATTACAATACAAATTCATGCTTGTTAACATTAGTTAATGGACTGT	23929

AL591674.3	951	GAGTTAACATGAGCTAAAATGAACTACATTGTCATTAATGTTAACAAAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23930	GAGTTAACATGAGCTAAAATGAACTACATTGTCATTAATGTTAACAAAGA	23979

AL591674.3	1001	TGAATAAATGCTGTATTGTGCTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	23980	TGAATAAATGCTGTATTGTGCTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATA	24029

AL591674.3	1051	CATTAACTAAAATCAACTATGTGTCCTCTATTGTAAAGTGTTTCCAGCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24030	CATTAACTAAAATCAACTATGTGTCCTCTATTGTAAAGTGTTTCCAGCCT	24079

AL591674.3	1101	TCATCACCACTGGGAAAAATAAATGCATTAATATGGCTTTGACTTCTCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24080	TCATCACCACTGGGAAAAATAAATGCATTAATATGGCTTTGACTTCTCTT	24129

AL591674.3	1151	TGGTTACAGTAAATATTATAAAATGTTTTGAAGAACTGGAGAAGTGAATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24130	TGGTTACAGTAAATATTATAAAATGTTTTGAAGAACTGGAGAAGTGAATG	24179

AL591674.3	1201	CTCGTGATTAACAGTGCAAATATAATACTGTTGTATGCTGATTAATCTGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24180	CTCGTGATTAACAGTGCAAATATAATACTGTTGTATGCTGATTAATCTGC	24229

AL591674.3	1251	TGTGATAACTCTGAGGGCTGAATATCTGTGATGTAGATCACATTCTGTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24230	TGTGATAACTCTGAGGGCTGAATATCTGTGATGTAGATCACATTCTGTGT	24279

AL591674.3	1301	GTCAGGTTTTTGTTCAGTGTTGTTGTGTTTCCTTTCACTGTGGGCTCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24280	GTCAGGTTTTTGTTCAGTGTTGTTGTGTTTCCTTTCACTGTGGGCTCCAG	24329

AL591674.3	1351	GGCACAGTAATACACAGCAGAGTCTGATACTTGTAGATCCTGGATCAGCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24330	GGCACAGTAATACACAGCAGAGTCTGATACTTGTAGATCCTGGATCAGCA	24379

AL591674.3	1401	GTGGAAATGATTTTTCTTTGGAGTTCAGTGTTGCTGAGAATCTCTTCTTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24380	GTGGAAATGATTTTTCTTTGGAGTTCAGTGTTGCTGAGAATCTCTTCTTA	24429

AL591674.3	1451	TCAGCCTCAGCGCTGTATTGACTCAGAATTAATGTTGGTGATCTGTTTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24430	TCAGCCTCAGCGCTGTATTGACTCAGAATTAATGTTGGTGATCTGTTTGG	24479

AL591674.3	1501	CAGCTGTTTGTACCAGAAGAGTGTTGGATTTGATGAAGTATAATTACACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24480	CAGCTGTTTGTACCAGAAGAGTGTTGGATTTGATGAAGTATAATTACACT	24529

AL591674.3	1551	GGACAAAAACGTGAGCTCCTTCACCTTCAGTTATTTCTCTTATAGGCTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24530	GGACAAAAACGTGAGCTCCTTCACCTTCAGTTATTTCTCTTATAGGCTGT	24579

AL591674.3	1601	TCAACTTTGTCTTGTCCTCTGCACACTGGAGAAATACATAGAAAAAAGTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24580	TCAACTTTGTCTTGTCCTCTGCACACTGGAGAAATACATAGAAAAAAGTA	24629

AL591674.3	1651	TTTCTTTAACATTATTGTTTTAAAGCAAACTTAATCATTCAGTAATTTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24630	TTTCTTTAACATTATTGTTTTAAAGCAAACTTAATCATTCAGTAATTTTA	24679

AL591674.3	1701	AATGTAAGTAAAACCTTCCGTGTTATAATGCACAGAAAACAGAAATGTGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24680	AATGTAAGTAAAACCTTCCGTGTTATAATGCACAGAAAACAGAAATGTGC	24729

AL591674.3	1751	TTACCTTCATAATGTGCGATGAAACACAGGGAAATGAAAGCCCATCTACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24730	TTACCTTCATAATGTGCGATGAAACACAGGGAAATGAAAGCCCATCTACA	24779

AL591674.3	1801	CATAGTTGATCTCTGAGGTACAAGAACAGAAATGAAATCGGCTGTGCTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24780	CATAGTTGATCTCTGAGGTACAAGAACAGAAATGAAATCGGCTGTGCTCT	24829

AL591674.3	1851	CAGAAACTCTGTGAAGGTTTCTCTCACTGAACTGAAATTGTTTTACTGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24830	CAGAAACTCTGTGAAGGTTTCTCTCACTGAACTGAAATTGTTTTACTGTC	24879

AL591674.3	1901	ACATGATCTACTTCTACGTGAAGACAGCAATACTGTCCCCTGCTGGAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24880	ACATGATCTACTTCTACGTGAAGACAGCAATACTGTCCCCTGCTGGAGAA	24929

AL591674.3	1951	AACTGGAAAAGTTTCCCCAATGGTAAAATTGCTATAAACAGTGTTTTTGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672198.4	24930	AACTGGAAAAGTTTCCCCAATGGTAAAATTGCTATAAACAGTGTTTTTGA	24979

Overview

Query
AL591674.3 - 96045 bps
Hit
AL672198.4 - 24979 bps
Total alignments
31
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001950200012000122980249791
285.596111148808489181429844081
390.8628730502305881432244081
490.7618676982770671432244071
576.245322055731559501434745691
683.965410663241633461792980341
793.33597550142502161793080041
883.195312024235243541793380511
981.565614175740758801793380731
1078.37140564921497771796185471
1179.01140480147319521811885981
1296.8852642695427017113274133371
1383.0128066512981962114586152561
1488.89538153175397114589146691
1585.32591096324163349114590146981
1693.5962785227952356114592146691
1781.9719549192149704114622151201
1892.259612912521380117148172761
1984.2829162223232944117194178291
2084.55591106406864177117199173081
2197.62768423222405118250183331
2281.7722458812981885118251188371
2392.3159785227952356118257183341
2481.5819349192149704118287187801
2581.7827271012521961120983217121
2688.61517953195397121034211121
2783.33531086324263349121034211411
2893.5962785227952356121035211121
2987.9919330892149521121065213721
3092.3158785227952356124283243601
318015849092159704124314248081
Short-link