<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL592562.18	1	AAGCTTACTATATTGGATCGTTTTCTACCTACTGCTATGTCTTTGTTTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7157	AAGCTTACTATATTGGATCGTTTTCTACCTACTGCTATGTCTTTGTTTTG	7206

AL592562.18	51	GTAGAATCCCCCCTTCCACCCCATCTCCTCCTTTTCCTTCCTTTTCTAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7207	GTAGAATCCCCCCTTCCACCCCATCTCCTCCTTTTCCTTCCTTTTCTAAG	7256

AL592562.18	101	GGGGAGCTTTCGAGACCTAGCTGATCTCGGATCTCCATATATGCTTATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7257	GGGGAGCTTTCGAGACCTAGCTGATCTCGGATCTCCATATATGCTTATTG	7306

AL592562.18	151	ACTGGGCAGAAGCCTTGGGCTCATGTATCTCCGAGCTCAGGGTTCTCTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7307	ACTGGGCAGAAGCCTTGGGCTCATGTATCTCCGAGCTCAGGGTTCTCTCC	7356

AL592562.18	201	AAGGTCAGCTTGCCAAACCTGCTATAAACGCTAAGCATGTCTAAGAACTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7357	AAGGTCAGCTTGCCAAACCTGCTATAAACGCTAAGCATGTCTAAGAACTC	7406

AL592562.18	251	TTGAAAGCAGCATAGCTTTTATCATGCCACAACTCACCGTTTCCATTTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7407	TTGAAAGCAGCATAGCTTTTATCATGCCACAACTCACCGTTTCCATTTCT	7456

AL592562.18	301	TTCTGACAAGATTATGTGGGGAAGAGTTTTATTATATTAAATACATTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7457	TTCTGACAAGATTATGTGGGGAAGAGTTTTATTATATTAAATACATTTTA	7506

AL592562.18	351	GAGTTCTGTTATAATGCAATCTAATAAATTGCACAACACATTGAAGCTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7507	GAGTTCTGTTATAATGCAATCTAATAAATTGCACAACACATTGAAGCTTC	7556

AL592562.18	401	TTTGGTGTTTCCTTTTTCTTTAAACTAAACCAGAAATTGAGGGTGTGTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7557	TTTGGTGTTTCCTTTTTCTTTAAACTAAACCAGAAATTGAGGGTGTGTGA	7606

AL592562.18	451	TGTTATAAGCATGGTCACAAAAACACAGTCCATGCTACTCATTAAAATTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7607	TGTTATAAGCATGGTCACAAAAACACAGTCCATGCTACTCATTAAAATTA	7656

AL592562.18	501	CTTCTTTCTCTGGGTTTGAACATTGATTGAAACATTTGGGTTAATGTAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7657	CTTCTTTCTCTGGGTTTGAACATTGATTGAAACATTTGGGTTAATGTAAA	7706

AL592562.18	551	GTCAACAAAACAGATAACAATGTTACACAGTGTCTTTACATCAATAAAGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7707	GTCAACAAAACAGATAACAATGTTACACAGTGTCTTTACATCAATAAAGG	7756

AL592562.18	601	CCCAAAGCTTCGCAAAAATATGTCATTGCTGATATTATTTATGAGTGTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7757	CCCAAAGCTTCGCAAAAATATGTCATTGCTGATATTATTTATGAGTGTGA	7806

AL592562.18	651	TATCTGTGTAAAATGACTAATAAAGTACAAAACTTGCTTTCTTTTCTTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7807	TATCTGTGTAAAATGACTAATAAAGTACAAAACTTGCTTTCTTTTCTTGT	7856

AL592562.18	701	TTGTACGTTGTTTGTTTAGACTTTATTAATACCAAAGAGAAATCACATCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7857	TTGTACGTTGTTTGTTTAGACTTTATTAATACCAAAGAGAAATCACATCA	7906

AL592562.18	751	CAGCAAATCTCTCGATACAATCAGATAAATAAAATAAATTACATACAGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7907	CAGCAAATCTCTCGATACAATCAGATAAATAAAATAAATTACATACAGTT	7956

AL592562.18	801	GAAAGCCGAATCCGAATTATTAGCCCCCCTTTGATTTTATTTTTTAAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	7957	GAAAGCCGAATCCGAATTATTAGCCCCCCTTTGATTTTATTTTTTAAATA	8006

AL592562.18	851	TTTCCCAAATGTTGCTTAACAGAGCAAGGAAATTGTCACAGTATGTTTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8007	TTTCCCAAATGTTGCTTAACAGAGCAAGGAAATTGTCACAGTATGTTTGA	8056

AL592562.18	901	TAACATTTTAACATTTTTAAAGACATTTTAAGAACAAAATTATCAGCCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8057	TAACATTTTAACATTTTTAAAGACATTTTAAGAACAAAATTATCAGCCCA	8106

AL592562.18	951	TTTAAGCTATTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCTTTGTTAGTTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8107	TTTAAGCTATTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCTTTGTTAGTTAA	8156

AL592562.18	1001	CCTAGTTAACCTATTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGCTTTATAGAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8157	CCTAGTTAACCTATTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGCTTTATAGAGG	8206

AL592562.18	1051	TGTCTTGAAAAATATATAGTAAAATATTAGTTACTGTCATCATGGTAAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8207	TGTCTTGAAAAATATATAGTAAAATATTAGTTACTGTCATCATGGTAAAG	8256

AL592562.18	1101	ATTAAATAAATCAATTATAAGAAATGAGTTGTTAAAACTATTATGCTTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8257	ATTAAATAAATCAATTATAAGAAATGAGTTGTTAAAACTATTATGCTTAG	8306

AL592562.18	1151	AAATGTGTTGAAAAAAATCAGCGGTTAAACAGAAATTAGGGGGAAAAAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8307	AAATGTGTTGAAAAAAATCAGCGGTTAAACAGAAATTAGGGGGAAAAAGA	8356

AL592562.18	1201	AACAGGGGGGCTAATAATTCAAGGGAGCAAATAATTCGGACTTCAACTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8357	AACAGGGGGGCTAATAATTCAAGGGAGCAAATAATTCGGACTTCAACTGT	8406

AL592562.18	1251	ATGAAACAACAATATTAATAAAATGACATTCATACTGCACATCTTATTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8407	ATGAAACAACAATATTAATAAAATGACATTCATACTGCACATCTTATTTT	8456

AL592562.18	1301	CAAACAACTAGTCCATAGTAGACACTAGTCCATATATACAGTATTATGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8457	CAAACAACTAGTCCATAGTAGACACTAGTCCATATATACAGTATTATGCT	8506

AL592562.18	1351	ATTACAATTCCACATCATTCATCTAGTATGATTTTGGTTATACAATCTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8507	ATTACAATTCCACATCATTCATCTAGTATGATTTTGGTTATACAATCTGA	8556

AL592562.18	1401	TTACCGTTGGTAAAAATGACTTCCTGTGTTGTTCCCTGTAACACCGGGGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8557	TTACCGTTGGTAAAAATGACTTCCTGTGTTGTTCCCTGTAACACCGGGGC	8606

AL592562.18	1451	TGAATTCATCTTGAGCTAAACGAGCTTGCACATGTGCAATCTCTTCTATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8607	TGAATTCATCTTGAGCTAAACGAGCTTGCACATGTGCAATCTCTTCTATA	8656

AL592562.18	1501	GTGGGTAGTACACACCCCACAACAGAACCTGCCCTTTTTAAAAGCTTATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8657	GTGGGTAGTACACACCCCACAACAGAACCTGCCCTTTTTAAAAGCTTATT	8706

AL592562.18	1551	CAATTACTTTTTCTCCTCTTTTCAACAGTTCACCTCCCCAGCAGGTTACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8707	CAATTACTTTTTCTCCTCTTTTCAACAGTTCACCTCCCCAGCAGGTTACA	8756

AL592562.18	1601	GAATCAAAGAAGACAACACAGAAAGTCTTTAACAGTGTCTGACACATAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8757	GAATCAAAGAAGACAACACAGAAAGTCTTTAACAGTGTCTGACACATAAC	8806

AL592562.18	1651	AAAGGACCCTAGTTCTTTCTCAGTTCTTTTTTTGACCTGTTCCAGTTCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8807	AAAGGACCCTAGTTCTTTCTCAGTTCTTTTTTTGACCTGTTCCAGTTCCT	8856

AL592562.18	1701	TCTCGATATCATCAACCTCCAGGACATAAATAATGCTGGGTAAACAACAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8857	TCTCGATATCATCAACCTCCAGGACATAAATAATGCTGGGTAAACAACAC	8906

AL592562.18	1751	TGCAACCATCAGTAAATATTAGCAAAGGATTTTGTGATATTGGTTGGTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8907	TGCAACCATCAGTAAATATTAGCAAAGGATTTTGTGATATTGGTTGGTTT	8956

AL592562.18	1801	CGTTTACTTGGAAAAGCTGTTTTCTAAAAGTTATAAGAAATGTGCGACAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	8957	CGTTTACTTGGAAAAGCTGTTTTCTAAAAGTTATAAGAAATGTGCGACAC	9006

AL592562.18	1851	ATACAGTAAATCTATTTTCTTAGACTACAGCACAAACGTTCATTAATTAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	9007	ATACAGTAAATCTATTTTCTTAGACTACAGCACAAACGTTCATTAATTAA	9056

AL592562.18	1901	AAGTTTGAATAGATAACCACATGACAGACCATCATCTCTCATGAAAGGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	9057	AAGTTTGAATAGATAACCACATGACAGACCATCATCTCTCATGAAAGGAA	9106

AL592562.18	1951	CAGTTCACCCAAATATGAAAACTTACTCACTATTTACTCTCAGTCAATGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672197.12	9107	CAGTTCACCCAAATATGAAAACTTACTCACTATTTACTCTCAGTCAATGG	9156

Overview

Query
AL592562.18 - 94129 bps
Hit
AL672197.12 - 9156 bps
Total alignments
19
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019222000120001715791561
295.06378149933500131166117411
396.1535783386833945-1166417411
498.6134733396934041-1166617371
597.33367576367764411166717411
697.2232723568535756-1167017411
7100336833967340341167017371
895.2943851445814542-1167117551
910033671515715223-1167117371
1098.5935713590735977-1167117411
1198.6138724993750008-1167117421
1298.5935717637276442-1167117411
1398.59357114471145411167117411
14100376815158152251167117381
1598.59357133853339231167117411
1697.18327135674357441167117411
1798.59357135906359761167117411
1883.1744973928839384-1251426141
1985.06478765179652651252826141
Short-link