<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
AL592562.18 1 AAGCTTACTATATTGGATCGTTTTCTACCTACTGCTATGTCTTTGTTTTG 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7157 AAGCTTACTATATTGGATCGTTTTCTACCTACTGCTATGTCTTTGTTTTG 7206 AL592562.18 51 GTAGAATCCCCCCTTCCACCCCATCTCCTCCTTTTCCTTCCTTTTCTAAG 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7207 GTAGAATCCCCCCTTCCACCCCATCTCCTCCTTTTCCTTCCTTTTCTAAG 7256 AL592562.18 101 GGGGAGCTTTCGAGACCTAGCTGATCTCGGATCTCCATATATGCTTATTG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7257 GGGGAGCTTTCGAGACCTAGCTGATCTCGGATCTCCATATATGCTTATTG 7306 AL592562.18 151 ACTGGGCAGAAGCCTTGGGCTCATGTATCTCCGAGCTCAGGGTTCTCTCC 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7307 ACTGGGCAGAAGCCTTGGGCTCATGTATCTCCGAGCTCAGGGTTCTCTCC 7356 AL592562.18 201 AAGGTCAGCTTGCCAAACCTGCTATAAACGCTAAGCATGTCTAAGAACTC 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7357 AAGGTCAGCTTGCCAAACCTGCTATAAACGCTAAGCATGTCTAAGAACTC 7406 AL592562.18 251 TTGAAAGCAGCATAGCTTTTATCATGCCACAACTCACCGTTTCCATTTCT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7407 TTGAAAGCAGCATAGCTTTTATCATGCCACAACTCACCGTTTCCATTTCT 7456 AL592562.18 301 TTCTGACAAGATTATGTGGGGAAGAGTTTTATTATATTAAATACATTTTA 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7457 TTCTGACAAGATTATGTGGGGAAGAGTTTTATTATATTAAATACATTTTA 7506 AL592562.18 351 GAGTTCTGTTATAATGCAATCTAATAAATTGCACAACACATTGAAGCTTC 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7507 GAGTTCTGTTATAATGCAATCTAATAAATTGCACAACACATTGAAGCTTC 7556 AL592562.18 401 TTTGGTGTTTCCTTTTTCTTTAAACTAAACCAGAAATTGAGGGTGTGTGA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7557 TTTGGTGTTTCCTTTTTCTTTAAACTAAACCAGAAATTGAGGGTGTGTGA 7606 AL592562.18 451 TGTTATAAGCATGGTCACAAAAACACAGTCCATGCTACTCATTAAAATTA 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7607 TGTTATAAGCATGGTCACAAAAACACAGTCCATGCTACTCATTAAAATTA 7656 AL592562.18 501 CTTCTTTCTCTGGGTTTGAACATTGATTGAAACATTTGGGTTAATGTAAA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7657 CTTCTTTCTCTGGGTTTGAACATTGATTGAAACATTTGGGTTAATGTAAA 7706 AL592562.18 551 GTCAACAAAACAGATAACAATGTTACACAGTGTCTTTACATCAATAAAGG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7707 GTCAACAAAACAGATAACAATGTTACACAGTGTCTTTACATCAATAAAGG 7756 AL592562.18 601 CCCAAAGCTTCGCAAAAATATGTCATTGCTGATATTATTTATGAGTGTGA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7757 CCCAAAGCTTCGCAAAAATATGTCATTGCTGATATTATTTATGAGTGTGA 7806 AL592562.18 651 TATCTGTGTAAAATGACTAATAAAGTACAAAACTTGCTTTCTTTTCTTGT 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7807 TATCTGTGTAAAATGACTAATAAAGTACAAAACTTGCTTTCTTTTCTTGT 7856 AL592562.18 701 TTGTACGTTGTTTGTTTAGACTTTATTAATACCAAAGAGAAATCACATCA 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7857 TTGTACGTTGTTTGTTTAGACTTTATTAATACCAAAGAGAAATCACATCA 7906 AL592562.18 751 CAGCAAATCTCTCGATACAATCAGATAAATAAAATAAATTACATACAGTT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7907 CAGCAAATCTCTCGATACAATCAGATAAATAAAATAAATTACATACAGTT 7956 AL592562.18 801 GAAAGCCGAATCCGAATTATTAGCCCCCCTTTGATTTTATTTTTTAAATA 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 7957 GAAAGCCGAATCCGAATTATTAGCCCCCCTTTGATTTTATTTTTTAAATA 8006 AL592562.18 851 TTTCCCAAATGTTGCTTAACAGAGCAAGGAAATTGTCACAGTATGTTTGA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8007 TTTCCCAAATGTTGCTTAACAGAGCAAGGAAATTGTCACAGTATGTTTGA 8056 AL592562.18 901 TAACATTTTAACATTTTTAAAGACATTTTAAGAACAAAATTATCAGCCCA 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8057 TAACATTTTAACATTTTTAAAGACATTTTAAGAACAAAATTATCAGCCCA 8106 AL592562.18 951 TTTAAGCTATTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCTTTGTTAGTTAA 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8107 TTTAAGCTATTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCTTTGTTAGTTAA 8156 AL592562.18 1001 CCTAGTTAACCTATTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGCTTTATAGAGG 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8157 CCTAGTTAACCTATTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGCTTTATAGAGG 8206 AL592562.18 1051 TGTCTTGAAAAATATATAGTAAAATATTAGTTACTGTCATCATGGTAAAG 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8207 TGTCTTGAAAAATATATAGTAAAATATTAGTTACTGTCATCATGGTAAAG 8256 AL592562.18 1101 ATTAAATAAATCAATTATAAGAAATGAGTTGTTAAAACTATTATGCTTAG 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8257 ATTAAATAAATCAATTATAAGAAATGAGTTGTTAAAACTATTATGCTTAG 8306 AL592562.18 1151 AAATGTGTTGAAAAAAATCAGCGGTTAAACAGAAATTAGGGGGAAAAAGA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8307 AAATGTGTTGAAAAAAATCAGCGGTTAAACAGAAATTAGGGGGAAAAAGA 8356 AL592562.18 1201 AACAGGGGGGCTAATAATTCAAGGGAGCAAATAATTCGGACTTCAACTGT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8357 AACAGGGGGGCTAATAATTCAAGGGAGCAAATAATTCGGACTTCAACTGT 8406 AL592562.18 1251 ATGAAACAACAATATTAATAAAATGACATTCATACTGCACATCTTATTTT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8407 ATGAAACAACAATATTAATAAAATGACATTCATACTGCACATCTTATTTT 8456 AL592562.18 1301 CAAACAACTAGTCCATAGTAGACACTAGTCCATATATACAGTATTATGCT 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8457 CAAACAACTAGTCCATAGTAGACACTAGTCCATATATACAGTATTATGCT 8506 AL592562.18 1351 ATTACAATTCCACATCATTCATCTAGTATGATTTTGGTTATACAATCTGA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8507 ATTACAATTCCACATCATTCATCTAGTATGATTTTGGTTATACAATCTGA 8556 AL592562.18 1401 TTACCGTTGGTAAAAATGACTTCCTGTGTTGTTCCCTGTAACACCGGGGC 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8557 TTACCGTTGGTAAAAATGACTTCCTGTGTTGTTCCCTGTAACACCGGGGC 8606 AL592562.18 1451 TGAATTCATCTTGAGCTAAACGAGCTTGCACATGTGCAATCTCTTCTATA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8607 TGAATTCATCTTGAGCTAAACGAGCTTGCACATGTGCAATCTCTTCTATA 8656 AL592562.18 1501 GTGGGTAGTACACACCCCACAACAGAACCTGCCCTTTTTAAAAGCTTATT 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8657 GTGGGTAGTACACACCCCACAACAGAACCTGCCCTTTTTAAAAGCTTATT 8706 AL592562.18 1551 CAATTACTTTTTCTCCTCTTTTCAACAGTTCACCTCCCCAGCAGGTTACA 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8707 CAATTACTTTTTCTCCTCTTTTCAACAGTTCACCTCCCCAGCAGGTTACA 8756 AL592562.18 1601 GAATCAAAGAAGACAACACAGAAAGTCTTTAACAGTGTCTGACACATAAC 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8757 GAATCAAAGAAGACAACACAGAAAGTCTTTAACAGTGTCTGACACATAAC 8806 AL592562.18 1651 AAAGGACCCTAGTTCTTTCTCAGTTCTTTTTTTGACCTGTTCCAGTTCCT 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8807 AAAGGACCCTAGTTCTTTCTCAGTTCTTTTTTTGACCTGTTCCAGTTCCT 8856 AL592562.18 1701 TCTCGATATCATCAACCTCCAGGACATAAATAATGCTGGGTAAACAACAC 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8857 TCTCGATATCATCAACCTCCAGGACATAAATAATGCTGGGTAAACAACAC 8906 AL592562.18 1751 TGCAACCATCAGTAAATATTAGCAAAGGATTTTGTGATATTGGTTGGTTT 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8907 TGCAACCATCAGTAAATATTAGCAAAGGATTTTGTGATATTGGTTGGTTT 8956 AL592562.18 1801 CGTTTACTTGGAAAAGCTGTTTTCTAAAAGTTATAAGAAATGTGCGACAC 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 8957 CGTTTACTTGGAAAAGCTGTTTTCTAAAAGTTATAAGAAATGTGCGACAC 9006 AL592562.18 1851 ATACAGTAAATCTATTTTCTTAGACTACAGCACAAACGTTCATTAATTAA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 9007 ATACAGTAAATCTATTTTCTTAGACTACAGCACAAACGTTCATTAATTAA 9056 AL592562.18 1901 AAGTTTGAATAGATAACCACATGACAGACCATCATCTCTCATGAAAGGAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 9057 AAGTTTGAATAGATAACCACATGACAGACCATCATCTCTCATGAAAGGAA 9106 AL592562.18 1951 CAGTTCACCCAAATATGAAAACTTACTCACTATTTACTCTCAGTCAATGG 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL672197.12 9107 CAGTTCACCCAAATATGAAAACTTACTCACTATTTACTCTCAGTCAATGG 9156
Overview
- Query
- AL592562.18 - 94129 bps
- Hit
- AL672197.12 - 9156 bps
- Total alignments
- 19
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1922 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 7157 | 9156 | 1 |
| 2 | 95.06 | 37 | 81 | 49933 | 50013 | 1 | 1661 | 1741 | 1 |
| 3 | 96.15 | 35 | 78 | 33868 | 33945 | -1 | 1664 | 1741 | 1 |
| 4 | 98.61 | 34 | 73 | 33969 | 34041 | -1 | 1666 | 1737 | 1 |
| 5 | 97.33 | 36 | 75 | 76367 | 76441 | 1 | 1667 | 1741 | 1 |
| 6 | 97.22 | 32 | 72 | 35685 | 35756 | -1 | 1670 | 1741 | 1 |
| 7 | 100 | 33 | 68 | 33967 | 34034 | 1 | 1670 | 1737 | 1 |
| 8 | 95.29 | 43 | 85 | 14458 | 14542 | -1 | 1671 | 1755 | 1 |
| 9 | 100 | 33 | 67 | 15157 | 15223 | -1 | 1671 | 1737 | 1 |
| 10 | 98.59 | 35 | 71 | 35907 | 35977 | -1 | 1671 | 1741 | 1 |
| 11 | 98.61 | 38 | 72 | 49937 | 50008 | -1 | 1671 | 1742 | 1 |
| 12 | 98.59 | 35 | 71 | 76372 | 76442 | -1 | 1671 | 1741 | 1 |
| 13 | 98.59 | 35 | 71 | 14471 | 14541 | 1 | 1671 | 1741 | 1 |
| 14 | 100 | 37 | 68 | 15158 | 15225 | 1 | 1671 | 1738 | 1 |
| 15 | 98.59 | 35 | 71 | 33853 | 33923 | 1 | 1671 | 1741 | 1 |
| 16 | 97.18 | 32 | 71 | 35674 | 35744 | 1 | 1671 | 1741 | 1 |
| 17 | 98.59 | 35 | 71 | 35906 | 35976 | 1 | 1671 | 1741 | 1 |
| 18 | 83.17 | 44 | 97 | 39288 | 39384 | -1 | 2514 | 2614 | 1 |
| 19 | 85.06 | 47 | 87 | 65179 | 65265 | 1 | 2528 | 2614 | 1 |
