<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL672164.13	1	GATCAATACGCCACAGTTCAGCTGGAAACTGGGGGCGTGACCTTCAATAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98038	GATCAATACGCCACAGTTCAGCTGGAAACTGGGGGCGTGACCTTCAATAG	98087

AL672164.13	51	ACCTAATTACCCAGATCGGCTTGTGTTTGTATGTTTATCTGAGGCATTAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98088	ACCTAATTACCCAGATCGGCTTGTGTTTGTATGTTTATCTGAGGCATTAT	98137

AL672164.13	101	CCAATGACTGTGGGCTTTTAAAACAAACAGTATGAATGACAAATCAATTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98138	CCAATGACTGTGGGCTTTTAAAACAAACAGTATGAATGACAAATCAATTC	98187

AL672164.13	151	CCTGAAGCCTTAGTTTCACTAACAATTCCCCCAAAACAAGAGTTTTATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98188	CCTGAAGCCTTAGTTTCACTAACAATTCCCCCAAAACAAGAGTTTTATTT	98237

AL672164.13	201	TATGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98238	TATGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	98287

AL672164.13	251	ATATATATATATATATATAAATATAACACATTACTTTGTTCCTTTAAAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98288	ATATATATATATATATATAAATATAACACATTACTTTGTTCCTTTAAAGA	98337

AL672164.13	301	CAGTAAATACCCGTCTTACATCTACCCAAACTTTTGATTTTGCATTAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98338	CAGTAAATACCCGTCTTACATCTACCCAAACTTTTGATTTTGCATTAAAC	98387

AL672164.13	351	ATCTCGTATAAGCATATAGATTTAAAAATAAAATGATGACCTTTAGTTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98388	ATCTCGTATAAGCATATAGATTTAAAAATAAAATGATGACCTTTAGTTTT	98437

AL672164.13	401	AAAACCAGAGGAAAATAGCTATTGCAATTAAATTAGTTCACATATTCAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98438	AAAACCAGAGGAAAATAGCTATTGCAATTAAATTAGTTCACATATTCAGT	98487

AL672164.13	451	AATGCATCAAAAAGGAAGTTTAAAATGCCCTTTCTACATTTTACTGTTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98488	AATGCATCAAAAAGGAAGTTTAAAATGCCCTTTCTACATTTTACTGTTAA	98537

AL672164.13	501	TGTAAAATGACAATACCTTTTAGTAACAAAAGCATAGTGTATTGGCTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98538	TGTAAAATGACAATACCTTTTAGTAACAAAAGCATAGTGTATTGGCTTTT	98587

AL672164.13	551	TTCCCAACATCCCAGCGTTCAGAATCTTCTTTCCTCTGTAAACTTACCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98588	TTCCCAACATCCCAGCGTTCAGAATCTTCTTTCCTCTGTAAACTTACCTT	98637

AL672164.13	601	CTGAAGCCTAACTGTTTAACTTCATATCACATCACAATCTTTCATGTGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98638	CTGAAGCCTAACTGTTTAACTTCATATCACATCACAATCTTTCATGTGCA	98687

AL672164.13	651	TCCTTTTGGGATTCAGTGTTCACTGGGACTGCTCTGATAGCAATACTGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98688	TCCTTTTGGGATTCAGTGTTCACTGGGACTGCTCTGATAGCAATACTGAT	98737

AL672164.13	701	GCAATAATTGTAAATGTATTGCAAACATAACGTTTAAAAATGTAAAAATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98738	GCAATAATTGTAAATGTATTGCAAACATAACGTTTAAAAATGTAAAAATA	98787

AL672164.13	751	AACTACAACACTTGAGGTAGATGTTCACTCTTTCTGCATATATTACTGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98788	AACTACAACACTTGAGGTAGATGTTCACTCTTTCTGCATATATTACTGCT	98837

AL672164.13	801	CTCATGCCTTCCAGACAGTTGCATACCTGCCCCAGTGAGGACTGATGAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98838	CTCATGCCTTCCAGACAGTTGCATACCTGCCCCAGTGAGGACTGATGAAC	98887

AL672164.13	851	ACAGAACAAACTGAAGAATACTGAATGCAGACAGGCTGTTGCACTTTTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98888	ACAGAACAAACTGAAGAATACTGAATGCAGACAGGCTGTTGCACTTTTGT	98937

AL672164.13	901	AGTTGCACATATCCATCACACATTTAAACGTTATACATTTTTAATAAAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98938	AGTTGCACATATCCATCACACATTTAAACGTTATACATTTTTAATAAAAG	98987

AL672164.13	951	TTAAAACATGCAATTTCTTTTAAATTAAAAAAGTTACTAAATGATACAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	98988	TTAAAACATGCAATTTCTTTTAAATTAAAAAAGTTACTAAATGATACAAA	99037

AL672164.13	1001	ATCACAATCAGTTCACATAGAAAACGTTTTATTTTCAGTCAAGAAAAATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99038	ATCACAATCAGTTCACATAGAAAACGTTTTATTTTCAGTCAAGAAAAATG	99087

AL672164.13	1051	TTGGTTTACAAACAATCTTTGAATAAATGAAACATTGAACACGTCTAATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99088	TTGGTTTACAAACAATCTTTGAATAAATGAAACATTGAACACGTCTAATT	99137

AL672164.13	1101	TACTCTGTCTCTAGTTTATGATGGTTGGGAGGGGGCAGATGGCAGGCTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99138	TACTCTGTCTCTAGTTTATGATGGTTGGGAGGGGGCAGATGGCAGGCTTC	99187

AL672164.13	1151	ATGCGGCTCGTTTAACGACTCGCGTTGCTAAGCAACCAAAAGCGAAACAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99188	ATGCGGCTCGTTTAACGACTCGCGTTGCTAAGCAACCAAAAGCGAAACAA	99237

AL672164.13	1201	TTACACGAATTATTATTCAGCGTTGTGCCATTAGATTTCACAAATCATTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99238	TTACACGAATTATTATTCAGCGTTGTGCCATTAGATTTCACAAATCATTG	99287

AL672164.13	1251	ACAGTCGAAAACAAAAGCAGTCGAGATGCGATCTACAGGCTCGAGCACGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99288	ACAGTCGAAAACAAAAGCAGTCGAGATGCGATCTACAGGCTCGAGCACGA	99337

AL672164.13	1301	AGCTGCGGCCTTCCGCGCGTTAAATGTTGACAAAAGTCCACGTGGTATGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99338	AGCTGCGGCCTTCCGCGCGTTAAATGTTGACAAAAGTCCACGTGGTATGA	99387

AL672164.13	1351	GGCGGAAGCTCAACTCAACATGGGTTTCAGAATGACTAACGTTAAAGGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99388	GGCGGAAGCTCAACTCAACATGGGTTTCAGAATGACTAACGTTAAAGGTA	99437

AL672164.13	1401	ACGGTAACCTATTTTACATTCTAAGTTAGAAAAAATCCCTTCGCATAGGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99438	ACGGTAACCTATTTTACATTCTAAGTTAGAAAAAATCCCTTCGCATAGGC	99487

AL672164.13	1451	ATTAACATAATGCCAAAAATTACTTGCAGTGTTAAATACTTTAACGTGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99488	ATTAACATAATGCCAAAAATTACTTGCAGTGTTAAATACTTTAACGTGTA	99537

AL672164.13	1501	TATTAATTTTGTAGCCAATAATCGACCATGTGGCCTAACGTTAAATTTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99538	TATTAATTTTGTAGCCAATAATCGACCATGTGGCCTAACGTTAAATTTAA	99587

AL672164.13	1551	ACATATGACAGACATATAACACGTCCTGTTAAGACATCGAAATACAACAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99588	ACATATGACAGACATATAACACGTCCTGTTAAGACATCGAAATACAACAT	99637

AL672164.13	1601	CTTTCAATTTCTCGAGATAGTAATGAAACGTTCCCAACTTCACAACAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99638	CTTTCAATTTCTCGAGATAGTAATGAAACGTTCCCAACTTCACAACAATA	99687

AL672164.13	1651	CGGTCACTGAAACAGTCGCGGAAGAAATGTTGGAGGCATTGTATCATAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99688	CGGTCACTGAAACAGTCGCGGAAGAAATGTTGGAGGCATTGTATCATAAT	99737

AL672164.13	1701	CTGCACTCGGATAATGAAAATTGTACAGATATTAAATCAACTCGTATTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99738	CTGCACTCGGATAATGAAAATTGTACAGATATTAAATCAACTCGTATTTA	99787

AL672164.13	1751	ATAAAGACACAGCAACTTCTAAGACTGAATAAGAGACTGGTCGCTGATTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99788	ATAAAGACACAGCAACTTCTAAGACTGAATAAGAGACTGGTCGCTGATTG	99837

AL672164.13	1801	CTTTAGCAATGCATGCTAATTTCTCTTTCGCACACTATCCCGGCGTGTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99838	CTTTAGCAATGCATGCTAATTTCTCTTTCGCACACTATCCCGGCGTGTTT	99887

AL672164.13	1851	TGCGACAGACAAGACGTTACTACAGTTCGAACCATCTGAGAGATATAACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99888	TGCGACAGACAAGACGTTACTACAGTTCGAACCATCTGAGAGATATAACT	99937

AL672164.13	1901	GGCTTTGTATTTGTCAAACTTGTCAGTTTGAACATCAACAAAATAGCCGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99938	GGCTTTGTATTTGTCAAACTTGTCAGTTTGAACATCAACAAAATAGCCGT	99987

AL672164.13	1951	CATTTTATCCACTAGCCGTGTCAGTGAGCGAAAACGCGCCTGCGCAGTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672176.10	99988	CATTTTATCCACTAGCCGTGTCAGTGAGCGAAAACGCGCCTGCGCAGTAA	100037

Overview

Query
AL672164.13 - 68035 bps
Hit
AL672176.10 - 100037 bps
Total alignments
33
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019312000120001980381000371
285.791021894699947187115669158651
397.343576206281-131481315551
495.442875798758073-131486315721
510034692075120819131486315541
697.4438785800258079131486315631
710034692075120819-131487315551
810034695799558063-136482365501
986.531222244629446517-136675369041
1084.02971934667046862-136706368991
1178.67672064697947184136717369271
1285.98591072657926685136794369001
1393.965822396124042139102391831
1410034702075020819143771438401
1597.6743865798958074-143775438601
1697.6542855799758081143777438611
1710034702075020819-143785438541
1887.5951911382514015-143867440581
1992.4160795215752235-146184462621
2010035735799558067146540466121
2110035712075020820-146541466111
2296.3437825798958070-146542466231
2310034702075020819146542466111
24931582001362513824-151144513431
2598.5334682075320820-172163722301
2694.271581921363313824174731749221
2781.51461164667046785-177011771291
2881.82511282657926706177021771521
2981.5535964708947184177055771571
3089.731021841383114014-182425826091
3180.881304255257352997-183010834171
3286.921372374697647212192175924111
3398.6135722074820819198240983111
Short-link