<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662781.4	1	GAATTCCGTATTATTCTTATACAGTCAGAAAGGCAAGAACTCCCTGCATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	42705	GAATTCCGTATTATTCTTATACAGTCAGAAAGGCAAGAACTCCCTGCATC	42754

AL662781.4	51	CTTTCTAGACATTTAAACTGAATTACTGAATTTAGTCTTAGATCTTTCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	42755	CTTTCTAGACATTTAAACTGAATTACTGAATTTAGTCTTAGATCTTTCAT	42804

AL662781.4	101	TTTTATTTTCTATTTTTCTTCCATTTCTTTTTATATTCATATATTTGACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	42805	TTTTATTTTCTATTTTTCTTCCATTTCTTTTTATATTCATATATTTGACA	42854

AL662781.4	151	GCTACTTATGTGACTATTACTATGTATCAGACAAAAATTTACCATCTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	42855	GCTACTTATGTGACTATTACTATGTATCAGACAAAAATTTACCATCTTTA	42904

AL662781.4	201	TGTACTTCTTTTTTCTGTCTTATTTTTTTCTTTCCATTTTTCTTCTCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	42905	TGTACTTCTTTTTTCTGTCTTATTTTTTTCTTTCCATTTTTCTTCTCTCT	42954

AL662781.4	251	TTACTTTCTGAGTTTATCTGCTGCTATTATTTCCTTGTTACTCATTTTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	42955	TTACTTTCTGAGTTTATCTGCTGCTATTATTTCCTTGTTACTCATTTTAC	43004

AL662781.4	301	CTCTATTTCCTATAAATTTTCAATATTTAAGCACAAATGAAGTATATGGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43005	CTCTATTTCCTATAAATTTTCAATATTTAAGCACAAATGAAGTATATGGA	43054

AL662781.4	351	AAACCAGGGGAACAGGCTACATATACTTCTTTAATAACTTTACTGTTTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43055	AAACCAGGGGAACAGGCTACATATACTTCTTTAATAACTTTACTGTTTTC	43104

AL662781.4	401	CTCGGGTAAAGTATATAATTAATTTTATTCATAACTTTCCAAACTTACCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43105	CTCGGGTAAAGTATATAATTAATTTTATTCATAACTTTCCAAACTTACCC	43154

AL662781.4	451	CAGAAACTTAATAGTACTTAATAGAACTTAATAGAAACAAATAGCTGTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43155	CAGAAACTTAATAGTACTTAATAGAACTTAATAGAAACAAATAGCTGTGC	43204

AL662781.4	501	CTACTGGAAGAGAAGCAGTAGAAAAATATAAAGATTGTGAAAATGTTATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43205	CTACTGGAAGAGAAGCAGTAGAAAAATATAAAGATTGTGAAAATGTTATT	43254

AL662781.4	551	ACTAATTTTGAAATGTAGGAAAAGAAACACAGCTTTCTTCAGATTTAGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43255	ACTAATTTTGAAATGTAGGAAAAGAAACACAGCTTTCTTCAGATTTAGAA	43304

AL662781.4	601	CATTATCTGAGTTCTAACTAAATGAGATTCTGAAAGAGACTCTAGCAAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43305	CATTATCTGAGTTCTAACTAAATGAGATTCTGAAAGAGACTCTAGCAAGA	43354

AL662781.4	651	AAACAATCCAGACAGAATGAAGGTAGCATTCCAAAATTGTCTTTTTAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43355	AAACAATCCAGACAGAATGAAGGTAGCATTCCAAAATTGTCTTTTTAGGA	43404

AL662781.4	701	TTTTAATTGGACAAGGAATTACTTGAATACTGATTAAGAAGTATTCTTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43405	TTTTAATTGGACAAGGAATTACTTGAATACTGATTAAGAAGTATTCTTCT	43454

AL662781.4	751	ATAAGAAATCCTACAACACAGAAGAAGTCTTCCTTTGACCATAATAGATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43455	ATAAGAAATCCTACAACACAGAAGAAGTCTTCCTTTGACCATAATAGATA	43504

AL662781.4	801	AGGCAAAATTTGATTCAGAAATATATATGTAAAGATAAAATTGTTTCTCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43505	AGGCAAAATTTGATTCAGAAATATATATGTAAAGATAAAATTGTTTCTCA	43554

AL662781.4	851	GTATTGAATCAAAATATATTCATATAATAATCTTCTAATCAACTGGCAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43555	GTATTGAATCAAAATATATTCATATAATAATCTTCTAATCAACTGGCAGA	43604

AL662781.4	901	GATATGTGTTCCATTTCTTTGGGGATACAATACAAAATGTAATCATATAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43605	GATATGTGTTCCATTTCTTTGGGGATACAATACAAAATGTAATCATATAT	43654

AL662781.4	951	ATATATATATATATATTATATATATATATATATTATTTTTTTTTTTTGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43655	ATATATATATATATATTATATATATATATATATTATTTTTTTTTTTTGAG	43704

AL662781.4	1001	ACGGAGTCTCACTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43705	ACGGAGTCTCACTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCT	43754

AL662781.4	1051	CATGGCAAGCTCCGCCCCCTCCGGGTTCACGCCATTCTGCTGCCTCAGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43755	CATGGCAAGCTCCGCCCCCTCCGGGTTCACGCCATTCTGCTGCCTCAGCC	43804

AL662781.4	1101	TCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGGCTGCCACCACACCCGGCTAATTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43805	TCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGGCTGCCACCACACCCGGCTAATTTT	43854

AL662781.4	1151	TTTTTTTATTTTGAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTCGCCAGGATGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43855	TTTTTTTATTTTGAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTCGCCAGGATGGT	43904

AL662781.4	1201	CTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43905	CTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTG	43954

AL662781.4	1251	GGATTGCAGGCGTGAGCCACCCCGCCCGGCCGTAATCATATTTTTAAGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	43955	GGATTGCAGGCGTGAGCCACCCCGCCCGGCCGTAATCATATTTTTAAGGC	44004

AL662781.4	1301	TCTATTCCTAAAGACTCACTGTCCCAGGTGAGAAATGGGAGAAGAAAGGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44005	TCTATTCCTAAAGACTCACTGTCCCAGGTGAGAAATGGGAGAAGAAAGGA	44054

AL662781.4	1351	ATTGGATAGCACCAGTTTGAATGAAGAGTGGCATTATAGAGATACAAAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44055	ATTGGATAGCACCAGTTTGAATGAAGAGTGGCATTATAGAGATACAAAAT	44104

AL662781.4	1401	GACAAGGTTTAAAAAAGGAGACGTCCCAGAAGTTTCTAGAATCACTTCTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44105	GACAAGGTTTAAAAAAGGAGACGTCCCAGAAGTTTCTAGAATCACTTCTA	44154

AL662781.4	1451	TGTAATTTTACCATGTGAGTAGTCCTACTAATATTGCAGCTACTGCTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44155	TGTAATTTTACCATGTGAGTAGTCCTACTAATATTGCAGCTACTGCTTTT	44204

AL662781.4	1501	GTATTATATGTGGTCTTTTATAAGTTTTTTTTTAATTTACAAAGGAAATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44205	GTATTATATGTGGTCTTTTATAAGTTTTTTTTTAATTTACAAAGGAAATA	44254

AL662781.4	1551	TACATTTAATTGTCATTAAAGTACTATGGAGTTTATATGCAAGTATTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44255	TACATTTAATTGTCATTAAAGTACTATGGAGTTTATATGCAAGTATTTTA	44304

AL662781.4	1601	ATTCTCTTGATCTGGTTGAACAAACCAGGTCACAAGGGTATGAAGTGACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44305	ATTCTCTTGATCTGGTTGAACAAACCAGGTCACAAGGGTATGAAGTGACA	44354

AL662781.4	1651	TATTTAAAGTCCATGCATTTTTAGTAAGTAAAATAAATGTATTTATTGGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44355	TATTTAAAGTCCATGCATTTTTAGTAAGTAAAATAAATGTATTTATTGGT	44404

AL662781.4	1701	TAATTAGTTACATCAATTTGAGAATTAGCAATAAAACCCTAAAACTGCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44405	TAATTAGTTACATCAATTTGAGAATTAGCAATAAAACCCTAAAACTGCCA	44454

AL662781.4	1751	ATGGGGCATATTTTAACTCTGCTTTGACCTCTTGGGCTCTGAATTAGTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44455	ATGGGGCATATTTTAACTCTGCTTTGACCTCTTGGGCTCTGAATTAGTAA	44504

AL662781.4	1801	ATGATGTATATGGGTTTGGTTGTGATGAAATATCAGTGAAACTGATTGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44505	ATGATGTATATGGGTTTGGTTGTGATGAAATATCAGTGAAACTGATTGAG	44554

AL662781.4	1851	GTCATAGGTGAAAAATAATGATATCAAAATGCTAATGTAATCTAGGAATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44555	GTCATAGGTGAAAAATAATGATATCAAAATGCTAATGTAATCTAGGAATA	44604

AL662781.4	1901	ACATATCAGAGCACCAAAGGAAAAAGCTTCATGATTGCTGGTTTCAACTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44605	ACATATCAGAGCACCAAAGGAAAAAGCTTCATGATTGCTGGTTTCAACTA	44654

AL662781.4	1951	AATTCAAATTGATTAACATGTAGTAAATATCTATTATATTTAACATATAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672167.6	44655	AATTCAAATTGATTAACATGTAGTAAATATCTATTATATTTAACATATAC	44704

Overview

Query
AL662781.4 - 106642 bps
Hit
AL672167.6 - 44704 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link