<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL669918.5	1	GAATTCTTTGCTGCCAGGACAGTCCATAGGCTCTTACTCTTAGAAATTAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	61919	GAATTCTTTGCTGCCAGGACAGTCCATAGGCTCTTACTCTTAGAAATTAC	61968

AL669918.5	51	GTAAGCATGAGCAGTCAACGCTGAAAAGCAGAGAATGTGGTTTTCTGGCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	61969	GTAAGCATGAGCAGTCAACGCTGAAAAGCAGAGAATGTGGTTTTCTGGCG	62018

AL669918.5	101	GACTCCAGAGGGAGACCAGGAAATCCTCTCACTTACAATCCATCAAGAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62019	GACTCCAGAGGGAGACCAGGAAATCCTCTCACTTACAATCCATCAAGAGT	62068

AL669918.5	151	AGTTCCTCCAAATTGAGTACAAAGTCTCTAAAGGCCAGCAGAGACAAGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62069	AGTTCCTCCAAATTGAGTACAAAGTCTCTAAAGGCCAGCAGAGACAAGTA	62118

AL669918.5	201	AGGACTTGTAGTGAGCTGCAGCTCACCACCCGGATCAGAACATAAAAGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62119	AGGACTTGTAGTGAGCTGCAGCTCACCACCCGGATCAGAACATAAAAGAC	62168

AL669918.5	251	AGGAGACCTCACGGCCTGGAGACCCACTAGAGCAAAATCTGCCATCCCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62169	AGGAGACCTCACGGCCTGGAGACCCACTAGAGCAAAATCTGCCATCCCAG	62218

AL669918.5	301	GCAGGGAGGAGAATCAGGCGGAGGCCTGACATGGTGAGGCCTTGCTCCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62219	GCAGGGAGGAGAATCAGGCGGAGGCCTGACATGGTGAGGCCTTGCTCCAA	62268

AL669918.5	351	GTGGAGAAGGTGCATAAACTTAACAACTTTGTTATTGCCCTGAGGATGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62269	GTGGAGAAGGTGCATAAACTTAACAACTTTGTTATTGCCCTGAGGATGTG	62318

AL669918.5	401	ATGTGGCAAAGGGGACAAGGATTGGATAGATTGTCTTACTGATGGAAGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62319	ATGTGGCAAAGGGGACAAGGATTGGATAGATTGTCTTACTGATGGAAGTT	62368

AL669918.5	451	GGTAACAAACAAGGCAAATCAAAAAAGAAGCCATGAGATCCAGGGAACTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62369	GGTAACAAACAAGGCAAATCAAAAAAGAAGCCATGAGATCCAGGGAACTG	62418

AL669918.5	501	CTGTACAGGGGACATGGCTGCATAATATTAGTATAGTAACTCATTATGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62419	CTGTACAGGGGACATGGCTGCATAATATTAGTATAGTAACTCATTATGCA	62468

AL669918.5	551	CTTGTGTGGCAGACAGTGGCTGAATTCTGGAGACGGAAAATATTAATAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62469	CTTGTGTGGCAGACAGTGGCTGAATTCTGGAGACGGAAAATATTAATAAG	62518

AL669918.5	601	ACACGGAGTCCTGCTTACCACCCAGGAGACATATTAGCAAACAAAGGGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62519	ACACGGAGTCCTGCTTACCACCCAGGAGACATATTAGCAAACAAAGGGGC	62568

AL669918.5	651	ACAGCAGAAATGTGTGTAAAATTAGGACATTGAAGTCACAAACAATTAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62569	ACAGCAGAAATGTGTGTAAAATTAGGACATTGAAGTCACAAACAATTAGG	62618

AL669918.5	701	AAAATTTTCTAGTGGAAATGACATTCAAGCTGATCGAGGGTATATGGAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62619	AAAATTTTCTAGTGGAAATGACATTCAAGCTGATCGAGGGTATATGGAGA	62668

AL669918.5	751	ATGGCTTCCAAGTCTAACAAAGCATGAGCGGCTTGGACACTTGGACAGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62669	ATGGCTTCCAAGTCTAACAAAGCATGAGCGGCTTGGACACTTGGACAGGC	62718

AL669918.5	801	TTCGAGGGAAGTGAAAGTCTTTCGGAATTGGTAAAATGGGTGGGTGACAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62719	TTCGAGGGAAGTGAAAGTCTTTCGGAATTGGTAAAATGGGTGGGTGACAG	62768

AL669918.5	851	ATGAAGCAGAGGGCTAGGGATGGATGCCTCACACACCAGGCTAAGGACTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62769	ATGAAGCAGAGGGCTAGGGATGGATGCCTCACACACCAGGCTAAGGACTT	62818

AL669918.5	901	GGGTCTTTGATCTGCAGTCAGTAGGACCAGTATGCAGACTGATAGTAAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62819	GGGTCTTTGATCTGCAGTCAGTAGGACCAGTATGCAGACTGATAGTAAGG	62868

AL669918.5	951	GAAGGGTCATGGGCAGCTTCACGTTTTAGAAAGACTACTCTGATGGGAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62869	GAAGGGTCATGGGCAGCTTCACGTTTTAGAAAGACTACTCTGATGGGAAG	62918

AL669918.5	1001	AGTGGGTTAGAGGAGCATAAAATTGAAAGCAGAGAAAGCAGCGTGGGTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62919	AGTGGGTTAGAGGAGCATAAAATTGAAAGCAGAGAAAGCAGCGTGGGTAA	62968

AL669918.5	1051	CTGTTAGAGTAACACAGACCAGACATGATGGGGCTCGAATTAAAGTAGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	62969	CTGTTAGAGTAACACAGACCAGACATGATGGGGCTCGAATTAAAGTAGGA	63018

AL669918.5	1101	TCAGGGATCTAGAGAGAGGGTCAGAGACATGTGAGGGAGCAGATGCAACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63019	TCAGGGATCTAGAGAGAGGGTCAGAGACATGTGAGGGAGCAGATGCAACA	63068

AL669918.5	1151	TGATGTGTCGTCATCCATTGTATATGGGAGAGAGGAGAAGGCGAGAGCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63069	TGATGTGTCGTCATCCATTGTATATGGGAGAGAGGAGAAGGCGAGAGCAG	63118

AL669918.5	1201	AAGATGCTTGGGAGACCAAGTGGTTAGTAATTCCAGTCATCAAGAAAGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63119	AAGATGCTTGGGAGACCAAGTGGTTAGTAATTCCAGTCATCAAGAAAGGA	63168

AL669918.5	1251	CAGTTTAAGAGAACATTCCATATTAGACATTTTGTATTTGTAGGGCCTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63169	CAGTTTAAGAGAACATTCCATATTAGACATTTTGTATTTGTAGGGCCTGT	63218

AL669918.5	1301	GGGTCATCCAGATGAAACTTTACTCTGTGTGGTAGATGGAATAATGCCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63219	GGGTCATCCAGATGAAACTTTACTCTGTGTGGTAGATGGAATAATGCCCC	63268

AL669918.5	1351	CAACTGCCACCCCTGAAAGATCTGAATCTATGAAACCTGTGAATCTGTTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63269	CAACTGCCACCCCTGAAAGATCTGAATCTATGAAACCTGTGAATCTGTTA	63318

AL669918.5	1401	CCTTACATGGCAAAAGGGACTTTGCATTAGTGATTAGATTAAGGATCTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63319	CCTTACATGGCAAAAGGGACTTTGCATTAGTGATTAGATTAAGGATCTTG	63368

AL669918.5	1451	AGATGGGGAGATTATTCTGGATTAGCCAAGTGGTCCTGATATAATTACAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63369	AGATGGGGAGATTATTCTGGATTAGCCAAGTGGTCCTGATATAATTACAT	63418

AL669918.5	1501	GGGTCCTTCTAAGTGAAAGAAAGAGGCAAGAGAATAGAAGGAGATGTGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63419	GGGTCCTTCTAAGTGAAAGAAAGAGGCAAGAGAATAGAAGGAGATGTGAT	63468

AL669918.5	1551	ATTAGAAGCAAAAATCAGAGGAAAGTGATTGCTGGAAGGGGGCTACAAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63469	ATTAGAAGCAAAAATCAGAGGAAAGTGATTGCTGGAAGGGGGCTACAAGC	63518

AL669918.5	1601	CGAGGAATGCAGCTGGTCGCTGCAAGCTGGAAGAGGCAAAAAACAGATTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63519	CGAGGAATGCAGCTGGTCGCTGCAAGCTGGAAGAGGCAAAAAACAGATTA	63568

AL669918.5	1651	TCCGCTAAAGCCTTCAGAAGGGGAACACAGACAAGCTAACACCTTGATTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63569	TCCGCTAAAGCCTTCAGAAGGGGAACACAGACAAGCTAACACCTTGATTA	63618

AL669918.5	1701	GCCCTGTACAAGTGTTAAAAGAAAAACTTTGAACAAATGAAATTTATTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63619	GCCCTGTACAAGTGTTAAAAGAAAAACTTTGAACAAATGAAATTTATTTT	63668

AL669918.5	1751	GATTTATTTGAGCAAAGCACAATTCATGAATTGGGCAGCATCCAGGACCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63669	GATTTATTTGAGCAAAGCACAATTCATGAATTGGGCAGCATCCAGGACCA	63718

AL669918.5	1801	GAAGAGGTACAGAGAGCTCCACTGAGCAATAGGGGCAGGCAATATTTATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63719	GAAGAGGTACAGAGAGCTCCACTGAGCAATAGGGGCAGGCAATATTTATA	63768

AL669918.5	1851	GAGAGAAAAAGGAAGTGGTATACAGAAGCAGCTTGTTTACAGCTCAGTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63769	GAGAGAAAAAGGAAGTGGTATACAGAAGCAGCTTGTTTACAGCTCAGTAT	63818

AL669918.5	1901	TTGCCTTATTTGATCATGGTCTGATCAGTTGGCAACCTGTGATTGCCTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63819	TTGCCTTATTTGATCATGGTCTGATCAGTTGGCAACCTGTGATTGCCTGA	63868

AL669918.5	1951	AGCTTGGCTGCTGTGTTTGCCTGAGACTCAGCTATTTATTACAAGAATAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL672104.4	63869	AGCTTGGCTGCTGTGTTTGCCTGAGACTCAGCTATTTATTACAAGAATAT	63918

Overview

Query
AL669918.5 - 126988 bps
Hit
AL672104.4 - 63918 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link