<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL671894.20	1	GAATTCTACTGAATTGCAGGGCTGGAGAACTGGCTAGTAAGAAGGAAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	170827	GAATTCTACTGAATTGCAGGGCTGGAGAACTGGCTAGTAAGAAGGAAAAA	170876

AL671894.20	51	AAAAAAATCAACATCTTTGCTGTTCGAAGTGTTCTGGGGAAAGTAGTTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	170877	AAAAAAATCAACATCTTTGCTGTTCGAAGTGTTCTGGGGAAAGTAGTTAA	170926

AL671894.20	101	CACCCATCACAGAAGCTGTGCTCTGGGACTAGAGGGATGGGCTGAGTGGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	170927	CACCCATCACAGAAGCTGTGCTCTGGGACTAGAGGGATGGGCTGAGTGGC	170976

AL671894.20	151	TAGAGTGTTTGTCCACCAAGCCTGACAAACTGAGCTCGATCCCCAAGTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	170977	TAGAGTGTTTGTCCACCAAGCCTGACAAACTGAGCTCGATCCCCAAGTCC	171026

AL671894.20	201	CCTGATGGAATGAGAAAACCGACTCCCTGAAGTTGTCCTCTGACCTCCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171027	CCTGATGGAATGAGAAAACCGACTCCCTGAAGTTGTCCTCTGACCTCCAC	171076

AL671894.20	251	AGGCACATTGTGGCCTATGTGCTCCTGCTCTAACACACACACTCAACAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171077	AGGCACATTGTGGCCTATGTGCTCCTGCTCTAACACACACACTCAACAAA	171126

AL671894.20	301	TGGAATGTTAGAACTTCCTGAGTTCAGGAAGATTATGAAGTGTTAAGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171127	TGGAATGTTAGAACTTCCTGAGTTCAGGAAGATTATGAAGTGTTAAGAAA	171176

AL671894.20	351	TAACAGTTAAAACTTGAGTGTGTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171177	TAACAGTTAAAACTTGAGTGTGTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGATT	171226

AL671894.20	401	AAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCGGCAATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171227	AAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCGGCAATC	171276

AL671894.20	451	ACATGGTGGCTCACAACTATCCGTAATGAGACTACAGTGTACTTAGATAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171277	ACATGGTGGCTCACAACTATCCGTAATGAGACTACAGTGTACTTAGATAT	171326

AL671894.20	501	AAAAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCTTTGGGCAGGAGCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171327	AAAAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCTTTGGGCAGGAGCAA	171376

AL671894.20	551	GCGGGACCCACCGGAGCGAGCAGGGGTTCTGAATTCAATTCCCAGCAACC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171377	GCGGGACCCACCGGAGCGAGCAGGGGTTCTGAATTCAATTCCCAGCAACC	171426

AL671894.20	601	ACATGACGGGTCACAACCATCTGTACTCATATACATAAAATAAACAAATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171427	ACATGACGGGTCACAACCATCTGTACTCATATACATAAAATAAACAAATC	171476

AL671894.20	651	TTTAAAAAAAAAAAAAGTTGAGTGCGGTGGAGTGGTACCTGAATGACCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171477	TTTAAAAAAAAAAAAAGTTGAGTGCGGTGGAGTGGTACCTGAATGACCAG	171526

AL671894.20	701	TAACTGGATGACAAGGCAGAAAGATCAGGAGTTCAAAATTATCATCAGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171527	TAACTGGATGACAAGGCAGAAAGATCAGGAGTTCAAAATTATCATCAGAG	171576

AL671894.20	751	TTGGCTAGCCTGGGCTACAAGAAATCCTATCTCAATCCAAACCTAAACAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171577	TTGGCTAGCCTGGGCTACAAGAAATCCTATCTCAATCCAAACCTAAACAA	171626

AL671894.20	801	AGCAAAACAAAACAGTAGAGTGTGTGTTGAACAAGCACAGGAAACTGATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171627	AGCAAAACAAAACAGTAGAGTGTGTGTTGAACAAGCACAGGAAACTGATT	171676

AL671894.20	851	CTAATTCTGAGTCTACTTCAGCTGTGGGGGAAGGAAGAGTCTGGAGGATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171677	CTAATTCTGAGTCTACTTCAGCTGTGGGGGAAGGAAGAGTCTGGAGGATC	171726

AL671894.20	901	CCAGAGCTCCCCCACCCGCCAGCCTAGATGGGCTGCAGGGCCAGTGAGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171727	CCAGAGCTCCCCCACCCGCCAGCCTAGATGGGCTGCAGGGCCAGTGAGAA	171776

AL671894.20	951	AACCTGTCTCAAAAACTAAGGTGGAAGGCCAGGCAGTGGTGGCACACGCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171777	AACCTGTCTCAAAAACTAAGGTGGAAGGCCAGGCAGTGGTGGCACACGCC	171826

AL671894.20	1001	TTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGCGGAGTTCGAGGCCAGCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171827	TTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGCGGAGTTCGAGGCCAGCC	171876

AL671894.20	1051	TGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACTACCCTGTCTCGAAAAACAAAACAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171877	TGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACTACCCTGTCTCGAAAAACAAAACAA	171926

AL671894.20	1101	ACCAACCAACCAAACAAATTAAAAAAAAAAAAAAAACCTAAGGTGGAGAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171927	ACCAACCAACCAAACAAATTAAAAAAAAAAAAAAAACCTAAGGTGGAGAA	171976

AL671894.20	1151	CTAGGGAGGAAGACACCTGATGCCAACCTCTGGCTCTACATGCCTACAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	171977	CTAGGGAGGAAGACACCTGATGCCAACCTCTGGCTCTACATGCCTACAGG	172026

AL671894.20	1201	TGCATACACACCCAGTCACCTCCAGAAAAAGAAAGAGGGAAGTCAGTAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172027	TGCATACACACCCAGTCACCTCCAGAAAAAGAAAGAGGGAAGTCAGTAAA	172076

AL671894.20	1251	GACAGTTATATATTGCTTACTAGGTAGTTATGTTATAGGGGAAATAACAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172077	GACAGTTATATATTGCTTACTAGGTAGTTATGTTATAGGGGAAATAACAA	172126

AL671894.20	1301	GTTTTTTTTTTTTTTAAACCCTAAAGTATTTTACTGTAATTAGTCCAGGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172127	GTTTTTTTTTTTTTTAAACCCTAAAGTATTTTACTGTAATTAGTCCAGGA	172176

AL671894.20	1351	AGCAAAGGTTTCTGAGATCTGACGGATGAGCATGTCCGCTATTGTAAGGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172177	AGCAAAGGTTTCTGAGATCTGACGGATGAGCATGTCCGCTATTGTAAGGC	172226

AL671894.20	1401	CGAGCTCAGACCCTGACAGGCGACTTTCCTGCAAGCCAGCCTCACTGTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172227	CGAGCTCAGACCCTGACAGGCGACTTTCCTGCAAGCCAGCCTCACTGTAT	172276

AL671894.20	1451	GTGCCACAGCTGAAAACTGAAGACACTGCATAAGGAACGAATGCTGCAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172277	GTGCCACAGCTGAAAACTGAAGACACTGCATAAGGAACGAATGCTGCAGG	172326

AL671894.20	1501	AGCACAAGTCACAGCATTAGACTTTGATACCTTACGCCTGCACTGCCTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172327	AGCACAAGTCACAGCATTAGACTTTGATACCTTACGCCTGCACTGCCTGG	172376

AL671894.20	1551	ATGACAGGAACTAGGCACACGTGACCTCGGAGCCCTTGAAATAGAGCTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172377	ATGACAGGAACTAGGCACACGTGACCTCGGAGCCCTTGAAATAGAGCTGT	172426

AL671894.20	1601	AGAAGGCAGGTGCGGCGGTCACACTGTGAGATTCTAGCCCTTGGGAGGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172427	AGAAGGCAGGTGCGGCGGTCACACTGTGAGATTCTAGCCCTTGGGAGGCT	172476

AL671894.20	1651	GGGCAGACACTTTGCATTCCAGGCCTGCCCGGGCCAGAGTGAAACTTGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172477	GGGCAGACACTTTGCATTCCAGGCCTGCCCGGGCCAGAGTGAAACTTGGC	172526

AL671894.20	1701	TTAAAAAAACCAAATCACTTGAAATGTACAAAGTTCCATGAGAAAGACAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172527	TTAAAAAAACCAAATCACTTGAAATGTACAAAGTTCCATGAGAAAGACAA	172576

AL671894.20	1751	TAACACGAGAGAAGGCTGTGCTGTGACTCCGAGGCAGAGCGCACATGTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172577	TAACACGAGAGAAGGCTGTGCTGTGACTCCGAGGCAGAGCGCACATGTAG	172626

AL671894.20	1801	CTTAGCATGTGTGCGGCCCCATTTGATCCCGAGCATAACAAAATGAGAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172627	CTTAGCATGTGTGCGGCCCCATTTGATCCCGAGCATAACAAAATGAGAAA	172676

AL671894.20	1851	CAGAAAGACTATGGAGTTTTAAAAAGGGGGAAATATAAAATATCCTATGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172677	CAGAAAGACTATGGAGTTTTAAAAAGGGGGAAATATAAAATATCCTATGA	172726

AL671894.20	1901	ATTCTCTTCCCTTTGCTTTATAAATTCTCATATCACATTAAATATTTTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172727	ATTCTCTTCCCTTTGCTTTATAAATTCTCATATCACATTAAATATTTTAA	172776

AL671894.20	1951	ATGTCAGGTTAAATAAAATATATTAGTTAATTTTGTTTACTTCTATATTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671917.8	172777	ATGTCAGGTTAAATAAAATATATTAGTTAATTTTGTTTACTTCTATATTT	172826

Overview

Query
AL671894.20 - 194209 bps
Hit
AL671917.8 - 172826 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link