<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL627102.21	1	GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	177910	GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCC	177959

AL627102.21	51	TCTGCCTCCCGAGTGCTGGAATTATTAATGGCACTGAAATCTACAGTCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	177960	TCTGCCTCCCGAGTGCTGGAATTATTAATGGCACTGAAATCTACAGTCTG	178009

AL627102.21	101	GAGAGTGTTTGGTTTATTCTAATCCATTTAAATTACACTAGACCCTCAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178010	GAGAGTGTTTGGTTTATTCTAATCCATTTAAATTACACTAGACCCTCAAG	178059

AL627102.21	151	ATTTATAAAAGAGAGAATCCTCTTATATGAGGAAATGGAAATGAAGAGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178060	ATTTATAAAAGAGAGAATCCTCTTATATGAGGAAATGGAAATGAAGAGGA	178109

AL627102.21	201	CACTTATCCTGGACATGAAGAAGCCCTGGGTGCTACAACAGGTAACACTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178110	CACTTATCCTGGACATGAAGAAGCCCTGGGTGCTACAACAGGTAACACTT	178159

AL627102.21	251	GAGAAGGGTCAGACCCAACAGCCTTCCACTTTACCTCAATGCTTCCCTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178160	GAGAAGGGTCAGACCCAACAGCCTTCCACTTTACCTCAATGCTTCCCTCA	178209

AL627102.21	301	GTCTCTCTCCCTAGACCGTTTTCCAAGTGTCCCTCGGATTGCAGCGTCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178210	GTCTCTCTCCCTAGACCGTTTTCCAAGTGTCCCTCGGATTGCAGCGTCAC	178259

AL627102.21	351	CAGCTCATGTCTGCAGATGACTGGCTCACTCACCTTTTTGACTTCATACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178260	CAGCTCATGTCTGCAGATGACTGGCTCACTCACCTTTTTGACTTCATACT	178309

AL627102.21	401	TAATGGCAAGTTTGACACGACTCAGTGACGCTTTGTGCCCGTGTCTTTCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178310	TAATGGCAAGTTTGACACGACTCAGTGACGCTTTGTGCCCGTGTCTTTCC	178359

AL627102.21	451	AGGGGCTCGGCTGATTCCAGATCTCCATTCAGAATGGCTTCCACCTCCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178360	AGGGGCTCGGCTGATTCCAGATCTCCATTCAGAATGGCTTCCACCTCCTC	178409

AL627102.21	501	CGAGTCCCGACACAGGTCCAGCACACCCACTACGAAGTCTTTGCATTGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178410	CGAGTCCCGACACAGGTCCAGCACACCCACTACGAAGTCTTTGCATTGCA	178459

AL627102.21	551	TGGAGAGTTTCCTGTAGTCATTCTAGAGGAAGAGGTTTGGTGTTTAATGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178460	TGGAGAGTTTCCTGTAGTCATTCTAGAGGAAGAGGTTTGGTGTTTAATGG	178509

AL627102.21	601	CAAGAATTTCTCTCAATCAGTGACAAGTGCCTGGGGACAGGATGTGTGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178510	CAAGAATTTCTCTCAATCAGTGACAAGTGCCTGGGGACAGGATGTGTGGA	178559

AL627102.21	651	TAAAGGTGTCCCTGCCTCTGGGCAGAAAGATGCAGCCCTTTCCTGGATAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178560	TAAAGGTGTCCCTGCCTCTGGGCAGAAAGATGCAGCCCTTTCCTGGATAC	178609

AL627102.21	701	AAGGCTAGTTAGAGCAGATACATATGGATTCTCCTGTCCTCATTAAGTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178610	AAGGCTAGTTAGAGCAGATACATATGGATTCTCCTGTCCTCATTAAGTTT	178659

AL627102.21	751	CCATGAAGCTCTGAAAATTATATGGACCTGATCTCACTTATATGTGGAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178660	CCATGAAGCTCTGAAAATTATATGGACCTGATCTCACTTATATGTGGAAT	178709

AL627102.21	801	CTTAAAGAGTCAAATCCTTAGAAATGCAGAATAGAAAGGTGCTCAGCCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178710	CTTAAAGAGTCAAATCCTTAGAAATGCAGAATAGAAAGGTGCTCAGCCAG	178759

AL627102.21	851	AGGCCAAGAGGCAGAGAGAACTGGTCAAAGGGACAATATGTTAATTTCCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178760	AGGCCAAGAGGCAGAGAGAACTGGTCAAAGGGACAATATGTTAATTTCCT	178809

AL627102.21	901	TGATTCACCTATCCAGCATTGTATACTTGTATCAGCATGCCATATGGTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178810	TGATTCACCTATCCAGCATTGTATACTTGTATCAGCATGCCATATGGTAT	178859

AL627102.21	951	ACCATATACCATAATATGTTCAATTATTATTTATCAACTTCAAATTCTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178860	ACCATATACCATAATATGTTCAATTATTATTTATCAACTTCAAATTCTCA	178909

AL627102.21	1001	CTGTACAGTTTAGACTGTTCTGGGACTCACTATGAAGCCATAGCTGGCCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178910	CTGTACAGTTTAGACTGTTCTGGGACTCACTATGAAGCCATAGCTGGCCT	178959

AL627102.21	1051	TAAATTAGAATCCTCCAGCTTCCACCTACCTAGTACTGTGACATCAGTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	178960	TAAATTAGAATCCTCCAGCTTCCACCTACCTAGTACTGTGACATCAGTTG	179009

AL627102.21	1101	TATACCATCACACCATCTTATAAAAAAACAAAACTGCTCCAAAAAAGCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179010	TATACCATCACACCATCTTATAAAAAAACAAAACTGCTCCAAAAAAGCCA	179059

AL627102.21	1151	GGCACAATAGCTCATAAGACGAGGACTACTATGAGTCTGAGGTCTGCATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179060	GGCACAATAGCTCATAAGACGAGGACTACTATGAGTCTGAGGTCTGCATG	179109

AL627102.21	1201	GGCTACTGTTTAAGACCCTGTCCAAACAAACAAATAAGCAAGCAAGCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179110	GGCTACTGTTTAAGACCCTGTCCAAACAAACAAATAAGCAAGCAAGCAAA	179159

AL627102.21	1251	CAAATATTAGCTCTAACAAAAATGCAGTACATATACAAATCACTGGTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179160	CAAATATTAGCTCTAACAAAAATGCAGTACATATACAAATCACTGGTTTA	179209

AL627102.21	1301	TATTAACAAACAATTGAAGTATAGTTGAACATCTTAATGCCACAAGTGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179210	TATTAACAAACAATTGAAGTATAGTTGAACATCTTAATGCCACAAGTGCT	179259

AL627102.21	1351	CCTGCTGCCTGGGCATCTGCAGAAATGGCCAGGATCTCAGCCCTAGAGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179260	CCTGCTGCCTGGGCATCTGCAGAAATGGCCAGGATCTCAGCCCTAGAGAG	179309

AL627102.21	1401	CAATGAAGGTGAAGCTCACAGGACACTGGGGGTTTCTCTCAAGGCTCTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179310	CAATGAAGGTGAAGCTCACAGGACACTGGGGGTTTCTCTCAAGGCTCTGC	179359

AL627102.21	1451	AAGTTTGTGGTCACTGGGAGTTTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCTCTCCCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179360	AAGTTTGTGGTCACTGGGAGTTTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCTCTCCCTA	179409

AL627102.21	1501	TTTTCTTCCTCTTTTGTAAAGGCAATTAATTAGATCCAAGAAGGACCCCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179410	TTTTCTTCCTCTTTTGTAAAGGCAATTAATTAGATCCAAGAAGGACCCCT	179459

AL627102.21	1551	GTTTTATATAAAATTTTGTTTTGGGAGAACCTCTAGAAAGTCCCAGATAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179460	GTTTTATATAAAATTTTGTTTTGGGAGAACCTCTAGAAAGTCCCAGATAC	179509

AL627102.21	1601	CAGGGATGTGAGAGGCTCCCAGGACCCAATGGGGACAACCTTAGCCGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179510	CAGGGATGTGAGAGGCTCCCAGGACCCAATGGGGACAACCTTAGCCGAAA	179559

AL627102.21	1651	TGCCCAACAGTGAGGAGGTGGAACCTAAACAGACCACCTCCAGTAGATAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179560	TGCCCAACAGTGAGGAGGTGGAACCTAAACAGACCACCTCCAGTAGATAG	179609

AL627102.21	1701	ACATAGTCCCCAGCTGAGGCATGGGGCCACCTACCCATCTTCACAATTCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179610	ACATAGTCCCCAGCTGAGGCATGGGGCCACCTACCCATCTTCACAATTCT	179659

AL627102.21	1751	TGACCCAGAATTGTTCCTGTCTAGAGGAAATATAAGGACAAAAATGAAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179660	TGACCCAGAATTGTTCCTGTCTAGAGGAAATATAAGGACAAAAATGAAGC	179709

AL627102.21	1801	AAAGACTGAAGGAAAGACCACCCAGTGACCTTCCCAACTTGGGATCCATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179710	AAAGACTGAAGGAAAGACCACCCAGTGACCTTCCCAACTTGGGATCCATC	179759

AL627102.21	1851	CCATGTACAAGCACCAAACCCTGACACGATTGCTGATGCCATGTTGTGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179760	CCATGTACAAGCACCAAACCCTGACACGATTGCTGATGCCATGTTGTGCT	179809

AL627102.21	1901	TGCAGTCAGGAACATGCATGGCCGACCTCTGAGAGGCTCTACCAGCAGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179810	TGCAGTCAGGAACATGCATGGCCGACCTCTGAGAGGCTCTACCAGCAGCT	179859

AL627102.21	1951	GGCTTGAGGCAGATGCAGATACTTAGAGCCAACAACTGGACTGAGGTCAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL671741.9	179860	GGCTTGAGGCAGATGCAGATACTTAGAGCCAACAACTGGACTGAGGTCAG	179909

Overview

Query
AL627102.21 - 211349 bps
Hit
AL671741.9 - 179909 bps
Total alignments
147
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199020001200011779101799091
282.8177191204963205153-1377539661
383.92731431248991250411377639181
486.51741261509051510301379639211
588.89721281848518612-1382339481
686.96711377419474330118025181621
788.0371117114615114731-118046181621
892.17831141849918612118048181621
992.521121471295213098-120301204471
1091.49102141205013205153-120304204441
1191.08110158114568114725120304204601
1291.84102152150904151055120323204691
1384.694298150958151055-120577206741
1488.045192114641114732-120583206741
1592.531409573295771-122321223601
1692.531409720597244-122321223601
1790.691432029554095741-122365225681
1890.641422019701497214-122365225671
1993.08144618639553697398123793256851
2091.652803829701497395123798241921
2192.17299397198359198755123798241931
2291.42773829554195922125288256821
2392.15298396198359198754125288256821
2490.911121629796698127128304284681
251004358160754160811-128817288741
2689.685125114568114692131005311291
2788.8977117150893151009131013311291
2895.071191421295513096-133629337701
2993.01111143205011205153-133630337721
3093.88118147114568114714133630337761
3191.6196135179160179294-133638337681
3292.75107138150893151030133638337751
3388.784499196631196729135419355161
341003050139398139447-135497355461
3595.594068160753160820-139333394001
3690.2198142205013205154-152074522161
3791.46115165114567114731152074522371
3891.241001377423874374-152079522151
3990.91113164150892151055152083522471
4091.66871301849018619-152116522471
4192.864256152698152753160116601711
4292.17841149796698079164380644941
4380.3346124120204120327-166109662301
4490.631091597421074368166249664081
4592.521121471294413090166266664121
4690.18761121850818619166266663771
4794.67124150114567114716-166269664181
4885.474140120199120338-166277664131
4988.6487132124908125039-166277664081
509090134179160179293166279664081
5194.596274174166319663921
5284.51771529797698127-172167723211
5385.461522742939829671172998732721
5493.16911177425374369-178146782621
558656102120204120305178146782451
5689.05911389797598112179515796511
5793.25125163150893151055-193514936761
5894.66991301849018619193514936441
5991.61118165114567114731-193519936851
6091.031121561294013095193529936841
6184.3369136120204120339-193543936761
6295.8124143205012205154193543936851
6390.9896133124907125039-193544936761
6494.961161407423874377193545936831
6589.761141669796298127193700938651
6689.02106164204991205154-195034951971
679095141124899125039195036951751
6889.1991557421474368-195044951991
6993.43109137150894151030195044951801
7093.245974174-195060951331
7192881251849518619-195075951991
7293.67112141205014205154-196653967941
7392.31115155114567114721196653968081
7487.5984139120199120337196658967941
7589.7193136124903125038196659967941
76941201501293813087-196663968121
7788.071041767419474369-196663968381
7893.94107132150893151024196663967941
7989.14781301849018619-196695968231
8086.891101839794598127-197064972461
8191.041912752940029674-11000631003301
8288.79203320962469656511003851007051
8389.4789133129401307211020721022041
8488.361752732940029672-11030961033701
8588.65204324962429656511041721044971
8687.961722732940029672-11052261054991
8784.15368412497512505811095481096291
8889.7145681851418581-11095501096171
8986.2540787422274299-11095501096291
9088.481562422943129672-11113771116191
9190.59277392198359198750-11121541125461
9287.722263769554195916-11121561125461
9387.752273779701397389-11121561125471
9490.711321839794598127-11134961136781
9597.13369499405000811146601147281
9697.37317612353312360811146641147391
97100306213517713523811146651147261
9891.821161581294013097-11155671157251
9982.3578208179096179303-11155691157721
10086.5105199204955205153-11155691157681
10191.5711716511456811473211155691157341
10288.749215115090515105511155901157401
10395.716170574-11155951156641
10488.72771331848718619-11156101157421
10591.23159225144968145192-11176701178971
10697.016067134200134266-11176711177371
10784.14115229826928292011176711178971
10879.7288272134199134470-11203581206331
10985.713570774917756011203581204271
11091.233857145349145405-11203601204161
11185.9723344118487118531111203601207941
11290241357144967145323-11204251207941
11389.38236357775757793111204281207941
11485.02178338825638290011204281207741
11595.3792108205011205118-11298021299091
11694.6910313015092015104911298021299331
11791.11891331848718619-11298071299411
11890.513655258247282996-11318691323951
11984.75267514184873185386-11318691323861
12084.942695127749078001-11318741323911
12185.3827350714489714540311318741323861
12289.23129194211192131211319461321401
12385.6215729613782513812011320881323861
12487.2415527613419913447411321061323951
12587.741612592940029658-11356231358831
12698.11355319667719672911394461394981
1271003045183213183257-11426941427381
12890.8486133184871861911440591441891
12986.5191164742067436911440591442211
13091.52119165114566114730-11440671442311
13186.0984152124907125058-11440711442211
13291.61113155129411309511440751442291
13394.59617417411441311442041
13492.54516716709316715911519451520111
13591.16103146114576114721-11529781531241
13692.52111147129411308711529781531241
13783.2166139120200120338-11529921531281
13882.14870233314064414297611610531633811
13983.6187821154149943613-11612711633811
14083.788932114188156190269-11612731633811
14188.96102164742067436911691101692721
14291.66119167114566114732-11691151692821
14388.876125184951861911691161692401
14485.6283162120196120357-11691201692791
14586.2886154124907125060-11691201692721
14695.9106122114593114714-11778621779831
14794.8397116129551307011778681779831
Short-link