<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL513478.10	1	GAATTCTGGGGTTGGGTTTGGCAGGAACCACGGGGCCTCCCAGGAATGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85141	GAATTCTGGGGTTGGGTTTGGCAGGAACCACGGGGCCTCCCAGGAATGAT	85190

AL513478.10	51	GTGTCACTCCTACTTGCCACAAAATGTGCACAGAGGCTATCCCACTGACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85191	GTGTCACTCCTACTTGCCACAAAATGTGCACAGAGGCTATCCCACTGACC	85240

AL513478.10	101	AGCCCATCCTGCTGGACAGGATGGAGGAAATCAGGGAAAAGGCAGGGTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85241	AGCCCATCCTGCTGGACAGGATGGAGGAAATCAGGGAAAAGGCAGGGTGG	85290

AL513478.10	151	ACATCTGGGGTGCAGGGAGAGGCAGGTGCATGCTGGGAGGTCAGACCCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85291	ACATCTGGGGTGCAGGGAGAGGCAGGTGCATGCTGGGAGGTCAGACCCTG	85340

AL513478.10	201	CGAGGGCTGTGGGGGCATCAGGTGGGGTGGGCTCCAGGTGCACCCTCAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85341	CGAGGGCTGTGGGGGCATCAGGTGGGGTGGGCTCCAGGTGCACCCTCAAT	85390

AL513478.10	251	GCACTGGGTGGGTCTCAGGCCAGGCTCCCTGGACCCTGGTTGGCTGATGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85391	GCACTGGGTGGGTCTCAGGCCAGGCTCCCTGGACCCTGGTTGGCTGATGT	85440

AL513478.10	301	GGTCACTCCCTGGGGGACTGCTGTCAAGCCCTGGCCACCCACCCTGGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85441	GGTCACTCCCTGGGGGACTGCTGTCAAGCCCTGGCCACCCACCCTGGGCA	85490

AL513478.10	351	GCACCGTCCCATCCCAAGACCGGATTTTCTGAGTCCTGAGACAGGACAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85491	GCACCGTCCCATCCCAAGACCGGATTTTCTGAGTCCTGAGACAGGACAGT	85540

AL513478.10	401	GCTGTCCAGGCCTGACAGACTGGGAGGACCTGCCAAGTCCTCCATCCCTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85541	GCTGTCCAGGCCTGACAGACTGGGAGGACCTGCCAAGTCCTCCATCCCTA	85590

AL513478.10	451	GACCAGCCTCCCACACAGCAGGGACAGTCTCTTCCATTTACCTTCAGGGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85591	GACCAGCCTCCCACACAGCAGGGACAGTCTCTTCCATTTACCTTCAGGGC	85640

AL513478.10	501	ACTGACTGATCCATGTCACTCTA-GGCAACCAAGGCAGAGCTGAGGACCT	549
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85641	ACTGACTGATCCATGTCACTCTAAGGCAACCAAGGCAGAGCTGAGGACCT	85690

AL513478.10	550	GTGCCAGGCTGGGAGCCAGTCCCCTCCCTAAATGGGCCTGAGGAAAGCAC	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85691	GTGCCAGGCTGGGAGCCAGTCCCCTCCCTAAATGGGCCTGAGGAAAGCAC	85740

AL513478.10	600	CATCCCTGTCCCAATGCGCCCCAAGTTTTAGCCCAGGAGACACATAGGGA	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85741	CATCCCTGTCCCAATGCGCCCCAAGTTTTAGCCCAGGAGACACATAGGGA	85790

AL513478.10	650	AGGGAGGACGGAGCCTCTCTGCTGGCTGACACTTGAAAAGCGGGACCTGG	699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85791	AGGGAGGACGGAGCCTCTCTGCTGGCTGACACTTGAAAAGCGGGACCTGG	85840

AL513478.10	700	GAGTAGAGGGAGCGCAGGGCTGGCAGGGATGCTCCAGGCCCATGGAGAGC	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85841	GAGTAGAGGGAGCGCAGGGCTGGCAGGGATGCTCCAGGCCCATGGAGAGC	85890

AL513478.10	750	TTGGGCTGCACCAAGGGGCTGCCCCTCCTGGGCTGGAGGCTGTGCCCTCT	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85891	TTGGGCTGCACCAAGGGGCTGCCCCTCCTGGGCTGGAGGCTGTGCCCTCT	85940

AL513478.10	800	GCAGGATCTGAGAAAGTCCAGTCCTGAGATGGGACAGTGCTGCCAAGGGT	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85941	GCAGGATCTGAGAAAGTCCAGTCCTGAGATGGGACAGTGCTGCCAAGGGT	85990

AL513478.10	850	GGGTGGCTAGGCCTGACAGCAGTCCCCCAGGGAGTGACCACATCACCCGA	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85991	GGGTGGCTAGGCCTGACAGCAGTCCCCCAGGGAGTGACCACATCACCCGA	86040

AL513478.10	900	CCAGGGTCCAGAGAGCCTGGACCGAGACCTGCCCAGTGCACACTGAGAGT	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86041	CCAGGGTCCAGAGAGCCTGGACCGAGACCTGCCCAGTGCACACTGAGAGT	86090

AL513478.10	950	GCACCTGGAGCCCACCCCACCTGACGCCCCCACAGCCCTCACAGGGTCCG	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86091	GCACCTGGAGCCCACCCCACCTGACGCCCCCACAGCCCTCACAGGGTCCG	86140

AL513478.10	1000	ACCTCCCAGCATGCACCTGCCTCTCCCTGCACCCCTACTGCCCACCCTGC	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86141	ACCTCCCAGCATGCACCTGCCTCTCCCTGCACCCCTACTGCCCACCCTGC	86190

AL513478.10	1050	CTGTTCCCTGGCTTCCTCCATCCTGTGCAGCCCATAGACTGTTACCATCT	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86191	CTGTTCCCTGGCTTCCTCCATCCTGTGCAGCCCATAGACTGTTACCATCT	86240

AL513478.10	1100	CTCTAGCCACTCTGGCCCTTCCTTTACCTTTGTTCTTTCAGAATCTCTGA	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86241	CTCTAGCCACTCTGGCCCTTCCTTTACCTTTGTTCTTTCAGAATCTCTGA	86290

AL513478.10	1150	GCAAGATCTCCCAGGTCCATCCAAACACCTGCTTTGTCCACTTTTGACTG	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86291	GCAAGATCTCCCAGGTCCATCCAAACACCTGCTTTGTCCACTTTTGACTG	86340

AL513478.10	1200	GGCCATTGGACACCACTGGGCCATCCCAGCTGTCCATAGGGCCCCTGATA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86341	GGCCATTGGACACCACTGGGCCATCCCAGCTGTCCATAGGGCCCCTGATA	86390

AL513478.10	1250	ACATGCATTTCCCCTGACACCTCCCAGCAGTGCTCAGCAGCCCCACTGAC	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86391	ACATGCATTTCCCCTGACACCTCCCAGCAGTGCTCAGCAGCCCCACTGAC	86440

AL513478.10	1300	CAGGTCCCTGCTGACCAGATCCCGCACATCAGGTCCTCCCTGACCACACT	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86441	CAGGTCCCTGCTGACCAGATCCCGCACATCAGGTCCTCCCTGACCACACT	86490

AL513478.10	1350	CTCACTGATTAGGCCCCCATCACCAGGCCCCACTAACTAGATTCCCGCTG	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86491	CTCACTGATTAGGCCCCCATCACCAGGCCCCACTAACTAGATTCCCGCTG	86540

AL513478.10	1400	CCAGGCCCACAGTGTCCAGGACCCCACTGACAAGGACCTCACTGACAAGG	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86541	CCAGGCCCACAGTGTCCAGGACCCCACTGACAAGGACCTCACTGACAAGG	86590

AL513478.10	1450	CCTCACTGACCAGGGCCTCACTGACAAGACCTCCCTGACCACATTCCACC	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86591	CCTCACTGACCAGGGCCTCACTGACAAGACCTCCCTGACCACATTCCACC	86640

AL513478.10	1500	AATCATGACCCCATTGCCTGGCCCCACAGATGAAGCCCCACTGACCAGGT	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86641	AATCATGACCCCATTGCCTGGCCCCACAGATGAAGCCCCACTGACCAGGT	86690

AL513478.10	1550	CTCCAGGGAACAGGCTGCCAGTGACCAGGTCCCTACTAACCAGGCCTGAG	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86691	CTCCAGGGAACAGGCTGCCAGTGACCAGGTCCCTACTAACCAGGCCTGAG	86740

AL513478.10	1600	GTGACCAGATGCCCCGACCAGGAACCTAGTGACTAGGCACCACTGAACAG	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86741	GTGACCAGATGCCCCGACCAGGAACCTAGTGACTAGGCACCACTGAACAG	86790

AL513478.10	1650	GCATGTACCGCTCAGACCCCCGTTGACCAGGTCACCCCATAGACCAGTGC	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86791	GCATGTACCGCTCAGACCCCCGTTGACCAGGTCACCCCATAGACCAGTGC	86840

AL513478.10	1700	TACAAAAGCCACCACTGATCAAGTCCTCTCTGACCAGGCCCCCACTGATT	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86841	TACAAAAGCCACCACTGATCAAGTCCTCTCTGACCAGGCCCCCACTGATT	86890

AL513478.10	1750	AGGTTCCACTGACCTGACCAGGCTGCCATGACCAGGGTCCCACTGACAAG	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86891	AGGTTCCACTGACCTGACCAGGCTGCCATGACCAGGGTCCCACTGACAAG	86940

AL513478.10	1800	GGTCTCACTGATGAGGACATGCCCTGCTGACTAGGTGCCATGTGACCAGG	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86941	GGTCTCACTGATGAGGACATGCCCTGCTGACTAGGTGCCATGTGACCAGG	86990

AL513478.10	1850	CCTCCACTGAATAGCACCCCTTGACCGGGTCACCAGTGACCCAGCCCATT	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	86991	CCTCCACTGAATAGCACCCCTTGACCGGGTCACCAGTGACCCAGCCCATT	87040

AL513478.10	1900	CTGACAAGGCTACCACTAAGCCACAGCTGACCAGGTCTCCACTCACCAAG	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	87041	CTGACAAGGCTACCACTAAGCCACAGCTGACCAGGTCTCCACTCACCAAG	87090

AL513478.10	1950	CCCTGCAGCCCAGGTTTGCACTGACCAGACACCAAACATTTGTCTGCCAC	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	87091	CCCTGCAGCCCAGGTTTGCACTGACCAGACACCAAACATTTGTCTGCCAC	87140

Compact alignment

skip 500 bps 100% identity alignment

AL513478.10	501	ACTGACTGATCCATGTCACTCTA-GGCAACCAAGGCAGAGCTGAGGACCT	549
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL669942.7	85641	ACTGACTGATCCATGTCACTCTAAGGCAACCAAGGCAGAGCTGAGGACCT	85690

skip 1450 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL513478.10 - 180498 bps
Hit
AL669942.7 - 87140 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link