<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL669933.6	1	GAATTCCAAAATGTAGGGACATTTTGTCTAAATGAATACTCCTGGTCTCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6648	GAATTCCAAAATGTAGGGACATTTTGTCTAAATGAATACTCCTGGTCTCC	6697

AL669933.6	51	CCATATTCTGATCCACAGGACCTCATCTCAGGGCTGGGAGGAACTTAGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6698	CCATATTCTGATCCACAGGACCTCATCTCAGGGCTGGGAGGAACTTAGTT	6747

AL669933.6	101	GGTAGAGCGCCTGCCTAGTACATGTGAAGACTTAGGTTGGATCCTCGGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6748	GGTAGAGCGCCTGCCTAGTACATGTGAAGACTTAGGTTGGATCCTCGGTT	6797

AL669933.6	151	CTATATAAAAACCAGGTATGGTGGTACAGGCTAGTAGTTCTAACACCAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6798	CTATATAAAAACCAGGTATGGTGGTACAGGCTAGTAGTTCTAACACCAGG	6847

AL669933.6	201	AAGGTGATAGTTGAAAGATCAGAAGTTCAAGGTCATCTTTGACTCCATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6848	AAGGTGATAGTTGAAAGATCAGAAGTTCAAGGTCATCTTTGACTCCATAA	6897

AL669933.6	251	TAAGTTCAAGGCCAGCTACGGCTGCATGAGAACCTCCCAAGGCAGGGTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6898	TAAGTTCAAGGCCAGCTACGGCTGCATGAGAACCTCCCAAGGCAGGGTTG	6947

AL669933.6	301	GTTCACAATCTGTCTCTGTTATTTGTTTTCTGTACTGCCTTCGGCAACTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6948	GTTCACAATCTGTCTCTGTTATTTGTTTTCTGTACTGCCTTCGGCAACTT	6997

AL669933.6	351	CCTTACTCTGTGTCTCTATTCCTTCTGCTGAGATGGGAATACGAATGTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	6998	CCTTACTCTGTGTCTCTATTCCTTCTGCTGAGATGGGAATACGAATGTCA	7047

AL669933.6	401	GCCTTGTCAGGCCATTGTGAAAATAAAGGGCCCAAGGTGCTTCTGTCTGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7048	GCCTTGTCAGGCCATTGTGAAAATAAAGGGCCCAAGGTGCTTCTGTCTGC	7097

AL669933.6	451	AAATGGCAGCAACAAGCCACATTACTGTAGTTACTGATTGCTGCTACGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7098	AAATGGCAGCAACAAGCCACATTACTGTAGTTACTGATTGCTGCTACGAA	7147

AL669933.6	501	AGGGTGGATATCTGTGGTAAATCTACATTCATCAAAGGATGCTTTTGTAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7148	AGGGTGGATATCTGTGGTAAATCTACATTCATCAAAGGATGCTTTTGTAG	7197

AL669933.6	551	GAATGAATGTTAACCCCTCTCTCTAATCTAGACAACTTTCAATCCTCCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7198	GAATGAATGTTAACCCCTCTCTCTAATCTAGACAACTTTCAATCCTCCTG	7247

AL669933.6	601	CCTCAGCCTCCAAGAGAACAGGCTAGTGCCACGAGATTGGGTAACAGTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7248	CCTCAGCCTCCAAGAGAACAGGCTAGTGCCACGAGATTGGGTAACAGTAA	7297

AL669933.6	651	TTGTAATGTCCCAAGGAAATGCTAGCTTATACTGTCCCAGTCAGAAGCTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7298	TTGTAATGTCCCAAGGAAATGCTAGCTTATACTGTCCCAGTCAGAAGCTT	7347

AL669933.6	701	TACCTATTAAATAGTCAACCCTCCCCCACTCACCCCAGACACACTCAAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7348	TACCTATTAAATAGTCAACCCTCCCCCACTCACCCCAGACACACTCAAAC	7397

AL669933.6	751	ATTCCTGCTTTCGTTTCAAATGGCTGAGTGCTATGCTCAGTGAACACCAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7398	ATTCCTGCTTTCGTTTCAAATGGCTGAGTGCTATGCTCAGTGAACACCAC	7447

AL669933.6	801	CTTTCAGGACCCTCAAACAGCGTGTCAGCAGGAAGCCTGTCCCCCGCATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7448	CTTTCAGGACCCTCAAACAGCGTGTCAGCAGGAAGCCTGTCCCCCGCATG	7497

AL669933.6	851	GCTACAGCCGTTCAGATTTTGCATGAAAACACTGTGTATGCTCTCAAACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7498	GCTACAGCCGTTCAGATTTTGCATGAAAACACTGTGTATGCTCTCAAACT	7547

AL669933.6	901	CAAACCATAGGCTTCTAGACTCTCGGGTATTGCTCTATGAACCAGAATCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7548	CAAACCATAGGCTTCTAGACTCTCGGGTATTGCTCTATGAACCAGAATCC	7597

AL669933.6	951	AGCTGTGGGAGAAATGAGATCTCCGTGTAGTCAGACACCTGGGCTTTCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7598	AGCTGTGGGAGAAATGAGATCTCCGTGTAGTCAGACACCTGGGCTTTCTG	7647

AL669933.6	1001	AGAGACGTGTCAGCTGTCTGGCTAGTTTCATGTAGGTCAATGATGGAAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7648	AGAGACGTGTCAGCTGTCTGGCTAGTTTCATGTAGGTCAATGATGGAAGC	7697

AL669933.6	1051	TGGCTGCTTTATGCTGAACAACTCTGCATTTCTCTAAGCAGAATTTATCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7698	TGGCTGCTTTATGCTGAACAACTCTGCATTTCTCTAAGCAGAATTTATCT	7747

AL669933.6	1101	CCAAGGATTAGGGGTTCAGATCCTCTAAAACAACTGTCCTTAATGACAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7748	CCAAGGATTAGGGGTTCAGATCCTCTAAAACAACTGTCCTTAATGACAGT	7797

AL669933.6	1151	AAAGGTTATTATGCTATCAGATGTCCTTTTAGAATAGGTGTTTCTCACAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7798	AAAGGTTATTATGCTATCAGATGTCCTTTTAGAATAGGTGTTTCTCACAA	7847

AL669933.6	1201	GTGGAATTCAGAGTCACCAAGTGTCTACCTCACTGCAAATGAAAACATCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7848	GTGGAATTCAGAGTCACCAAGTGTCTACCTCACTGCAAATGAAAACATCC	7897

AL669933.6	1251	AAGAGGCCAGACAGTGGTGGTGCGTATGCCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7898	AAGAGGCCAGACAGTGGTGGTGCGTATGCCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGA	7947

AL669933.6	1301	TCTCTAAGTTGGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGCGAGTTCCAAGGCAGCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7948	TCTCTAAGTTGGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGCGAGTTCCAAGGCAGCC	7997

AL669933.6	1351	AGGGCTACCCAGAGAAACCCTGTCTCCAAAAATCTATATATAGAATGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	7998	AGGGCTACCCAGAGAAACCCTGTCTCCAAAAATCTATATATAGAATGAAA	8047

AL669933.6	1401	GAAAGGAAGGGAGGAAGGGAGAGAGGGAGGAGGGAAGAAGGGAGGGGACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8048	GAAAGGAAGGGAGGAAGGGAGAGAGGGAGGAGGGAAGAAGGGAGGGGACA	8097

AL669933.6	1451	GAGGGAGGGGGAAGAGAGGAAGGGAGGGAGAGAAGAAGAGAGGGAAAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8098	GAGGGAGGGGGAAGAGAGGAAGGGAGGGAGAGAAGAAGAGAGGGAAAGGA	8147

AL669933.6	1501	AAAGTAAAGAGAAGAAAAGAGAAAAAGAGAGAAACGGTTCAAGAATTGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8148	AAAGTAAAGAGAAGAAAAGAGAAAAAGAGAGAAACGGTTCAAGAATTGTG	8197

AL669933.6	1551	GCCCCCTGGAAACCAGCTGGAGGATGGATTGGCCTGGGGATATTGGGCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8198	GCCCCCTGGAAACCAGCTGGAGGATGGATTGGCCTGGGGATATTGGGCTT	8247

AL669933.6	1601	CAGGGATGTGGGTCTCATTCTGGTTCCCAGATCTGTCATGTGACCTTGGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8248	CAGGGATGTGGGTCTCATTCTGGTTCCCAGATCTGTCATGTGACCTTGGG	8297

AL669933.6	1651	TGTAATGGTTTGAATATGCTTGGCCCTGGAAGTAATCAGCAGTATTAGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8298	TGTAATGGTTTGAATATGCTTGGCCCTGGAAGTAATCAGCAGTATTAGGA	8347

AL669933.6	1701	GGTGTGTCTTGGTGGAGTAGGTATGACCTTATTGGGACAAGTGTGCCACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8348	GGTGTGTCTTGGTGGAGTAGGTATGACCTTATTGGGACAAGTGTGCCACT	8397

AL669933.6	1751	GTGGAGGTGAGCTTTGAGACCTTCCTCCTAGCTGCCTAGAAGCCATTCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8398	GTGGAGGTGAGCTTTGAGACCTTCCTCCTAGCTGCCTAGAAGCCATTCTT	8447

AL669933.6	1801	CTGTTTGCTTTCTGAATACAATATAGAACTCTCAGCTTCTCCTGCACCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8448	CTGTTTGCTTTCTGAATACAATATAGAACTCTCAGCTTCTCCTGCACCAT	8497

AL669933.6	1851	GTCTGCCTGGACACTGCTGTGTCCGTCCATGATGATAATAGGCTGAACCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8498	GTCTGCCTGGACACTGCTGTGTCCGTCCATGATGATAATAGGCTGAACCT	8547

AL669933.6	1901	CAGATCCAGTAAGCCAGCCCCATTAAGTATTGTCCTTTATAAGAGTTGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8548	CAGATCCAGTAAGCCAGCCCCATTAAGTATTGTCCTTTATAAGAGTTGCC	8597

AL669933.6	1951	TTGATCATGGTGTTACTTCACAGCAATGGAAATCTTAACGAAGACACTGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669922.5	8598	TTGATCATGGTGTTACTTCACAGCAATGGAAATCTTAACGAAGACACTGG	8647

Overview

Query
AL669933.6 - 61813 bps
Hit
AL669922.5 - 8647 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link