<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662844.12	1	CTTACTTAATGCAAATGCACCATATTCATGCACCTATGAATGATGGCTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154273	CTTACTTAATGCAAATGCACCATATTCATGCACCTATGAATGATGGCTAA	154322

AL662844.12	51	GACCACAGACAAGGCCGGGGCATTGGATATAACAGCTCTGTGAGGAGCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154323	GACCACAGACAAGGCCGGGGCATTGGATATAACAGCTCTGTGAGGAGCTC	154372

AL662844.12	101	AGGACAAAAACCAAAGAATCAAAGATATGTGAAGACAGTTGATTATTGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154373	AGGACAAAAACCAAAGAATCAAAGATATGTGAAGACAGTTGATTATTGTT	154422

AL662844.12	151	TGCTCACTACTGATGCCACTATGAGCAGCATCACCACCAGTGTTAAATAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154423	TGCTCACTACTGATGCCACTATGAGCAGCATCACCACCAGTGTTAAATAA	154472

AL662844.12	201	TGGAATTGTAGTATTATGATACAGAGTCGGAAACACGGAATAATAAATTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154473	TGGAATTGTAGTATTATGATACAGAGTCGGAAACACGGAATAATAAATTA	154522

AL662844.12	251	AAATACTAAAGTGAAAAAATTGGATTGATTAAATAAATATTAAACCAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154523	AAATACTAAAGTGAAAAAATTGGATTGATTAAATAAATATTAAACCAATA	154572

AL662844.12	301	TTTCTCAGACTTATGTGATAAACACCTTTAAAGGAAAAGATACATATATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154573	TTTCTCAGACTTATGTGATAAACACCTTTAAAGGAAAAGATACATATATA	154622

AL662844.12	351	TTTTTGAGACAGAGTCTCATTCTGTTGCCCAGGTTGGAGTCCAGTGGTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154623	TTTTTGAGACAGAGTCTCATTCTGTTGCCCAGGTTGGAGTCCAGTGGTGC	154672

AL662844.12	401	GATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACTTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154673	GATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACTTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTT	154722

AL662844.12	451	CCTCAGCCTCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGCACCACCATGCCTGGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154723	CCTCAGCCTCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGCACCACCATGCCTGGC	154772

AL662844.12	501	TAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCACCATGTTGCCCAGGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154773	TAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCACCATGTTGCCCAGGCT	154822

AL662844.12	551	GGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154823	GGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAG	154872

AL662844.12	601	TGCTGGGATTACAGTGTGGGCCACCGTGCCTGGCTGGAAAAGAGATTTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154873	TGCTGGGATTACAGTGTGGGCCACCGTGCCTGGCTGGAAAAGAGATTTTT	154922

AL662844.12	651	TGAGAACTCGCCATGTTGGCTTAAACGTAAATATATATGAAACAGAAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154923	TGAGAACTCGCCATGTTGGCTTAAACGTAAATATATATGAAACAGAAAAT	154972

AL662844.12	701	GAAGTATAAACTCCTTATGCTTATAGCTCTACTGTTCCAATAACGTTAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	154973	GAAGTATAAACTCCTTATGCTTATAGCTCTACTGTTCCAATAACGTTAGA	155022

AL662844.12	751	AGTAACAGCAGTAGTTTAATGTAATGCATGATATTTCTTTACTGAAGAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155023	AGTAACAGCAGTAGTTTAATGTAATGCATGATATTTCTTTACTGAAGAAT	155072

AL662844.12	801	TCTTCGCTCCAACATTAATATTGTAGTGATTGCTACAGCCTAGTTTCTCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155073	TCTTCGCTCCAACATTAATATTGTAGTGATTGCTACAGCCTAGTTTCTCA	155122

AL662844.12	851	AATCTCATTTGCCACTTGATGTTTTCCTTCTTTCATGGATCGTCTCTGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155123	AATCTCATTTGCCACTTGATGTTTTCCTTCTTTCATGGATCGTCTCTGTA	155172

AL662844.12	901	CAAGCTCTCTCAAGACCTTCAGTCTCTCAGTCAGCTGCGGGATTATTGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155173	CAAGCTCTCTCAAGACCTTCAGTCTCTCAGTCAGCTGCGGGATTATTGGG	155222

AL662844.12	951	CCCTTAATGCAAATGCACCGTTTAAATTTTAAGACAGTTCTCGTTCTACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155223	CCCTTAATGCAAATGCACCGTTTAAATTTTAAGACAGTTCTCGTTCTACT	155272

AL662844.12	1001	CTTGTTAGGCTGTGCAATTGTAAAGACTAATCATTTCTATTAGCTTTATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155273	CTTGTTAGGCTGTGCAATTGTAAAGACTAATCATTTCTATTAGCTTTATG	155322

AL662844.12	1051	TTGGTTTTATATTGGTCATCAATAGAATCCAGGAAATGCTTATATTATGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155323	TTGGTTTTATATTGGTCATCAATAGAATCCAGGAAATGCTTATATTATGG	155372

AL662844.12	1101	GGATTTTCAAGATTATTACCTGAAGGAAAACGTGACAGAAACAGCTCTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155373	GGATTTTCAAGATTATTACCTGAAGGAAAACGTGACAGAAACAGCTCTAG	155422

AL662844.12	1151	TCTCCCCTTCCCTTACACTTGGAGAACCTGAGTTTTGGGGGTGATGGTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155423	TCTCCCCTTCCCTTACACTTGGAGAACCTGAGTTTTGGGGGTGATGGTAA	155472

AL662844.12	1201	TGTGCCCAGCTGAAGAAAACCATTTCCCAAATCCCCAATTTCCCGGTCCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155473	TGTGCCCAGCTGAAGAAAACCATTTCCCAAATCCCCAATTTCCCGGTCCC	155522

AL662844.12	1251	CCTTGCAGCCAGTGCAGTGAGGAGATACAGCTCTGGCCAATGTGATAAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155523	CCTTGCAGCCAGTGCAGTGAGGAGATACAGCTCTGGCCAATGTGATAAAG	155572

AL662844.12	1301	GCATAAGTTCCTGGGGATGGTGTCCCTTCCAGATGAAAAGGCCAAAGCTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155573	GCATAAGTTCCTGGGGATGGTGTCCCTTCCAGATGAAAAGGCCAAAGCTC	155622

AL662844.12	1351	ATGAGGAGAAAGCCCTTTGCCCCTTCCCCTTCGTTCCTCTTCCTACCTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155623	ATGAGGAGAAAGCCCTTTGCCCCTTCCCCTTCGTTCCTCTTCCTACCTGG	155672

AL662844.12	1401	AATGCAGATATGAGACCTGGGGCTCAGCAATGCTGAGGTCAGGGGGAGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155673	AATGCAGATATGAGACCTGGGGCTCAGCAATGCTGAGGTCAGGGGGAGAC	155722

AL662844.12	1451	CCACAGCAGGGTGAAGGCTTCAAGCTGAGAGTGGAGCAGAGGGAAGAAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155723	CCACAGCAGGGTGAAGGCTTCAAGCTGAGAGTGGAGCAGAGGGAAGAAAT	155772

AL662844.12	1501	CACTTGGGTGCCCGATGGCAATACTGAGCCCTGGGCTGCTCCTCTCGGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155773	CACTTGGGTGCCCGATGGCAATACTGAGCCCTGGGCTGCTCCTCTCGGAC	155822

AL662844.12	1551	ATTTCGTATATGAGATGAGCAGTGTGCCGGAGCTCAGTGAGGTGAGCTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155823	ATTTCGTATATGAGATGAGCAGTGTGCCGGAGCTCAGTGAGGTGAGCTTC	155872

AL662844.12	1601	TTGTGATTCCAGCTAAATGGGATCCTAAATGATATGACACATAAACATCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155873	TTGTGATTCCAGCTAAATGGGATCCTAAATGATATGACACATAAACATCA	155922

AL662844.12	1651	TCTAGAACATGCAGACTTCTGCGAATATCTCCATGACACATTTGGGAAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155923	TCTAGAACATGCAGACTTCTGCGAATATCTCCATGACACATTTGGGAAGA	155972

AL662844.12	1701	CACAGTGCTCAGGATTTTAAGAATGTGGGAGCTACACATAGTGGGGAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	155973	CACAGTGCTCAGGATTTTAAGAATGTGGGAGCTACACATAGTGGGGAATG	156022

AL662844.12	1751	GGAGAATAATAAAATGATCTCCCTCTTCTGCCCCCATGGAGGCAGCAAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	156023	GGAGAATAATAAAATGATCTCCCTCTTCTGCCCCCATGGAGGCAGCAAGT	156072

AL662844.12	1801	GGCCAAGGGAGAATTTTGTGATTAGAGATACTTGCATGAATATCAGTTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	156073	GGCCAAGGGAGAATTTTGTGATTAGAGATACTTGCATGAATATCAGTTTA	156122

AL662844.12	1851	TTGCAGGAAAAAAGAGTGACAGAAGAGTCTCTTGGTTAATATACAGGCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	156123	TTGCAGGAAAAAAGAGTGACAGAAGAGTCTCTTGGTTAATATACAGGCAG	156172

AL662844.12	1901	GAAAAGTCCAATGTGTTTCTATAAAATCTTCCTCCTGAAGTTCAGGCTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	156173	GAAAAGTCCAATGTGTTTCTATAAAATCTTCCTCCTGAAGTTCAGGCTGG	156222

AL662844.12	1951	GGTTTGGGGCTGGGCATTTGTCAAAGGGTATTGGCAAGCACAAGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669830.9	156223	GGTTTGGGGCTGGGCATTTGTCAAAGGGTATTGGCAAGCACAAGGAATTC	156272

Overview

Query
AL662844.12 - 204298 bps
Hit
AL669830.9 - 156272 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link