<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662791.3	1	GAATTCTACCAGACATTCAAAGAAGAATTGGTACCAATCCTATTGACGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101159	GAATTCTACCAGACATTCAAAGAAGAATTGGTACCAATCCTATTGACGCT	101208

AL662791.3	51	ATTCCACAAGATAGAGGATGAGGGAACCCTCCCTAATTCATTCTATGAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101209	ATTCCACAAGATAGAGGATGAGGGAACCCTCCCTAATTCATTCTATGAAG	101258

AL662791.3	101	CCGGTATCACCCTAATACCAAAACCAGGAAAGGACATAACCAAAAAAGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101259	CCGGTATCACCCTAATACCAAAACCAGGAAAGGACATAACCAAAAAAGAA	101308

AL662791.3	151	AACTACAGACCAATATCCCTGATGAACATAGATGCTCAAATCCTTAACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101309	AACTACAGACCAATATCCCTGATGAACATAGATGCTCAAATCCTTAACAA	101358

AL662791.3	201	AATACTAGCTAACCGAATCCAACAACATATCAAAAAGATAATCCACATTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101359	AATACTAGCTAACCGAATCCAACAACATATCAAAAAGATAATCCACATTG	101408

AL662791.3	251	ATCAAGTGGGTTTCATACCAGGATGCAGGGATGGTTTAACATACACAAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101409	ATCAAGTGGGTTTCATACCAGGATGCAGGGATGGTTTAACATACACAAGT	101458

AL662791.3	301	ATGTGTGCAATAAATGTGATACACCACATAAACAGGGTTAAAAACAAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101459	ATGTGTGCAATAAATGTGATACACCACATAAACAGGGTTAAAAACAAAAA	101508

AL662791.3	351	TTACACAATCATCTCAATAGATGCAGAAAAAGCATTCAACAATATCAAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101509	TTACACAATCATCTCAATAGATGCAGAAAAAGCATTCAACAATATCAAGC	101558

AL662791.3	401	ATCCTTTTATGATTAAAATTCTTAGCAAAATCGGGATACAAGGGACATAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101559	ATCCTTTTATGATTAAAATTCTTAGCAAAATCGGGATACAAGGGACATAC	101608

AL662791.3	451	CTCAACGTAATAAAAGCCATCTATGACAAACCTACATGCAACATAATCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101609	CTCAACGTAATAAAAGCCATCTATGACAAACCTACATGCAACATAATCTG	101658

AL662791.3	501	AATGGGGAAAAGTTGAAAGCATTCCCTCTGAGAACTGAAACAAAACAAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101659	AATGGGGAAAAGTTGAAAGCATTCCCTCTGAGAACTGAAACAAAACAAGG	101708

AL662791.3	551	ATACCCACTGTCACCACTCCTCTTCAACATAGTACTGAAAGTCCTAGCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101709	ATACCCACTGTCACCACTCCTCTTCAACATAGTACTGAAAGTCCTAGCCA	101758

AL662791.3	601	GAGCAATCAGATAAGAGAAAGGAAGGGCATCCAAATCAGTAAAGAGGAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101759	GAGCAATCAGATAAGAGAAAGGAAGGGCATCCAAATCAGTAAAGAGGAAC	101808

AL662791.3	651	TCAAACTGTCACTATTTGTTGATGATATGATTGTTTACCTTGAACACCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101809	TCAAACTGTCACTATTTGTTGATGATATGATTGTTTACCTTGAACACCCT	101858

AL662791.3	701	AAAGACTCCTCCAGAAAGCTCCTAGAATGGATAAAAGAATTCAGTAGTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101859	AAAGACTCCTCCAGAAAGCTCCTAGAATGGATAAAAGAATTCAGTAGTTT	101908

AL662791.3	751	CTGGATATAAAATTAATGTACGCAAATCAGTAGCTCTTCTATACAGCAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101909	CTGGATATAAAATTAATGTACGCAAATCAGTAGCTCTTCTATACAGCAAC	101958

AL662791.3	801	AGCAACCAAGTGGAGAATCAAATCAAGAACTCAACCCCGTTTACAATAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	101959	AGCAACCAAGTGGAGAATCAAATCAAGAACTCAACCCCGTTTACAATAGC	102008

AL662791.3	851	TGCAAAAACAATTAAAATACTTAGAAATATACCTAACCAAGGAGGAGAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102009	TGCAAAAACAATTAAAATACTTAGAAATATACCTAACCAAGGAGGAGAAA	102058

AL662791.3	901	GACCTCTACAAGTAAAACTACAAAACACTGCTGAAAGAAATCATAGACAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102059	GACCTCTACAAGTAAAACTACAAAACACTGCTGAAAGAAATCATAGACAA	102108

AL662791.3	951	CACAAACAAATGGAAACACAACCCTTGCTCATGGGTAGAATCAATATTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102109	CACAAACAAATGGAAACACAACCCTTGCTCATGGGTAGAATCAATATTGT	102158

AL662791.3	1001	GAAAATGATCAAACTGCCAAAAGCAATCTATAAATTCAATACAATTCCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102159	GAAAATGATCAAACTGCCAAAAGCAATCTATAAATTCAATACAATTCCCA	102208

AL662791.3	1051	TCAAAATATCACCATCATTCTTCACAGAATTAGAAAAAAAAATCCTAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102209	TCAAAATATCACCATCATTCTTCACAGAATTAGAAAAAAAAATCCTAAAA	102258

AL662791.3	1101	TTCATATGGAATGGAAAAAGAGCCCACATAGCCAAAGCAAGACTAAGCAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102259	TTCATATGGAATGGAAAAAGAGCCCACATAGCCAAAGCAAGACTAAGCAA	102308

AL662791.3	1151	AAAGAACAAATCTGGAGGCATCACATTATCTGATTTCAAACTATACTATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102309	AAAGAACAAATCTGGAGGCATCACATTATCTGATTTCAAACTATACTATA	102358

AL662791.3	1201	AGGCCATAGTCACCAAAACAGCATGGTACAGGTATAAAAATAGGCACATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102359	AGGCCATAGTCACCAAAACAGCATGGTACAGGTATAAAAATAGGCACATA	102408

AL662791.3	1251	GACCAATGGAACAGTAGAGATCCCAGAAATAAACCCAAATACTTACAGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102409	GACCAATGGAACAGTAGAGATCCCAGAAATAAACCCAAATACTTACAGCC	102458

AL662791.3	1301	AACTGATCTTCCACAAAGCAAACAAAAACATAATATGGGGAAAGGACACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102459	AACTGATCTTCCACAAAGCAAACAAAAACATAATATGGGGAAAGGACACT	102508

AL662791.3	1351	CTTTTCAACAAATGTGCTGGGATAATTGGCTAGTCACATGTAGGAGAATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102509	CTTTTCAACAAATGTGCTGGGATAATTGGCTAGTCACATGTAGGAGAATG	102558

AL662791.3	1401	AAACTGGATCCTCATCTCTCACCTTATACAAAAATCAACTCAAGATGGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102559	AAACTGGATCCTCATCTCTCACCTTATACAAAAATCAACTCAAGATGGAT	102608

AL662791.3	1451	TAAGGACTTAAATCTAAGACCTGAAACTATAAAAATTCTGGAAGATAACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102609	TAAGGACTTAAATCTAAGACCTGAAACTATAAAAATTCTGGAAGATAACA	102658

AL662791.3	1501	TTGGAAAAACCCTTCTAGACATTGGCTTAGGCAAGGATTTCATGCCTAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102659	TTGGAAAAACCCTTCTAGACATTGGCTTAGGCAAGGATTTCATGCCTAAG	102708

AL662791.3	1551	AACCCAAAAACAAATGCAATAAAAACAAAGATAAATAGTTGGGACTTAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102709	AACCCAAAAACAAATGCAATAAAAACAAAGATAAATAGTTGGGACTTAAT	102758

AL662791.3	1601	TAAACTAAAGAGCTTTTTCACAGCCAAAGGACAGTCAGCAGAGTAAACAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102759	TAAACTAAAGAGCTTTTTCACAGCCAAAGGACAGTCAGCAGAGTAAACAG	102808

AL662791.3	1651	ACAACTCACAGAGTGGGAGAAAATCTTCACAATCTATACATCTGACAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102809	ACAACTCACAGAGTGGGAGAAAATCTTCACAATCTATACATCTGACAAAA	102858

AL662791.3	1701	GACTAATATCCATAATCTACAATGAACTCAAACAAATCAGTAGGGAAAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102859	GACTAATATCCATAATCTACAATGAACTCAAACAAATCAGTAGGGAAAAG	102908

AL662791.3	1751	AAACAAACAATCCCATCAAAAAGTGGGCTAAGGACAGGAATAGACAATTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102909	AAACAAACAATCCCATCAAAAAGTGGGCTAAGGACAGGAATAGACAATTC	102958

AL662791.3	1801	TCAAAAGAAGATATCCAAATGGCCAGCAAACATATAAAAAATGCTCAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	102959	TCAAAAGAAGATATCCAAATGGCCAGCAAACATATAAAAAATGCTCAACA	103008

AL662791.3	1851	CCACTAATGATCAGGGAAATGCACATCAAAACTACAATGTGATACCACCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	103009	CCACTAATGATCAGGGAAATGCACATCAAAACTACAATGTGATACCACCT	103058

AL662791.3	1901	TACTCCTGCAATAATGACCATAATCAAAAAAATCAAAAAACAGTAGATGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	103059	TACTCCTGCAATAATGACCATAATCAAAAAAATCAAAAAACAGTAGATGT	103108

AL662791.3	1951	TGGTGTGGATGCGGTGATCAGGGAACACTTCTACACTGCTGGTGGGAATG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662871.9	103109	TGGTGTGGATGCGGTGATCAGGGAACACTTCTACACTGCTGGTGGGAATG	103158

Overview

Query
AL662791.3 - 134463 bps
Hit
AL662871.9 - 103158 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link