<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL669830.9	1	TCTTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCCTGAGCCACCCCGCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	59699	TCTTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCCTGAGCCACCCCGCCAG	59748

AL669830.9	51	GCCTCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTAAGCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	59749	GCCTCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTAAGCTG	59798

AL669830.9	101	CTCCTTGCTGAGCAGGGCTAACTAGTAAGCAGTGGTCTGTCCCAATCTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	59799	CTCCTTGCTGAGCAGGGCTAACTAGTAAGCAGTGGTCTGTCCCAATCTTT	59848

AL669830.9	151	CTATTATGTTTCTTTTTCTTATTGCTTTGTAACAGCTTTTTGTATTTTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	59849	CTATTATGTTTCTTTTTCTTATTGCTTTGTAACAGCTTTTTGTATTTTGT	59898

AL669830.9	201	TTATTTCATCAACCATTTCTTCCTAGATTGTAAATTGTCTTTCAACCTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	59899	TTATTTCATCAACCATTTCTTCCTAGATTGTAAATTGTCTTTCAACCTTA	59948

AL669830.9	251	CCTAAAGTTTGCCATAAAGAAGCTCTGTCAATTTTTAGCTTTTCTTTGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	59949	CCTAAAGTTTGCCATAAAGAAGCTCTGTCAATTTTTAGCTTTTCTTTGAA	59998

AL669830.9	301	GATTTTAAAACATTAATTGCTAAAAAGACAGGGACAACAGAAAACATGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	59999	GATTTTAAAACATTAATTGCTAAAAAGACAGGGACAACAGAAAACATGGG	60048

AL669830.9	351	TGGGCTACAAAGTATAAAAAGTCTTGCATAGTCATTACCATTTTGATCCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60049	TGGGCTACAAAGTATAAAAAGTCTTGCATAGTCATTACCATTTTGATCCC	60098

AL669830.9	401	TGGTTGCTTGCAAATGTGCTTCAAATCCCAGCTTGGGCACTTCCTGTCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60099	TGGTTGCTTGCAAATGTGCTTCAAATCCCAGCTTGGGCACTTCCTGTCTG	60148

AL669830.9	451	ATTGTAGGGATTTTTTTTTTAATTTTTTTTTTTTTAGAGATGGGCATCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60149	ATTGTAGGGATTTTTTTTTTAATTTTTTTTTTTTTAGAGATGGGCATCTC	60198

AL669830.9	501	AGGTTGGGCTCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAAGCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60199	AGGTTGGGCTCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAAGCTG	60248

AL669830.9	551	AGGCAGGTGGGTCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACTAGCCTGGCCAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60249	AGGCAGGTGGGTCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACTAGCCTGGCCAACA	60298

AL669830.9	601	TGTTGAAACCCTATCTCTACTAAAAATACCAGAATTAGCCGGGCGTGGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60299	TGTTGAAACCCTATCTCTACTAAAAATACCAGAATTAGCCGGGCGTGGTG	60348

AL669830.9	651	GCACACACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTAAGAGAATCGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60349	GCACACACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTAAGAGAATCGC	60398

AL669830.9	701	TTGAACCCGGGAGGCTGAGGTTGCCGTGAGCTGAGATCATGCAACTGCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60399	TTGAACCCGGGAGGCTGAGGTTGCCGTGAGCTGAGATCATGCAACTGCAC	60448

AL669830.9	751	TCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGAGACTCCGTTTCAAAAAAAAAAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60449	TCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGAGACTCCGTTTCAAAAAAAAAAAAAAA	60498

AL669830.9	801	AGAGAGAGAGAAATGGGGGTCTCCCTCTGTCACCCAGGCTGGTGCGATCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60499	AGAGAGAGAGAAATGGGGGTCTCCCTCTGTCACCCAGGCTGGTGCGATCA	60548

AL669830.9	851	TAGCTCACTGTAGCCTCAAACTCCTAGTCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60549	TAGCTCACTGTAGCCTCAAACTCCTAGTCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCA	60598

AL669830.9	901	GCCTCCCAAGTAGCTGGGGGTCACAGCTCTGAGCCACCTCGCCAGGCTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60599	GCCTCCCAAGTAGCTGGGGGTCACAGCTCTGAGCCACCTCGCCAGGCTGC	60648

AL669830.9	951	AGGCAAATTTCTTAATCTTGCCGGGCTCCAGTCTTCCAGTCTATAAGGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60649	AGGCAAATTTCTTAATCTTGCCGGGCTCCAGTCTTCCAGTCTATAAGGTG	60698

AL669830.9	1001	GGAATAACAAAATTTGCATATAGGAATTTGGGGAAACGTGTAGTTCTGGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60699	GGAATAACAAAATTTGCATATAGGAATTTGGGGAAACGTGTAGTTCTGGG	60748

AL669830.9	1051	TTTGGGTGAAGACCTCCACTTTTGTAGTAGGTTCATAAATCAAATCAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60749	TTTGGGTGAAGACCTCCACTTTTGTAGTAGGTTCATAAATCAAATCAGAG	60798

AL669830.9	1101	CAAATAGTTGGTGTCTTAAAAACTGTATTTATCTGGGTCTTCTAAGTAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60799	CAAATAGTTGGTGTCTTAAAAACTGTATTTATCTGGGTCTTCTAAGTAAA	60848

AL669830.9	1151	CGGTTTGAGGAGTGGTGGAGGCAGAAATTAAGATTTACTGAGTACTTAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60849	CGGTTTGAGGAGTGGTGGAGGCAGAAATTAAGATTTACTGAGTACTTAGG	60898

AL669830.9	1201	GTCAAGTAAGGTGCACTGGATCGTGTTAATCGTTAACTCGTGGAAACCGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60899	GTCAAGTAAGGTGCACTGGATCGTGTTAATCGTTAACTCGTGGAAACCGC	60948

AL669830.9	1251	CCAGAGTGTGTACGCTTTCTTTCTTTTCTTTCCTTTTCTTTTTTTTTGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60949	CCAGAGTGTGTACGCTTTCTTTCTTTTCTTTCCTTTTCTTTTTTTTTGAG	60998

AL669830.9	1301	ACGGAGTTTCACTCTTGTCGCCCAGGCTGGCGTGTAATGGCATGGTCCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	60999	ACGGAGTTTCACTCTTGTCGCCCAGGCTGGCGTGTAATGGCATGGTCCTG	61048

AL669830.9	1351	GCTCACTGCAACTCCGCCTCCAGGGTTCAAGCGATTCACCTGCCTCAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61049	GCTCACTGCAACTCCGCCTCCAGGGTTCAAGCGATTCACCTGCCTCAGCC	61098

AL669830.9	1401	TCCAGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCACGCCCGGCTAATTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61099	TCCAGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCACGCCCGGCTAATTTT	61148

AL669830.9	1451	TGTATTTTTAGTAAAGACGGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61149	TGTATTTTTAGTAAAGACGGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTC	61198

AL669830.9	1501	GAACTCCTGACCTCGGGTGATTCGCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61199	GAACTCCTGACCTCGGGTGATTCGCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGG	61248

AL669830.9	1551	ATTACAGGCGTGAGTCACCGCGCCCGGCCTGGAGTGTGTATTATCCCAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61249	ATTACAGGCGTGAGTCACCGCGCCCGGCCTGGAGTGTGTATTATCCCAAT	61298

AL669830.9	1601	TTTATGGGGAGTAATTGTGCTCACTCGGCTCACCACCAAGTCGCCAGAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61299	TTTATGGGGAGTAATTGTGCTCACTCGGCTCACCACCAAGTCGCCAGAGC	61348

AL669830.9	1651	GCGCCTCCGCAAGGAAGCCCTCCAGGCACTTCTACTTTCCCGGACCCGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61349	GCGCCTCCGCAAGGAAGCCCTCCAGGCACTTCTACTTTCCCGGACCCGCC	61398

AL669830.9	1701	TCCCGCTCCAGCCGGTTACACGCGCCGTTAGCAGCGTGGGCGGAGTTGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61399	TCCCGCTCCAGCCGGTTACACGCGCCGTTAGCAGCGTGGGCGGAGTTGGT	61448

AL669830.9	1751	TCTGCCTTCGCGGAACCAACTGGTCCAGCTTCTGGTGTCTCCCCTCGCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61449	TCTGCCTTCGCGGAACCAACTGGTCCAGCTTCTGGTGTCTCCCCTCGCTC	61498

AL669830.9	1801	AATTAAAAGCCAGCTCCTCTCCTTTCGGCTTCCCCACGGTGCCTTTCGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61499	AATTAAAAGCCAGCTCCTCTCCTTTCGGCTTCCCCACGGTGCCTTTCGGG	61548

AL669830.9	1851	ATTTGTAGTCAGACGCGCTTCAGCCGGCTCTAAGGAGAGCAAAGGCAAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61549	ATTTGTAGTCAGACGCGCTTCAGCCGGCTCTAAGGAGAGCAAAGGCAAGA	61598

AL669830.9	1901	CTCCAATTCCCAGCATCCCCCGCGCCCGGAGAGTGCAGCGTCTATTCTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61599	CTCCAATTCCCAGCATCCCCCGCGCCCGGAGAGTGCAGCGTCTATTCTCA	61648

AL669830.9	1951	TCCTCTTCACTTTTCCACTCCTCCCCTTACCTCCCTTCTCTTCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662870.16	61649	TCCTCTTCACTTTTCCACTCCTCCCCTTACCTCCCTTCTCTTCTGAATTC	61698

Overview

Query
AL669830.9 - 156272 bps
Hit
AL662870.16 - 61698 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link