<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2003 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

AL645936.5	1	GAATTCAAGGACTTGGATGGTAGCTAGGGGGAAGTGAAGTCAAGAGAAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	47695	GAATTCAAGGACTTGGATGGTAGCTAGGGGGAAGTGAAGTCAAGAGAAGA	47744

AL645936.5	51	TTATTTTCTGATGAGTGAAATCAAAGTATGTTTATGTATTGATGGGGATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	47745	TTATTTTCTGATGAGTGAAATCAAAGTATGTTTATGTATTGATGGGGATG	47794

AL645936.5	101	GTCCACTGGAAGGACAAATTATATTACAGGAAAGAGGGGAAAGATTAGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	47795	GTCCACTGGAAGGACAAATTATATTACAGGAAAGAGGGGAAAGATTAGAG	47844

AL645936.5	151	TAATGTCCCTGAATAAGTGGAAAGGGATGGAATATAGTGGGCAAGTGGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	47845	TAATGTCCCTGAATAAGTGGAAAGGGATGGAATATAGTGGGCAAGTGGGG	47894

AL645936.5	201	GTACTGGCATCAGACAGATGCAAAATAGTATATTCCTAGCAGTATCAGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	47895	GTACTGGCATCAGACAGATGCAAAATAGTATATTCCTAGCAGTATCAGAA	47944

AL645936.5	251	GAAAAGGTGGAGTCCCATATGTGAGCACAGATGCAAGTAGGTGAACAGGT	300
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
AL662860.3	47945	GAAAAGGTGGAGTCCCATATGTGAGCACAGATGCAAGTAGGTGAACAGAT	47994

AL645936.5	301	GGGTTAGTAAGAACTTCTCTTTTTATTGCTTTACATTTTTTCAGTAAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	47995	GGGTTAGTAAGAACTTCTCTTTTTATTGCTTTACATTTTTTCAGTAAAAA	48044

AL645936.5	351	ATGAAGTAAAATTTTTATCTGAGAAAGATGATATTATTTGAGAGAGAGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48045	ATGAAGTAAAATTTTTATCTGAGAAAGATGATATTATTTGAGAGAGAGGA	48094

AL645936.5	401	GTACTGGGGATTTGAGGGGAGACCAGAAAGTATGCATGAGTTACGTAGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48095	GTACTGGGGATTTGAGGGGAGACCAGAAAGTATGCATGAGTTACGTAGGA	48144

AL645936.5	451	GAGGGGAAAGTGAGTGGACTAGGAAAATATGATTATCAATGACATTAGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48145	GAGGGGAAAGTGAGTGGACTAGGAAAATATGATTATCAATGACATTAGCC	48194

AL645936.5	501	CCTTCCTCTTAAAGTAGTGGTCATGAATGTAAAGTGAAACCTCTCAGTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48195	CCTTCCTCTTAAAGTAGTGGTCATGAATGTAAAGTGAAACCTCTCAGTGT	48244

AL645936.5	551	GGCTATTGGCTTTCCTTCGGCCACAGTCAGCTGAACAAATATAGGGAGAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48245	GGCTATTGGCTTTCCTTCGGCCACAGTCAGCTGAACAAATATAGGGAGAG	48294

AL645936.5	601	AGTAGGACTATAGTTGGATTTAAATAGGAAAGCAATTTAGCTGAAAGAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48295	AGTAGGACTATAGTTGGATTTAAATAGGAAAGCAATTTAGCTGAAAGAGT	48344

AL645936.5	651	GTAACAAGTGAAAAGGGCAGGAACATTGATGTATGCAAAGGAGTAATAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48345	GTAACAAGTGAAAAGGGCAGGAACATTGATGTATGCAAAGGAGTAATAGT	48394

AL645936.5	701	GATTGACGAGACAGTCTAAGCTTGATAGAGAACTGAAGATACAAGGGGCG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48395	GATTGACGAGACAGTCTAAGCTTGATAGAGAACTGAAGATACAAGGGGCG	48444

AL645936.5	751	TGAGGGGCCACGATGAATTTGCGGACCTCTCACTGAGGAAGAAACTGAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48445	TGAGGGGCCACGATGAATTTGCGGACCTCTCACTGAGGAAGAAACTGAGA	48494

AL645936.5	801	GGAAAGTATAGAAAGATAATCTATGAGGATACTGAATTCACCAAGAATCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48495	GGAAAGTATAGAAAGATAATCTATGAGGATACTGAATTCACCAAGAATCA	48544

AL645936.5	851	TCACAGTACTGGAGAGAGTGAGAGGGGATCAGGGACAAAAATCTTCAAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48545	TCACAGTACTGGAGAGAGTGAGAGGGGATCAGGGACAAAAATCTTCAAGG	48594

AL645936.5	901	ACGAAGGAGGAGCAAAGGGAAAGAGAATGATGAGAGCCACAAGTGGGGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48595	ACGAAGGAGGAGCAAAGGGAAAGAGAATGATGAGAGCCACAAGTGGGGAG	48644

AL645936.5	951	GTGGACTTTGGAGCAAAGCTGATGACATAACAGTCAAAGCTACATTCAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48645	GTGGACTTTGGAGCAAAGCTGATGACATAACAGTCAAAGCTACATTCAAA	48694

AL645936.5	1001	ACTAATAATGACTTCAACAAATCTACAAAATTCCTGACAGAAAGGGTTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48695	ACTAATAATGACTTCAACAAATCTACAAAATTCCTGACAGAAAGGGTTAT	48744

AL645936.5	1051	TTTCCTTGTTTTACAGATGATGACATTGAGAGTCACTGAAGTTAAACAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48745	TTTCCTTGTTTTACAGATGATGACATTGAGAGTCACTGAAGTTAAACAAT	48794

AL645936.5	1101	TAGCTTAAGGTCACTCCATCAGAGAATGAAATTCTAAACCAGTTCCAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48795	TAGCTTAAGGTCACTCCATCAGAGAATGAAATTCTAAACCAGTTCCAATT	48844

AL645936.5	1151	GAATAGTAGAAATGTTAATGAGAGGGAATTACGCTGCCTTTGGCCTTCAT	1200
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48845	GAATAGTAGAAATATTAATGAGAGGGAATTACGCTGCCTTTGGCCTTCAT	48894

AL645936.5	1201	ACACTGCCAGAGGCACACTACCCTAAAGGGACTTTCCCTCCAGAATTTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48895	ACACTGCCAGAGGCACACTACCCTAAAGGGACTTTCCCTCCAGAATTTCC	48944

AL645936.5	1251	TCTTCCCCACTCTTGGGGACTCCTCTCCGGACACCTTCATGCAAAGTACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48945	TCTTCCCCACTCTTGGGGACTCCTCTCCGGACACCTTCATGCAAAGTACT	48994

AL645936.5	1301	AATGATAGGAGTGGGACATCTATTCCCCAGAGCTCCATCCTCTCTTCTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48995	AATGATAGGAGTGGGACATCTATTCCCCAGAGCTCCATCCTCTCTTCTAA	49044

AL645936.5	1351	ATAACAGGGAACGTTGAGTCCCCTGTTTTTTCTCTAGTGAGAGCACTCAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49045	ATAACAGGGAACGTTGAGTCCCCTGTTTTTTCTCTAGTGAGAGCACTCAT	49094

AL645936.5	1401	CAGCATGCTTCCTCCTTCTCTCTAACTGTGTCCTTTAGATCCAGGAGGGA	1450
			||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49095	CAGCATGCTTCCTC---CTCTCTAACTGTGTCCTTTAGATCCAGGAGGGA	49141

AL645936.5	1451	TATTTGCTACCACCACCAGCTAATGCTGATTTGCTACCAGCACAAGGCCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49142	TATTTGCTACCACCACCAGCTAATGCTGATTTGCTACCAGCACAAGGCCC	49191

AL645936.5	1501	AGGTCCTTGTCTGGTCTGTACCCCATTACAAGGTTCTCCAGGAACAGACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49192	AGGTCCTTGTCTGGTCTGTACCCCATTACAAGGTTCTCCAGGAACAGACA	49241

AL645936.5	1551	TCACCACCTCTGCCTAGATCCTGAAATTTCACAAATGTAGGTTCTTTCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49242	TCACCACCTCTGCCTAGATCCTGAAATTTCACAAATGTAGGTTCTTTCTT	49291

AL645936.5	1601	ACCCGTTCTTTTTATTCCTCTATTTACAAGCACAATGACACCCACCCCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49292	ACCCGTTCTTTTTATTCCTCTATTTACAAGCACAATGACACCCACCCCTC	49341

AL645936.5	1651	ATCTTCTTCCTGAAATACCTGGCTCTGATCTCAGGCATCCATTCCAGAAA	1700
			 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
AL662860.3	49342	GTCTTCTTCCTGAAATACCTGGCTCTGATCCCAGGCATCCATTCCAGAAA	49391

AL645936.5	1701	TCAACACAGCTATGCAATTGCATCTTTTATTAAATACTCCCAACTCCATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49392	TCAACACAGCTATGCAATTGCATCTTTTATTAAATACTCCCAACTCCATT	49441

AL645936.5	1751	TCAAATCCAGAGAATCCAGAGCAGGAGCAAGAGACCAACCTATCATCTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49442	TCAAATCCAGAGAATCCAGAGCAGGAGCAAGAGACCAACCTATCATCTGG	49491

AL645936.5	1801	AAACTCAAGGTGTAAACATTAGTGCCAAAGATTAGTCATGAAGGTAAGTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49492	AAACTCAAGGTGTAAACATTAGTGCCAAAGATTAGTCATGAAGGTAAGTT	49541

AL645936.5	1851	GGGTATTACAGTGCCCTACAACAAAATGGTCTTGTGCCGAGAGCCACATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49542	GGGTATTACAGTGCCCTACAACAAAATGGTCTTGTGCCGAGAGCCACATT	49591

AL645936.5	1901	CTGAAATACCAAGTGAAGTTTGATGACACATTATATTATATATTTCACAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49592	CTGAAATACCAAGTGAAGTTTGATGACACATTATATTATATATTTCACAA	49641

AL645936.5	1951	CAGATTTGTCTTCTAGATGTGTGAGGGAGATGATGGGTTTATGTGTACAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49642	CAGATTTGTCTTCTAGATGTGTGAGGGAGATGATGGGTTTATGTGTACAG	49691

AL645936.5	2001	GTG	2003
			|||
AL662860.3	49692	GTG	49694

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

AL645936.5	251	GAAAAGGTGGAGTCCCATATGTGAGCACAGATGCAAGTAGGTGAACAGGT	300
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
AL662860.3	47945	GAAAAGGTGGAGTCCCATATGTGAGCACAGATGCAAGTAGGTGAACAGAT	47994

skip 850 bps 100% identity alignment

AL645936.5	1151	GAATAGTAGAAATGTTAATGAGAGGGAATTACGCTGCCTTTGGCCTTCAT	1200
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	48845	GAATAGTAGAAATATTAATGAGAGGGAATTACGCTGCCTTTGGCCTTCAT	48894

skip 200 bps 100% identity alignment

AL645936.5	1401	CAGCATGCTTCCTCCTTCTCTCTAACTGTGTCCTTTAGATCCAGGAGGGA	1450
			||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662860.3	49095	CAGCATGCTTCCTC---CTCTCTAACTGTGTCCTTTAGATCCAGGAGGGA	49141

skip 200 bps 100% identity alignment

AL645936.5	1651	ATCTTCTTCCTGAAATACCTGGCTCTGATCTCAGGCATCCATTCCAGAAA	1700
			 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
AL662860.3	49342	GTCTTCTTCCTGAAATACCTGGCTCTGATCCCAGGCATCCATTCCAGAAA	49391

skip 303 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL645936.5 - 155874 bps
Hit
AL662860.3 - 49694 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2003 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link