<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662828.5	1	GAATTCTCTCTCCTCACCTGCAGCATCATCTGTTACCTCACCTTCGGAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86460	GAATTCTCTCTCCTCACCTGCAGCATCATCTGTTACCTCACCTTCGGAGA	86509

AL662828.5	51	CAAGATCAAGGTGCCTCACAGCCCCTCAGGCCCACCCCCAGCCCCTCCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86510	CAAGATCAAGGTGCCTCACAGCCCCTCAGGCCCACCCCCAGCCCCTCCCT	86559

AL662828.5	101	GAGCCTCTCCTTGTCCTGAACTGAAAGTACTCCCTCCTTTTCTGGCAGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86560	GAGCCTCTCCTTGTCCTGAACTGAAAGTACTCCCTCCTTTTCTGGCAGGA	86609

AL662828.5	151	CGACAACTTAATGCCTGCCTATTACAAATGTATCCAGGAGGTGTTAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86610	CGACAACTTAATGCCTGCCTATTACAAATGTATCCAGGAGGTGTTAAAAA	86659

AL662828.5	201	CCTGGAGCCACTGGTCCATCCAAATTGTGGACGTGATTCCCTTTCTCAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86660	CCTGGAGCCACTGGTCCATCCAAATTGTGGACGTGATTCCCTTTCTCAGG	86709

AL662828.5	251	GTGAGGACCTGGAGCCTAGACACCCCTGGGTTGTAGGGGAGAGGCTGGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86710	GTGAGGACCTGGAGCCTAGACACCCCTGGGTTGTAGGGGAGAGGCTGGGG	86759

AL662828.5	301	TGGAGGGAGAGGCTCCTTCCCACAGCTGCATTCTCATGCTTCCTGCCGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86760	TGGAGGGAGAGGCTCCTTCCCACAGCTGCATTCTCATGCTTCCTGCCGCA	86809

AL662828.5	351	GTTCTTCCCCAATCCAGGTCTCCGGAGGCTGAAGCAGGCCATAGAGAAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86810	GTTCTTCCCCAATCCAGGTCTCCGGAGGCTGAAGCAGGCCATAGAGAAGA	86859

AL662828.5	401	GGGATCACATCGTGGAGATGCAGCTGAGGCAGCACAAGGTGGGGACTGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86860	GGGATCACATCGTGGAGATGCAGCTGAGGCAGCACAAGGTGGGGACTGTA	86909

AL662828.5	451	CGTGGACGGCCTCCCCTCGGCCCACAGCCAGTGATGCTACCGGCCTCAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86910	CGTGGACGGCCTCCCCTCGGCCCACAGCCAGTGATGCTACCGGCCTCAGC	86959

AL662828.5	501	ATTGCTATGAGGCGGGTTCTTTTGCATACCCCAGTTATGGGCCTGTTGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	86960	ATTGCTATGAGGCGGGTTCTTTTGCATACCCCAGTTATGGGCCTGTTGCC	87009

AL662828.5	551	ACTCTGTACTCCTCTCCCCAGGCCAGCCGCTCAGCCCGCTCCTTTCACCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87010	ACTCTGTACTCCTCTCCCCAGGCCAGCCGCTCAGCCCGCTCCTTTCACCC	87059

AL662828.5	601	TCTGCAGGAGAGCCTCGTGGCAGGCCAGTGGAGGGACATGATGGACTACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87060	TCTGCAGGAGAGCCTCGTGGCAGGCCAGTGGAGGGACATGATGGACTACA	87109

AL662828.5	651	TGCTCCAAGGGGTGGCGCAGCCGAGCATGGAAGAGGGCTCTGGACAGCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87110	TGCTCCAAGGGGTGGCGCAGCCGAGCATGGAAGAGGGCTCTGGACAGCTC	87159

AL662828.5	701	CTGGAAGGGCACGTGCACATGGCTGCAGTGGACCTCCTGATCGGTGGCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87160	CTGGAAGGGCACGTGCACATGGCTGCAGTGGACCTCCTGATCGGTGGCAC	87209

AL662828.5	751	TGAGACCACAGCAAACACCCTCTCCTGGGCCGTGGTTTTTTTGCTTCACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87210	TGAGACCACAGCAAACACCCTCTCCTGGGCCGTGGTTTTTTTGCTTCACC	87259

AL662828.5	801	ACCCTGAGGTGCGTCCTGGGGACAAGCAAAAGGCTCCTTCCCAGCAACCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87260	ACCCTGAGGTGCGTCCTGGGGACAAGCAAAAGGCTCCTTCCCAGCAACCT	87309

AL662828.5	851	GGCCAGGGCGGTGGGCACCCTCACTCAGCTCTGAGCACTGTGCGGCTGGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87310	GGCCAGGGCGGTGGGCACCCTCACTCAGCTCTGAGCACTGTGCGGCTGGG	87359

AL662828.5	901	GCTGTGCTTGCCTCACCGGCACTCAGGCTCACTGGGTTGCTGAGGGAGCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87360	GCTGTGCTTGCCTCACCGGCACTCAGGCTCACTGGGTTGCTGAGGGAGCG	87409

AL662828.5	951	GCTGGAGGCTGGGCAGCTGTGGGCTGCTGGGGCAGGACTCCACCCGATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87410	GCTGGAGGCTGGGCAGCTGTGGGCTGCTGGGGCAGGACTCCACCCGATCA	87459

AL662828.5	1001	TTCCCCAGATTCAGCAGCGACTGCAGGAGGAGCTAGACCACGAACTGGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87460	TTCCCCAGATTCAGCAGCGACTGCAGGAGGAGCTAGACCACGAACTGGGC	87509

AL662828.5	1051	CCTGGTGCCTCCAGCTCCCGGGTCCCCTACAAGGACCGTGCACGGCTGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87510	CCTGGTGCCTCCAGCTCCCGGGTCCCCTACAAGGACCGTGCACGGCTGCC	87559

AL662828.5	1101	CTTGCTCAATGCCACCATCGCCGAGGTGCTGCGCCTGCGGCCCGTTGTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87560	CTTGCTCAATGCCACCATCGCCGAGGTGCTGCGCCTGCGGCCCGTTGTGC	87609

AL662828.5	1151	CCTTAGCCTTGCCCCACCGCACCACACGGCCCAGCAGGTGACTCCCGAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87610	CCTTAGCCTTGCCCCACCGCACCACACGGCCCAGCAGGTGACTCCCGAGG	87659

AL662828.5	1201	GTTGGGGATGAGTGAGGAAAGCCCGAGCCCAGGGAGGTCCTGGCCAGCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87660	GTTGGGGATGAGTGAGGAAAGCCCGAGCCCAGGGAGGTCCTGGCCAGCCT	87709

AL662828.5	1251	CTAACTCCAGCCCCCTTCAGCATCTCCGGCTACGACATCCCTGAGGGCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87710	CTAACTCCAGCCCCCTTCAGCATCTCCGGCTACGACATCCCTGAGGGCAC	87759

AL662828.5	1301	AGTCATCATTCCGAACCTCCAAGGCGCCCACCTGGATGAGACGGTCTGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87760	AGTCATCATTCCGAACCTCCAAGGCGCCCACCTGGATGAGACGGTCTGGG	87809

AL662828.5	1351	AGAGGCCACATGAGTTCTGGCCTGGTATGTGGGGGGCCGGGGGCCTGCCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87810	AGAGGCCACATGAGTTCTGGCCTGGTATGTGGGGGGCCGGGGGCCTGCCG	87859

AL662828.5	1401	TGAAAATGTGGTGGAGGCTGGTCCCCGCTGCCGCTGAACGCCTCCCCACC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87860	TGAAAATGTGGTGGAGGCTGGTCCCCGCTGCCGCTGAACGCCTCCCCACC	87909

AL662828.5	1451	CACCTGTCCACCCGCCCGCAGATCGCTTCCTGGAGCCAGGCAAGAACTCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87910	CACCTGTCCACCCGCCCGCAGATCGCTTCCTGGAGCCAGGCAAGAACTCC	87959

AL662828.5	1501	AGAGCTCTGGCCTTCGGCTGCGGTGCCCGCGTGTGCCTGGGCGAGCCGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	87960	AGAGCTCTGGCCTTCGGCTGCGGTGCCCGCGTGTGCCTGGGCGAGCCGCT	88009

AL662828.5	1551	GGCGCGCCTGGAGCTCTTCGTGGTGCTGACCCGACTGCTGCAGGCCTTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88010	GGCGCGCCTGGAGCTCTTCGTGGTGCTGACCCGACTGCTGCAGGCCTTCA	88059

AL662828.5	1601	CGCTGCTGCCCTCCGGGGACGCCCTGCCCTCCCTGCAGCCCCTGCCCCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88060	CGCTGCTGCCCTCCGGGGACGCCCTGCCCTCCCTGCAGCCCCTGCCCCAC	88109

AL662828.5	1651	TGCAGTGTCATCCTCAAGATGCAGCCTTTCCAAGTGCGGCTGCAGCCCCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88110	TGCAGTGTCATCCTCAAGATGCAGCCTTTCCAAGTGCGGCTGCAGCCCCG	88159

AL662828.5	1701	GGGGATGGGGGCCCACAGCCCGGGCCAGAGCCAGTGATGGGGCAGGACCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88160	GGGGATGGGGGCCCACAGCCCGGGCCAGAGCCAGTGATGGGGCAGGACCG	88209

AL662828.5	1751	ATGCCAGCCGGGTACCTCAGTTTCTCCTTTATTGCTCCTGTACGAACCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88210	ATGCCAGCCGGGTACCTCAGTTTCTCCTTTATTGCTCCTGTACGAACCCC	88259

AL662828.5	1801	TCCCCTCCCCCCTGTAAACACAGTGCTGCGAGATCGCTGGCAGAGAAGGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88260	TCCCCTCCCCCCTGTAAACACAGTGCTGCGAGATCGCTGGCAGAGAAGGC	88309

AL662828.5	1851	TTCCTCCAGCGGCTGGGTGGTGAAGGACCCTGGCTCTTCTCTCGGGGCGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88310	TTCCTCCAGCGGCTGGGTGGTGAAGGACCCTGGCTCTTCTCTCGGGGCGA	88359

AL662828.5	1901	CCCCTCAGTGCTCGGCAGTCATACTGGGGTGCGAGAGAGGTGGGCAGCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88360	CCCCTCAGTGCTCGGCAGTCATACTGGGGTGCGAGAGAGGTGGGCAGCAG	88409

AL662828.5	1951	CTCAGCCTCCCCCCGCTGGGGAGCGAAAGTTTCTTGGTCTCAGCTTCATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662849.8	88410	CTCAGCCTCCCCCCGCTGGGGAGCGAAAGTTTCTTGGTCTCAGCTTCATT	88459

Overview

Query
AL662828.5 - 138992 bps
Hit
AL662849.8 - 88459 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link