<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662849.8	1	TTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCATGACCTCGTGATCTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	177895	TTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCATGACCTCGTGATCTGC	177944

AL662849.8	51	CCGCCTTGGCCTCCAGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	177945	CCGCCTTGGCCTCCAGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCC	177994

AL662849.8	101	TGGCCCTTTTTTTTTTAAGACGGAATCTCGCTCTGTCACCCAGGCGCGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	177995	TGGCCCTTTTTTTTTTAAGACGGAATCTCGCTCTGTCACCCAGGCGCGAT	178044

AL662849.8	151	CTTGGCTCACTGCAACCTGCGATCCGACTCCCTGGTTCAAGTGATTGTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178045	CTTGGCTCACTGCAACCTGCGATCCGACTCCCTGGTTCAAGTGATTGTCC	178094

AL662849.8	201	TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGATTACAGGCACATGCCAACACGCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178095	TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGATTACAGGCACATGCCAACACGCCC	178144

AL662849.8	251	AGTTAAGTTTTGTATTCACCGTGTTTCACTATGTTGGCCAGGATGGTCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178145	AGTTAAGTTTTGTATTCACCGTGTTTCACTATGTTGGCCAGGATGGTCTC	178194

AL662849.8	301	AATCTCATGACCTTGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCTCAAAGTGCTGGGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178195	AATCTCATGACCTTGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCTCAAAGTGCTGGGA	178244

AL662849.8	351	TTTCAGGTGTGAGCCACCACGCCCAGCCAGGAGATTACTCTTGATATTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178245	TTTCAGGTGTGAGCCACCACGCCCAGCCAGGAGATTACTCTTGATATTGT	178294

AL662849.8	401	GGCCTAAAGAGCAAAGACTTAGGTTTCCCAGAGAAGGAATTCTGCCTCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178295	GGCCTAAAGAGCAAAGACTTAGGTTTCCCAGAGAAGGAATTCTGCCTCAA	178344

AL662849.8	451	GACTGTCACATAGAAATCCTGCCTGAGTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178345	GACTGTCACATAGAAATCCTGCCTGAGTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACTC	178394

AL662849.8	501	CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCATGAGGTCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178395	CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCATGAGGTCAG	178444

AL662849.8	551	GAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178445	GAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAA	178494

AL662849.8	601	ATACAAAAATTAGCTGGGCGTAGTGGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178495	ATACAAAAATTAGCTGGGCGTAGTGGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACT	178544

AL662849.8	651	TGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCGCTTGAACCTAGGAGGCAGAGGTTGCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178545	TGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCGCTTGAACCTAGGAGGCAGAGGTTGCA	178594

AL662849.8	701	GTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178595	GTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGAC	178644

AL662849.8	751	TCCGTCTCAAAAAAAAAAAAGAAGACTATAGTTAATGAACAAGCAATCGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178645	TCCGTCTCAAAAAAAAAAAAGAAGACTATAGTTAATGAACAAGCAATCGG	178694

AL662849.8	801	CCGGGCGCGGTGGTTCACGCCTGTAATCCCAGCACTGTGGGAGGCCGAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178695	CCGGGCGCGGTGGTTCACGCCTGTAATCCCAGCACTGTGGGAGGCCGAGA	178744

AL662849.8	851	CGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATGGAGACCATCCTGGCTAACACGGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178745	CGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATGGAGACCATCCTGGCTAACACGGTG	178794

AL662849.8	901	AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178795	AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCA	178844

AL662849.8	951	GGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178845	GGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTG	178894

AL662849.8	1001	AACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178895	AACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCC	178944

AL662849.8	1051	AGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCACAACAACAACAACAACAACAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178945	AGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCACAACAACAACAACAACAACAA	178994

AL662849.8	1101	AAACAATGAACAAGCAGTCATGGTGCAATGTGATAAGACACCCAGGTGTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	178995	AAACAATGAACAAGCAGTCATGGTGCAATGTGATAAGACACCCAGGTGTT	179044

AL662849.8	1151	CTGAGAGTCAGAGGAGGGCTCAGGGGCCCCGTGGTCTATGCCTCAACGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179045	CTGAGAGTCAGAGGAGGGCTCAGGGGCCCCGTGGTCTATGCCTCAACGTT	179094

AL662849.8	1201	GGTGCTGGCTTTCCCTTCCTCATTTCTGTGCTTGCTTTTAGCCCCTGTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179095	GGTGCTGGCTTTCCCTTCCTCATTTCTGTGCTTGCTTTTAGCCCCTGTTG	179144

AL662849.8	1251	TCTTGCCAGGACTCTAAATGTCTCTTAACTGGTCTTCCAGCCCCTACATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179145	TCTTGCCAGGACTCTAAATGTCTCTTAACTGGTCTTCCAGCCCCTACATA	179194

AL662849.8	1301	CTGATTCCAGAATAATATTTCTGAAATGCAAATCAAATCATATCACTTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179195	CTGATTCCAGAATAATATTTCTGAAATGCAAATCAAATCATATCACTTCC	179244

AL662849.8	1351	TTATCTAAAATTCCATATAGCAAATCGCCTTACAAGCTGTAAATGCTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179245	TTATCTAAAATTCCATATAGCAAATCGCCTTACAAGCTGTAAATGCTGTT	179294

AL662849.8	1401	TCTTCCATAAGGCATTCTCTCCTTCCTCCCTGGTCTAGTGTCATTGTGGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179295	TCTTCCATAAGGCATTCTCTCCTTCCTCCCTGGTCTAGTGTCATTGTGGC	179344

AL662849.8	1451	CTTCCTTCCCTCCCCAGCCCTGAAAGGTCCTGAACTTGCAGTTCCTTTAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179345	CTTCCTTCCCTCCCCAGCCCTGAAAGGTCCTGAACTTGCAGTTCCTTTAA	179394

AL662849.8	1501	TGCGCTCTGGGGTTTCATTGCTCACCTGGATGCTTGCATCTCTTCCTTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179395	TGCGCTCTGGGGTTTCATTGCTCACCTGGATGCTTGCATCTCTTCCTTGT	179444

AL662849.8	1551	CAGGTAAACACTCATCTTTTAAGGCTATCTCAAGTTCATTGATGAAACCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179445	CAGGTAAACACTCATCTTTTAAGGCTATCTCAAGTTCATTGATGAAACCT	179494

AL662849.8	1601	TTCTGATCTTCTAGAGAGACCTAATATTCCCCTGTTTGTGTCCCTGTGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179495	TTCTGATCTTCTAGAGAGACCTAATATTCCCCTGTTTGTGTCCCTGTGAA	179544

AL662849.8	1651	CTTTATATGGACTCCTATCTCAGCTTGTATCAGTCAGGATGGCTACATCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179545	CTTTATATGGACTCCTATCTCAGCTTGTATCAGTCAGGATGGCTACATCA	179594

AL662849.8	1701	TGCTGCAGTAACAAACAACCCTGGAATCTCAGTAGCTTAACACAACAGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179595	TGCTGCAGTAACAAACAACCCTGGAATCTCAGTAGCTTAACACAACAGTT	179644

AL662849.8	1751	TTATTTCTCACTATTGCTCTCTGTTGGGTCAGTAGGAGTGTTAGAGTCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179645	TTATTTCTCACTATTGCTCTCTGTTGGGTCAGTAGGAGTGTTAGAGTCTC	179694

AL662849.8	1801	TGATCATCATAGTCACTCAGGCATCCAGATCAAAGGAGGCTCCATCAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179695	TGATCATCATAGTCACTCAGGCATCCAGATCAAAGGAGGCTCCATCAAAA	179744

AL662849.8	1851	GAGGGTGCTGGAGTGTCTTGTGTTACATTGGCAGTTAAATACTTGTGCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179745	GAGGGTGCTGGAGTGTCTTGTGTTACATTGGCAGTTAAATACTTGTGCCT	179794

AL662849.8	1901	GACAGTAACAACACATGTGACTTCTGCTCTTATTTCACTGGCCAAAGCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179795	GACAGTAACAACACATGTGACTTCTGCTCTTATTTCACTGGCCAAAGCAA	179844

AL662849.8	1951	GCCAGTTAGGCCTCTTGCAGTGGCCTAACTTCAGGAGGGCTGAGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662834.8	179845	GCCAGTTAGGCCTCTTGCAGTGGCCTAACTTCAGGAGGGCTGAGGAATTC	179894

Overview

Query
AL662849.8 - 88459 bps
Hit
AL662834.8 - 179894 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link