<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL845556.2	1	CGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	166888	CGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTGT	166937

AL845556.2	51	TTCTTTTCTGATTTGCAAAAAGGTTTATAACTTTTGATACTCACATCTGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	166938	TTCTTTTCTGATTTGCAAAAAGGTTTATAACTTTTGATACTCACATCTGC	166987

AL845556.2	101	TACTTTCTATTAGAACCTAGCAGTCCTTCGTGGTACTTTCATCTACTGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	166988	TACTTTCTATTAGAACCTAGCAGTCCTTCGTGGTACTTTCATCTACTGTG	167037

AL845556.2	151	TCTCTGCCGATTCCGTTTCCTGGTGTTTTATCTTCTGGTTGGGTTAAAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167038	TCTCTGCCGATTCCGTTTCCTGGTGTTTTATCTTCTGGTTGGGTTAAAGA	167087

AL845556.2	201	TTATATGTAATTGTTGGGCACAGAGGGCCAGGAAAGAAAAAGATTCCCGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167088	TTATATGTAATTGTTGGGCACAGAGGGCCAGGAAAGAAAAAGATTCCCGG	167137

AL845556.2	251	TGAAGCTAGACCCAAGTACCTCACTGTTGACAAGGGTAACTACTGTCCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167138	TGAAGCTAGACCCAAGTACCTCACTGTTGACAAGGGTAACTACTGTCCTT	167187

AL845556.2	301	TCCTATTTACCTCCCTGCACTCCTTCTTCTCTGTCCTCCCTCCCCACCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167188	TCCTATTTACCTCCCTGCACTCCTTCTTCTCTGTCCTCCCTCCCCACCCA	167237

AL845556.2	351	CCCATGGGAGAGCCTCAGGAGCCTGGGCCAGAATCCCCAACCCCGCAGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167238	CCCATGGGAGAGCCTCAGGAGCCTGGGCCAGAATCCCCAACCCCGCAGTA	167287

AL845556.2	401	GGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGCGACGGAGGAGGAGAAGGAGGAGGAGGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167288	GGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGCGACGGAGGAGGAGAAGGAGGAGGAGGAG	167337

AL845556.2	451	GAGACGGAGACTGTTCGGTCTCCTCTTTCCTCAAATATGGATGCCTCCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167338	GAGACGGAGACTGTTCGGTCTCCTCTTTCCTCAAATATGGATGCCTCCAA	167387

AL845556.2	501	GGAACATAATTCCAGCTCCAAGAGGTCCTGACGTGGGGCCTGGAGGACCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167388	GGAACATAATTCCAGCTCCAAGAGGTCCTGACGTGGGGCCTGGAGGACCC	167437

AL845556.2	551	CAGTACCTGCCGGCAGCATCATCTCCTTGCCATGCTCCAGGTGTCTGAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167438	CAGTACCTGCCGGCAGCATCATCTCCTTGCCATGCTCCAGGTGTCTGAGC	167487

AL845556.2	601	AGCCACCTAGTGCAGTGACCCATCGGGGCTTCCCTTGTGGCCTCCGCGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167488	AGCCACCTAGTGCAGTGACCCATCGGGGCTTCCCTTGTGGCCTCCGCGGT	167537

AL845556.2	651	CCAGAACCTCTCCCAGGTGTGATGGATCCTCCAAGCCGCTCTTTGAGCCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167538	CCAGAACCTCTCCCAGGTGTGATGGATCCTCCAAGCCGCTCTTTGAGCCG	167587

AL845556.2	701	CTGTCCAGGTCTGCAGGTCCTCGTTCAGGGACATGAAATCTCCTTGTCGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167588	CTGTCCAGGTCTGCAGGTCCTCGTTCAGGGACATGAAATCTCCTTGTCGT	167637

AL845556.2	751	AGGCGGACTTAAAGTGTCCTTCGAGGAAGCTCCTGTCCGGAGCCACCACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167638	AGGCGGACTTAAAGTGTCCTTCGAGGAAGCTCCTGTCCGGAGCCACCACC	167687

AL845556.2	801	CAGCCAGACAGCAGCATCTGCAGGTGCGGTGCCCTGGACCTGCCCCAGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167688	CAGCCAGACAGCAGCATCTGCAGGTGCGGTGCCCTGGACCTGCCCCAGGG	167737

AL845556.2	851	TGAGCCGGAGGCGGGGCCAGGGAGGGGAGGGAGGTCGCCCCGCCCACCCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167738	TGAGCCGGAGGCGGGGCCAGGGAGGGGAGGGAGGTCGCCCCGCCCACCCC	167787

AL845556.2	901	AGCTCCTTCCTCCCTCTGTCATTGGTCACAGAACAAGTCAGTCATGATCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167788	AGCTCCTTCCTCCCTCTGTCATTGGTCACAGAACAAGTCAGTCATGATCC	167837

AL845556.2	951	AGATTGAAGGAGAAACCTGGAGCAAAATGGCCCCAGCGCTTCCCCACCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167838	AGATTGAAGGAGAAACCTGGAGCAAAATGGCCCCAGCGCTTCCCCACCTG	167887

AL845556.2	1001	AGAGGGATCAGCTGAGGCCCCGCCCCCCCATCCCTGGGAGAACCGGGCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167888	AGAGGGATCAGCTGAGGCCCCGCCCCCCCATCCCTGGGAGAACCGGGCTG	167937

AL845556.2	1051	GTCACTCTGGGGTCGGGGCGGGGCACACCTGTGCCCGGAGTCTGAGGTCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167938	GTCACTCTGGGGTCGGGGCGGGGCACACCTGTGCCCGGAGTCTGAGGTCA	167987

AL845556.2	1101	CTCACCGGCTGACCCTGGTGGTGGTGCGGGCCCAGGAACCTCAGGCCCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	167988	CTCACCGGCTGACCCTGGTGGTGGTGCGGGCCCAGGAACCTCAGGCCCCT	168037

AL845556.2	1151	CAGTAACACATTCCCTGCGGTCTTCGAGAACTTTCCTCAGGGCGCCCACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168038	CAGTAACACATTCCCTGCGGTCTTCGAGAACTTTCCTCAGGGCGCCCACA	168087

AL845556.2	1201	GCCCTGTGCCATCTTCTCCACCCGCGCTTCACGCTCTGATTCTCGCCGCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168088	GCCCTGTGCCATCTTCTCCACCCGCGCTTCACGCTCTGATTCTCGCCGCG	168137

AL845556.2	1251	GCTGTGGAAGCTCAGGAATCGCGTGTCGCCCACGAAGGCGCCGCGGAGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168138	GCTGTGGAAGCTCAGGAATCGCGTGTCGCCCACGAAGGCGCCGCGGAGGA	168187

AL845556.2	1301	ACTCAGGGCCCACGTGGTGAAGGCGGAGCCCGGCGGCCTTCAAGTACCCG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168188	ACTCAGGGCCCACGTGGTGAAGGCGGAGCCCGGCGGCCTTCAAGTACCCG	168237

AL845556.2	1351	GGGTGCGGGCCTGGGCTCCGGGAACCCGCACATTGCGGGCGGGAGAGGCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168238	GGGTGCGGGCCTGGGCTCCGGGAACCCGCACATTGCGGGCGGGAGAGGCG	168287

AL845556.2	1401	CAGGGTGCCTGGGACGCCGCCCCGCTCGCCTCTCTCCTGGACGCCGTCGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168288	CAGGGTGCCTGGGACGCCGCCCCGCTCGCCTCTCTCCTGGACGCCGTCGC	168337

AL845556.2	1451	CCTGCCTCCCCGCGGGGACACAGCCTCCCTCCCACGTCCCGCCCGGCACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168338	CCTGCCTCCCCGCGGGGACACAGCCTCCCTCCCACGTCCCGCCCGGCACC	168387

AL845556.2	1501	GGAGCCGCTCACTTGGGAGCTTCTTACTGTGTGGGGGGAGCTGGGGAGGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168388	GGAGCCGCTCACTTGGGAGCTTCTTACTGTGTGGGGGGAGCTGGGGAGGG	168437

AL845556.2	1551	GACAGAGGGACGGGAACCAGGGGAGGGTGGCTTGGGGCGGCGGCTCTGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168438	GACAGAGGGACGGGAACCAGGGGAGGGTGGCTTGGGGCGGCGGCTCTGGG	168487

AL845556.2	1601	AGAAGTGACCTGAGGAGTCTGCAGATCCCAGCCCGGGACGGAGGCGCCGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168488	AGAAGTGACCTGAGGAGTCTGCAGATCCCAGCCCGGGACGGAGGCGCCGC	168537

AL845556.2	1651	GAGAGGAGCTACTAAGCCCTCCAAGCCGCCCTTTCCCTCTTGCCTCCCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168538	GAGAGGAGCTACTAAGCCCTCCAAGCCGCCCTTTCCCTCTTGCCTCCCCA	168587

AL845556.2	1701	GCCCAGTTCATCCTGATCTTCTCACCAGCCCAGTTCTCCCTAAGGTCAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168588	GCCCAGTTCATCCTGATCTTCTCACCAGCCCAGTTCTCCCTAAGGTCAGG	168637

AL845556.2	1751	GCCCACAAAGGAACAGGAAGGGGGTTCCGGGACACAGGATCCGGCTTCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168638	GCCCACAAAGGAACAGGAAGGGGGTTCCGGGACACAGGATCCGGCTTCTC	168687

AL845556.2	1801	TGGGTATCTTGGAGTCCAGGAAGGATCCTGGAGATCTCCCACTTTATGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168688	TGGGTATCTTGGAGTCCAGGAAGGATCCTGGAGATCTCCCACTTTATGAA	168737

AL845556.2	1851	GCTCATCCTCCACTGACTCTGATGGCTTCTCTAGAACCCGAGACCAACTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168738	GCTCATCCTCCACTGACTCTGATGGCTTCTCTAGAACCCGAGACCAACTG	168787

AL845556.2	1901	ATAAAGGCGTCCCATCTGGACGCCCTTATCAGTCCTGGGGGAAAAACAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168788	ATAAAGGCGTCCCATCTGGACGCCCTTATCAGTCCTGGGGGAAAAACAAG	168837

AL845556.2	1951	AGCCAAGGGTGAGAGGTGGCCATGAGGTCAGGGAAACCCCTGCAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662833.4	168838	AGCCAAGGGTGAGAGGTGGCCATGAGGTCAGGGAAACCCCTGCAGAATTC	168887

Overview

Query
AL845556.2 - 43003 bps
Hit
AL662833.4 - 168887 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link