<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662831.3	1	CACCTTCCATGGCTCCTCCAGTAAGTTTAATTTGGGATGACTGAGCTCGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159349	CACCTTCCATGGCTCCTCCAGTAAGTTTAATTTGGGATGACTGAGCTCGA	159398

AL662831.3	51	CTCTTGCACACTTAATCTGATCTTTGGCTAAGTTTGTCTTGAGTGTGTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159399	CTCTTGCACACTTAATCTGATCTTTGGCTAAGTTTGTCTTGAGTGTGTTA	159448

AL662831.3	101	TGATTGCATGTGACTGAACATGTCTACAGTGGGATAGCAGTGGGGAAACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159449	TGATTGCATGTGACTGAACATGTCTACAGTGGGATAGCAGTGGGGAAACT	159498

AL662831.3	151	GAGTTTCGATTTCATGGCTCAGTCACTAAGTGATTCCTCTCATGTGGGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159499	GAGTTTCGATTTCATGGCTCAGTCACTAAGTGATTCCTCTCATGTGGGAG	159548

AL662831.3	201	ATCATGGGAATCAGGTCCCAGTCAGGATGAGCGGCAGACAAAACAGTATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159549	ATCATGGGAATCAGGTCCCAGTCAGGATGAGCGGCAGACAAAACAGTATC	159598

AL662831.3	251	TGGAATCTGGTTCACTTGTGAGTCTTTGTGGTTTCTTTATTTGTTGTGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159599	TGGAATCTGGTTCACTTGTGAGTCTTTGTGGTTTCTTTATTTGTTGTGGG	159648

AL662831.3	301	TTTCTATCAATATATAACTCTAAAGATCACAGCCCTCTTCCTCTTTCCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159649	TTTCTATCAATATATAACTCTAAAGATCACAGCCCTCTTCCTCTTTCCAC	159698

AL662831.3	351	AGCCCTCTTCCTCTTTCCTTTTTCATGTTTAATTATAAATATATGATTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159699	AGCCCTCTTCCTCTTTCCTTTTTCATGTTTAATTATAAATATATGATTAC	159748

AL662831.3	401	ATATATAACATTTATATTCTATACATTGATACATGATTCTATGTATTAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159749	ATATATAACATTTATATTCTATACATTGATACATGATTCTATGTATTAAT	159798

AL662831.3	451	ACAGATACATCATAAAGATATATAATGTGATAGTGGCATATTATATGCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159799	ACAGATACATCATAAAGATATATAATGTGATAGTGGCATATTATATGCAA	159848

AL662831.3	501	AAATGGATTTCCTAGATGAAAGATGAAAATAAACTGAATCCCTGGAATGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159849	AAATGGATTTCCTAGATGAAAGATGAAAATAAACTGAATCCCTGGAATGC	159898

AL662831.3	551	AGTAGCTTTCTCAAGTGTTTCTAGAAGTTCAATAACTCAAAATTTATGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159899	AGTAGCTTTCTCAAGTGTTTCTAGAAGTTCAATAACTCAAAATTTATGCC	159948

AL662831.3	601	CTTTTAGGACTCTAAATAAAATTAAAGGAGAGAGAAGAAACTTAGGTTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159949	CTTTTAGGACTCTAAATAAAATTAAAGGAGAGAGAAGAAACTTAGGTTAT	159998

AL662831.3	651	TCAAATCGAATCAAGAAATGAGGTCTTCCAGTAACCATAGAAACTATGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	159999	TCAAATCGAATCAAGAAATGAGGTCTTCCAGTAACCATAGAAACTATGCC	160048

AL662831.3	701	TTAGTCACTCCCTGAACATTAAGTTCATTTAGCACTTTCAAAACTAGTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160049	TTAGTCACTCCCTGAACATTAAGTTCATTTAGCACTTTCAAAACTAGTGA	160098

AL662831.3	751	AAACCAGTATCGTTATTGTCAGGAGGCAAAAGAGAGAAGGATTGAGAGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160099	AAACCAGTATCGTTATTGTCAGGAGGCAAAAGAGAGAAGGATTGAGAGAC	160148

AL662831.3	801	TGTTATTTTGAATTCAAGTAGCAAAAACGTTAGAAAAGACAGGTCTTGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160149	TGTTATTTTGAATTCAAGTAGCAAAAACGTTAGAAAAGACAGGTCTTGAA	160198

AL662831.3	851	CATTGAGGAATCTGAGTTATTGTCACCATAATAAATCAGTGTGTATCTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160199	CATTGAGGAATCTGAGTTATTGTCACCATAATAAATCAGTGTGTATCTCT	160248

AL662831.3	901	AATTTAAAACAATTATATCACTATGAAGATAGTGCCTATGCTTAGTAACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160249	AATTTAAAACAATTATATCACTATGAAGATAGTGCCTATGCTTAGTAACT	160298

AL662831.3	951	GCTTAATAAATTTTCAAAACTATTTTGAAATATAGATTCACTGGAAGCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160299	GCTTAATAAATTTTCAAAACTATTTTGAAATATAGATTCACTGGAAGCTG	160348

AL662831.3	1001	CAAAGAGCATACTGAAATGTCCCCTACATCCTCACCCAGTGCCCCCCAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160349	CAAAGAGCATACTGAAATGTCCCCTACATCCTCACCCAGTGCCCCCCAGT	160398

AL662831.3	1051	GGTTCCTCTTTTTATTGTGGTAAAATATACTTAACTTAAAATGTATCATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160399	GGTTCCTCTTTTTATTGTGGTAAAATATACTTAACTTAAAATGTATCATT	160448

AL662831.3	1101	TTAGCCATTTTAAAGTGTACAATTCAGTGGCATTAAGTACATTTGCAATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160449	TTAGCCATTTTAAAGTGTACAATTCAGTGGCATTAAGTACATTTGCAATA	160498

AL662831.3	1151	TTATACAATCACCACCACTATTTAGTTCCAGATCTTTTTCATCATCCCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160499	TTATACAATCACCACCACTATTTAGTTCCAGATCTTTTTCATCATCCCAA	160548

AL662831.3	1201	ACAGAAACCTGTTTCCATTAAACAGTCACTTCCAATTTTTCCCTATTCCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160549	ACAGAAACCTGTTTCCATTAAACAGTCACTTCCAATTTTTCCCTATTCCA	160598

AL662831.3	1251	GCCCTTAGCAACCACTAATCTGTTTCTGCCTTTACGGATTTGTCTATTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160599	GCCCTTAGCAACCACTAATCTGTTTCTGCCTTTACGGATTTGTCTATTCT	160648

AL662831.3	1301	GTATATTTCATATAAATGGAATCATACAATTTGTAGCTTATTGTGTCTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160649	GTATATTTCATATAAATGGAATCATACAATTTGTAGCTTATTGTGTCTGA	160698

AL662831.3	1351	TTTCTTTCACTTAGCATAATGTTTTCAGGGTTCATCCGTGCTGTAGCAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160699	TTTCTTTCACTTAGCATAATGTTTTCAGGGTTCATCCGTGCTGTAGCAAA	160748

AL662831.3	1401	TGTCAGTATTTCATTCCTTTCTATGGCTGAATAGTAGCCGATTATATGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160749	TGTCAGTATTTCATTCCTTTCTATGGCTGAATAGTAGCCGATTATATGGA	160798

AL662831.3	1451	TATACCACATTTTGTTTATCCATTCAGCCATCAATGGACACTTCCGTTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160799	TATACCACATTTTGTTTATCCATTCAGCCATCAATGGACACTTCCGTTAT	160848

AL662831.3	1501	TTCTGCTTTTTGGCTATTGTGAACAGTGCTGCTATGAACATTTGTGTACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160849	TTCTGCTTTTTGGCTATTGTGAACAGTGCTGCTATGAACATTTGTGTACA	160898

AL662831.3	1551	AGGTTCTGTTTCAGTATCTGTTTTTAGTTTTTTTGTTGGAGGATATAGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160899	AGGTTCTGTTTCAGTATCTGTTTTTAGTTTTTTTGTTGGAGGATATAGGT	160948

AL662831.3	1601	GCGGTTCGTTTGATAGTTTTATATTTTAACTTTTTAAGGAACTACCAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160949	GCGGTTCGTTTGATAGTTTTATATTTTAACTTTTTAAGGAACTACCAAAC	160998

AL662831.3	1651	TGCTCTTCATGGCTGCTGCACCATTTTGCACTCCCACCAGCAATGCACAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	160999	TGCTCTTCATGGCTGCTGCACCATTTTGCACTCCCACCAGCAATGCACAT	161048

AL662831.3	1701	GGTTCTAATTTCTCTCCATCCTAATCTACACTTACTTTCAGTTTGTTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	161049	GGTTCTAATTTCTCTCCATCCTAATCTACACTTACTTTCAGTTTGTTTTG	161098

AL662831.3	1751	TTGTTTATTATAGCCATCCTATAATAACATTCTAGTGGGTATAAAACCGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	161099	TTGTTTATTATAGCCATCCTATAATAACATTCTAGTGGGTATAAAACCGC	161148

AL662831.3	1801	TAGAAGTCAATCCAAAACACTAGACAAAAACCACAAAACCTCTTTGTGGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	161149	TAGAAGTCAATCCAAAACACTAGACAAAAACCACAAAACCTCTTTGTGGT	161198

AL662831.3	1851	TTTGATATACAGTTCTCTAATGAGTAATGATGTTGAGCATCTTATGTGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	161199	TTTGATATACAGTTCTCTAATGAGTAATGATGTTGAGCATCTTATGTGTT	161248

AL662831.3	1901	TGTTGGCTATTTGTATATTTTCTTTGGAAAAAGGTCCTTTCAAGACCTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	161249	TGTTGGCTATTTGTATATTTTCTTTGGAAAAAGGTCCTTTCAAGACCTTT	161298

AL662831.3	1951	GCCCATTTAAAAAAAATAGGTTGCCTTTATGTTTTGAGTTTTAGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662832.5	161299	GCCCATTTAAAAAAAATAGGTTGCCTTTATGTTTTGAGTTTTAGGAATTC	161348

Overview

Query
AL662831.3 - 34830 bps
Hit
AL662832.5 - 161348 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link