<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662830.14	1	TTCTCCATCAGCTCTCTTTTAACTGCCACTTTTACTTGGTCTCTTTTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	136993	TTCTCCATCAGCTCTCTTTTAACTGCCACTTTTACTTGGTCTCTTTTTTT	137042

AL662830.14	51	CTCAACTCCGGTTATCTGCTGCTTATTCCCCCCAACTATTCTTAAGGACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137043	CTCAACTCCGGTTATCTGCTGCTTATTCCCCCCAACTATTCTTAAGGACC	137092

AL662830.14	101	CCTTTTCCCGTACCCATTCAATTCTAAACATTTATCAAGCATCTACCTAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137093	CCTTTTCCCGTACCCATTCAATTCTAAACATTTATCAAGCATCTACCTAC	137142

AL662830.14	151	CATATGACAAGCATTAAGTTCACCTCTCTTCTTTTTCTCTCCAGGACTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137143	CATATGACAAGCATTAAGTTCACCTCTCTTCTTTTTCTCTCCAGGACTCC	137192

AL662830.14	201	ATCTCACTCCATCTCACTCTCCAGTCCTCTGGTCTGGTTTCCTTTGCCCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137193	ATCTCACTCCATCTCACTCTCCAGTCCTCTGGTCTGGTTTCCTTTGCCCT	137242

AL662830.14	251	TTGTCCCTCACTATCTCCCAGCAGTCCAGCTCCCCCCTCCACCTGCCTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137243	TTGTCCCTCACTATCTCCCAGCAGTCCAGCTCCCCCCTCCACCTGCCTTC	137292

AL662830.14	301	TCTGGCCTTTAAAGAGAAGAGATCTCTTTGGCCTTATCCCTGACCCTTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137293	TCTGGCCTTTAAAGAGAAGAGATCTCTTTGGCCTTATCCCTGACCCTTTC	137342

AL662830.14	351	CTTTTCCATGCTCTTTTACCTCTGTACCTTTTCTTTCCTACTTCCTTCGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137343	CTTTTCCATGCTCTTTTACCTCTGTACCTTTTCTTTCCTACTTCCTTCGT	137392

AL662830.14	401	ATCAGTCTCCTTACTTGCCCAAGCTGAGACAACCCCTTCTCACAACATAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137393	ATCAGTCTCCTTACTTGCCCAAGCTGAGACAACCCCTTCTCACAACATAC	137442

AL662830.14	451	AATATGGGTACATCTTTTCTTCCAATGGAAATTTGGCTTCAGGGGTGCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137443	AATATGGGTACATCTTTTCTTCCAATGGAAATTTGGCTTCAGGGGTGCTT	137492

AL662830.14	501	TCTAGAAAAATAAAAAGTGAGGAAGAATGCCGATTCCTCTGGAATGCGCG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137493	TCTAGAAAAATAAAAAGTGAGGAAGAATGCCGATTCCTCTGGAATGCGCG	137542

AL662830.14	551	TGCCTCCTTAATTTGGTAGCCATGTATCTAGTTTTCCACCCCCTCTTCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137543	TGCCTCCTTAATTTGGTAGCCATGTATCTAGTTTTCCACCCCCTCTTCTC	137592

AL662830.14	601	TTCCTCCACTCCCATTATCCCTTTACTAGGATCATTCCATCACTTCACTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137593	TTCCTCCACTCCCATTATCCCTTTACTAGGATCATTCCATCACTTCACTC	137642

AL662830.14	651	TCCTTCATTTCCACCTTTCCCTCTCAATATCTTCCTTCCTAAACCTCAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137643	TCCTTCATTTCCACCTTTCCCTCTCAATATCTTCCTTCCTAAACCTCAAG	137692

AL662830.14	701	CTTCCTGAATCCTCATCTGCCCCAGTCCTTCTTTACGCAACTGCTAACTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137693	CTTCCTGAATCCTCATCTGCCCCAGTCCTTCTTTACGCAACTGCTAACTT	137742

AL662830.14	751	CTCATCTTTCCTTACTCTTGAGTCACATGGGATCTTTTATCAAGGTCCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137743	CTCATCTTTCCTTACTCTTGAGTCACATGGGATCTTTTATCAAGGTCCCC	137792

AL662830.14	801	CCTCTAGCCACACCTTTACCCTGCATTAGTTTACATGCCCTCGGGAAGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137793	CCTCTAGCCACACCTTTACCCTGCATTAGTTTACATGCCCTCGGGAAGAG	137842

AL662830.14	851	GATTGGTAGTGGGAGGACTGTTACCTAATTCTGCTCCTTTAGTCACAGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137843	GATTGGTAGTGGGAGGACTGTTACCTAATTCTGCTCCTTTAGTCACAGTG	137892

AL662830.14	901	AGGGTCAGTGATTGTAGGAAAAGCCCAAACTCCCCGGGGTCCAACCTGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137893	AGGGTCAGTGATTGTAGGAAAAGCCCAAACTCCCCGGGGTCCAACCTGGG	137942

AL662830.14	951	AAGAAGACCCTATTTCTGATGGGCAAATTATAAAGAGGAAAGGGCGGGTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137943	AAGAAGACCCTATTTCTGATGGGCAAATTATAAAGAGGAAAGGGCGGGTC	137992

AL662830.14	1001	TAGCCTCCGCGGGTCTCCTTAAAAGGGGCGGGCTTTGTCCCTTTTGCACC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	137993	TAGCCTCCGCGGGTCTCCTTAAAAGGGGCGGGCTTTGTCCCTTTTGCACC	138042

AL662830.14	1051	ACTCACAAAGGGGTTGAGTCCAGAGCTTTCCTGCTCTGAAGGTTTAAAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138043	ACTCACAAAGGGGTTGAGTCCAGAGCTTTCCTGCTCTGAAGGTTTAAAAC	138092

AL662830.14	1101	GGAGTTGAAGTCAATCCTGTTCTACTCTGTGTACAACATTAAGAAAGGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138093	GGAGTTGAAGTCAATCCTGTTCTACTCTGTGTACAACATTAAGAAAGGGG	138142

AL662830.14	1151	TGGGCCTTTAGTTCAGTTTTGCTCTGTAAATCACCTAATATGGGGAGGGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138143	TGGGCCTTTAGTTCAGTTTTGCTCTGTAAATCACCTAATATGGGGAGGGC	138192

AL662830.14	1201	TGAGTCGTCCAGCCGAATGAGTTGGGTTAACACCAGCGCCGCAGATCGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138193	TGAGTCGTCCAGCCGAATGAGTTGGGTTAACACCAGCGCCGCAGATCGAT	138242

AL662830.14	1251	GTTCCCACTATCCAAACGTCGGGCTAATCCCAGTTCTGCTCCCTTAACTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138243	GTTCCCACTATCCAAACGTCGGGCTAATCCCAGTTCTGCTCCCTTAACTA	138292

AL662830.14	1301	AAAGGGAGGGGCAGACCCAAGTTCTGCTCTCTACGTCACCAAAGGAGGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138293	AAAGGGAGGGGCAGACCCAAGTTCTGCTCTCTACGTCACCAAAGGAGGTT	138342

AL662830.14	1351	GGAGCCATTTTGAACCCTGCGACCCTAGTGTTTTCCCTCTTTTCCTAGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138343	GGAGCCATTTTGAACCCTGCGACCCTAGTGTTTTCCCTCTTTTCCTAGCT	138392

AL662830.14	1401	CTTCGCCGTCTTTCCCGATGTCGGCCAATCAGGGGAAAAGGAAAAGGCCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138393	CTTCGCCGTCTTTCCCGATGTCGGCCAATCAGGGGAAAAGGAAAAGGCCC	138442

AL662830.14	1451	AATCAGCAGAAAGTCCACAGCTGAAGGACCCGGATGAAGCGAGCCTAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138443	AATCAGCAGAAAGTCCACAGCTGAAGGACCCGGATGAAGCGAGCCTAGGA	138492

AL662830.14	1501	CTTTGAAGTGCAAGCCTCGCCAATTGTAGAGCAGTCACCATGGCGACAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138493	CTTTGAAGTGCAAGCCTCGCCAATTGTAGAGCAGTCACCATGGCGACAAG	138542

AL662830.14	1551	ATAGGGGTGAAGAGGTGGAACAAGAGAAGGTTAAACCCTCACAGGATTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138543	ATAGGGGTGAAGAGGTGGAACAAGAGAAGGTTAAACCCTCACAGGATTGG	138592

AL662830.14	1601	CCCACCCCCGTCCCGCCGCGTGCTGCGCAGGCGCGTTTTACCTAACCACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138593	CCCACCCCCGTCCCGCCGCGTGCTGCGCAGGCGCGTTTTACCTAACCACC	138642

AL662830.14	1651	ATTTTCCGTCAAGTTTTAGCCAATGAGTTGATTTGGAGCCATACGCTCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138643	ATTTTCCGTCAAGTTTTAGCCAATGAGTTGATTTGGAGCCATACGCTCCA	138692

AL662830.14	1701	AAGTCCAATAGCAATCCGGACATTCTCTAAAAGAGGAAGCGAAGGAAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138693	AAGTCCAATAGCAATCCGGACATTCTCTAAAAGAGGAAGCGAAGGAAAGA	138742

AL662830.14	1751	AAGGGGCTTATAGTGGGCGAGGTCTATAGGTAGTCCCGAGCAAATTGCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138743	AAGGGGCTTATAGTGGGCGAGGTCTATAGGTAGTCCCGAGCAAATTGCTT	138792

AL662830.14	1801	ATGGCTTTGGTTATGACTGACAACTACTCAGACGAATAAAGCCCTCCTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138793	ATGGCTTTGGTTATGACTGACAACTACTCAGACGAATAAAGCCCTCCTTG	138842

AL662830.14	1851	GCCAGGGGACAGGGTGTAGCGAGTTATTACCAATCCCTTGGCATTGCACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138843	GCCAGGGGACAGGGTGTAGCGAGTTATTACCAATCCCTTGGCATTGCACA	138892

AL662830.14	1901	TTGACTTAGACCGTATCAGCCAATAGCCATTGTGCGAAGGCAGGACTGCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138893	TTGACTTAGACCGTATCAGCCAATAGCCATTGTGCGAAGGCAGGACTGCA	138942

AL662830.14	1951	CTAACCTTTTCCCGCCCCTACCCTTTGGGCCAATCCTTTCTTTTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662828.5	138943	CTAACCTTTTCCCGCCCCTACCCTTTGGGCCAATCCTTTCTTTTGAATTC	138992

Overview

Query
AL662830.14 - 103327 bps
Hit
AL662828.5 - 138992 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link