<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662825.5	1	ATTCTATCTCCTGAGCAACCCATAAAACGATTTCTCTTCTTTCCATCTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	160949	ATTCTATCTCCTGAGCAACCCATAAAACGATTTCTCTTCTTTCCATCTTC	160998

AL662825.5	51	CATTACCCTAATTCTGGTGTTCATTCTCTCTCCCTGGGATGGCTGTAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	160999	CATTACCCTAATTCTGGTGTTCATTCTCTCTCCCTGGGATGGCTGTAAAA	161048

AL662825.5	101	GCCTCTGATTTCTCCCCTTTCCAAACCAGTCTCCACACTGCAACCATAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161049	GCCTCTGATTTCTCCCCTTTCCAAACCAGTCTCCACACTGCAACCATAGT	161098

AL662825.5	151	GATCTAAGGCACAATTCTCACCTTTTCAGTCTTAGGCTTAAAGTTCAACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161099	GATCTAAGGCACAATTCTCACCTTTTCAGTCTTAGGCTTAAAGTTCAACA	161148

AL662825.5	201	TCCCTCTGGATACAGTCTAAATCTTTAACACGGCTGAAAAGGCCCAGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161149	TCCCTCTGGATACAGTCTAAATCTTTAACACGGCTGAAAAGGCCCAGCAA	161198

AL662825.5	251	GAGCTGGACCAAGCCCACCTCTCCAGCTTCACCTTTCCTCATTTCTCCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161199	GAGCTGGACCAAGCCCACCTCTCCAGCTTCACCTTTCCTCATTTCTCCTT	161248

AL662825.5	301	TGCACCCTCTGCCTCTGAACAAGTTACAGTCTTCCAAAGTTGTCATGTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161249	TGCACCCTCTGCCTCTGAACAAGTTACAGTCTTCCAAAGTTGTCATGTTT	161298

AL662825.5	351	CTTGACCTTTGCTGTCTCCTCTGCCCAGAATGCAATTTCCCTGTCTGGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161299	CTTGACCTTTGCTGTCTCCTCTGCCCAGAATGCAATTTCCCTGTCTGGCT	161348

AL662825.5	401	AACTCCTGTCCAGCATTTGGCCTCAGCATGGACATCTGTTCCTCTAGGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161349	AACTCCTGTCCAGCATTTGGCCTCAGCATGGACATCTGTTCCTCTAGGAC	161398

AL662825.5	451	GCTTCCCCTGATTCACCAAGACCAGCTTAACTGCCCCTACTGGCTGTTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161399	GCTTCCCCTGATTCACCAAGACCAGCTTAACTGCCCCTACTGGCTGTTCC	161448

AL662825.5	501	TATAGCAATTCTTTACCACAGACTACTGATTTTTTGTGTTTGTTTTGTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161449	TATAGCAATTCTTTACCACAGACTACTGATTTTTTGTGTTTGTTTTGTTT	161498

AL662825.5	551	TGGCAGTCTGACATAACTTTATACTAATGCAGCTTCTAGCCCTGTCCCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161499	TGGCAGTCTGACATAACTTTATACTAATGCAGCTTCTAGCCCTGTCCCCC	161548

AL662825.5	601	ACTCCTTCCTGATCAGTATCCCAATGTCCCTCCTATATGGAGCCACCACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161549	ACTCCTTCCTGATCAGTATCCCAATGTCCCTCCTATATGGAGCCACCACT	161598

AL662825.5	651	ACCCCACAGGATCCTGTACCACCCTTCTCCCAGAACTTATCACACTTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161599	ACCCCACAGGATCCTGTACCACCCTTCTCCCAGAACTTATCACACTTTTT	161648

AL662825.5	701	TTTTGTAATTGTGTTTCCATTCTCCAATAAATTGTGAGCGCCACAAAGAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161649	TTTTGTAATTGTGTTTCCATTCTCCAATAAATTGTGAGCGCCACAAAGAA	161698

AL662825.5	751	CCATTTCTATCTCACTTACCACTTGGAAGTGACTGGCAGGTAGTAATTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161699	CCATTTCTATCTCACTTACCACTTGGAAGTGACTGGCAGGTAGTAATTGC	161748

AL662825.5	801	TCAACAAATGTTCTATGAGTGAATGAATCCTTGGGATAATTATAGTACTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161749	TCAACAAATGTTCTATGAGTGAATGAATCCTTGGGATAATTATAGTACTA	161798

AL662825.5	851	ACCATCTTATTTAGTTATGACAGTTCAATAGAAACACGTAAAATAATGCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161799	ACCATCTTATTTAGTTATGACAGTTCAATAGAAACACGTAAAATAATGCT	161848

AL662825.5	901	TTTATAGTTTACATACTGCTATAGAGCTATTGTATTATATTATTATTATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161849	TTTATAGTTTACATACTGCTATAGAGCTATTGTATTATATTATTATTATT	161898

AL662825.5	951	CTATTCCTACCCTCTATTGCTTGAGAGTAGGATATTGCCTTATTCAATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161899	CTATTCCTACCCTCTATTGCTTGAGAGTAGGATATTGCCTTATTCAATTT	161948

AL662825.5	1001	TGGTTATTGTCCCAGAACTCAGGGATATATGTCTGGCATATATTGTTTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161949	TGGTTATTGTCCCAGAACTCAGGGATATATGTCTGGCATATATTGTTTTT	161998

AL662825.5	1051	AACCAATTTTTGTTGACTGTATCAATGATTGTAAGAAGTGAACAAAGGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	161999	AACCAATTTTTGTTGACTGTATCAATGATTGTAAGAAGTGAACAAAGGGC	162048

AL662825.5	1101	CAGATAATTGAACTATCCTGGACCACACACAGCTACCCTGTTCCAGAAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162049	CAGATAATTGAACTATCCTGGACCACACACAGCTACCCTGTTCCAGAAGC	162098

AL662825.5	1151	AGGACTATAATCCCATCTGGAAAAAGGGAAACTTGGAAGTTGACATCTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162099	AGGACTATAATCCCATCTGGAAAAAGGGAAACTTGGAAGTTGACATCTAA	162148

AL662825.5	1201	ATGAAATTCCAGCATGGATGAGAGAAGCCCTGATTTCTCTCCATCAAGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162149	ATGAAATTCCAGCATGGATGAGAGAAGCCCTGATTTCTCTCCATCAAGAG	162198

AL662825.5	1251	ACTAGCCAGCTATGGAAGCCACCAGAGCCCCAGACCTCCATGGTCAAGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162199	ACTAGCCAGCTATGGAAGCCACCAGAGCCCCAGACCTCCATGGTCAAGTA	162248

AL662825.5	1301	TTCACATAGTAGACATGACCCAGACAAGAGGGTGCGTATTTCAGCGTGGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162249	TTCACATAGTAGACATGACCCAGACAAGAGGGTGCGTATTTCAGCGTGGA	162298

AL662825.5	1351	GGGGAGACTGGGCCCTTGGTTTCCTGTGTCTTTGTAGTCAGTTCTAACCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162299	GGGGAGACTGGGCCCTTGGTTTCCTGTGTCTTTGTAGTCAGTTCTAACCT	162348

AL662825.5	1401	CAGCCTCAGGCACTGGTGTTGGGGCCCTATTCATCCTCATCTGCACGTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162349	CAGCCTCAGGCACTGGTGTTGGGGCCCTATTCATCCTCATCTGCACGTCC	162398

AL662825.5	1451	CTCAGTTCTTTTCCTGTTGCTATTATCCTATAGAGTCAGCAAGTCATGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162399	CTCAGTTCTTTTCCTGTTGCTATTATCCTATAGAGTCAGCAAGTCATGGA	162448

AL662825.5	1501	AGAGGTTTTACAGTCTAACCCTGTGGGGGTGTCAGGAGTTGCCTCCTGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162449	AGAGGTTTTACAGTCTAACCCTGTGGGGGTGTCAGGAGTTGCCTCCTGCC	162498

AL662825.5	1551	AGGTCTTCAGCATAAAAATCCCCCCTCCTCAGCTCCCAGTCAATTCTTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162499	AGGTCTTCAGCATAAAAATCCCCCCTCCTCAGCTCCCAGTCAATTCTTCA	162548

AL662825.5	1601	TCCCCACCCCTAGACTCTCCCAAATACCCCTGATGAAACCCCTGAGGTGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162549	TCCCCACCCCTAGACTCTCCCAAATACCCCTGATGAAACCCCTGAGGTGG	162598

AL662825.5	1651	AAAAAGATAAAGACAAGCAAAGATAAACAGCACAGGAAGCAGAGGTACAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162599	AAAAAGATAAAGACAAGCAAAGATAAACAGCACAGGAAGCAGAGGTACAA	162648

AL662825.5	1701	ATAGAATTCTGATTTTTCTCCTTTCTCTCCACATTTTGAGGAAATGAATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162649	ATAGAATTCTGATTTTTCTCCTTTCTCTCCACATTTTGAGGAAATGAATC	162698

AL662825.5	1751	CAATGTCCTCACCCCACCTCCTGCAGCGGAGAAGTCCCCTGAGCATCTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162699	CAATGTCCTCACCCCACCTCCTGCAGCGGAGAAGTCCCCTGAGCATCTCT	162748

AL662825.5	1801	GAACATCATGAACCCTCAAAGTAAGCTTAGCTTGGGCCCCTTTTCCTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162749	GAACATCATGAACCCTCAAAGTAAGCTTAGCTTGGGCCCCTTTTCCTTTT	162798

AL662825.5	1851	CTATCAGTGAGGCCAAAGAGCCCCAGATGGGAGACAGGTGGATTTTTCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162799	CTATCAGTGAGGCCAAAGAGCCCCAGATGGGAGACAGGTGGATTTTTCTC	162848

AL662825.5	1901	TCAGCTGGGACCTTTTCTCTTTCTTGTCTAGCACATTTTGGGAAACCTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162849	TCAGCTGGGACCTTTTCTCTTTCTTGTCTAGCACATTTTGGGAAACCTTC	162898

AL662825.5	1951	AAGTACATTCTCATGCTGGTATTATTTAAACTTTGCACTGGAGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662822.4	162899	AAGTACATTCTCATGCTGGTATTATTTAAACTTTGCACTGGAGTGAATTC	162948

Overview

Query
AL662825.5 - 81768 bps
Hit
AL662822.4 - 162948 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link