<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL592443.2	1	GAATTCATCATTTTAAATGGATGAATAGTACTCCATTGTGTAAATGTACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4043	GAATTCATCATTTTAAATGGATGAATAGTACTCCATTGTGTAAATGTACC	4092

AL592443.2	51	ACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGACATTTGGGTTCTTTCCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4093	ACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGACATTTGGGTTCTTTCCAG	4142

AL592443.2	101	CTTCTGACTGTTAAAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4143	CTTCTGACTGTTAAAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGCT	4192

AL592443.2	151	CTTATTACATGTTGGAGTATCTTCTGGTTATATGCTCAGGAGTGGTATTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4193	CTTATTACATGTTGGAGTATCTTCTGGTTATATGCTCAGGAGTGGTATTG	4242

AL592443.2	201	CTGGATCTTCTGGTAATACTATGTCCTATTTTCTGAGGAACTGGCAAACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4243	CTGGATCTTCTGGTAATACTATGTCCTATTTTCTGAGGAACTGGCAAACT	4292

AL592443.2	251	GATTTCCAGAGTGGTCGTACCAGCTTGCAATCCCACCAGCAATGGAGGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4293	GATTTCCAGAGTGGTCGTACCAGCTTGCAATCCCACCAGCAATGGAGGAG	4342

AL592443.2	301	TGTTCCTCTTTCTCCACATTTCTGCCAGCATCTGCTGTCTCCTGAGTTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4343	TGTTCCTCTTTCTCCACATTTCTGCCAGCATCTGCTGTCTCCTGAGTTTT	4392

AL592443.2	351	TGTTCTCAGTCATTCTGACTGGTTTGAGGTGTAATCTCAGGGTTGTTTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4393	TGTTCTCAGTCATTCTGACTGGTTTGAGGTGTAATCTCAGGGTTGTTTTG	4442

AL592443.2	401	ATTTACATTTCTGTTATAAGTAAGGATGTTGAACCTTTTTTAAGGTGCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4443	ATTTACATTTCTGTTATAAGTAAGGATGTTGAACCTTTTTTAAGGTGCTT	4492

AL592443.2	451	CTCAACCATTCCGTATTCCTCAGTTGAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGTAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4493	CTCAACCATTCCGTATTCCTCAGTTGAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGTAC	4542

AL592443.2	501	CCTCGTTTTGATAGGGTTATCTGGTTCTCTGGAGTCTAACTTCCTGAGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4543	CCTCGTTTTGATAGGGTTATCTGGTTCTCTGGAGTCTAACTTCCTGAGTT	4592

AL592443.2	551	CTTTGTATATATTGAATATTAGCCCTCTATCAGCTGTAGGTTTGGTAAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4593	CTTTGTATATATTGAATATTAGCCCTCTATCAGCTGTAGGTTTGGTAAAG	4642

AL592443.2	601	ATCTTTTCCCAATATGTTGATTGCCATTTTGTCCTACTGAAAGTGTCCTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4643	ATCTTTTCCCAATATGTTGATTGCCATTTTGTCCTACTGAAAGTGTCCTT	4692

AL592443.2	651	TGCCTTACAGAGGCTTTGCAATTTTAGGAGGTCCCATTTATCAATTCTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4693	TGCCTTACAGAGGCTTTGCAATTTTAGGAGGTCCCATTTATCAATTCTTT	4742

AL592443.2	701	ATCTTAGGGCATAAGCTATTGGTGTTGTATTCAGGAAATTTTCTCCTGAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4743	ATCTTAGGGCATAAGCTATTGGTGTTGTATTCAGGAAATTTTCTCCTGAA	4792

AL592443.2	751	CCCATGTGTTCAGGGCTCTTTTTCTCTTTCTTTTCTATTAGTTTCAGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4793	CCCATGTGTTCAGGGCTCTTTTTCTCTTTCTTTTCTATTAGTTTCAGTGT	4842

AL592443.2	801	ATCTGGTTTTATGTGGAGGTCCTTGATCCTTTTGGACTTGAGCTTTGTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4843	ATCTGGTTTTATGTGGAGGTCCTTGATCCTTTTGGACTTGAGCTTTGTTC	4892

AL592443.2	851	AAGGAGAAAAGAATGGTTTGATTTTCATTCCTCTACATGCTAACTGCTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4893	AAGGAGAAAAGAATGGTTTGATTTTCATTCCTCTACATGCTAACTGCTAA	4942

AL592443.2	901	TTCAACCAGCACCATTTGTTGAATGTTGTTTTTTCCCCCCACTGGATAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4943	TTCAACCAGCACCATTTGTTGAATGTTGTTTTTTCCCCCCACTGGATAGT	4992

AL592443.2	951	TTTAGCCCCTTTGTCAAAGATCAAGTGACCATATGTGGGAAGGTTATAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	4993	TTTAGCCCCTTTGTCAAAGATCAAGTGACCATATGTGGGAAGGTTATAAT	5042

AL592443.2	1001	AATTTTCTTAATTTCCTATTTAGAAGCACCCACTTCACATAATCACACAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5043	AATTTTCTTAATTTCCTATTTAGAAGCACCCACTTCACATAATCACACAA	5092

AL592443.2	1051	AGATGAGTGGGCATTACAATGTTTGAACTAAACCAAATCTACTACCATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5093	AGATGAGTGGGCATTACAATGTTTGAACTAAACCAAATCTACTACCATTT	5142

AL592443.2	1101	TACAAATGGTCCAACTGATTACTACAATTAATGTAACAAGTGTTTCCAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5143	TACAAATGGTCCAACTGATTACTACAATTAATGTAACAAGTGTTTCCAAA	5192

AL592443.2	1151	TATTGTTTAATGCCATGCTGAGAAAGTGAAAATAAAGTATCTTAATCCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5193	TATTGTTTAATGCCATGCTGAGAAAGTGAAAATAAAGTATCTTAATCCTG	5242

AL592443.2	1201	TCAGATTAAATGAAAAATATTTTATCAGCAATCACCAGTAAACTACAGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5243	TCAGATTAAATGAAAAATATTTTATCAGCAATCACCAGTAAACTACAGAA	5292

AL592443.2	1251	TCTCCAAACTTAGCCAATCAGGCTAAGCAGCTGTTACCAGTGATTACAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5293	TCTCCAAACTTAGCCAATCAGGCTAAGCAGCTGTTACCAGTGATTACAAG	5342

AL592443.2	1301	GTATTTCCTTTTCCAGTTGCCCAGGCACTTACACAGTCTTTGGTTCCAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5343	GTATTTCCTTTTCCAGTTGCCCAGGCACTTACACAGTCTTTGGTTCCAAA	5392

AL592443.2	1351	CTGATGAGCAAAAACAATAAACAGGCCTGGACTTGTTAAACATATATTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5393	CTGATGAGCAAAAACAATAAACAGGCCTGGACTTGTTAAACATATATTCT	5442

AL592443.2	1401	TACTGGAAAAAATAAAGAACACCAACAGGATACGTGGACCTTGTAAAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5443	TACTGGAAAAAATAAAGAACACCAACAGGATACGTGGACCTTGTAAAGCA	5492

AL592443.2	1451	GGTGAGGAGGTGAACTGTTCTCTAGAAGAAAAGATTCAACAGATCTGCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5493	GGTGAGGAGGTGAACTGTTCTCTAGAAGAAAAGATTCAACAGATCTGCTA	5542

AL592443.2	1501	GAGGCTCAAGAAAAGCAGGTGTTGGGAAAAGTGTTTCAAATAATGTCAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5543	GAGGCTCAAGAAAAGCAGGTGTTGGGAAAAGTGTTTCAAATAATGTCAAG	5592

AL592443.2	1551	TAGAGGCTCAAGGAAAGCAGGTGTTGGGAAAAGTGTTTCAGATAATGTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5593	TAGAGGCTCAAGGAAAGCAGGTGTTGGGAAAAGTGTTTCAGATAATGTCA	5642

AL592443.2	1601	AGTCAGGACTCAAGCAAAAGGTGAGCCTCATTTCCTGTGCTAATTCAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5643	AGTCAGGACTCAAGCAAAAGGTGAGCCTCATTTCCTGTGCTAATTCAAAC	5692

AL592443.2	1651	TACAAGGTATTCACTTGGATTACAAATCCAACTTTTGTCCTGTCCATCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5693	TACAAGGTATTCACTTGGATTACAAATCCAACTTTTGTCCTGTCCATCAG	5742

AL592443.2	1701	GATTTATATCCCTCCTAAATGATTTCTATCAATGTATCCTAGCAGAAGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5743	GATTTATATCCCTCCTAAATGATTTCTATCAATGTATCCTAGCAGAAGTG	5792

AL592443.2	1751	AACCTTTAGAGGTGTGTTTCACTTTAAGTTGATATGAAGAATTTTTCAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5793	AACCTTTAGAGGTGTGTTTCACTTTAAGTTGATATGAAGAATTTTTCAAT	5842

AL592443.2	1801	TACTCAAACTCTTTTGCTTTGAACTGATACAATTTATGAATAATTGTACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5843	TACTCAAACTCTTTTGCTTTGAACTGATACAATTTATGAATAATTGTACA	5892

AL592443.2	1851	GTAAATGCCTAAACATTCATTAAATCCTGAATGCTCTAATATAAAAATAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5893	GTAAATGCCTAAACATTCATTAAATCCTGAATGCTCTAATATAAAAATAT	5942

AL592443.2	1901	TTTTAGACCTGGAAAAACTAGATCTAATTTTATTTATGAAAACCTACCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5943	TTTTAGACCTGGAAAAACTAGATCTAATTTTATTTATGAAAACCTACCAG	5992

AL592443.2	1951	TACTCATAGTCACAGAACTTGCTACAACACATAACACATTATTTCTCTAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662813.7	5993	TACTCATAGTCACAGAACTTGCTACAACACATAACACATTATTTCTCTAT	6042

Overview

Query
AL592443.2 - 164416 bps
Hit
AL662813.7 - 6042 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link