<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662797.7	1	CGGGATGGTGGGGAGGAAGGCTGTGGGGAGAGTGTACCCTGCCATGGGGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	27863	CGGGATGGTGGGGAGGAAGGCTGTGGGGAGAGTGTACCCTGCCATGGGGG	27912

AL662797.7	51	GCAGGTGCTCCATCTCCACCCTCCAGGGAGTTCTGTGCCCCTTCTCAGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	27913	GCAGGTGCTCCATCTCCACCCTCCAGGGAGTTCTGTGCCCCTTCTCAGGA	27962

AL662797.7	101	CTTGGCGCTCACTCTTGGATGACCTAGGATGCACCAGCACGTTTAACCCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	27963	CTTGGCGCTCACTCTTGGATGACCTAGGATGCACCAGCACGTTTAACCCC	28012

AL662797.7	151	ACCCACACCAGGGACTTTGGATTAGGGTAGAAATTGGGCAATTGGCTCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28013	ACCCACACCAGGGACTTTGGATTAGGGTAGAAATTGGGCAATTGGCTCTG	28062

AL662797.7	201	CCCCCAGAAACAGGGTGGGGAAAGCAAGTTACAAGATGTTGGTTGCCCTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28063	CCCCCAGAAACAGGGTGGGGAAAGCAAGTTACAAGATGTTGGTTGCCCTT	28112

AL662797.7	251	CCCTGCCAGGCTCATTATCAGGGTCTGTCTGCCCTGAATCTTCCGGGCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28113	CCCTGCCAGGCTCATTATCAGGGTCTGTCTGCCCTGAATCTTCCGGGCTC	28162

AL662797.7	301	CAGGATCTTCAGTTATAAGAAGGAGGGAGGTATATCCCTATGTTGGAAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28163	CAGGATCTTCAGTTATAAGAAGGAGGGAGGTATATCCCTATGTTGGAAGA	28212

AL662797.7	351	TGGTCACCGCCGGCAGGACTCATCTGTGGGAGAGGGGGCAATAATGTTAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28213	TGGTCACCGCCGGCAGGACTCATCTGTGGGAGAGGGGGCAATAATGTTAG	28262

AL662797.7	401	AGAATGAGTGAGAGCCTCTGCCTTCTGCCCACCCTTCCCCCCCACACAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28263	AGAATGAGTGAGAGCCTCTGCCTTCTGCCCACCCTTCCCCCCCACACAAA	28312

AL662797.7	451	TTGAAGGGCAGTTGGCATGCAGGAAGTCCTATAATATCTTCCATATCTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28313	TTGAAGGGCAGTTGGCATGCAGGAAGTCCTATAATATCTTCCATATCTAA	28362

AL662797.7	501	AGCATGTTACCACCAGTAACCACATCCATCACTCATTTAGCTCGGACTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28363	AGCATGTTACCACCAGTAACCACATCCATCACTCATTTAGCTCGGACTCT	28412

AL662797.7	551	GTGCCAGGCATCCTTATAACTGTTTAATCTCACCATAACTCCAGGAGAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28413	GTGCCAGGCATCCTTATAACTGTTTAATCTCACCATAACTCCAGGAGAGA	28462

AL662797.7	601	TTAAGTAATATGATATCCAGCTGTGGCTCTTGGTGCTTCACAAAAAATTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28463	TTAAGTAATATGATATCCAGCTGTGGCTCTTGGTGCTTCACAAAAAATTA	28512

AL662797.7	651	CTTAATCTTGGCCTGGAGCACCTGTAATCCAAGCAATTTGGGAGGCTGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28513	CTTAATCTTGGCCTGGAGCACCTGTAATCCAAGCAATTTGGGAGGCTGAG	28562

AL662797.7	701	GCAGGAGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28563	GCAGGAGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATG	28612

AL662797.7	751	GGGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAACTAGCCAGGTGTGATGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28613	GGGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAACTAGCCAGGTGTGATGGT	28662

AL662797.7	801	ACACATCTGTAATCCCAGCTACTAGAGAGGCTGAGGCACAAGAATCGCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28663	ACACATCTGTAATCCCAGCTACTAGAGAGGCTGAGGCACAAGAATCGCTT	28712

AL662797.7	851	GAATTTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGGTTGTGCCACTGCATTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28713	GAATTTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGGTTGTGCCACTGCATTC	28762

AL662797.7	901	CAGTCCAGGCGACAGAGGGAGACGCTGTCTCAAAATAAATAAATAAATAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28763	CAGTCCAGGCGACAGAGGGAGACGCTGTCTCAAAATAAATAAATAAATAA	28812

AL662797.7	951	ATAAATAAAATTACTTAATATTTTCTACAAGTCTAGGAGGTAGTTTTTGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28813	ATAAATAAAATTACTTAATATTTTCTACAAGTCTAGGAGGTAGTTTTTGG	28862

AL662797.7	1001	TTTCTGTTTTTTTGAGACAGAATTTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28863	TTTCTGTTTTTTTGAGACAGAATTTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGT	28912

AL662797.7	1051	AGTGGCGTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCCGGGTTCAAGTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28913	AGTGGCGTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCCGGGTTCAAGTGA	28962

AL662797.7	1101	TTCTCCTGCCTCAGACTCCCGAGTAGCAGGGATTACAGGTGTCCACCTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	28963	TTCTCCTGCCTCAGACTCCCGAGTAGCAGGGATTACAGGTGTCCACCTCC	29012

AL662797.7	1151	ATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCACTATGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29013	ATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCACTATGTT	29062

AL662797.7	1201	GGCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGACCTTGAGTGATCCACCTGCCTCGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29063	GGCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGACCTTGAGTGATCCACCTGCCTCGGC	29112

AL662797.7	1251	CTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCTGTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29113	CTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCTGTTT	29162

AL662797.7	1301	GTTTCTTTTGAGACAGGTCTTCCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29163	GTTTCTTTTGAGACAGGTCTTCCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGG	29212

AL662797.7	1351	GTGGTGCAATATTGGTTCACTGCAGCCTCCAACTCCTGAGGTCAAACGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29213	GTGGTGCAATATTGGTTCACTGCAGCCTCCAACTCCTGAGGTCAAACGAT	29262

AL662797.7	1401	GCTCCCACCTCAGCCTTCCAAGTACCTGGAACCACAGCTGCGCACTGCCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29263	GCTCCCACCTCAGCCTTCCAAGTACCTGGAACCACAGCTGCGCACTGCCA	29312

AL662797.7	1451	CACCTGGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29313	CACCTGGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTG	29362

AL662797.7	1501	TCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29363	TCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCT	29412

AL662797.7	1551	CCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGACTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29413	CCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGACTA	29462

AL662797.7	1601	CAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29463	CAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGA	29512

AL662797.7	1651	GATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACTTCGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29513	GATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACTTCGT	29562

AL662797.7	1701	GATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCACAGGCGTGAGCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29563	GATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCACAGGCGTGAGCCA	29612

AL662797.7	1751	CCGTGCCCGGCCCACACCTGGATAATTTTTCAATTTTTTTGTAGAGACAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29613	CCGTGCCCGGCCCACACCTGGATAATTTTTCAATTTTTTTGTAGAGACAG	29662

AL662797.7	1801	GATTTTGCCATGTTGCCCAGGGTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29663	GATTTTGCCATGTTGCCCAGGGTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCGAT	29712

AL662797.7	1851	CCACCCGTCTTGGCTTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29713	CCACCCGTCTTGGCTTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACAG	29762

AL662797.7	1901	GAGGTAGTTATTATTAACTTCATTTCATAAATAATAAACTAAAGCAAGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29763	GAGGTAGTTATTATTAACTTCATTTCATAAATAATAAACTAAAGCAAGAG	29812

AL662797.7	1951	ATCAGATGGTTTCCCTGAGATCACACAATTAAAGAGACAAGCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662798.4	29813	ATCAGATGGTTTCCCTGAGATCACACAATTAAAGAGACAAGCTGGAATTC	29862

Overview

Query
AL662797.7 - 171627 bps
Hit
AL662798.4 - 29862 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link