<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL645937.6	1	GAATTCACTACAGATATTTGCACTACCATGTTCATTGTAGCATTATTCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132464	GAATTCACTACAGATATTTGCACTACCATGTTCATTGTAGCATTATTCAC	132513

AL645937.6	51	AATAGCTGAGATATGGAAGGAACTTAAATGCCCATCAATGGATAAACAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132514	AATAGCTGAGATATGGAAGGAACTTAAATGCCCATCAATGGATAAACAGA	132563

AL645937.6	101	TAAATATATAAAAGGGATATAATGTGATATATATGAGCCACATTATCTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132564	TAAATATATAAAAGGGATATAATGTGATATATATGAGCCACATTATCTAT	132613

AL645937.6	151	ATAAAATGGAATACTATCCAGCCTTAAAGAAAAAAGGAAATTCTGTCTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132614	ATAAAATGGAATACTATCCAGCCTTAAAGAAAAAAGGAAATTCTGTCTTT	132663

AL645937.6	201	TCAACAACATTCATGAACCTGCAGGACATTATGCAAAGTGAAAGAAGCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132664	TCAACAACATTCATGAACCTGCAGGACATTATGCAAAGTGAAAGAAGCCA	132713

AL645937.6	251	GACACAGAAAGACAAATACCACGTGATCTCACTCATATGTGGAATCTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132714	GACACAGAAAGACAAATACCACGTGATCTCACTCATATGTGGAATCTAAA	132763

AL645937.6	301	AAAGATAAACTCATGCAAGTGGAGAGTAGAATATAGCTACCTTGGGGGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132764	AAAGATAAACTCATGCAAGTGGAGAGTAGAATATAGCTACCTTGGGGGTA	132813

AL645937.6	351	GGGGATGGGGAAAGGGGAGATTTTAAACACAAGATATTTTTTAACCTTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132814	GGGGATGGGGAAAGGGGAGATTTTAAACACAAGATATTTTTTAACCTTTT	132863

AL645937.6	401	GCAGGAAAAATCTTGGAATTGAATTTAAAAGACAACTGGGATGGCATAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132864	GCAGGAAAAATCTTGGAATTGAATTTAAAAGACAACTGGGATGGCATAAA	132913

AL645937.6	451	TAATATAGGTCAGTCTCAAAGAGCACGTCATTAGTAAGGAATAGATATAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132914	TAATATAGGTCAGTCTCAAAGAGCACGTCATTAGTAAGGAATAGATATAC	132963

AL645937.6	501	AGTTTAGTCTTTATGTATTCTAGTTTTTCAGTTGAATGGCTCTGAAATCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	132964	AGTTTAGTCTTTATGTATTCTAGTTTTTCAGTTGAATGGCTCTGAAATCA	133013

AL645937.6	551	CTCCTTTTTTCCAGTTGTCTTGTAAATTTTACCCTTAGCCCCATGGAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133014	CTCCTTTTTTCCAGTTGTCTTGTAAATTTTACCCTTAGCCCCATGGAAAA	133063

AL645937.6	601	CTGAAAAAAAATCACATGGCTCAGTAAAACCCATTCCCTTTATTGTAAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133064	CTGAAAAAAAATCACATGGCTCAGTAAAACCCATTCCCTTTATTGTAAAT	133113

AL645937.6	651	ATAACTCACAGCATCTTTTCCCATATTTGTAAGTGATAAATTCACTGTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133114	ATAACTCACAGCATCTTTTCCCATATTTGTAAGTGATAAATTCACTGTCA	133163

AL645937.6	701	TCACAGTAAGACTATAACATCATACTGAAGATATTTCTGTGAAGAGTTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133164	TCACAGTAAGACTATAACATCATACTGAAGATATTTCTGTGAAGAGTTTT	133213

AL645937.6	751	GTACTGAGAACACCACACCAGGACAACTTGAAGGGCATTAATTGCAACTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133214	GTACTGAGAACACCACACCAGGACAACTTGAAGGGCATTAATTGCAACTT	133263

AL645937.6	801	TGGGATTTATACTCCCAAAGGCCCCAGTCAATGAAAGAGTATCCCATTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133264	TGGGATTTATACTCCCAAAGGCCCCAGTCAATGAAAGAGTATCCCATTAT	133313

AL645937.6	851	TCTTTTTGGTTCCATAAAGATTCCATTTACTCTGGGATAAAGGGTCCATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133314	TCTTTTTGGTTCCATAAAGATTCCATTTACTCTGGGATAAAGGGTCCATC	133363

AL645937.6	901	CCCTGATACCTTGAATGCTCTAAAGTATTCCCACATTCTGCTAAAAAGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133364	CCCTGATACCTTGAATGCTCTAAAGTATTCCCACATTCTGCTAAAAAGCA	133413

AL645937.6	951	GATCTTTTGGACAAACTCAGGCTCTCTTTTCTGTAGCAATGACAATCACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133414	GATCTTTTGGACAAACTCAGGCTCTCTTTTCTGTAGCAATGACAATCACA	133463

AL645937.6	1001	GTTATTTCCAGACTCTGTTCTCCATAGTTAGATTTAAAACATTGGCAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133464	GTTATTTCCAGACTCTGTTCTCCATAGTTAGATTTAAAACATTGGCAAAA	133513

AL645937.6	1051	ATGTTATAAGAAGGCAATTAGGTTGATGTTTCTAGGTTGCATGGCAACCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133514	ATGTTATAAGAAGGCAATTAGGTTGATGTTTCTAGGTTGCATGGCAACCA	133563

AL645937.6	1101	GAGAGCCCCTTCATCAGTTTATACATGATGAGGTCGTAGGCCAGGTAGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133564	GAGAGCCCCTTCATCAGTTTATACATGATGAGGTCGTAGGCCAGGTAGAG	133613

AL645937.6	1151	AGTGACAGGGAACAGGGACAAACACAGGAAGGTCAGTACTGAAAGAAGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133614	AGTGACAGGGAACAGGGACAAACACAGGAAGGTCAGTACTGAAAGAAGTT	133663

AL645937.6	1201	GGCGCACTTCTTAAGGGGTGTACAGCTTCTGTATTTCAAAATTGCAGGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133664	GGCGCACTTCTTAAGGGGTGTACAGCTTCTGTATTTCAAAATTGCAGGAA	133713

AL645937.6	1251	GTGTAGATTTTAAATGTTCTTACTACAAAAAAATGATGTGTGTGAGGTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133714	GTGTAGATTTTAAATGTTCTTACTACAAAAAAATGATGTGTGTGAGGTGA	133763

AL645937.6	1301	TAGGTACATTAACTAGCTTAATATAATCATTCTATGATGTATATACATAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133764	TAGGTACATTAACTAGCTTAATATAATCATTCTATGATGTATATACATAT	133813

AL645937.6	1351	CAAAACATTACAATGTACTCCATACATATATACAATTATTACTAGTCAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133814	CAAAACATTACAATGTACTCCATACATATATACAATTATTACTAGTCAAT	133863

AL645937.6	1401	GAAAAAGTAAGAAAACAAACCAGATATAGTATAAAGGAATGAATATGACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133864	GAAAAAGTAAGAAAACAAACCAGATATAGTATAAAGGAATGAATATGACA	133913

AL645937.6	1451	CGAATTGGGAAAATGTCTCTTAGTAATAATTGGGGAAAGAAGAGACACTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133914	CGAATTGGGAAAATGTCTCTTAGTAATAATTGGGGAAAGAAGAGACACTC	133963

AL645937.6	1501	AGCCATCCATTTTCCCTACAGTGTTTGATTTAAAAGAAGAGAGAAGATAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	133964	AGCCATCCATTTTCCCTACAGTGTTTGATTTAAAAGAAGAGAGAAGATAT	134013

AL645937.6	1551	TTTATTCCATAGTTCATAAAAGCTACATTTGATAGGGTCTTCATTTCCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134014	TTTATTCCATAGTTCATAAAAGCTACATTTGATAGGGTCTTCATTTCCCT	134063

AL645937.6	1601	CTTTTCCTCCAAGAAGAAAATCGAAGCTGCAAACTTTTCTCTACGTGAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134064	CTTTTCCTCCAAGAAGAAAATCGAAGCTGCAAACTTTTCTCTACGTGAGT	134113

AL645937.6	1651	TCTGGG-TTTTTTTTTTTTTTGTCCCTTATTTCCTATCCTTTTTATCGAC	1699
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134114	TCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTGTCCCTTATTTCCTATCCTTTTTATCGAC	134163

AL645937.6	1700	TCTGGAAGAATGCTGAAAGATGGTTTATACAACAGAAAAATATCAGATTT	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134164	TCTGGAAGAATGCTGAAAGATGGTTTATACAACAGAAAAATATCAGATTT	134213

AL645937.6	1750	CACCTTTTAATTACTGTAGTAAGGAAGTCAGGCAGCTGCATTAGGAAAGA	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134214	CACCTTTTAATTACTGTAGTAAGGAAGTCAGGCAGCTGCATTAGGAAAGA	134263

AL645937.6	1800	AAATTATACCTGCATTAGCAAAAGTATCCACAACATTTGAGTTCAAGTAT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134264	AAATTATACCTGCATTAGCAAAAGTATCCACAACATTTGAGTTCAAGTAT	134313

AL645937.6	1850	CTTACAGAATATTACCTTTCAACCTAGCGAAATTTTTAAAAAAATTCTTG	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134314	CTTACAGAATATTACCTTTCAACCTAGCGAAATTTTTAAAAAAATTCTTG	134363

AL645937.6	1900	CAATTTTTCCATGATTTCTCAAAAGGTAATGATCATTTCATTATCAACAA	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134364	CAATTTTTCCATGATTTCTCAAAAGGTAATGATCATTTCATTATCAACAA	134413

AL645937.6	1950	TATGGAAAAGTGTACAGATATCTTTGTACCTGTCTGGAGCATCTGCACAG	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134414	TATGGAAAAGTGTACAGATATCTTTGTACCTGTCTGGAGCATCTGCACAG	134463

Compact alignment

skip 1650 bps 100% identity alignment

AL645937.6	1651	TCTGGG-TTTTTTTTTTTTTTGTCCCTTATTTCCTATCCTTTTTATCGAC	1699
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662791.3	134114	TCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTGTCCCTTATTTCCTATCCTTTTTATCGAC	134163

skip 300 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL645937.6 - 147667 bps
Hit
AL662791.3 - 134463 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link