<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662820.6	1	AGGAAAGCTAGGAATTGCAGAGGATAGAGCAGAACTTGCACTTAAATTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156034	AGGAAAGCTAGGAATTGCAGAGGATAGAGCAGAACTTGCACTTAAATTTA	156083

AL662820.6	51	AGACCCTCAGACTCCTGCCATCTTGGGTGTTCTATCACACCTCTGGGGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156084	AGACCCTCAGACTCCTGCCATCTTGGGTGTTCTATCACACCTCTGGGGAA	156133

AL662820.6	101	CCCCAGGCTTTCTAGAAATGTCAAAACACATAGTGTTTACCTGCATGCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156134	CCCCAGGCTTTCTAGAAATGTCAAAACACATAGTGTTTACCTGCATGCCA	156183

AL662820.6	151	GGTGCAATCTTACACATATTCATCTAATCCTAACGACGATGTATACAATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156184	GGTGCAATCTTACACATATTCATCTAATCCTAACGACGATGTATACAATA	156233

AL662820.6	201	GGTTCTATCTTCCTCACCTTAAAGGTGTGAGAAATGATGGCACAGAGAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156234	GGTTCTATCTTCCTCACCTTAAAGGTGTGAGAAATGATGGCACAGAGAAG	156283

AL662820.6	251	CTGGTTAACTTGCCCAAGGGCACACAGCGTGTAAGTGGCAGAGATAGAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156284	CTGGTTAACTTGCCCAAGGGCACACAGCGTGTAAGTGGCAGAGATAGAAC	156333

AL662820.6	301	TCAGGCAGTCTGGCTTCAGAGGCCATGTTCTTAACCTTTACACTATACTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156334	TCAGGCAGTCTGGCTTCAGAGGCCATGTTCTTAACCTTTACACTATACTA	156383

AL662820.6	351	CTTCGTGACTCTACCCCAAAATGTGGAGTGAAGTTGAAATTTTGTGCCCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156384	CTTCGTGACTCTACCCCAAAATGTGGAGTGAAGTTGAAATTTTGTGCCCC	156433

AL662820.6	401	AGAACATGAGTTTCAGCCACTAGGGTCCCGCTCAGGGTCGGGTCTGATCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156434	AGAACATGAGTTTCAGCCACTAGGGTCCCGCTCAGGGTCGGGTCTGATCA	156483

AL662820.6	451	CAGGGAAGGGTACGGGGAGCCAAACAGGTAATATCACGGGTAGCAGCCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156484	CAGGGAAGGGTACGGGGAGCCAAACAGGTAATATCACGGGTAGCAGCCAA	156533

AL662820.6	501	GTTCCCACCCTTGTGCCTAAACCCAGCTCAGGTCTTTCTGAAGCTAGGAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156534	GTTCCCACCCTTGTGCCTAAACCCAGCTCAGGTCTTTCTGAAGCTAGGAG	156583

AL662820.6	551	CACCGGAACTACGGAGGAGAAACAGCTCCGCGCTCTCACCAGCGGGCCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156584	CACCGGAACTACGGAGGAGAAACAGCTCCGCGCTCTCACCAGCGGGCCCT	156633

AL662820.6	601	CTTCCTCCTCCATATCTGAGGTCCCAGCCCGCAACACCAGTTCCCGGGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156634	CTTCCTCCTCCATATCTGAGGTCCCAGCCCGCAACACCAGTTCCCGGGCC	156683

AL662820.6	651	GCAGCCGCCATGGTCGCAGCGGCGGCCATTCCCCGCAGCCTCACTTCCGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156684	GCAGCCGCCATGGTCGCAGCGGCGGCCATTCCCCGCAGCCTCACTTCCGG	156733

AL662820.6	701	CAACTGTCAGTCCCGGCGAGTCCGTTCCCCGGAGTGGAGCTACAAGTCCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156734	CAACTGTCAGTCCCGGCGAGTCCGTTCCCCGGAGTGGAGCTACAAGTCCC	156783

AL662820.6	751	AAAGGGTCTTCCTCAGCGCGAAATCGTTCCCAGATATTTGAGTTAAGTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156784	AAAGGGTCTTCCTCAGCGCGAAATCGTTCCCAGATATTTGAGTTAAGTTG	156833

AL662820.6	801	TTTGACTCCAGCTGTCCCCTTTCAGCTCTAACCACTTCACCCAACTGCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156834	TTTGACTCCAGCTGTCCCCTTTCAGCTCTAACCACTTCACCCAACTGCAA	156883

AL662820.6	851	ATGGAAATATGGAAGTCTGAAACACAAACTAGCCCCGGAACCTTCGCTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156884	ATGGAAATATGGAAGTCTGAAACACAAACTAGCCCCGGAACCTTCGCTGT	156933

AL662820.6	901	TCTCTTACCTATGAACCTTACGAACTGTAAAGAAAGGCGCACCGGAAGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156934	TCTCTTACCTATGAACCTTACGAACTGTAAAGAAAGGCGCACCGGAAGTT	156983

AL662820.6	951	GTGGTACCCAAGCCATACTCTCATAAATCCAGCCAGGTCGCGCTGAAACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	156984	GTGGTACCCAAGCCATACTCTCATAAATCCAGCCAGGTCGCGCTGAAACA	157033

AL662820.6	1001	GTTTCCGGAAGCACTTCTCCTAGATCGCACCGCCTCTTCCTCCTGGAAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157034	GTTTCCGGAAGCACTTCTCCTAGATCGCACCGCCTCTTCCTCCTGGAAGC	157083

AL662820.6	1051	TATATAATGATATCGCGTCACTTCCGCTCTCTCTTCCACAGGAGGCCTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157084	TATATAATGATATCGCGTCACTTCCGCTCTCTCTTCCACAGGAGGCCTAC	157133

AL662820.6	1101	ACGCCGCCGCTTGTGCTGCAGCCATGGTAAGACTGGAATCCGTGCCGTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157134	ACGCCGCCGCTTGTGCTGCAGCCATGGTAAGACTGGAATCCGTGCCGTGA	157183

AL662820.6	1151	TCCAGCGGCATCGCAGCTCGGGCAAGGAAAGCCGGCTGTCAGGGTTCTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157184	TCCAGCGGCATCGCAGCTCGGGCAAGGAAAGCCGGCTGTCAGGGTTCTGG	157233

AL662820.6	1201	AAACGTCCTGCCCTGAGGGCCTGCGACTTTCTGTATGGAGCCTTGGATCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157234	AAACGTCCTGCCCTGAGGGCCTGCGACTTTCTGTATGGAGCCTTGGATCG	157283

AL662820.6	1251	CGTCCCTGGAAAGGGACACCAAAGATTTCCAATTCCGGAGAGCGGGCCCG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157284	CGTCCCTGGAAAGGGACACCAAAGATTTCCAATTCCGGAGAGCGGGCCCG	157333

AL662820.6	1301	AGGAAGGGTCACTGCTCGGGCGCACGAAAGCTGTCTAAGGCTTGGGCGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157334	AGGAAGGGTCACTGCTCGGGCGCACGAAAGCTGTCTAAGGCTTGGGCGTA	157383

AL662820.6	1351	TATGGGGAACTCTGGCTTTTGCCACGCACTTTTGGGAATGGGCAGGAGAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157384	TATGGGGAACTCTGGCTTTTGCCACGCACTTTTGGGAATGGGCAGGAGAC	157433

AL662820.6	1401	CTGCTTCCTCTCTCCAGAGGTTGCATTTTCCCAAGCTTGAACGCTTCATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157434	CTGCTTCCTCTCTCCAGAGGTTGCATTTTCCCAAGCTTGAACGCTTCATG	157483

AL662820.6	1451	TGCCTACTCTGCAGGACTGAGGAGTTTGCTCTGTGGTGTGAAAACCTAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157484	TGCCTACTCTGCAGGACTGAGGAGTTTGCTCTGTGGTGTGAAAACCTAAG	157533

AL662820.6	1501	GAATGGGGGGCGGGTGTCTTGCCACTTGTGTGACAGGCTTAACCTTTTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157534	GAATGGGGGGCGGGTGTCTTGCCACTTGTGTGACAGGCTTAACCTTTTTG	157583

AL662820.6	1551	TATGAAGTTCGTTTGCCTTATCGGCCTTACTGTTTGATAGTTTACTGTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157584	TATGAAGTTCGTTTGCCTTATCGGCCTTACTGTTTGATAGTTTACTGTGT	157633

AL662820.6	1601	CTGATTTCTTCCCCCGTACTTTTTCAACTAGTCTCTAGTGATCCCTGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157634	CTGATTTCTTCCCCCGTACTTTTTCAACTAGTCTCTAGTGATCCCTGAAA	157683

AL662820.6	1651	AGTTCCAGCATATTTTGCGAGTACTCAACACCAACATCGATGGGCGGCGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157684	AGTTCCAGCATATTTTGCGAGTACTCAACACCAACATCGATGGGCGGCGG	157733

AL662820.6	1701	AAAATAGCCTTTGCCATCACTGCCATTAAGGTAAGTGAAGTAGGGTAAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157734	AAAATAGCCTTTGCCATCACTGCCATTAAGGTAAGTGAAGTAGGGTAAGG	157783

AL662820.6	1751	AATAGGGAATGTAAATGAGAATTGGGTTGTGAAGACATAAGCAAAAATGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157784	AATAGGGAATGTAAATGAGAATTGGGTTGTGAAGACATAAGCAAAAATGA	157833

AL662820.6	1801	AGCAAGGCTGGGGAGACTTGAGTCTCATCCAGATCACCTTGACTGCTGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157834	AGCAAGGCTGGGGAGACTTGAGTCTCATCCAGATCACCTTGACTGCTGGA	157883

AL662820.6	1851	TTAAGAAAAGAAAGTGGTTTAGGGAGAGACTGACCCCTTTAGCATTTACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157884	TTAAGAAAAGAAAGTGGTTTAGGGAGAGACTGACCCCTTTAGCATTTACC	157933

AL662820.6	1901	ACAGAAAATAAGTGATTAAAGCCAAGATAGTGGTCTAAGGTCAAGCCAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157934	ACAGAAAATAAGTGATTAAAGCCAAGATAGTGGTCTAAGGTCAAGCCAAA	157983

AL662820.6	1951	ACATTTCACCTGGGGAAGTGGGGAGGAGGTATGGTTGCTCACCCGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645940.4	157984	ACATTTCACCTGGGGAAGTGGGGAGGAGGTATGGTTGCTCACCCGAATTC	158033

Overview

Query
AL662820.6 - 78635 bps
Hit
AL645940.4 - 158033 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link