<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL645929.4	1	AAACCGCTCCTGGATTCCTGACCATTAGAAACTGTGGGAGATGATGAATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	121769	AAACCGCTCCTGGATTCCTGACCATTAGAAACTGTGGGAGATGATGAATA	121818

AL645929.4	51	TTTGTTGTTTTGAGCTGCTAAGTTTTACATAATTTGTTACACAATAGTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	121819	TTTGTTGTTTTGAGCTGCTAAGTTTTACATAATTTGTTACACAATAGTAA	121868

AL645929.4	101	ATAACTAATACATTTTCACAAGAGAGGATGTATTATTACACATTAATTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	121869	ATAACTAATACATTTTCACAAGAGAGGATGTATTATTACACATTAATTTG	121918

AL645929.4	151	CATTTGCTCTAAATTTATCATCATCATATTACTATTTTTGAGACAGGGTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	121919	CATTTGCTCTAAATTTATCATCATCATATTACTATTTTTGAGACAGGGTC	121968

AL645929.4	201	TTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCACCATGCACTGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	121969	TTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCACCATGCACTGC	122018

AL645929.4	251	AGTGTCGACCTCCTGGGCTCAAGGGATCCTCTGATCTCAGCCTCTTGAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122019	AGTGTCGACCTCCTGGGCTCAAGGGATCCTCTGATCTCAGCCTCTTGAGT	122068

AL645929.4	301	AGCTGGGACTATAGGCATGAATTAACATGCCTGGCTAATTTTCTAATTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122069	AGCTGGGACTATAGGCATGAATTAACATGCCTGGCTAATTTTCTAATTTT	122118

AL645929.4	351	TTTGTAGAGATGGGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAACTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122119	TTTGTAGAGATGGGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAACTTC	122168

AL645929.4	401	TGGAGTCAAATCTGCCTTCCTCTGCCTTCAACAGTGCTAGGATTGCAGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122169	TGGAGTCAAATCTGCCTTCCTCTGCCTTCAACAGTGCTAGGATTGCAGGC	122218

AL645929.4	451	GTGAGCCACCACACCTGGTCTAAATTAACTATAAGATATTAAACATGTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122219	GTGAGCCACCACACCTGGTCTAAATTAACTATAAGATATTAAACATGTAA	122268

AL645929.4	501	CTTAGTTTTAAAAGGAAAGGAGAATTTCCACGGCTGAAGAGGATGTATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122269	CTTAGTTTTAAAAGGAAAGGAGAATTTCCACGGCTGAAGAGGATGTATTT	122318

AL645929.4	551	TATTACTATTCACAATGATCACTTTACTTGAACTTCAATTTCCAACTGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122319	TATTACTATTCACAATGATCACTTTACTTGAACTTCAATTTCCAACTGTG	122368

AL645929.4	601	TCCAAATTAAACACAAAAGGAAGATCCAGCCCTTCCTGGGCTGATTCTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122369	TCCAAATTAAACACAAAAGGAAGATCCAGCCCTTCCTGGGCTGATTCTAT	122418

AL645929.4	651	CATGGCTCCCAACAACCAGCTCCTGGTCATTCACCTTCCCCCAGTTATTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122419	CATGGCTCCCAACAACCAGCTCCTGGTCATTCACCTTCCCCCAGTTATTC	122468

AL645929.4	701	AACCAACTCTAATGTAGGTGCTGCTGTGAAGGGATTTAGCAGATATAATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122469	AACCAACTCTAATGTAGGTGCTGCTGTGAAGGGATTTAGCAGATATAATT	122518

AL645929.4	751	AAGGGCCTCAATTAGTTGACTTTAGGCTGAGTTTATCCTGCTTGGACTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122519	AAGGGCCTCAATTAGTTGACTTTAGGCTGAGTTTATCCTGCTTGGACTGT	122568

AL645929.4	801	CCTAATAAGGAGAGTCCTTGAAAGGACTGGGTTCTTCCTGAGCATAGAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122569	CCTAATAAGGAGAGTCCTTGAAAGGACTGGGTTCTTCCTGAGCATAGAGA	122618

AL645929.4	851	TTCACAGTGTGAGAGGGATTCAGCATAAGGGGTTTCCTCCACTGTGGGCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122619	TTCACAGTGTGAGAGGGATTCAGCATAAGGGGTTTCCTCCACTGTGGGCT	122668

AL645929.4	901	TTGAAAATGAAGGGGCTGTGTAGGAAAGGACGCTGGTGGGCACCATGCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122669	TTGAAAATGAAGGGGCTGTGTAGGAAAGGACGCTGGTGGGCACCATGCAT	122718

AL645929.4	951	TGAGTGCAGCCCTCCCTGTTCTCTACAGTGACAGCCAGTGAGGAACAGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122719	TGAGTGCAGCCCTCCCTGTTCTCTACAGTGACAGCCAGTGAGGAACAGGG	122768

AL645929.4	1001	ACCTCAGTCTTACAACTGCCAGAAACTGCATTCTGCCACCTCTGTATAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122769	ACCTCAGTCTTACAACTGCCAGAAACTGCATTCTGCCACCTCTGTATAAG	122818

AL645929.4	1051	CCTGAAGGAGGATTCAAAATGAAAACACAGGTTTAGGAAGACCGGAACAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122819	CCTGAAGGAGGATTCAAAATGAAAACACAGGTTTAGGAAGACCGGAACAG	122868

AL645929.4	1101	AGATTCCATCCACATCATGCCCAGATTTCTGATTAAGAAACTATAAACAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122869	AGATTCCATCCACATCATGCCCAGATTTCTGATTAAGAAACTATAAACAA	122918

AL645929.4	1151	CAAATGAGTGTTATTTGGCCAGGCGTGGTAGTGCACACCTGTATCCTAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122919	CAAATGAGTGTTATTTGGCCAGGCGTGGTAGTGCACACCTGTATCCTAAC	122968

AL645929.4	1201	ATTTGAGGAGCTGACACAGGAGGAACACTTGCAGCCAGGACTTTGAGACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	122969	ATTTGAGGAGCTGACACAGGAGGAACACTTGCAGCCAGGACTTTGAGACC	123018

AL645929.4	1251	AGCTAGGATAATATAGTGAGACACTCGTCTCTACATTTCTTTTTAATTAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123019	AGCTAGGATAATATAGTGAGACACTCGTCTCTACATTTCTTTTTAATTAG	123068

AL645929.4	1301	CTGGGCATGGTGGCACTTGCCTGCAGTCCTAGCTACTCTGAAGACTGAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123069	CTGGGCATGGTGGCACTTGCCTGCAGTCCTAGCTACTCTGAAGACTGAGG	123118

AL645929.4	1351	TAGGAGGGTCCCTTGAGCCCAGGAATTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123119	TAGGAGGGTCCCTTGAGCCCAGGAATTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGATC	123168

AL645929.4	1401	ATGTGACTGCACTTCATCCTGGATGACAGAGGGAGACTCTGTCTCTAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123169	ATGTGACTGCACTTCATCCTGGATGACAGAGGGAGACTCTGTCTCTAAAA	123218

AL645929.4	1451	ATAAATCAATGAATACAATAAATGGGTGCTGTTTAAAGCCAATGTTTGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123219	ATAAATCAATGAATACAATAAATGGGTGCTGTTTAAAGCCAATGTTTGTG	123268

AL645929.4	1501	ACAATTTGTTACCCAGTCTTATAAAATTCATACACAGACTCAAAAGACTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123269	ACAATTTGTTACCCAGTCTTATAAAATTCATACACAGACTCAAAAGACTC	123318

AL645929.4	1551	CTGGAATGAACTGATGAATTGATACGCACACTAGTTACATAAAATAAAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123319	CTGGAATGAACTGATGAATTGATACGCACACTAGTTACATAAAATAAAAT	123368

AL645929.4	1601	CTTTTTTAACTTTTTTAGTGTTTTACATTTTATAATTTTCTGTGATGCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123369	CTTTTTTAACTTTTTTAGTGTTTTACATTTTATAATTTTCTGTGATGCAA	123418

AL645929.4	1651	TTTAATACACTCATAATTCATTCATTCAGCCAAGAAAAAATAATTTAGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123419	TTTAATACACTCATAATTCATTCATTCAGCCAAGAAAAAATAATTTAGTC	123468

AL645929.4	1701	CCTACAATGAACCAGGTATGCCCTCATATGCTCAAGTGCCTGACATTCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123469	CCTACAATGAACCAGGTATGCCCTCATATGCTCAAGTGCCTGACATTCTA	123518

AL645929.4	1751	GAAGCTTCACAAGAATGAGGTGGAGCCACTGGAGTGTTTTAGGTGGAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123519	GAAGCTTCACAAGAATGAGGTGGAGCCACTGGAGTGTTTTAGGTGGAGAA	123568

AL645929.4	1801	ATGACACACTCTGACTCATAGTAGCAGGACCACTATAGAGAGAACACTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123569	ATGACACACTCTGACTCATAGTAGCAGGACCACTATAGAGAGAACACTCA	123618

AL645929.4	1851	TGTAGCAGGTCATGGAACAGTGCTAGAGCCACAGTTCAGGAGTGAGAGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123619	TGTAGCAGGTCATGGAACAGTGCTAGAGCCACAGTTCAGGAGTGAGAGGG	123668

AL645929.4	1901	TGGTGGGGATTAAGGGGAGAAGAGGGCCTGAGGGATGAGAGGGACGGAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123669	TGGTGGGGATTAAGGGGAGAAGAGGGCCTGAGGGATGAGAGGGACGGAGG	123718

AL645929.4	1951	GAAGGGCTGGAGGAGCAGGAGGTGAGGAAAAGGAGCAGAGGAAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645939.6	123719	GAAGGGCTGGAGGAGCAGGAGGTGAGGAAAAGGAGCAGAGGAAAGAATTC	123768

Overview

Query
AL645929.4 - 80662 bps
Hit
AL645939.6 - 123768 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link