<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL671859.3	1	AGGTTATGAGAAACTATGACTTCCTTTAGAAAAAAAAAAAAGGGAAATGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127612	AGGTTATGAGAAACTATGACTTCCTTTAGAAAAAAAAAAAAGGGAAATGA	127661

AL671859.3	51	GAGTGCCCAAGGTCTTAGGAGAGGGCTGGTGCAGGCCTGGGGCATAGTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127662	GAGTGCCCAAGGTCTTAGGAGAGGGCTGGTGCAGGCCTGGGGCATAGTAA	127711

AL671859.3	101	ATTCTTTAGCTTGTCTAGATTCACCATGCCAAGTGGGGAGGTTGCTTGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127712	ATTCTTTAGCTTGTCTAGATTCACCATGCCAAGTGGGGAGGTTGCTTGGG	127761

AL671859.3	151	TCAGACTATATTAAAGGACAGCATCTCCACCCTCCCCTAGAGGTCTCAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127762	TCAGACTATATTAAAGGACAGCATCTCCACCCTCCCCTAGAGGTCTCAGA	127811

AL671859.3	201	ATGTCCACTGACTGTGGCTTTAGTGGTCCTTGAACAGAAATTTGGTAACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127812	ATGTCCACTGACTGTGGCTTTAGTGGTCCTTGAACAGAAATTTGGTAACA	127861

AL671859.3	251	TGAAGAGTAGCAGATGCTGGCATGGTAAGATTACAAATGTGTATCAGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127862	TGAAGAGTAGCAGATGCTGGCATGGTAAGATTACAAATGTGTATCAGAAG	127911

AL671859.3	301	AATTATTTTGTGGGTAACAGAAAAAACAACATATAAAGAAACAAGTTAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127912	AATTATTTTGTGGGTAACAGAAAAAACAACATATAAAGAAACAAGTTAAT	127961

AL671859.3	351	ACCATGAGAATGTCATTAGCCAAACTCAGAATGTGGATCATTCTACAGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	127962	ACCATGAGAATGTCATTAGCCAAACTCAGAATGTGGATCATTCTACAGGA	128011

AL671859.3	401	CAAGTAACCTGGCTTTTTTGGGGAAACAGAAGCATAGGAGAGCCAGGGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128012	CAAGTAACCTGGCTTTTTTGGGGAAACAGAAGCATAGGAGAGCCAGGGTG	128061

AL671859.3	451	ACACCATTTTAAAGTCAACTCCATCTTTCAACTAGCAAGGCATATTCCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128062	ACACCATTTTAAAGTCAACTCCATCTTTCAACTAGCAAGGCATATTCCTT	128111

AL671859.3	501	GCCAGTCACAACCCATGGTCATAAGAGGTTTACAGCTGATTAAACAACTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128112	GCCAGTCACAACCCATGGTCATAAGAGGTTTACAGCTGATTAAACAACTT	128161

AL671859.3	551	AATAATGCCTGCAAGAACAAACGCCTATGACAGACAACAGAATGTCCACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128162	AATAATGCCTGCAAGAACAAACGCCTATGACAGACAACAGAATGTCCACA	128211

AL671859.3	601	TGTCCTGACGTCACATTATAATATATGCTTTTAAGATTATTATAGTCATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128212	TGTCCTGACGTCACATTATAATATATGCTTTTAAGATTATTATAGTCATG	128261

AL671859.3	651	CTTTGATATACTAACTAAAATGCCAAGGATAACTTTCTTTAAATCAATAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128262	CTTTGATATACTAACTAAAATGCCAAGGATAACTTTCTTTAAATCAATAG	128311

AL671859.3	701	GTCCTAAATTTTGTCATGCTGTCAGAGCACCCACACATAGACATTTAACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128312	GTCCTAAATTTTGTCATGCTGTCAGAGCACCCACACATAGACATTTAACT	128361

AL671859.3	751	TAGCTTTTATGTAGATTAAACCCCTACATTAGAAGAGTTTACAACAAAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128362	TAGCTTTTATGTAGATTAAACCCCTACATTAGAAGAGTTTACAACAAAGA	128411

AL671859.3	801	TGGTGCATTCTTCCTTTTGCTTTCTGAGGACACCTACTCTGTATCTGAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128412	TGGTGCATTCTTCCTTTTGCTTTCTGAGGACACCTACTCTGTATCTGAGT	128461

AL671859.3	851	AACTTTCAATAAACTATCTCCTTCTCACTGCACTCTGTGACTCACCTTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128462	AACTTTCAATAAACTATCTCCTTCTCACTGCACTCTGTGACTCACCTTTA	128511

AL671859.3	901	ATTCCTTCCTGTGCAAGATCCAAGAATACTCTTTTGGGGTCGGGATCGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128512	ATTCCTTCCTGTGCAAGATCCAAGAATACTCTTTTGGGGTCGGGATCGGG	128561

AL671859.3	951	ACCTGTTTTTCTGGTAACAGTTTCTCCAACAAATCAAAGCCTTGAGAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128562	ACCTGTTTTTCTGGTAACAGTTTCTCCAACAAATCAAAGCCTTGAGAAAA	128611

AL671859.3	1001	AAAAAATAGGTAGGGTGGGTGGTATGGTATAGAAGAACAGAGAATAATGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128612	AAAAAATAGGTAGGGTGGGTGGTATGGTATAGAAGAACAGAGAATAATGA	128661

AL671859.3	1051	GACATAAGAAGCAATTGCAATGTGTGGACCTTCTCTAGCTTCTGTTTCAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128662	GACATAAGAAGCAATTGCAATGTGTGGACCTTCTCTAGCTTCTGTTTCAG	128711

AL671859.3	1101	ACAGACCAATTGAAAAAGACAAGACAGATATTTGAATATGCATTGACTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128712	ACAGACCAATTGAAAAAGACAAGACAGATATTTGAATATGCATTGACTGT	128761

AL671859.3	1151	TTAGCAAAATTAGAGAACTGTTGTTAATTTTGTTAGTGTGAGAATAGCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128762	TTAGCAAAATTAGAGAACTGTTGTTAATTTTGTTAGTGTGAGAATAGCAT	128811

AL671859.3	1201	GGCTTTATGTTTTTTAAAAACCCTATTCTGTGAAAGATGCATGCTGAACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128812	GGCTTTATGTTTTTTAAAAACCCTATTCTGTGAAAGATGCATGCTGAACT	128861

AL671859.3	1251	ATTTAACTGTGAAATTGTATGTAAAGGATTTGCTTTTACAATCCTCCAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128862	ATTTAACTGTGAAATTGTATGTAAAGGATTTGCTTTTACAATCCTCCAGA	128911

AL671859.3	1301	GATGAGTTTATAATGATATAAATGATGTGATAAATAAATCAATGGAGGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128912	GATGAGTTTATAATGATATAAATGATGTGATAAATAAATCAATGGAGGAG	128961

AL671859.3	1351	AGGAGGCAAAATCTCTCCTGCAGAAGAACTCCAAATAAGGTAGGTAGATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	128962	AGGAGGCAAAATCTCTCCTGCAGAAGAACTCCAAATAAGGTAGGTAGATA	129011

AL671859.3	1401	CTTTGTCCTTAAAGGAACAGCATTAACTCCCTCTTCTGGAAGTGTGAATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129012	CTTTGTCCTTAAAGGAACAGCATTAACTCCCTCTTCTGGAAGTGTGAATT	129061

AL671859.3	1451	CTTGATATCATGTAATGAAAATGGTACCTCACTTGTGGCTTTCCTCCCCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129062	CTTGATATCATGTAATGAAAATGGTACCTCACTTGTGGCTTTCCTCCCCC	129111

AL671859.3	1501	CGAATCCATAACCTCTACTTATTATGAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129112	CGAATCCATAACCTCTACTTATTATGAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAA	129161

AL671859.3	1551	AAACACCGAATTCCAATAGAGGAACATTCTATAAAATACCTAACTAGTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129162	AAACACCGAATTCCAATAGAGGAACATTCTATAAAATACCTAACTAGTAT	129211

AL671859.3	1601	TCCTCAATAACGTCTAGGTCATCAAAAACAAGGAAAATCTGAGGAATTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129212	TCCTCAATAACGTCTAGGTCATCAAAAACAAGGAAAATCTGAGGAATTGT	129261

AL671859.3	1651	CACAGCCAAGAGGAGCCTAAGGAGGCATGACAACCCCATGTAATAGGGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129262	CACAGCCAAGAGGAGCCTAAGGAGGCATGACAACCCCATGTAATAGGGTA	129311

AL671859.3	1701	TCTTGAATGGGACCTTGGAGTAGAAAAATATTATTAGGTAAAACTCAAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129312	TCTTGAATGGGACCTTGGAGTAGAAAAATATTATTAGGTAAAACTCAAGG	129361

AL671859.3	1751	ACACCTGAGTAATGTATGACTTTTGGTTAAAAATAATGCATCAATATTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129362	ACACCTGAGTAATGTATGACTTTTGGTTAAAAATAATGCATCAATATTGG	129411

AL671859.3	1801	TTCAATAATTGTAAGAAATGAACCATACTAATGTTAGATGTTAATAACAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129412	TTCAATAATTGTAAGAAATGAACCATACTAATGTTAGATGTTAATAACAG	129461

AL671859.3	1851	GAGAAACAACTTCTCAATTTTCCTGTAGTTAAAACTGTTCTAGAACTGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129462	GAGAAACAACTTCTCAATTTTCCTGTAGTTAAAACTGTTCTAGAACTGAA	129511

AL671859.3	1901	GTCTATTTTTTAAAATTCTCCTGGAAAAAAGTGGAAACATATGAAATATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129512	GTCTATTTTTTAAAATTCTCCTGGAAAAAAGTGGAAACATATGAAATATG	129561

AL671859.3	1951	ATGGACAAATGTTAGTAATTATTGAATGTGATGATGGATAATGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645935.7	129562	ATGGACAAATGTTAGTAATTATTGAATGTGATGATGGATAATGAGAATTC	129611

Overview

Query
AL671859.3 - 144169 bps
Hit
AL645935.7 - 129611 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link