<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL645940.4	1	TGAGAGATGAATTCACTCAGATCATTGGTTTTCAAATTGTGCTCTGGGTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	122900	TGAGAGATGAATTCACTCAGATCATTGGTTTTCAAATTGTGCTCTGGGTA	122949

AL645940.4	51	ACTCAATTGTCAAAGATTCCGCAAACAGGATAAAGTTTTCCATATACAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	122950	ACTCAATTGTCAAAGATTCCGCAAACAGGATAAAGTTTTCCATATACAAA	122999

AL645940.4	101	AAAAAAATGAAGTTTCAAATTCCACCATATACTCATCACTTATATCTGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123000	AAAAAAATGAAGTTTCAAATTCCACCATATACTCATCACTTATATCTGCT	123049

AL645940.4	151	TTGCAGGTAAAATTCCCTTTAAAAAGTTAAATGTTGCAAAAGAAAGTTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123050	TTGCAGGTAAAATTCCCTTTAAAAAGTTAAATGTTGCAAAAGAAAGTTTT	123099

AL645940.4	201	GAAATTCTTACTCTTGACTAAAACATGTTCTCTTATTGGTGAATGAGGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123100	GAAATTCTTACTCTTGACTAAAACATGTTCTCTTATTGGTGAATGAGGAA	123149

AL645940.4	251	GAGGAACAAAGACTAACAAATTAAAATGAGAGGATACACACTCAGAGTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123150	GAGGAACAAAGACTAACAAATTAAAATGAGAGGATACACACTCAGAGTGG	123199

AL645940.4	301	GGCACTTGAATAGGGAGGGGCAGACTAAAGGGGCTGGGGGCGATGGGCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123200	GGCACTTGAATAGGGAGGGGCAGACTAAAGGGGCTGGGGGCGATGGGCCT	123249

AL645940.4	351	GGGTGTTTAGGGGGCTGGAGCCCAAGGCACTAGGAGAAGAGGCGGGTTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123250	GGGTGTTTAGGGGGCTGGAGCCCAAGGCACTAGGAGAAGAGGCGGGTTAA	123299

AL645940.4	401	GATATCTAAAGTCCTGGGATCTTGCCTTAGAGATGACACTGGAAACTACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123300	GATATCTAAAGTCCTGGGATCTTGCCTTAGAGATGACACTGGAAACTACA	123349

AL645940.4	451	GGCCGAGTCTACGGTGCCGCTGTGCCCAGCCCCACCCCTTCTCTACTGTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123350	GGCCGAGTCTACGGTGCCGCTGTGCCCAGCCCCACCCCTTCTCTACTGTC	123399

AL645940.4	501	CTCTGCCACCAGCTGTGCATCTTCTATGAGGGGTGAGGTTAATAAACGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123400	CTCTGCCACCAGCTGTGCATCTTCTATGAGGGGTGAGGTTAATAAACGTG	123449

AL645940.4	551	AGTTGCTAATTTGTAGAACATGAAACAGGTGTCCAAAACAAACCTTAATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123450	AGTTGCTAATTTGTAGAACATGAAACAGGTGTCCAAAACAAACCTTAATT	123499

AL645940.4	601	TGCTGTGTGCAAATCACAGCACCTTAATTTCCCCACTGTGACCAGGAACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123500	TGCTGTGTGCAAATCACAGCACCTTAATTTCCCCACTGTGACCAGGAACA	123549

AL645940.4	651	GATCAGGTCTGAAGAGGCTCAGACATGTGCTGGGTCATTGCTACTTCTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123550	GATCAGGTCTGAAGAGGCTCAGACATGTGCTGGGTCATTGCTACTTCTGT	123599

AL645940.4	701	ATACACATGCACCTGCCGGACACTGCCCATGGTGCTCCCTAGGAAGAACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123600	ATACACATGCACCTGCCGGACACTGCCCATGGTGCTCCCTAGGAAGAACT	123649

AL645940.4	751	GCAGGTGGAAAAGGCTGCCACATTTCTTTATGTAAAAATGACACCATCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123650	GCAGGTGGAAAAGGCTGCCACATTTCTTTATGTAAAAATGACACCATCAA	123699

AL645940.4	801	TGCCTCTAAACCTAAAGGAGTCCAGTCACTTAGCTTTCTGGTTGTTCTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123700	TGCCTCTAAACCTAAAGGAGTCCAGTCACTTAGCTTTCTGGTTGTTCTGG	123749

AL645940.4	851	TGATTTTCATTGATTAAGATATTTTCCAGGTGTTTTGAGATCAAGTCTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123750	TGATTTTCATTGATTAAGATATTTTCCAGGTGTTTTGAGATCAAGTCTTT	123799

AL645940.4	901	CTACAGCCATGTTTGAAAGTGAAAATTAACTTTCAGGCTATATAGTCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123800	CTACAGCCATGTTTGAAAGTGAAAATTAACTTTCAGGCTATATAGTCTTT	123849

AL645940.4	951	CTTATGGCAAACTTCAAGAAGTTTTAAGAAATGCATTTCTGGCCAAGTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123850	CTTATGGCAAACTTCAAGAAGTTTTAAGAAATGCATTTCTGGCCAAGTGC	123899

AL645940.4	1001	GGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGTGGCCGAGGAGGGCAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123900	GGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGTGGCCGAGGAGGGCAGA	123949

AL645940.4	1051	TCTCGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	123950	TCTCGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCA	123999

AL645940.4	1101	TCTCTACTAAACATACAAAAATTATCTGGGCGTGGTGGCGCACACCTGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124000	TCTCTACTAAACATACAAAAATTATCTGGGCGTGGTGGCGCACACCTGTA	124049

AL645940.4	1151	ATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAAAACTGCTTGAACCCTGGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124050	ATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAAAACTGCTTGAACCCTGGAG	124099

AL645940.4	1201	GCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGGACTCCAGCCTGGGCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124100	GCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGGACTCCAGCCTGGGCG	124149

AL645940.4	1251	ACAGAGTGATACTCTGTAGAAAGAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124150	ACAGAGTGATACTCTGTAGAAAGAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGGA	124199

AL645940.4	1301	GGGAGGGAAGGATACTCCATTGAAAGAAGAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124200	GGGAGGGAAGGATACTCCATTGAAAGAAGAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGG	124249

AL645940.4	1351	AGGGAGGGAGGGAGGAATGCATGGAAATGCATTTCTGCATTTCCAGCATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124250	AGGGAGGGAGGGAGGAATGCATGGAAATGCATTTCTGCATTTCCAGCATG	124299

AL645940.4	1401	CAGAGATGTCCAGCATGCAGAACAGCAAGAGCAACTTGAGGTATTCTCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124300	CAGAGATGTCCAGCATGCAGAACAGCAAGAGCAACTTGAGGTATTCTCAA	124349

AL645940.4	1451	GAAACTGGCAGAGAAGAGAGAGAACCTAGCTGTAGAAAGGGAAAGAAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124350	GAAACTGGCAGAGAAGAGAGAGAACCTAGCTGTAGAAAGGGAAAGAAGGA	124399

AL645940.4	1501	ATGGAGGGCTTCCTGGAGGAGGTGGCATTTGAGCCAGGACTGACATCAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124400	ATGGAGGGCTTCCTGGAGGAGGTGGCATTTGAGCCAGGACTGACATCAGG	124449

AL645940.4	1551	ATGGAAATGTCAGGCAGGGAGTTGGGTAGGGGGAGCAGCTCTGCCCTCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124450	ATGGAAATGTCAGGCAGGGAGTTGGGTAGGGGGAGCAGCTCTGCCCTCCA	124499

AL645940.4	1601	GGTCCCCAACTCCTCCTATCCCTACTGTTTCTCTGCCTGAGGGACCCTCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124500	GGTCCCCAACTCCTCCTATCCCTACTGTTTCTCTGCCTGAGGGACCCTCC	124549

AL645940.4	1651	CCCTGATGAGATTCTGCTCCTCCCTGAGACGTGAAATGTCTCCCCCTCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124550	CCCTGATGAGATTCTGCTCCTCCCTGAGACGTGAAATGTCTCCCCCTCCT	124599

AL645940.4	1701	CCTCCAGCCGCCAGCAGAAAGGGCTGCTTTCCCTTCAGCGTGCGCCCCTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124600	CCTCCAGCCGCCAGCAGAAAGGGCTGCTTTCCCTTCAGCGTGCGCCCCTC	124649

AL645940.4	1751	CCTAATGATCACTCAGCCACCCTGAGCAGTGAGTCTCATTCTTTTCAGTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124650	CCTAATGATCACTCAGCCACCCTGAGCAGTGAGTCTCATTCTTTTCAGTA	124699

AL645940.4	1801	AATCCTCTCGCTGCGTGGTGAGAAAACTGATGCCTGGAGTCTGTGACCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124700	AATCCTCTCGCTGCGTGGTGAGAAAACTGATGCCTGGAGTCTGTGACCTG	124749

AL645940.4	1851	CCTAGGACCACAGAACTCGGTAGTAGGAAAAATCGTATTTTTAAATCCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124750	CCTAGGACCACAGAACTCGGTAGTAGGAAAAATCGTATTTTTAAATCCAG	124799

AL645940.4	1901	TCCTGAGTGGGAAGATTTGAGGAAATAGCTAATATTGAGGAGGGGGGTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124800	TCCTGAGTGGGAAGATTTGAGGAAATAGCTAATATTGAGGAGGGGGGTGT	124849

AL645940.4	1951	TGTTGGGAGTGGCACCACCCCCATCTCTCCCTGCTCTTCACAGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645931.7	124850	TGTTGGGAGTGGCACCACCCCCATCTCTCCCTGCTCTTCACAGAGAATTC	124899

Overview

Query
AL645940.4 - 158033 bps
Hit
AL645931.7 - 124899 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link