<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

AL359379.10	14779	GAATTCTTTCCTCTTTCCCTAGAGAGCTTTCTGGACCTTGAAGATGGCAA	14828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1	GAATTCTTTCCTCTTTCCCTAGAGAGCTTTCTGGACCTTGAAGATGGCAA	50

AL359379.10	14829	CTTAGCAGCCCTTATTCAGAGAGAGCTTTCTGGACAGCTTCAACTTCTTC	14878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	51	CTTAGCAGCCCTTATTCAGAGAGAGCTTTCTGGACAGCTTCAACTTCTTC	100

AL359379.10	14879	CTGCTGGATCTCCTGGTTTCCCGTACCCCACCCTCATCAGTTTCAATTTT	14928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	101	CTGCTGGATCTCCTGGTTTCCCGTACCCCACCCTCATCAGTTTCAATTTT	150

AL359379.10	14929	CCAGTGGCCTGGGGGACTGTCTCCTCTGTAAACATGTTCCATGATGTCTG	14978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	151	CCAGTGGCCTGGGGGACTGTCTCCTCTGTAAACATGTTCCATGATGTCTG	200

AL359379.10	14979	TCTCACTGCCCACAGAGCCAAAAGTGCAGTGCCAGGAGCATGGTAAGCAA	15028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	201	TCTCACTGCCCACAGAGCCAAAAGTGCAGTGCCAGGAGCATGGTAAGCAA	250

AL359379.10	15029	ACTGCACTGGATGGTAGGCCTTTGGGACCCAGGCAGCCAGCATGTTAGCC	15078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	251	ACTGCACTGGATGGTAGGCCTTTGGGACCCAGGCAGCCAGCATGTTAGCC	300

AL359379.10	15079	TTTCTAGTCCCTGGGGACAGCTGGATAGGTACAGAGGGCAGAGGCAAAGG	15128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	301	TTTCTAGTCCCTGGGGACAGCTGGATAGGTACAGAGGGCAGAGGCAAAGG	350

AL359379.10	15129	GAGAGCTTGGCCACACTGCCAAGCCCATTCCCTCCTTGTGGCTTTGCTGG	15178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	351	GAGAGCTTGGCCACACTGCCAAGCCCATTCCCTCCTTGTGGCTTTGCTGG	400

AL359379.10	15179	CACTGCTCGCCTGTGGCAGTGGCTGGCATATCCATGCACTCCCAGTGCTG	15228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	401	CACTGCTCGCCTGTGGCAGTGGCTGGCATATCCATGCACTCCCAGTGCTG	450

AL359379.10	15229	ACTCCCACTCAGAGGGCAAATTTTGTATCTAGGTGGTCAGGGGCAAAGGG	15278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	451	ACTCCCACTCAGAGGGCAAATTTTGTATCTAGGTGGTCAGGGGCAAAGGG	500

AL359379.10	15279	GGGTGCTGCAGTGCAAGGTTTCCAGGGCAATCTCAGTCCATCCCACTCAG	15328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	501	GGGTGCTGCAGTGCAAGGTTTCCAGGGCAATCTCAGTCCATCCCACTCAG	550

AL359379.10	15329	AGCAGCACCCCCAGCACCTCTGAGAGACTGGCCGAGCTGAGCAGACAGCT	15378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	551	AGCAGCACCCCCAGCACCTCTGAGAGACTGGCCGAGCTGAGCAGACAGCT	600

AL359379.10	15379	CCTTGGTCAACCTTGCCTCTCAGAGTAGACTCTGCTCTCTTAGGGACTCC	15428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	601	CCTTGGTCAACCTTGCCTCTCAGAGTAGACTCTGCTCTCTTAGGGACTCC	650

AL359379.10	15429	AGGGCTTGGGCTTGTGGCTGTGCTCCAAGAACAGCCTCTCACATGCTTGC	15478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	651	AGGGCTTGGGCTTGTGGCTGTGCTCCAAGAACAGCCTCTCACATGCTTGC	700

AL359379.10	15479	TGGATTTAGGACATGGAAACTTCCTGAACACACACCAATGCAAAATACAC	15528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	701	TGGATTTAGGACATGGAAACTTCCTGAACACACACCAATGCAAAATACAC	750

AL359379.10	15529	TCAACGTGAGGCAGATAAGAACCCCGCACCTTGGCAAAAAGGGGGGAAAT	15578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	751	TCAACGTGAGGCAGATAAGAACCCCGCACCTTGGCAAAAAGGGGGGAAAT	800

AL359379.10	15579	TGATTCCAAAGAGCAAATGAATGTGTAAAAGATATTTGGTTCAAATTAAT	15628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	801	TGATTCCAAAGAGCAAATGAATGTGTAAAAGATATTTGGTTCAAATTAAT	850

AL359379.10	15629	GGTTTTATTTCCATCTGTAACACTAGCAGAGGAGTCCAAAGCAGACTGAT	15678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	851	GGTTTTATTTCCATCTGTAACACTAGCAGAGGAGTCCAAAGCAGACTGAT	900

AL359379.10	15679	ATCCATGGATATAGTTTAAATGTAACAAAGAAAGAGTTGAACTATGTACA	15728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	901	ATCCATGGATATAGTTTAAATGTAACAAAGAAAGAGTTGAACTATGTACA	950

AL359379.10	15729	TTGAAAAAAGGAAAGACATTTCTTCATACCAACCTTTCCCTAGTTCGCAG	15778
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	951	TTGAAAAAAGGAAAGACATTTTTTCATACCAACCTTTCCCTAGTTCGCAG	1000

AL359379.10	15779	TTTCTGAATAGTAGAAACAAAACACATTTTTAAATCTTTCTATCAATTTA	15828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1001	TTTCTGAATAGTAGAAACAAAACACATTTTTAAATCTTTCTATCAATTTA	1050

AL359379.10	15829	ATTTAGGACGAAGTAACACAACTTTTATAATTAACCACTGAAGTTGTCTT	15878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1051	ATTTAGGACGAAGTAACACAACTTTTATAATTAACCACTGAAGTTGTCTT	1100

AL359379.10	15879	TAAGGACAAAACTTAAATTTTAAAATGGGTGTTACCATATTTTATGAGTG	15928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1101	TAAGGACAAAACTTAAATTTTAAAATGGGTGTTACCATATTTTATGAGTG	1150

AL359379.10	15929	GACTGACTCCAAGGTTGCCTTGCTCCAAGTCTGGGCATCGTGACATTGCC	15978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1151	GACTGACTCCAAGGTTGCCTTGCTCCAAGTCTGGGCATCGTGACATTGCC	1200

AL359379.10	15979	GTGATGCCCAGAAGAAAGTTAATGGCAATGATGTCCAGTCAGAGGGCAGA	16028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1201	GTGATGCCCAGAAGAAAGTTAATGGCAATGATGTCCAGTCAGAGGGCAGA	1250

AL359379.10	16029	CATGCTACACATCACAATGATGAGAGCTGCGGATTCTGCCCTCTTCAACT	16078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1251	CATGCTACACATCACAATGATGAGAGCTGCGGATTCTGCCCTCTTCAACT	1300

AL359379.10	16079	CCAAGTAGAAAATTATTATTTTCATTCAAACTAACTGGAAGTGAGCCAAA	16128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1301	CCAAGTAGAAAATTATTATTTTCATTCAAACTAACTGGAAGTGAGCCAAA	1350

AL359379.10	16129	CAGTTAAAAAGTCAGAATGAAGAATAAAACAATTTTCTTTTCACATAGAG	16178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1351	CAGTTAAAAAGTCAGAATGAAGAATAAAACAATTTTCTTTTCACATAGAG	1400

AL359379.10	16179	GAGGGACACTCCTTCAGCCCCGTCTAAAGTGAATTCTGTGCTGAGTCCCT	16228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1401	GAGGGACACTCCTTCAGCCCCGTCTAAAGTGAATTCTGTGCTGAGTCCCT	1450

AL359379.10	16229	GCTCCTTCAGAAGGGTAAACTGAAGGTCAGTTATTGCTAACAAAGCCAGA	16278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1451	GCTCCTTCAGAAGGGTAAACTGAAGGTCAGTTATTGCTAACAAAGCCAGA	1500

AL359379.10	16279	AGTGGCCCCTTTCCCGCCCTGAAGATGTTTCACACGAAAAGGCCGTTTGT	16328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1501	AGTGGCCCCTTTCCCGCCCTGAAGATGTTTCACACGAAAAGGCCGTTTGT	1550

AL359379.10	16329	TTGGCGTGAGGCCCTCTGAGGAAGGACGACAGTGGAAGAGGAGGCATGCC	16378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1551	TTGGCGTGAGGCCCTCTGAGGAAGGACGACAGTGGAAGAGGAGGCATGCC	1600

AL359379.10	16379	GGCACTGTAAGGCCTCTCTCGTTAGCCACCCCCCAGGCCCTGTGCTGTCA	16428
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL645924.13	1601	GGCACTGTAAGGCCTCTCTCGTTAGCCACCCCC-AGGCCCTGTGCTGTCA	1649

AL359379.10	16429	GGGGCAGCTTGGGCCACTTTGCTGCCCCTGAGAGAACCTGAGGCTCCCGC	16478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1650	GGGGCAGCTTGGGCCACTTTGCTGCCCCTGAGAGAACCTGAGGCTCCCGC	1699

AL359379.10	16479	GTACCTGTGGAGCGAAGGAGAGGTTGTCATCTGGGCCCCTGTTTCACCAG	16528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1700	GTACCTGTGGAGCGAAGGAGAGGTTGTCATCTGGGCCCCTGTTTCACCAG	1749

AL359379.10	16529	TCAAAACCTATGGAGCAGTCAGAAGCCCGAAGCATCCAAGCCCAGTGGCC	16578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1750	TCAAAACCTATGGAGCAGTCAGAAGCCCGAAGCATCCAAGCCCAGTGGCC	1799

AL359379.10	16579	AGGAAGCTTCTGAAATAAACGGCACTGGGTTGGGAAGGATGAGAAAGCCA	16628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1800	AGGAAGCTTCTGAAATAAACGGCACTGGGTTGGGAAGGATGAGAAAGCCA	1849

AL359379.10	16629	AGACAGGTGGGCCAGGTTCTCCGAACATGGGGCAACAGTGACCTGGGCAA	16678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1850	AGACAGGTGGGCCAGGTTCTCCGAACATGGGGCAACAGTGACCTGGGCAA	1899

AL359379.10	16679	AAGCCTGGAACTGAGCGGCTGATAAGGCCACAATTACTGCCACCACCTCT	16728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1900	AAGCCTGGAACTGAGCGGCTGATAAGGCCACAATTACTGCCACCACCTCT	1949

AL359379.10	16729	CAGTATCTACACGGGGGCAGACGTTAGGCAGTGGGAACTGAGGACTGGAG	16778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	1950	CAGTATCTACACGGGGGCAGACGTTAGGCAGTGGGAACTGAGGACTGGAG	1999

Compact alignment

skip 950 bps 100% identity alignment

AL359379.10	15729	TTGAAAAAAGGAAAGACATTTCTTCATACCAACCTTTCCCTAGTTCGCAG	15778
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL645924.13	951	TTGAAAAAAGGAAAGACATTTTTTCATACCAACCTTTCCCTAGTTCGCAG	1000

skip 600 bps 100% identity alignment

AL359379.10	16379	GGCACTGTAAGGCCTCTCTCGTTAGCCACCCCCCAGGCCCTGTGCTGTCA	16428
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL645924.13	1601	GGCACTGTAAGGCCTCTCTCGTTAGCCACCCCC-AGGCCCTGTGCTGTCA	1649

skip 350 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL359379.10 - 16778 bps
Hit
AL645924.13 - 168683 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.91991200014779167781119991
292.182182931155611848111067113601
389.83200295238532111068113621
489.212023051155311857118755190601
584.971933671156711933-124398247631
689.2188288247534-143635439211
789.731872821156711848-143639439201
888.04177293241533-148998492981
989.631882901155811847-149002493001
1090.151832641202112284-159873601361
1184.882134151155511969175797762061
1289.0518429148075097176245765361
1392.182152931155611848176246765391
1487.57218374238611176247766241
1586.621783151410614420176530768431
1688.2317728848085095178130784181
1789.421922921155611847178130784221
1889.491932931155511847-185311856051
1989.461942931155611848186801870941
2091.13210293241533186805870971
2188.9317827948195097186812870911
2292.15218292115601185111059011061931
2389.8619829523853211393711396661
2488.77181283115671184911405301408141
2582.2825158710769311572781578811
2689.9200297238534-11662111665071
2792.522202931155611848-11662151665081
Short-link