<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662862.16	1	CTAAAACCACCCCTACTTTATGTAAAACTATCCAAATAAGCATAAATAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199501	CTAAAACCACCCCTACTTTATGTAAAACTATCCAAATAAGCATAAATAGG	199550

AL662862.16	51	ACCACGCCCTTGCTCAACAAATAGAGGCATGACCTCGTCGCCCTCTAGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199551	ACCACGCCCTTGCTCAACAAATAGAGGCATGACCTCGTCGCCCTCTAGTG	199600

AL662862.16	101	GAGAGCTTGGTCCTCCAGCATCCCTGACAGAGCCGCAATTTCCAGAGATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199601	GAGAGCTTGGTCCTCCAGCATCCCTGACAGAGCCGCAATTTCCAGAGATG	199650

AL662862.16	151	AAACTGGTGAGCACCTAATGCTGTTAGCATCGCATTCCTTGGCTCATTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199651	AAACTGGTGAGCACCTAATGCTGTTAGCATCGCATTCCTTGGCTCATTCC	199700

AL662862.16	201	TTGGACGAATGTTAAACTTGTTTTAAAAATAGATCAAGTCGCTGGGCGTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199701	TTGGACGAATGTTAAACTTGTTTTAAAAATAGATCAAGTCGCTGGGCGTG	199750

AL662862.16	251	GTGGAGAACGCCTTTAATCCCTGCACTTGGGAGGAAGATAGGCGGATTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199751	GTGGAGAACGCCTTTAATCCCTGCACTTGGGAGGAAGATAGGCGGATTTC	199800

AL662862.16	301	TGAGTTCGAGGCCAGCTTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199801	TGAGTTCGAGGCCAGCTTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGG	199850

AL662862.16	351	CTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCATTTAAAAAAAAAAAAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199851	CTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCATTTAAAAAAAAAAAAAAAA	199900

AL662862.16	401	AAAAAAAGATCAAGTCAAAGTGAACCATCCCCAGAAAACCAGGTGGAATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199901	AAAAAAAGATCAAGTCAAAGTGAACCATCCCCAGAAAACCAGGTGGAATT	199950

AL662862.16	451	GAGGGAGAATGCTCCACTAGAAGATATTAAGCAGCTTGTTATTAAAGGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	199951	GAGGGAGAATGCTCCACTAGAAGATATTAAGCAGCTTGTTATTAAAGGGA	200000

AL662862.16	501	TAGATACATCACTGATTTTCCAGCTATCTGTCTTGACTATTACTGGCCAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200001	TAGATACATCACTGATTTTCCAGCTATCTGTCTTGACTATTACTGGCCAC	200050

AL662862.16	551	CTCTCTACCACTGAATTTACAAATACTTTAATAATAAAAAAGGAATAAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200051	CTCTCTACCACTGAATTTACAAATACTTTAATAATAAAAAAGGAATAAAT	200100

AL662862.16	601	ATTTTAGCTTCATATTTTTCACTACACTACATTTCTGAAGGGCCACTTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200101	ATTTTAGCTTCATATTTTTCACTACACTACATTTCTGAAGGGCCACTTCC	200150

AL662862.16	651	TTTATTGCTCCATATAACAAAAACAATTTTTTTCTTCCCTTAAAAATGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200151	TTTATTGCTCCATATAACAAAAACAATTTTTTTCTTCCCTTAAAAATGTA	200200

AL662862.16	701	AACAATCAGCCTTTCTTTTTTGAAAGAAAGCTCCAGCTTTAGGGCCTGGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200201	AACAATCAGCCTTTCTTTTTTGAAAGAAAGCTCCAGCTTTAGGGCCTGGT	200250

AL662862.16	751	GAGCACAGCAGAATGCAGTGGCTAGGTGCCTGCAGGCAGCAGGCCTGGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200251	GAGCACAGCAGAATGCAGTGGCTAGGTGCCTGCAGGCAGCAGGCCTGGGC	200300

AL662862.16	801	TATGACCTCTGGTCGTTTAACCCCTGACTCCTGCCCGGGTCTGTAAGCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200301	TATGACCTCTGGTCGTTTAACCCCTGACTCCTGCCCGGGTCTGTAAGCTC	200350

AL662862.16	851	AGAAGTGAACAGTCTCCAGCAGAGACCTCCCCAGGTACAACCTCCACCCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200351	AGAAGTGAACAGTCTCCAGCAGAGACCTCCCCAGGTACAACCTCCACCCT	200400

AL662862.16	901	TGGGAAGGAGCTGAATCTTCATCTAAGCTGTCAGCTCTCAACTGTGACAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200401	TGGGAAGGAGCTGAATCTTCATCTAAGCTGTCAGCTCTCAACTGTGACAG	200450

AL662862.16	951	GAACATTTCCTCAGAACATTTGAAAACAAGACACTGTAAGAGTTTGGATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200451	GAACATTTCCTCAGAACATTTGAAAACAAGACACTGTAAGAGTTTGGATG	200500

AL662862.16	1001	GAAGCTCATTGCCTAAGCCTTTCTCTCTTAAAGGAACACAATCCAAGAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200501	GAAGCTCATTGCCTAAGCCTTTCTCTCTTAAAGGAACACAATCCAAGAAT	200550

AL662862.16	1051	GAAGTCGTGCAACGAGAATTCTGAGTGCTTGTGAGAAAAGTCCAAGCAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200551	GAAGTCGTGCAACGAGAATTCTGAGTGCTTGTGAGAAAAGTCCAAGCAAA	200600

AL662862.16	1101	AAAGACAGGAGTCTTGTGACCTCAGTTTCTTCAAACCACAGAATTGTTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200601	AAAGACAGGAGTCTTGTGACCTCAGTTTCTTCAAACCACAGAATTGTTTC	200650

AL662862.16	1151	TGGAAATGTGGTCTGAGCTCCTCCCGTGCGTGCGGCAGATAGGCATGAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200651	TGGAAATGTGGTCTGAGCTCCTCCCGTGCGTGCGGCAGATAGGCATGAGG	200700

AL662862.16	1201	CTTTCTCAGACCATCCCTTACAACTGGCTACCGTTATCAGTTTAGTGCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200701	CTTTCTCAGACCATCCCTTACAACTGGCTACCGTTATCAGTTTAGTGCCT	200750

AL662862.16	1251	CTAAGGAAAACATTTTTGCCACATGTGACCCAACTGTCACCATTCAGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200751	CTAAGGAAAACATTTTTGCCACATGTGACCCAACTGTCACCATTCAGCTT	200800

AL662862.16	1301	GCTCTTGTGTTTGCCTGCTTTACTTGTGTGACTCGTCGTAACCCTTACAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200801	GCTCTTGTGTTTGCCTGCTTTACTTGTGTGACTCGTCGTAACCCTTACAG	200850

AL662862.16	1351	TAAATTGTCTGATGCTCTGAATAAAATTGGCTCTTGCATAACACTAGTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200851	TAAATTGTCTGATGCTCTGAATAAAATTGGCTCTTGCATAACACTAGTCC	200900

AL662862.16	1401	ACCTCATTTCTAGGCTCCACTCTTCCGGGTCCCAAGGTCTTTAAGTGTAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200901	ACCTCATTTCTAGGCTCCACTCTTCCGGGTCCCAAGGTCTTTAAGTGTAG	200950

AL662862.16	1451	TAAACACTCATTTCTGCCAAATTATTATTATTATATTAATATAGATTCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	200951	TAAACACTCATTTCTGCCAAATTATTATTATTATATTAATATAGATTCAT	201000

AL662862.16	1501	GATATTAGTGCAGTTGCAATTGTTCCTTAATCACCTAATTCATCAAATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201001	GATATTAGTGCAGTTGCAATTGTTCCTTAATCACCTAATTCATCAAATAA	201050

AL662862.16	1551	CCACACAGAGAGACTAAGATTTATTAAAATTGCCCTGAGCCAAACACTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201051	CCACACAGAGAGACTAAGATTTATTAAAATTGCCCTGAGCCAAACACTGA	201100

AL662862.16	1601	ACAATTATTACTGCATTCTAAACTTGCACGCTAGTCAGGCCTCCTTCCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201101	ACAATTATTACTGCATTCTAAACTTGCACGCTAGTCAGGCCTCCTTCCAG	201150

AL662862.16	1651	ACAATAGCCCATTTATTTGAATTTATTTATTTATTTATTTACTTATTTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201151	ACAATAGCCCATTTATTTGAATTTATTTATTTATTTATTTACTTATTTAT	201200

AL662862.16	1701	TTTTGTCCTTTCTTGTTCCAGCTTTTCTCCCGATACTTCCTGGATCTCTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201201	TTTTGTCCTTTCTTGTTCCAGCTTTTCTCCCGATACTTCCTGGATCTCTC	201250

AL662862.16	1751	CTGTGGCTCTCCTCTTTCGCATCCTGTCTCTTTCCCCACTCCTCCTAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201251	CTGTGGCTCTCCTCTTTCGCATCCTGTCTCTTTCCCCACTCCTCCTAGAA	201300

AL662862.16	1801	CCTGAAATCCTATCTTATTCTTTTAAAGCTCTGTGTTGGCTCACTGGATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201301	CCTGAAATCCTATCTTATTCTTTTAAAGCTCTGTGTTGGCTCACTGGATT	201350

AL662862.16	1851	TTACCGACAAGGCAGAGAATGAATGTGGAGCAATGTTCACACGACTTGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201351	TTACCGACAAGGCAGAGAATGAATGTGGAGCAATGTTCACACGACTTGAA	201400

AL662862.16	1901	ACAGGAGTGTCTAAGAACAAGCATAATAAAGGCATGTCCGGATTGAAGCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201401	ACAGGAGTGTCTAAGAACAAGCATAATAAAGGCATGTCCGGATTGAAGCA	201450

AL662862.16	1951	ATATAGTGGGATAGAGAAATCCGAGTTTGAAATAATACAAGGGTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645807.4	201451	ATATAGTGGGATAGAGAAATCCGAGTTTGAAATAATACAAGGGTAAGCTT	201500

Overview

Query
AL662862.16 - 120808 bps
Hit
AL645807.4 - 201500 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link