<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL645757.13	1	CCCTTCAAAGGATAATAACAGAAAAGAAGCAATATAAGGACGGAAATCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	133826	CCCTTCAAAGGATAATAACAGAAAAGAAGCAATATAAGGACGGAAATCAC	133875

AL645757.13	51	GCCCTAGAACAAACAAGAAAGTAATCCCTCAGCAAACCAAAAGGAAGACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	133876	GCCCTAGAACAAACAAGAAAGTAATCCCTCAGCAAACCAAAAGGAAGACA	133925

AL645757.13	101	GCCACAAAAACAGAATGCCAACTCTAACAACAAAAATAAAAGGAAGCAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	133926	GCCACAAAAACAGAATGCCAACTCTAACAACAAAAATAAAAGGAAGCAAC	133975

AL645757.13	151	AATTACTTTTCCTTAATATCTCTTAATATCAATGGACTCAATTCCCCAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	133976	AATTACTTTTCCTTAATATCTCTTAATATCAATGGACTCAATTCCCCAAT	134025

AL645757.13	201	AAAAAGACATAGACTAACAGACTGGCTACACAAACAGGACCCAACATTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134026	AAAAAGACATAGACTAACAGACTGGCTACACAAACAGGACCCAACATTCT	134075

AL645757.13	251	GCTGCTTACAGGAAACCCATCTCAGGGAAAAAGACAGACACTACCTCAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134076	GCTGCTTACAGGAAACCCATCTCAGGGAAAAAGACAGACACTACCTCAGA	134125

AL645757.13	301	GTGAAAGGCTGGAAAACAACTTTCCAAGCAAATGGTCTGAAGAAACAAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134126	GTGAAAGGCTGGAAAACAACTTTCCAAGCAAATGGTCTGAAGAAACAAGC	134175

AL645757.13	351	TGGAGTAGCCATTCTAATATCGGATAAAATCGACTTCCAACCCAAAGTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134176	TGGAGTAGCCATTCTAATATCGGATAAAATCGACTTCCAACCCAAAGTTA	134225

AL645757.13	401	TCAAAAAAGACAAGGAGGGACACTTCATACTCATCAAAGGTAAAATCCCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134226	TCAAAAAAGACAAGGAGGGACACTTCATACTCATCAAAGGTAAAATCCCC	134275

AL645757.13	451	CAAGAGGAACTCTCAATTCTGAATATCTACGCTCCAAATGCAAGGGCAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134276	CAAGAGGAACTCTCAATTCTGAATATCTACGCTCCAAATGCAAGGGCAGC	134325

AL645757.13	501	CACATTCATTAAAGACATTTTAGTAAAGCTCAAAGCACACATTGCACCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134326	CACATTCATTAAAGACATTTTAGTAAAGCTCAAAGCACACATTGCACCTC	134375

AL645757.13	551	ACACAATAATAGTGGGAGACTTCAACACACCACTTTCATCAAGGGACAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134376	ACACAATAATAGTGGGAGACTTCAACACACCACTTTCATCAAGGGACAGA	134425

AL645757.13	601	TCGTGGAAACAGAAACTAAACAGGGACACAGTGAAACTAACAGAAGTTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134426	TCGTGGAAACAGAAACTAAACAGGGACACAGTGAAACTAACAGAAGTTAT	134475

AL645757.13	651	GAAACAAATGGACCTAACAGATATCTACAGAACATTTTATCCTAAAACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134476	GAAACAAATGGACCTAACAGATATCTACAGAACATTTTATCCTAAAACAA	134525

AL645757.13	701	AAGGATATGCCTTCTTCTCAGCACCTCACGGGACCTTCTCCAAAATTGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134526	AAGGATATGCCTTCTTCTCAGCACCTCACGGGACCTTCTCCAAAATTGAC	134575

AL645757.13	751	CATATAATTGGTCACAAAACAGGCCTCAACAGATACAAAAATATTGAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134576	CATATAATTGGTCACAAAACAGGCCTCAACAGATACAAAAATATTGAAAT	134625

AL645757.13	801	TGTCCCATGTATCCTATCAGACCACCATGGCCTAAGACTGATCTTCAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134626	TGTCCCATGTATCCTATCAGACCACCATGGCCTAAGACTGATCTTCAATA	134675

AL645757.13	851	ACAACATAAATAATGGAAAGCCAACATTCACGTGGAAACTGAACAACACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134676	ACAACATAAATAATGGAAAGCCAACATTCACGTGGAAACTGAACAACACT	134725

AL645757.13	901	CTTCTCAATGATACCTTGGTCAAGGAAGGAATAAAGAAAGAAATTAAAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134726	CTTCTCAATGATACCTTGGTCAAGGAAGGAATAAAGAAAGAAATTAAAGA	134775

AL645757.13	951	CTTCTTAGAGTTTAATGAAAATGAAGCCACAACGTACCCAAACCTTTGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134776	CTTCTTAGAGTTTAATGAAAATGAAGCCACAACGTACCCAAACCTTTGGG	134825

AL645757.13	1001	ACACAATGAAAGCATTTCTAAGAGGGAAACTCATAGCTCTGAGTGCCTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134826	ACACAATGAAAGCATTTCTAAGAGGGAAACTCATAGCTCTGAGTGCCTCC	134875

AL645757.13	1051	AAGAAGAAACGGGAGAGAGCACATACTAGCAGCTTGACAACACATCTAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134876	AAGAAGAAACGGGAGAGAGCACATACTAGCAGCTTGACAACACATCTAAA	134925

AL645757.13	1101	AGCTCTAGAAAAAAAGGAAGCAAATTCACCCAAGAGGAGTAGACGGCAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134926	AGCTCTAGAAAAAAAGGAAGCAAATTCACCCAAGAGGAGTAGACGGCAGG	134975

AL645757.13	1151	AAATAATCAAACTCAGGGGTGAAATCAACCAAGTGGAAACAAGAAGAACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	134976	AAATAATCAAACTCAGGGGTGAAATCAACCAAGTGGAAACAAGAAGAACT	135025

AL645757.13	1201	ATTCAAAGAATTAACCAAACGAGGAGTTGGTTCTTTGAGAAAATCAACAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135026	ATTCAAAGAATTAACCAAACGAGGAGTTGGTTCTTTGAGAAAATCAACAA	135075

AL645757.13	1251	GATAGATAAACCCTTAGCTAGACTTACTAAAGGGCACAGGGACAAAATCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135076	GATAGATAAACCCTTAGCTAGACTTACTAAAGGGCACAGGGACAAAATCC	135125

AL645757.13	1301	TAATTAACAAAATCAGAAATGAAAAGGGAGACATAACAACAGATCCTGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135126	TAATTAACAAAATCAGAAATGAAAAGGGAGACATAACAACAGATCCTGAA	135175

AL645757.13	1351	GAAATCCAAAACACCATCAGATCCTTCTACAAAAGGTTATACTCAACAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135176	GAAATCCAAAACACCATCAGATCCTTCTACAAAAGGTTATACTCAACAAA	135225

AL645757.13	1401	ACTGGAAAACCTGGACGAAATGGACAAATTTCTGGACAGATACCAGGTAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135226	ACTGGAAAACCTGGACGAAATGGACAAATTTCTGGACAGATACCAGGTAC	135275

AL645757.13	1451	CAAAGTTGAGTCAGGATCAAGTTGACCATCTAAACAGTCCCATATCACCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135276	CAAAGTTGAGTCAGGATCAAGTTGACCATCTAAACAGTCCCATATCACCT	135325

AL645757.13	1501	AAAGAAATAGAAGCAGTTATTAATAGTCTCCCAGCCAAAAAAAAGCCCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135326	AAAGAAATAGAAGCAGTTATTAATAGTCTCCCAGCCAAAAAAAAGCCCAG	135375

AL645757.13	1551	GACCAGACGGGTTTAGTGCAGAGTTCTATCAGACCTTCAAAGATCTAATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135376	GACCAGACGGGTTTAGTGCAGAGTTCTATCAGACCTTCAAAGATCTAATT	135425

AL645757.13	1601	CCAGTTCTGCACAAACTACTTCACAAAATAGAAGTAGAAGGTACTCTACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135426	CCAGTTCTGCACAAACTACTTCACAAAATAGAAGTAGAAGGTACTCTACC	135475

AL645757.13	1651	CAACTCATTTTATGAAGCCACTATTACTCTGATACCTAAACCACAGAAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135476	CAACTCATTTTATGAAGCCACTATTACTCTGATACCTAAACCACAGAAAG	135525

AL645757.13	1701	ATTCAACAAAGATAGAGAACTTCAGACCAATTTCTCTTATGAATATTGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135526	ATTCAACAAAGATAGAGAACTTCAGACCAATTTCTCTTATGAATATTGAT	135575

AL645757.13	1751	GCAAAAATCCTCAATAAAATTCTTGCTAACCGAATCCAAGAACATATTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135576	GCAAAAATCCTCAATAAAATTCTTGCTAACCGAATCCAAGAACATATTAA	135625

AL645757.13	1801	AGCAATCATCCATCCTGACCAAGTAGGTTTTATTCCAGGAATGCAGGGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135626	AGCAATCATCCATCCTGACCAAGTAGGTTTTATTCCAGGAATGCAGGGAT	135675

AL645757.13	1851	GGTTTAATATACGAAAATCCATCAATGTAATCCATTATATAAACAAACTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135676	GGTTTAATATACGAAAATCCATCAATGTAATCCATTATATAAACAAACTC	135725

AL645757.13	1901	AAAGACAAAAGCCACATGATCATCTCGTTAGATGCAGAAAAAGCATTTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135726	AAAGACAAAAGCCACATGATCATCTCGTTAGATGCAGAAAAAGCATTTGA	135775

AL645757.13	1951	CAAGATTCAACACCCATTCATGATAAAAGTTTTGGAAAGATCAGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645760.15	135776	CAAGATTCAACACCCATTCATGATAAAAGTTTTGGAAAGATCAGGAATTC	135825

Overview

Query
AL645757.13 - 134040 bps
Hit
AL645760.15 - 135825 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link