<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL671560.7	1	AGTCTGCCCCTGCCCCTGAGTCCCCTGGACTCCTACACACACACACACAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216428	AGTCTGCCCCTGCCCCTGAGTCCCCTGGACTCCTACACACACACACACAC	216477

AL671560.7	51	ACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACACACCCACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216478	ACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACACACCCACCA	216527

AL671560.7	101	AACCACACACACCACATACTACACACAAACACTACATATACCACATACTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216528	AACCACACACACCACATACTACACACAAACACTACATATACCACATACTA	216577

AL671560.7	151	CATATAAACACACACACACCACACTACACATACCATACCACACACACATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216578	CATATAAACACACACACACCACACTACACATACCATACCACACACACATA	216627

AL671560.7	201	CACATACCACACGTACACACAGGTATACACCATATATACATGCGCACCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216628	CACATACCACACGTACACACAGGTATACACCATATATACATGCGCACCAC	216677

AL671560.7	251	ATACAGATACAAACAGTACACCACACATACCACACACACATACACAAACC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216678	ATACAGATACAAACAGTACACCACACATACCACACACACATACACAAACC	216727

AL671560.7	301	AACACATATCATACACTCATATACATACCACACACACATACACACACCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216728	AACACATATCATACACTCATATACATACCACACACACATACACACACCAC	216777

AL671560.7	351	ACATACCAGAGGCACACACAGGCATACACCATACACATACCGCACACACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216778	ACATACCAGAGGCACACACAGGCATACACCATACACATACCGCACACACA	216827

AL671560.7	401	CACAGACCGTACACCACACACAAACACATATGCATACAACAACACACACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216828	CACAGACCGTACACCACACACAAACACATATGCATACAACAACACACACC	216877

AL671560.7	451	ACCAACACACACACACATATACAAATACACTCACCACCCTCTTTGGGTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216878	ACCAACACACACACACATATACAAATACACTCACCACCCTCTTTGGGTCC	216927

AL671560.7	501	CCACCACTACTACCTTTTCTCTCCATCTGGAATCCTAAGATGTGAAGGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216928	CCACCACTACTACCTTTTCTCTCCATCTGGAATCCTAAGATGTGAAGGCC	216977

AL671560.7	551	AGTAATGGAGTGTCAGCGGAAGTAATTGATTCCTCACACACAGAGAATGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	216978	AGTAATGGAGTGTCAGCGGAAGTAATTGATTCCTCACACACAGAGAATGC	217027

AL671560.7	601	CCCTGCCTTTAGTGTCAATGGAGCTGAACCAGATTCTGGGCGGGTGAGCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217028	CCCTGCCTTTAGTGTCAATGGAGCTGAACCAGATTCTGGGCGGGTGAGCG	217077

AL671560.7	651	AGACGTGTAAACAGTTCATAGCTGAGCTGTCAGGGCCAAGCCAGACACAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217078	AGACGTGTAAACAGTTCATAGCTGAGCTGTCAGGGCCAAGCCAGACACAG	217127

AL671560.7	701	TGGAGAGGGGGTGAGAGGGAGAACCATGGAACAAATAATTGTTTTATTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217128	TGGAGAGGGGGTGAGAGGGAGAACCATGGAACAAATAATTGTTTTATTGG	217177

AL671560.7	751	AAAAGAAAGCAATAAATAATATTTCAGCCCAGGAACTGGCTGTTTGAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217178	AAAAGAAAGCAATAAATAATATTTCAGCCCAGGAACTGGCTGTTTGAAAG	217227

AL671560.7	801	GGATGGAGACAGCCTAGGACCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217228	GGATGGAGACAGCCTAGGACCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	217277

AL671560.7	851	AACATGGCACAGGTTTGAATGGGAGAGTTTTTCTTTGTCTTGAGGTAGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217278	AACATGGCACAGGTTTGAATGGGAGAGTTTTTCTTTGTCTTGAGGTAGGA	217327

AL671560.7	901	GGTTTCTTCCTGCCCCACCCCCTTTCTCCCATTATCATCATTAAAATAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217328	GGTTTCTTCCTGCCCCACCCCCTTTCTCCCATTATCATCATTAAAATAAT	217377

AL671560.7	951	TACTCTAACAATTACAGTTGATGAGACCTGGGGTTTATGGAACACCTTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217378	TACTCTAACAATTACAGTTGATGAGACCTGGGGTTTATGGAACACCTTTC	217427

AL671560.7	1001	ATCTGAAAGTTCAAAGTGATTTATCTGTGTGTCATCCTCTGAGAACTGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217428	ATCTGAAAGTTCAAAGTGATTTATCTGTGTGTCATCCTCTGAGAACTGTG	217477

AL671560.7	1051	GGAGGGTAAGAAAGTATTATTATTGTTATTATTATTATTATTATTATTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217478	GGAGGGTAAGAAAGTATTATTATTGTTATTATTATTATTATTATTATTAT	217527

AL671560.7	1101	TATTATTATTTGGTCCTGCCAGATACATGACTCCATCCAACCCCAGGGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217528	TATTATTATTTGGTCCTGCCAGATACATGACTCCATCCAACCCCAGGGCA	217577

AL671560.7	1151	GGCTGTAGGTTAAATGCTGGGGTATAGACTTCTCTTCTGGGGCGTCTTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217578	GGCTGTAGGTTAAATGCTGGGGTATAGACTTCTCTTCTGGGGCGTCTTCA	217627

AL671560.7	1201	CTATTGTACCCTTCTCAGCAAGCCTCTTTTCCACACGTGGCTCTTAGACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217628	CTATTGTACCCTTCTCAGCAAGCCTCTTTTCCACACGTGGCTCTTAGACT	217677

AL671560.7	1251	TCATCACCAGCACTAATGTCTTCTCCATGCTATGGGGTCCCCACATATGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217678	TCATCACCAGCACTAATGTCTTCTCCATGCTATGGGGTCCCCACATATGT	217727

AL671560.7	1301	GTGGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTGGTATGTATGTGGTATGTGTATGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217728	GTGGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTGGTATGTATGTGGTATGTGTATGTGT	217777

AL671560.7	1351	GTGGTCATCACAATATGGTGACCAGCCAGCCAGCTGATCCATACACACCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217778	GTGGTCATCACAATATGGTGACCAGCCAGCCAGCTGATCCATACACACCA	217827

AL671560.7	1401	CAAGTGACCTGCTTACGGCTTCCAGAGAAATAAGTCCTTTAAGTACGGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217828	CAAGTGACCTGCTTACGGCTTCCAGAGAAATAAGTCCTTTAAGTACGGTT	217877

AL671560.7	1451	CAACCCAGACTGTTTCCGGCTACCTTGGAGACTTCCTGCAACCTGCCTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217878	CAACCCAGACTGTTTCCGGCTACCTTGGAGACTTCCTGCAACCTGCCTCT	217927

AL671560.7	1501	CTTCTTATAGAAGCGTGTGCACTTTCTAGACATATTCCCTCATGGTCCAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217928	CTTCTTATAGAAGCGTGTGCACTTTCTAGACATATTCCCTCATGGTCCAC	217977

AL671560.7	1551	TAAGACTCAGCCTAACAGCACCCTATATTCCTGGGTGCTACTTCCGTGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	217978	TAAGACTCAGCCTAACAGCACCCTATATTCCTGGGTGCTACTTCCGTGCC	218027

AL671560.7	1601	CAGCAAACGGGGTATTTTAACACATGCATTTCCACTGTGCAGCGAGGCCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218028	CAGCAAACGGGGTATTTTAACACATGCATTTCCACTGTGCAGCGAGGCCA	218077

AL671560.7	1651	GGGCTGTGACTTGCATTCCTGACCGGGTCTGGCTTTGCTCTGAGAGCCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218078	GGGCTGTGACTTGCATTCCTGACCGGGTCTGGCTTTGCTCTGAGAGCCAC	218127

AL671560.7	1701	CACAGTGTTTCAGGATGTATATCGGGACACAGCATCCAAGTGGCACTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218128	CACAGTGTTTCAGGATGTATATCGGGACACAGCATCCAAGTGGCACTTTG	218177

AL671560.7	1751	AGAGGAGGAAACAGTTCCAGCTGACTGGCCACCAAGGGCCACATTCAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218178	AGAGGAGGAAACAGTTCCAGCTGACTGGCCACCAAGGGCCACATTCAGAA	218227

AL671560.7	1801	TCTCCACCCTGGCGTGGCTACAGCCCCTTCCTGCTTGGACCTTAGTGTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218228	TCTCCACCCTGGCGTGGCTACAGCCCCTTCCTGCTTGGACCTTAGTGTGG	218277

AL671560.7	1851	AACTGTTATTTCCACAGCCCGGTGCTTACCAGACAGTAGTGACAGTTTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218278	AACTGTTATTTCCACAGCCCGGTGCTTACCAGACAGTAGTGACAGTTTGC	218327

AL671560.7	1901	CCCTGGAGCTCTCTGTAACTTAAAACGCCAAGAGAACAGGATCCAAACTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218328	CCCTGGAGCTCTCTGTAACTTAAAACGCCAAGAGAACAGGATCCAAACTC	218377

AL671560.7	1951	TGACTGCCACATCTGCCACCTGCTCCCAAAGTGCCTCTGTCCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645727.16	218378	TGACTGCCACATCTGCCACCTGCTCCCAAAGTGCCTCTGTCCTGGAATTC	218427

Overview

Query
AL671560.7 - 157987 bps
Hit
AL645727.16 - 218427 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link