<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX545914.7	1	CAATGTATATTGTTTCCTAAGTGAAAAATGTTTTATTAACTAATGCTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148425	CAATGTATATTGTTTCCTAAGTGAAAAATGTTTTATTAACTAATGCTTCT	148474

BX545914.7	51	CAAGGGAAGTTTACTTTAAATCCTTGCTCTCACCCAAAAGATTCAGAGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148475	CAAGGGAAGTTTACTTTAAATCCTTGCTCTCACCCAAAAGATTCAGAGAC	148524

BX545914.7	101	AATATCCTTTTATTACTTAGGGTTTTAGTTTACTACAAAAGGTTTTACAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148525	AATATCCTTTTATTACTTAGGGTTTTAGTTTACTACAAAAGGTTTTACAA	148574

BX545914.7	151	AAAATAAAGAAAGCTTTTATAATTGTTATTAATTATATTCATTGGTAATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148575	AAAATAAAGAAAGCTTTTATAATTGTTATTAATTATATTCATTGGTAATT	148624

BX545914.7	201	AAATATTAGCTGTGCCCAAAACAATTCCTTGGCCAGATAAAACATTGTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148625	AAATATTAGCTGTGCCCAAAACAATTCCTTGGCCAGATAAAACATTGTAA	148674

BX545914.7	251	AGTCATTTTTCTCATCCTCCCAGCCGATCGTTGGCCCAGCTAGCTGCTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148675	AGTCATTTTTCTCATCCTCCCAGCCGATCGTTGGCCCAGCTAGCTGCTGG	148724

BX545914.7	301	CTGCTGTGGGGCGGGGCCTTGAGACACACAGTTTCCCCATGTTTCAGCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148725	CTGCTGTGGGGCGGGGCCTTGAGACACACAGTTTCCCCATGTTTCAGCAC	148774

BX545914.7	351	AAATAATCTAGTTGTGTGCTGTAGATGGTGTTTTAAAATGCTGAACAATC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148775	AAATAATCTAGTTGTGTGCTGTAGATGGTGTTTTAAAATGCTGAACAATC	148824

BX545914.7	401	AAACCTTAATTTGTATATTAATAGTCAATGCTATATCTCAGAGCTCACAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148825	AAACCTTAATTTGTATATTAATAGTCAATGCTATATCTCAGAGCTCACAA	148874

BX545914.7	451	TTGCATAAGATTGTTCATCCCTCAGATGCTATTAATTCTCAAATTTACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148875	TTGCATAAGATTGTTCATCCCTCAGATGCTATTAATTCTCAAATTTACAA	148924

BX545914.7	501	TTGCTTATGCATATACAACTCATAAAAATAATGCTGTCATTTTAAAAAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148925	TTGCTTATGCATATACAACTCATAAAAATAATGCTGTCATTTTAAAAAGG	148974

BX545914.7	551	CATTTAGACATTTATTAAATTGTTCTAAATTGCCTGGACATTTTAAAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	148975	CATTTAGACATTTATTAAATTGTTCTAAATTGCCTGGACATTTTAAAACA	149024

BX545914.7	601	ATGCCAGGCTAAATTTATATCTCAGACAGTCTATAGGTGGTACATATACG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149025	ATGCCAGGCTAAATTTATATCTCAGACAGTCTATAGGTGGTACATATACG	149074

BX545914.7	651	GTAGATTAGATATATAACGTCATTCATTGTATATTCATATCAGTTATGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149075	GTAGATTAGATATATAACGTCATTCATTGTATATTCATATCAGTTATGGT	149124

BX545914.7	701	TTAAGATAATATTTTAGTATTCTTAAAAATTGTGCATGTATAATTCTTTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149125	TTAAGATAATATTTTAGTATTCTTAAAAATTGTGCATGTATAATTCTTTC	149174

BX545914.7	751	CTTTTACTGTCCTCAGTTACTACTTGTTTCCACATAATAGTGTTAATTCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149175	CTTTTACTGTCCTCAGTTACTACTTGTTTCCACATAATAGTGTTAATTCT	149224

BX545914.7	801	TGAGGACTTTACTTAATAGGCTACAAATAAATGTTCTTATTTCTAGTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149225	TGAGGACTTTACTTAATAGGCTACAAATAAATGTTCTTATTTCTAGTTAA	149274

BX545914.7	851	TAAATAAATAAATTATGCACATGTGACTCTTAATAACTTGTCAAGCTTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149275	TAAATAAATAAATTATGCACATGTGACTCTTAATAACTTGTCAAGCTTTC	149324

BX545914.7	901	TAGTTACAACCACTCTTTAAGAGAAATGATTGAAAGTGCAATTAGTCACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149325	TAGTTACAACCACTCTTTAAGAGAAATGATTGAAAGTGCAATTAGTCACT	149374

BX545914.7	951	GATCCTTTACAGCCAAGTATTTAAAATGTTTTGTCAACAAGTTATTAATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149375	GATCCTTTACAGCCAAGTATTTAAAATGTTTTGTCAACAAGTTATTAATT	149424

BX545914.7	1001	CAAAGGATTAGATATTGTGAAACTTTAAAATTTTAACTTCTTAAAAGACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149425	CAAAGGATTAGATATTGTGAAACTTTAAAATTTTAACTTCTTAAAAGACA	149474

BX545914.7	1051	AAGAAGGGAGAAATTGTATCCCCGTACATACTATTTAGTGCATTCCCATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149475	AAGAAGGGAGAAATTGTATCCCCGTACATACTATTTAGTGCATTCCCATG	149524

BX545914.7	1101	CACACTATTTAAATCATACCTTAATTTTCAAATTTTAAAATTTAAATGTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149525	CACACTATTTAAATCATACCTTAATTTTCAAATTTTAAAATTTAAATGTC	149574

BX545914.7	1151	AAAGAATTTACTAAATGCTTTATAGTATCTTAAAAGGATCTACTTATTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149575	AAAGAATTTACTAAATGCTTTATAGTATCTTAAAAGGATCTACTTATTGG	149624

BX545914.7	1201	CTTATAGATTGATCCTAAACAGCTGCCTTCTTAGGGAAGGGAAAAACAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149625	CTTATAGATTGATCCTAAACAGCTGCCTTCTTAGGGAAGGGAAAAACAGG	149674

BX545914.7	1251	TTCTCTCCACAGAATGCTGCAAAAGCATGATGGTTAATTTGTGTGACGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149675	TTCTCTCCACAGAATGCTGCAAAAGCATGATGGTTAATTTGTGTGACGAG	149724

BX545914.7	1301	CTGGCAGGTAAGTTGACTCAGTGCCCTGATTAAAGTGACTAGAAAACTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149725	CTGGCAGGTAAGTTGACTCAGTGCCCTGATTAAAGTGACTAGAAAACTAA	149774

BX545914.7	1351	ATTGGGTTCATGTTTTACATCCATCCTTGCTTACCATTTTTCCAGTTTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149775	ATTGGGTTCATGTTTTACATCCATCCTTGCTTACCATTTTTCCAGTTTGA	149824

BX545914.7	1401	ACTAGCTTCAAGCCTTTTAACTTTTTGGCAATAGTATATCAGAGACTGTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149825	ACTAGCTTCAAGCCTTTTAACTTTTTGGCAATAGTATATCAGAGACTGTA	149874

BX545914.7	1451	TGTTCTGACTTAGTAAGATTAGTCATTTAATAGAGTCATAATGATTTTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149875	TGTTCTGACTTAGTAAGATTAGTCATTTAATAGAGTCATAATGATTTTTC	149924

BX545914.7	1501	TCTTTTCTTCAGTGTGACCAGTCATTCTAACTCAATCTTAGACTCTTCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149925	TCTTTTCTTCAGTGTGACCAGTCATTCTAACTCAATCTTAGACTCTTCTA	149974

BX545914.7	1551	ATGTTTAGTCCAATATTAGAGATCCCTATTGTAGATAACTATATTCTTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	149975	ATGTTTAGTCCAATATTAGAGATCCCTATTGTAGATAACTATATTCTTAA	150024

BX545914.7	1601	TTACCTAACAAAGTTAATTCAGAGCACATCCCCCACTTCCAGAGAGTCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150025	TTACCTAACAAAGTTAATTCAGAGCACATCCCCCACTTCCAGAGAGTCTC	150074

BX545914.7	1651	TGGCCTTTTTACTAATTCATCTACTGATGAGAAAAACATTTGATCACCTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150075	TGGCCTTTTTACTAATTCATCTACTGATGAGAAAAACATTTGATCACCTC	150124

BX545914.7	1701	AGTTAAGCATGGCCTTATTTAACCTTAATTAATAGGGGGGGGGAGAGGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150125	AGTTAAGCATGGCCTTATTTAACCTTAATTAATAGGGGGGGGGAGAGGTT	150174

BX545914.7	1751	GGAGACCATACCTTTAGAAGTGCAAGCCCTTCACAGCCTCCCACCCTAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150175	GGAGACCATACCTTTAGAAGTGCAAGCCCTTCACAGCCTCCCACCCTAAA	150224

BX545914.7	1801	AAGCCAATTGGCCTTGTACTACGGTGCCAGTTGTCACCCCCTCCTCCCTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150225	AAGCCAATTGGCCTTGTACTACGGTGCCAGTTGTCACCCCCTCCTCCCTA	150274

BX545914.7	1851	TTCCCTGCCTGTCATCCAAGAATGCTGAGGAACATCCACATACTCTTCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150275	TTCCCTGCCTGTCATCCAAGAATGCTGAGGAACATCCACATACTCTTCTT	150324

BX545914.7	1901	CAGTGTTATTCATAATAAAGTGCCTTTCAAATTTGTACACTCAATCTTCG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150325	CAGTGTTATTCATAATAAAGTGCCTTTCAAATTTGTACACTCAATCTTCG	150374

BX545914.7	1951	ACAGGGTTCCAACACCCTAAAAAGACGGTGTAGCTGACTACTTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645704.9	150375	ACAGGGTTCCAACACCCTAAAAAGACGGTGTAGCTGACTACTTGGAATTC	150424

Overview

Query
BX545914.7 - 101406 bps
Hit
AL645704.9 - 150424 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191820001200011484251504241
292.35151320421997122012114615166561
390.87205429663175234717148780517481
486.73273149273476739693151687565481
589.5377359681996525932-173279792241
689.62376259297949285420173329792331
789.3833645353575711109173828791671
888.2195933488697890325174984783131
984.171837391296459100370175015789241
1094.44464558797953985417-183836897161
1194.55463058411996825808183845896881
1285.26214241931392018112-183847880591
1395.7651066138497611113-183895900261
1485.952072390696459100364-184136880591
1590.27220133508697890327-184737880901
1692.12187825942019722790-194020966081
1791.4218272600833710936194020966081
1892.38190125958258585179194020966081
1992.782218929902280315793211020011319391
2099.131764918506581517665611319291504241
Short-link