<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606533.4	1	GAATTCCATGGGCATCAGGCAGCATCCAACAACAGTGCCTGGCATGGCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	11778	GAATTCCATGGGCATCAGGCAGCATCCAACAACAGTGCCTGGCATGGCAG	11827

AL606533.4	51	CATCTGTCTCTGTTCCCTCCTCATTCACTTCCACATAGGACTTGTGAACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	11828	CATCTGTCTCTGTTCCCTCCTCATTCACTTCCACATAGGACTTGTGAACA	11877

AL606533.4	101	ATTTTTGATATGAAAAGATCTCTGGATCCCGACATGCCAGAGAGATCAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	11878	ATTTTTGATATGAAAAGATCTCTGGATCCCGACATGCCAGAGAGATCAGC	11927

AL606533.4	151	TTTGCTGCTGCTAAAGAGATCCTGCACTCCCAGTTGGCCCAGGTTAGAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	11928	TTTGCTGCTGCTAAAGAGATCCTGCACTCCCAGTTGGCCCAGGTTAGAGT	11977

AL606533.4	201	TGAGGATGTAGCTCTCTTCCATCTTGAATTTGGGCAATTTGACACAGACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	11978	TGAGGATGTAGCTCTCTTCCATCTTGAATTTGGGCAATTTGACACAGACA	12027

AL606533.4	251	TCAATGTTTTGTAAGTTCTCACATTCTTGCAGTTTTTCCAAAGTTAATTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12028	TCAATGTTTTGTAAGTTCTCACATTCTTGCAGTTTTTCCAAAGTTAATTG	12077

AL606533.4	301	TTTCTCAATCTGGAATTAATGTAAGGCAGAAAGCAGTTAATTTATTACTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12078	TTTCTCAATCTGGAATTAATGTAAGGCAGAAAGCAGTTAATTTATTACTG	12127

AL606533.4	351	TAATGAGGTACTATTCCAATGAACTGACTCATAATTGCCACATCTCAAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12128	TAATGAGGTACTATTCCAATGAACTGACTCATAATTGCCACATCTCAAAG	12177

AL606533.4	401	GTTTTATTCATGTGTTCTACTCAAACAGGTTCCACATAGATTTAATTTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12178	GTTTTATTCATGTGTTCTACTCAAACAGGTTCCACATAGATTTAATTTTA	12227

AL606533.4	451	TATGTCCGCTGATGGAATATAGCACCATTATTTTCCATGTCTTTGAGGGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12228	TATGTCCGCTGATGGAATATAGCACCATTATTTTCCATGTCTTTGAGGGT	12277

AL606533.4	501	TCAAGTACATTTTTTAAAAACAATACATCTATCATCTATTTATCCACATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12278	TCAAGTACATTTTTTAAAAACAATACATCTATCATCTATTTATCCACATA	12327

AL606533.4	551	TCTGTTTATCAGTACATATATCCATTCACCCATCCATCCACCCATGATCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12328	TCTGTTTATCAGTACATATATCCATTCACCCATCCATCCACCCATGATCC	12377

AL606533.4	601	ATTCATGTATCCAATTCTCTCTGCCACACTCATTTATTTCTTCTGTTCTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12378	ATTCATGTATCCAATTCTCTCTGCCACACTCATTTATTTCTTCTGTTCTT	12427

AL606533.4	651	CTCCTTTATCTGTCCAGCTATCTGTCCATCTGTCCATCCACTCAGGATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12428	CTCCTTTATCTGTCCAGCTATCTGTCCATCTGTCCATCCACTCAGGATTT	12477

AL606533.4	701	AAAAACTTCTATCTCACTGAATCACATGGCTGATGGGATATAAATGGAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12478	AAAAACTTCTATCTCACTGAATCACATGGCTGATGGGATATAAATGGAGT	12527

AL606533.4	751	ATGATCTTGATTGCTTGAATGGTACAAGGAAAATTTTATGTTTCTTCTAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12528	ATGATCTTGATTGCTTGAATGGTACAAGGAAAATTTTATGTTTCTTCTAC	12577

AL606533.4	801	TTATTCTGAATCCCTCTAAGGTTGTAGTGATTTGCAAATTCCACTAGCGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12578	TTATTCTGAATCCCTCTAAGGTTGTAGTGATTTGCAAATTCCACTAGCGC	12627

AL606533.4	851	TGAAGGAATATCTAATAATCCCTGGGTAAAAATGAAAAAGGGACAAAATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12628	TGAAGGAATATCTAATAATCCCTGGGTAAAAATGAAAAAGGGACAAAATG	12677

AL606533.4	901	TATGGGACTTAGTTATTTAAAAGGACAACCAGCTGATATGGGGGCATACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12678	TATGGGACTTAGTTATTTAAAAGGACAACCAGCTGATATGGGGGCATACA	12727

AL606533.4	951	CCCTGCGATCACAGTATTCAGAAGGTACTGAAGGAGGAATGTAAGCTGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12728	CCCTGCGATCACAGTATTCAGAAGGTACTGAAGGAGGAATGTAAGCTGAA	12777

AL606533.4	1001	GGTCAACCTAGGCTTTATAGTATGACCTTGTCCATGGAGTAGAGTAGAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12778	GGTCAACCTAGGCTTTATAGTATGACCTTGTCCATGGAGTAGAGTAGAAT	12827

AL606533.4	1051	CGAGTAGGGAAGAGTAAGGTGGAATAGAGTAGAACCTAGAATAGAATAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12828	CGAGTAGGGAAGAGTAAGGTGGAATAGAGTAGAACCTAGAATAGAATAGA	12877

AL606533.4	1101	ATAGGGATACTAATGGTATCAACTTTGTAGCATTGTTGTGACCATTGAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12878	ATAGGGATACTAATGGTATCAACTTTGTAGCATTGTTGTGACCATTGAAT	12927

AL606533.4	1151	AAATTGATAAATGTAAAAGTTTGGCACATAGTAAGTACCATATAAATAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12928	AAATTGATAAATGTAAAAGTTTGGCACATAGTAAGTACCATATAAATAGC	12977

AL606533.4	1201	AAGCATTATTGTTCCTCCATTAGACCAGAACAGAACCACTTATCTTATGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	12978	AAGCATTATTGTTCCTCCATTAGACCAGAACAGAACCACTTATCTTATGG	13027

AL606533.4	1251	ATAGTGACAATTTGGTTCTTGAGATTAGAGCCTCATTTAATTACCAACCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13028	ATAGTGACAATTTGGTTCTTGAGATTAGAGCCTCATTTAATTACCAACCA	13077

AL606533.4	1301	GAAAACACAACTGATCAATGGACCACACTCATGCCGGTAGATACTCTGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13078	GAAAACACAACTGATCAATGGACCACACTCATGCCGGTAGATACTCTGTA	13127

AL606533.4	1351	CATTGGAATGACAGTAGGCTCCTTCCTGATTACAAGTGTAGGCTGGGAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13128	CATTGGAATGACAGTAGGCTCCTTCCTGATTACAAGTGTAGGCTGGGAAG	13177

AL606533.4	1401	GAACAAGAGCTAAGCCACAGGACAGCCTAGGATTGCTGAGGGAAAACTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13178	GAACAAGAGCTAAGCCACAGGACAGCCTAGGATTGCTGAGGGAAAACTGT	13227

AL606533.4	1451	AATCTTCACAGTTTTGTCTATTTGTAATCTTGTCAGAAGACACACAATCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13228	AATCTTCACAGTTTTGTCTATTTGTAATCTTGTCAGAAGACACACAATCC	13277

AL606533.4	1501	CTAAAGACGTAAATAAATTCTCATTATAATTCCTTTAAAGGTACTTCAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13278	CTAAAGACGTAAATAAATTCTCATTATAATTCCTTTAAAGGTACTTCAAG	13327

AL606533.4	1551	AGACTTTCTGTGAGAGGCCACTTATCATTGTGACCTATACGTTTGAATCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13328	AGACTTTCTGTGAGAGGCCACTTATCATTGTGACCTATACGTTTGAATCT	13377

AL606533.4	1601	CTACATGTTTCCCCTCACAATTATTCACTGGAGGCAGCAAATGTTCTGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13378	CTACATGTTTCCCCTCACAATTATTCACTGGAGGCAGCAAATGTTCTGAA	13427

AL606533.4	1651	TATTTATACATTAGGCCCCTGGGCTGGGGGGTGTGGCTCAGTGACAGAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13428	TATTTATACATTAGGCCCCTGGGCTGGGGGGTGTGGCTCAGTGACAGAAC	13477

AL606533.4	1701	ATGTCCCTTGTCCAAGGTACTTGGGCACTGAGAATAAATAATAATAATAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13478	ATGTCCCTTGTCCAAGGTACTTGGGCACTGAGAATAAATAATAATAATAA	13527

AL606533.4	1751	TAATAGTAATAGTAATAATAACTGTATAAACATGAGGCCTCAGAACAGTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13528	TAATAGTAATAGTAATAATAACTGTATAAACATGAGGCCTCAGAACAGTA	13577

AL606533.4	1801	ATGTCTGATGGACTATATTGACAAAAATGGGACTGTCGTTGCAAGGAATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13578	ATGTCTGATGGACTATATTGACAAAAATGGGACTGTCGTTGCAAGGAATT	13627

AL606533.4	1851	TTGGGTAAAGTCTGTGGATGAACAAGTACTTATGGTTCAATGGACACATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13628	TTGGGTAAAGTCTGTGGATGAACAAGTACTTATGGTTCAATGGACACATG	13677

AL606533.4	1901	GGAAGTATAAGGACAGTACTGTGTAACAAAACATAAACCATGACATTGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13678	GGAAGTATAAGGACAGTACTGTGTAACAAAACATAAACCATGACATTGAG	13727

AL606533.4	1951	AGCCAGTTACCTCCTCAAGACCTGTGGTCTCGTCCTCAATGTCTTCAGGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645693.8	13728	AGCCAGTTACCTCCTCAAGACCTGTGGTCTCGTCCTCAATGTCTTCAGGC	13777

Overview

Query
AL606533.4 - 51022 bps
Hit
AL645693.8 - 13777 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link