<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL645950.13	1	GCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTGGCTTGCTTCCCCTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	216950	GCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTGGCTTGCTTCCCCTG	216999

AL645950.13	51	GCTTGCTTCCCCTGGCTTACTCAGCCTGCTTTCTTATAGAACTAAGACTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217000	GCTTGCTTCCCCTGGCTTACTCAGCCTGCTTTCTTATAGAACTAAGACTA	217049

AL645950.13	101	CCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCAGAAGGGGCCCTTCCCCCTTGATCACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217050	CCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCAGAAGGGGCCCTTCCCCCTTGATCACT	217099

AL645950.13	151	AATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGTATTTCATGGAGGCATTTCCTCAACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217100	AATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGTATTTCATGGAGGCATTTCCTCAACT	217149

AL645950.13	201	GAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217150	GAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAA	217199

AL645950.13	251	CTAGCCAGTACATGATGTTTGGTTTCTAACAAACTCTATGCAAATGGCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217200	CTAGCCAGTACATGATGTTTGGTTTCTAACAAACTCTATGCAAATGGCAA	217249

AL645950.13	301	CAATATTATCCAAGAGTGGCCACCTCTAAAATTACAGTCTCCTACTTATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217250	CAATATTATCCAAGAGTGGCCACCTCTAAAATTACAGTCTCCTACTTATA	217299

AL645950.13	351	GACTTTAAACTATAAGGTTTTCTTTTACTTGGTCTTTTTAAAGTGAATTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217300	GACTTTAAACTATAAGGTTTTCTTTTACTTGGTCTTTTTAAAGTGAATTT	217349

AL645950.13	401	GAGTGTAATTTGATCAAGAAAAAAAAATAAAGCGGCTAAATAGACTATAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217350	GAGTGTAATTTGATCAAGAAAAAAAAATAAAGCGGCTAAATAGACTATAC	217399

AL645950.13	451	TAATTCTTAAACCAAAACACCCATACATTAATGTAATAAAATTTGACTGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217400	TAATTCTTAAACCAAAACACCCATACATTAATGTAATAAAATTTGACTGA	217449

AL645950.13	501	AGATGAAAATATGTCAACAGCTAAGACTAAAAGAGAAACCTGCCCATCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217450	AGATGAAAATATGTCAACAGCTAAGACTAAAAGAGAAACCTGCCCATCTC	217499

AL645950.13	551	CCAAAAATATGAAGTCATGATCAAGCGCATGCCAAAATAATTAAAAATAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217500	CCAAAAATATGAAGTCATGATCAAGCGCATGCCAAAATAATTAAAAATAA	217549

AL645950.13	601	ATGTTATGTGCCTACGACTCCTCAAGACTGGTGTACAAATAAATTCACAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217550	ATGTTATGTGCCTACGACTCCTCAAGACTGGTGTACAAATAAATTCACAA	217599

AL645950.13	651	TATGAATTTAAATTAATTAAATGTCCTTACCTGATTTATTTGAAAGGGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217600	TATGAATTTAAATTAATTAAATGTCCTTACCTGATTTATTTGAAAGGGTT	217649

AL645950.13	701	AAGGGTAGTTTATGCAGCGGAGAGATTACTCATTGCCTCTGGGAGGAATC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217650	AAGGGTAGTTTATGCAGCGGAGAGATTACTCATTGCCTCTGGGAGGAATC	217699

AL645950.13	751	AGGGATGGGGCTCAAATCTGGTCAATTTTCTCATCTGTAAAGAGAAGATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217700	AGGGATGGGGCTCAAATCTGGTCAATTTTCTCATCTGTAAAGAGAAGATA	217749

AL645950.13	801	ACTGCATGTACCTCATTGAGTTGCTTAGCAGAATTAAATTAGGTAGTTCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217750	ACTGCATGTACCTCATTGAGTTGCTTAGCAGAATTAAATTAGGTAGTTCA	217799

AL645950.13	851	AGAACACGTGTTTAGCATGGTACCCAGCACACAGTAATCACTTACCATTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217800	AGAACACGTGTTTAGCATGGTACCCAGCACACAGTAATCACTTACCATTA	217849

AL645950.13	901	GCTACTATTAGAAGTAGTAAGTAGTAGTTTATTAGTACTATCATTTTCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217850	GCTACTATTAGAAGTAGTAAGTAGTAGTTTATTAGTACTATCATTTTCAT	217899

AL645950.13	951	CTCCAACCTACAGGGCTAAACTGCCCTCTCCCTGCTGCTAGCGGTTTCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217900	CTCCAACCTACAGGGCTAAACTGCCCTCTCCCTGCTGCTAGCGGTTTCCT	217949

AL645950.13	1001	AATGGTACAGTGTAATTCTCCCCACTTCCCGCTCTCCGACCTCCTTGGGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	217950	AATGGTACAGTGTAATTCTCCCCACTTCCCGCTCTCCGACCTCCTTGGGG	217999

AL645950.13	1051	CTGGAGTTACAGAATGCACTGACAAGTTTCTCCTGTGCTCCACGTTTAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218000	CTGGAGTTACAGAATGCACTGACAAGTTTCTCCTGTGCTCCACGTTTAAA	218049

AL645950.13	1101	ATCTGCATCTAAAAGATGTTTGTAGCTTTGTAAAGAGCACCTGGGTGTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218050	ATCTGCATCTAAAAGATGTTTGTAGCTTTGTAAAGAGCACCTGGGTGTTG	218099

AL645950.13	1151	ATTTTCTTCTGAGAGAAAACACTAGCAGAAGCCAGGCTTGGCGGGCGGCG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218100	ATTTTCTTCTGAGAGAAAACACTAGCAGAAGCCAGGCTTGGCGGGCGGCG	218149

AL645950.13	1201	CACACCTTTTACCCCAGGCGTTTGAGAAGCAGAAACAGGTGAATGGGAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218150	CACACCTTTTACCCCAGGCGTTTGAGAAGCAGAAACAGGTGAATGGGAGG	218199

AL645950.13	1251	CCAGCCTGGTCTACATGGTGAGTTCCAGGACAGCCTGGTCTACATGGGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218200	CCAGCCTGGTCTACATGGTGAGTTCCAGGACAGCCTGGTCTACATGGGGA	218249

AL645950.13	1301	GTTCCAGGACAGCCAGGTCCCCATAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAGAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218250	GTTCCAGGACAGCCAGGTCCCCATAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAGAAAA	218299

AL645950.13	1351	AACAAAACAAAAAACCCAAAAAACCATTGGAACAATGTTTGGTGCCAATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218300	AACAAAACAAAAAACCCAAAAAACCATTGGAACAATGTTTGGTGCCAATG	218349

AL645950.13	1401	CTTGGGCTTCTTCGCTAGCACGCAGGTTAGATTCTCCAGTAATCCCCATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218350	CTTGGGCTTCTTCGCTAGCACGCAGGTTAGATTCTCCAGTAATCCCCATG	218399

AL645950.13	1451	CATGCACACGTGGACACATTAGAACAGTCATCAGCTCCAGTTAATAATTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218400	CATGCACACGTGGACACATTAGAACAGTCATCAGCTCCAGTTAATAATTC	218449

AL645950.13	1501	TTTACAACAAATGCTTCCTGAATCCCTGCCCGAGCCACAACTGGTGCAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218450	TTTACAACAAATGCTTCCTGAATCCCTGCCCGAGCCACAACTGGTGCAGA	218499

AL645950.13	1551	AATCCTACACTGCAGGACCACTAAGGAGAAACAGTAAGTTGTGACTAAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218500	AATCCTACACTGCAGGACCACTAAGGAGAAACAGTAAGTTGTGACTAAAC	218549

AL645950.13	1601	TCAGATTCTCTTGTTCTAAGAATCTGAAGCCAAAGGCTCCTTCCTCAGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218550	TCAGATTCTCTTGTTCTAAGAATCTGAAGCCAAAGGCTCCTTCCTCAGTT	218599

AL645950.13	1651	CCTGAATCCGTTCACTGTCCTTTCTCCTGGTGGTTCTCCGGAGCATCTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218600	CCTGAATCCGTTCACTGTCCTTTCTCCTGGTGGTTCTCCGGAGCATCTGA	218649

AL645950.13	1701	CAGCCTGGACACTTTCTCTGTCCTGGCCTCCCGTCTCTGGCCTCCACACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218650	CAGCCTGGACACTTTCTCTGTCCTGGCCTCCCGTCTCTGGCCTCCACACC	218699

AL645950.13	1751	CAGCACAAAGCTGGCCAAGCTTCTTTTCATTTCACTTTCTAGGGTGATGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218700	CAGCACAAAGCTGGCCAAGCTTCTTTTCATTTCACTTTCTAGGGTGATGA	218749

AL645950.13	1801	AAGGCCTACAGTGGGGCACAAGTGGACCATGGGCAGACTTCAGCAAACGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218750	AAGGCCTACAGTGGGGCACAAGTGGACCATGGGCAGACTTCAGCAAACGC	218799

AL645950.13	1851	TGCTCTTCTAAAGGCTCCAACTCAAACAAGTTTCAGCAAGTTACTGAATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218800	TGCTCTTCTAAAGGCTCCAACTCAAACAAGTTTCAGCAAGTTACTGAATT	218849

AL645950.13	1901	-AAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGACCTCACAGGTGTGGTGGCTCATCATT	1949
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218850	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGACCTCACAGGTGTGGTGGCTCATCATT	218899

AL645950.13	1950	CCTATACTCTCAACACTAGGGAGGTTGAGGCAGGAGGATTCTTGTGAATT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218900	CCTATACTCTCAACACTAGGGAGGTTGAGGCAGGAGGATTCTTGTGAATT	218949

AL645950.13	2000	C	2000
			|
AL645685.12	218950	C	218950

Compact alignment

skip 1900 bps 100% identity alignment

AL645950.13	1901	-AAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGACCTCACAGGTGTGGTGGCTCATCATT	1949
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645685.12	218850	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGACCTCACAGGTGTGGTGGCTCATCATT	218899

skip 51 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL645950.13 - 138564 bps
Hit
AL645685.12 - 218950 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link