<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL645763.6	2000	GAATTCTCTTCAATCATGAGAGTCCCAGAAGAGGTGAGTGAATGCATTAC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1	GAATTCTCTTCAATCATGAGAGTCCCAGAAGAGGTGAGTGAATGCATTAC	50

C  AL645763.6	1950	TTCAAAGGAAATGTTTTTACTTTAGCAACAGAAAAGGTTGTATGTATATT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	51	TTCAAAGGAAATGTTTTTACTTTAGCAACAGAAAAGGTTGTATGTATATT	100

C  AL645763.6	1900	CTGCTTGTGTTATATAGAATGAAAAAATTTTTACATACATTTCTAGTATA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	101	CTGCTTGTGTTATATAGAATGAAAAAATTTTTACATACATTTCTAGTATA	150

C  AL645763.6	1850	AATGACTGTGATGAATGAAGAATGAAATCTTAATTGTAAGAAATTTCAAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	151	AATGACTGTGATGAATGAAGAATGAAATCTTAATTGTAAGAAATTTCAAA	200

C  AL645763.6	1800	AATTCATTGTGAAAAACTGGACTGTTTGCCAACTTCTCTCGTGTTATTAG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	201	AATTCATTGTGAAAAACTGGACTGTTTGCCAACTTCTCTCGTGTTATTAG	250

C  AL645763.6	1750	TTTCCAATTCAGCAGTATTGGGAAGTGTGTGTGTATGAAGGATAAGCTAC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	251	TTTCCAATTCAGCAGTATTGGGAAGTGTGTGTGTATGAAGGATAAGCTAC	300

C  AL645763.6	1700	TGATGGTCTTGTCCAGACCATTCATCACTCTTCACCCACACTCATTCAGT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	301	TGATGGTCTTGTCCAGACCATTCATCACTCTTCACCCACACTCATTCAGT	350

C  AL645763.6	1650	TGGAAAGTCAGGCTCTTCTTTTACATTCCATTAGAGAGACAGCAGAAATT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	351	TGGAAAGTCAGGCTCTTCTTTTACATTCCATTAGAGAGACAGCAGAAATT	400

C  AL645763.6	1600	ATTGTTTCTAGAATGTATTCAAAAATCAGTTTGAAATCATTTCTTAAGCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	401	ATTGTTTCTAGAATGTATTCAAAAATCAGTTTGAAATCATTTCTTAAGCA	450

C  AL645763.6	1550	TTATTGGGTGTGGTTTTGTTTGTTTTCTAGAAAACTTCATTTTCTTGCAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	451	TTATTGGGTGTGGTTTTGTTTGTTTTCTAGAAAACTTCATTTTCTTGCAT	500

C  AL645763.6	1500	GGGCTTAATTATCATTGAGACTATTAGCAATATAGTCTCTTTGTTTTCAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	501	GGGCTTAATTATCATTGAGACTATTAGCAATATAGTCTCTTTGTTTTCAA	550

C  AL645763.6	1450	CATTAAATTTTTATAGTTCTTTTTATTATTATTATTACTTTATTTTTACA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	551	CATTAAATTTTTATAGTTCTTTTTATTATTATTATTACTTTATTTTTACA	600

C  AL645763.6	1400	GTCCAGTCATTACCCACCTCCAAGTCTGCCCTCCCACAGTTCCACATCCC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	601	GTCCAGTCATTACCCACCTCCAAGTCTGCCCTCCCACAGTTCCACATCCC	650

C  AL645763.6	1350	ATTCCTCCTCCCTTGTCTCCAAGAGGATGTCCCCACCTCCCCACCCCACC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	651	ATTCCTCCTCCCTTGTCTCCAAGAGGATGTCCCCACCTCCCCACCCCACC	700

C  AL645763.6	1300	CTACCCCTGCCACTTTCTGGGATCTCAAGTCTCTCAAGCTTTATGCACAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	701	CTACCCCTGCCACTTTCTGGGATCTCAAGTCTCTCAAGCTTTATGCACAT	750

C  AL645763.6	1250	CTTCTCTCACTGAGACCAGACCAGGCAATCCTCTGCTGTATATGTGTTGG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	751	CTTCTCTCACTGAGACCAGACCAGGCAATCCTCTGCTGTATATGTGTTGG	800

C  AL645763.6	1200	GGGCCTCATACCAGCTAGTGTATGCTGCCTGGTTGGTGGCTCAGTGTCTG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	801	GGGCCTCATACCAGCTAGTGTATGCTGCCTGGTTGGTGGCTCAGTGTCTG	850

C  AL645763.6	1150	AGAGATCTCAGGGGTCTGGTTCAACATTAAATTTTATGTAAGAAAATGTA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	851	AGAGATCTCAGGGGTCTGGTTCAACATTAAATTTTATGTAAGAAAATGTA	900

C  AL645763.6	1100	TTCTCCCACTGTTACTTCTGATTTAGTGAAATATGGGAAATGTTAACCAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	901	TTCTCCCACTGTTACTTCTGATTTAGTGAAATATGGGAAATGTTAACCAA	950

C  AL645763.6	1050	GCCAAATGGGTTATGCTGAGAATGGAACCCACAATATCATTCATTAAAGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	951	GCCAAATGGGTTATGCTGAGAATGGAACCCACAATATCATTCATTAAAGT	1000

C  AL645763.6	1000	AAAAATTATCTGTATAATTTAAATCAAAGGCATTTTATTAAATTCCATGG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1001	AAAAATTATCTGTATAATTTAAATCAAAGGCATTTTATTAAATTCCATGG	1050

C  AL645763.6	950	CCATTTAGTCTTAGAGTGTGAGAGTAAGTAAGAAACCCAATATTAAAACT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1051	CCATTTAGTCTTAGAGTGTGAGAGTAAGTAAGAAACCCAATATTAAAACT	1100

C  AL645763.6	900	TGTGTCTTGCCCAATAACTAATAGTATGTCTAACTATTTCAGTGAAAATT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1101	TGTGTCTTGCCCAATAACTAATAGTATGTCTAACTATTTCAGTGAAAATT	1150

C  AL645763.6	850	TATGTGACTATATACTTATCTAATTAAGTCAACAAGTCATACAGAAAGAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1151	TATGTGACTATATACTTATCTAATTAAGTCAACAAGTCATACAGAAAGAT	1200

C  AL645763.6	800	TAAAGTGACTAATTTATAAAGGTGTCTTAAGCATCACATGTTTTGATTTT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1201	TAAAGTGACTAATTTATAAAGGTGTCTTAAGCATCACATGTTTTGATTTT	1250

C  AL645763.6	750	GTAATTGCTTAAGTTAACAATCCCCAAGATGGTTCATAATGGTTGTGAAG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1251	GTAATTGCTTAAGTTAACAATCCCCAAGATGGTTCATAATGGTTGTGAAG	1300

C  AL645763.6	700	GCAAGGACGCCAATCTGTCTCTCTTCTCTGATCTCTCTCTCTCTCTCTCT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1301	GCAAGGACGCCAATCTGTCTCTCTTCTCTGATCTCTCTCTCTCTCTCTCT	1350

C  AL645763.6	650	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1351	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCC	1400

C  AL645763.6	600	CTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCCCT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1401	CTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCCCT	1450

C  AL645763.6	550	CTCCCTTCTCTTGGTCCCCCCACGCCCCCTCCCCGCTTTAATTAGTTTTG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1451	CTCCCTTCTCTTGGTCCCCCCACGCCCCCTCCCCGCTTTAATTAGTTTTG	1500

C  AL645763.6	500	GGTTCTGGGTATTGTTGTTAAGGGAAAATGCCAAGAAAGCTGGGCTGTCT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1501	GGTTCTGGGTATTGTTGTTAAGGGAAAATGCCAAGAAAGCTGGGCTGTCT	1550

C  AL645763.6	450	TTTTCCCTTCTTGCAGCATCTGGTGTGTGAGGAGGGGTGGAGTGTGGGGG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1551	TTTTCCCTTCTTGCAGCATCTGGTGTGTGAGGAGGGGTGGAGTGTGGGGG	1600

C  AL645763.6	400	CATCAGGAATCTGCTCAGTAATGATACTGCTTTCTCTTTTCTCACATACA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1601	CATCAGGAATCTGCTCAGTAATGATACTGCTTTCTCTTTTCTCACATACA	1650

C  AL645763.6	350	TGCTTGTATGTATTGTTTGGGTTTCTATACTTTTTTCTTTCACGTGACCT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1651	TGCTTGTATGTATTGTTTGGGTTTCTATACTTTTTTCTTTCACGTGACCT	1700

C  AL645763.6	300	ATTTCTCCTACCCCCACAGAAAAGATAAAAGTTACTTTCCATTAGACAAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1701	ATTTCTCCTACCCCCACAGAAAAGATAAAAGTTACTTTCCATTAGACAAG	1750

C  AL645763.6	250	TTAGAAGAGGTGAAAGCATTCTTAGGTTGTAAAATGAAAAGATAATTTAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1751	TTAGAAGAGGTGAAAGCATTCTTAGGTTGTAAAATGAAAAGATAATTTAA	1800

C  AL645763.6	200	ATATAATGTCTCTGCCAGTCCTTTATTTATACTTGTAAATGAATCCTTTC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1801	ATATAATGTCTCTGCCAGTCCTTTATTTATACTTGTAAATGAATCCTTTC	1850

C  AL645763.6	150	TCATTAATATTATTTTCTGAATTTTAAGAGGTAATGCTTACAAATTTCAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1851	TCATTAATATTATTTTCTGAATTTTAAGAGGTAATGCTTACAAATTTCAA	1900

C  AL645763.6	100	GGAAAGTTTTAAATGATGTTAGAGAAAAAGAAAATATTGTATCCCTCATT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1901	GGAAAGTTTTAAATGATGTTAGAGAAAAAGAAAATATTGTATCCCTCATT	1950

C  AL645763.6	50	CATACTAAGTTTCCCATCACAGTGTCACTATTATCATGCCCAGCAATGCC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645643.7	1951	CATACTAAGTTTCCCATCACAGTGTCACTATTATCATGCCCAGCAATGCC	2000

Overview

Query
AL645763.6 - 84604 bps
Hit
AL645643.7 - 185384 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link