<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL732462.20	1	GGTTTGTTGGTTGGTTGGTTGGGTTTTTTTTTTATGACAAAGAGAAGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162168	GGTTTGTTGGTTGGTTGGTTGGGTTTTTTTTTTATGACAAAGAGAAGAAA	162217

AL732462.20	51	AGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGCAGTACTTCCTCACCAGTTTATAACTAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162218	AGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGCAGTACTTCCTCACCAGTTTATAACTAG	162267

AL732462.20	101	AGAAAATGTCAATGAGAAAATGGATTTGTTGATATTTAATGAATTTTAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162268	AGAAAATGTCAATGAGAAAATGGATTTGTTGATATTTAATGAATTTTAAA	162317

AL732462.20	151	TAAAGTTATTTGAAAATTAATATGGAATAACAGGTTAGATTGTAGTTCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162318	TAAAGTTATTTGAAAATTAATATGGAATAACAGGTTAGATTGTAGTTCCC	162367

AL732462.20	201	AAAAGATACACTGCAGTTCTAACTGCTGGCACCTGTACTTGTTTGTAAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162368	AAAAGATACACTGCAGTTCTAACTGCTGGCACCTGTACTTGTTTGTAAAC	162417

AL732462.20	251	AGAGACTTAGCAAAAATAATCAATTTAAAATGGAGTCATATGGGGGTTAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162418	AGAGACTTAGCAAAAATAATCAATTTAAAATGGAGTCATATGGGGGTTAG	162467

AL732462.20	301	AGAGAGAGCTCAGCAGTTAAGAGCACTTGCCACTCGTGCGGAGGAGCAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162468	AGAGAGAGCTCAGCAGTTAAGAGCACTTGCCACTCGTGCGGAGGAGCAGA	162517

AL732462.20	351	GTTTGATTTCCAGCACTGCCAATTCCAGAGGACCCAACACTCCCTCGGGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162518	GTTTGATTTCCAGCACTGCCAATTCCAGAGGACCCAACACTCCCTCGGGC	162567

AL732462.20	401	ATAAATTCATCTATACATGCACATACATATAATAAATAAATACAAAGACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162568	ATAAATTCATCTATACATGCACATACATATAATAAATAAATACAAAGACA	162617

AL732462.20	451	AAGGTAAATAAAGTCATATTCTATTAGGACATGTCCTTGCGACTGGAGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162618	AAGGTAAATAAAGTCATATTCTATTAGGACATGTCCTTGCGACTGGAGAG	162667

AL732462.20	501	CCATTTGGAAACACAAACATCTAGGGGACAGACAGAAGTGTTCAGGATGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162668	CCATTTGGAAACACAAACATCTAGGGGACAGACAGAAGTGTTCAGGATGG	162717

AL732462.20	551	CGGAGAATGGGGCGGTGTGGTTACAAGCCCACAGTGTCAAGCATCTCTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162718	CGGAGAATGGGGCGGTGTGGTTACAAGCCCACAGTGTCAAGCATCTCTAC	162767

AL732462.20	601	TAGAAGCTGGGCCACAGAAAGAAGGGTTCTTCTTCAGACCTTGAAAAGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162768	TAGAAGCTGGGCCACAGAAAGAAGGGTTCTTCTTCAGACCTTGAAAAGAA	162817

AL732462.20	651	CATGGCTCTACTGACACCTTAGCCTCAAACAACCTAGTGTACGGTGGTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162818	CATGGCTCTACTGACACCTTAGCCTCAAACAACCTAGTGTACGGTGGTTT	162867

AL732462.20	701	GTTAGATTAGCTCTAGAAAACTAGTAAATGTGGAATATACAAAAATCTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162868	GTTAGATTAGCTCTAGAAAACTAGTAAATGTGGAATATACAAAAATCTAT	162917

AL732462.20	751	ATGGTCATTGTATTCTAAAAAGGAGATTTCTTTAGCATGTTAATGTTTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162918	ATGGTCATTGTATTCTAAAAAGGAGATTTCTTTAGCATGTTAATGTTTTT	162967

AL732462.20	801	TCTAAAGACACGCTAAACTTAGCATCTTGCTCTTACTAATAATTTAATTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	162968	TCTAAAGACACGCTAAACTTAGCATCTTGCTCTTACTAATAATTTAATTT	163017

AL732462.20	851	AAAAACAAAGATTTTAACTATCTATGTTAGTATTAATAGTAATCAGTTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163018	AAAAACAAAGATTTTAACTATCTATGTTAGTATTAATAGTAATCAGTTAT	163067

AL732462.20	901	AAGATACATTTTATACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163068	AAGATACATTTTATACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	163117

AL732462.20	951	GTGTGTGTGTGTGTGAATGTGGCTACAGGTGCATGGGCCCACCCATGTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163118	GTGTGTGTGTGTGTGAATGTGGCTACAGGTGCATGGGCCCACCCATGTGT	163167

AL732462.20	1001	GCACAGAGAGGAGGTCATATCTCTTCTTGTCATTCTCTACTAGTTTGTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163168	GCACAGAGAGGAGGTCATATCTCTTCTTGTCATTCTCTACTAGTTTGTTC	163217

AL732462.20	1051	TCCTAAGACAGGCTTTCCAGTTGCAGTAGAGCTTGGGGGTAGGTGGCCAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163218	TCCTAAGACAGGCTTTCCAGTTGCAGTAGAGCTTGGGGGTAGGTGGCCAG	163267

AL732462.20	1101	CAAGCCTCAGAGACCTTCCTATCTCTTCCATGCCTAGTCCTGCCTTATAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163268	CAAGCCTCAGAGACCTTCCTATCTCTTCCATGCCTAGTCCTGCCTTATAG	163317

AL732462.20	1151	GCATGTGTGCATGGCCACACTTACTTTATGTATTAGGGGCAAGGATTCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163318	GCATGTGTGCATGGCCACACTTACTTTATGTATTAGGGGCAAGGATTCAA	163367

AL732462.20	1201	GTTTCATATGTGCGCAGTCAGTGCTCTTACCCACAGAGTCACCTTTCCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163368	GTTTCATATGTGCGCAGTCAGTGCTCTTACCCACAGAGTCACCTTTCCAG	163417

AL732462.20	1251	CTTTATAGTACCTTTAAAAAAATAACAGAGATTAATTTTTATATTATGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163418	CTTTATAGTACCTTTAAAAAAATAACAGAGATTAATTTTTATATTATGTG	163467

AL732462.20	1301	TAGAGAGTTTTGCCTATGCATATGTCTATATGGCATATACATGTCTGGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163468	TAGAGAGTTTTGCCTATGCATATGTCTATATGGCATATACATGTCTGGTG	163517

AL732462.20	1351	ACACCGGGGGTCAGAAAAGGACACTGGATACCCTGAAACTGGAGTTGTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163518	ACACCGGGGGTCAGAAAAGGACACTGGATACCCTGAAACTGGAGTTGTGA	163567

AL732462.20	1401	ATGGTTATGAGTCACCAGCCCTATGTGGTACCTTTTAACATCACCCAATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163568	ATGGTTATGAGTCACCAGCCCTATGTGGTACCTTTTAACATCACCCAATG	163617

AL732462.20	1451	GGAGAGTACATTTATGAGATTACCTTCTTCAATTGGCTGAAAAGTTAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163618	GGAGAGTACATTTATGAGATTACCTTCTTCAATTGGCTGAAAAGTTAATA	163667

AL732462.20	1501	AGTCTCCACATGCAACAAGTTTCTCCTGTTGAAAAATTTATAATCAGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163668	AGTCTCCACATGCAACAAGTTTCTCCTGTTGAAAAATTTATAATCAGAGA	163717

AL732462.20	1551	ATTAAATGGCAGCAACCACCAAGTCATTCTTTAATAGAAATTTCTTTAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163718	ATTAAATGGCAGCAACCACCAAGTCATTCTTTAATAGAAATTTCTTTAAG	163767

AL732462.20	1601	TCTTGTTTTAAAATAAATACTTTTAGCATACTGAAAATTATAAAACTAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163768	TCTTGTTTTAAAATAAATACTTTTAGCATACTGAAAATTATAAAACTAGA	163817

AL732462.20	1651	TGCATAATGTGCTTTTTCTATATTCTCCAAACCTTTGCTGCTGTATGGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163818	TGCATAATGTGCTTTTTCTATATTCTCCAAACCTTTGCTGCTGTATGGTT	163867

AL732462.20	1701	TTCAGGGATATGAAGCAAATTAAGCTCAGAAAATCATGAGTGCCTTAGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163868	TTCAGGGATATGAAGCAAATTAAGCTCAGAAAATCATGAGTGCCTTAGTC	163917

AL732462.20	1751	TACAGAATCATTTTAGGATCATTATGGAAGCCAGTTCCTCTGCAGACCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163918	TACAGAATCATTTTAGGATCATTATGGAAGCCAGTTCCTCTGCAGACCTT	163967

AL732462.20	1801	CTGCCATTACCTGAATCAGATCGCCTGTGAGCCTGCTTAGTGTCTTCTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	163968	CTGCCATTACCTGAATCAGATCGCCTGTGAGCCTGCTTAGTGTCTTCTCA	164017

AL732462.20	1851	CTAAGCGAAATGTCTTCAAGATCAGTAAGAACCACCCACGTTCCATTCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	164018	CTAAGCGAAATGTCTTCAAGATCAGTAAGAACCACCCACGTTCCATTCTC	164067

AL732462.20	1901	AAATTTCACTGGCATAGAAAAGACGATCCCTTCAGGAATGTCAAACTGGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	164068	AAATTTCACTGGCATAGAAAAGACGATCCCTTCAGGAATGTCAAACTGGC	164117

AL732462.20	1951	CTGCAGGGAGCACACACAAGGCAAAACACAAATAAAATAAAGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645534.20	164118	CTGCAGGGAGCACACACAAGGCAAAACACAAATAAAATAAAGAAGAATTC	164167

Overview

Query
AL732462.20 - 91356 bps
Hit
AL645534.20 - 164167 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196020001200011621681641671
290.811241816449264672164343645161
389.641392196281663034-169778699991
492.311612218809088310-169778699981
592.131572167353173746169778699931
693.53063974714647542179544799281
782.382220108875290761-11044801064731
891.034065808874789326-11258351264141
992.41325436640176445211258351262691
1090.86401579725167309411258351264141
1182.712756036286763469-11264621270681
1290.96280387471484753411265891269751
1391.231181726541665587-11269041270741
1494.3738913880918900311431401440521
1594.57419097283873746-11431441440521
1690.89553789628326362011431561439451
1791.162873974714647542-11432741436691
1897.918279088900889915-11440531449601
1998.09815889719457283311440711449601
2093.18548718636186433511442421449601
2182.231393151924319557-11566491569631
Short-link