<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL589735.12	199957	GAATTCCTGATCTTTCCAAAACTTTTATCATGAATGGGTGTTGGATCTTG	199908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72371	GAATTCCTGATCTTTCCAAAACTTTTATCATGAATGGGTGTTGGATCTTG	72420

C  AL589735.12	199907	TCAAATGCTTTTTCTGCATCTAACGAGATGATCATGTGGTTTTTGTCTTT	199858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72421	TCAAATGCTTTTTCTGCATCTAACGAGATGATCATGTGGTTTTTGTCTTT	72470

C  AL589735.12	199857	GAGTTTGTTTATATAATGGATTACATTGATGGATTTTCGTATATTAAACC	199808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72471	GAGTTTGTTTATATAATGGATTACATTGATGGATTTTCGTATATTAAACC	72520

C  AL589735.12	199807	ATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGATTTCT	199758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72521	ATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGATTTCT	72570

C  AL589735.12	199757	TTAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCGAGAATTTTATTAAGGATTTTTGC	199708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72571	TTAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCGAGAATTTTATTAAGGATTTTTGC	72620

C  AL589735.12	199707	ATCGATATTCATAAGAGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTATCTTTGTTGGAT	199658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72621	ATCGATATTCATAAGAGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTATCTTTGTTGGAT	72670

C  AL589735.12	199657	CTTTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATAGTGGCTTCATAAAATGAGTTG	199608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72671	CTTTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATAGTGGCTTCATAAAATGAGTTG	72720

C  AL589735.12	199607	GGTAGAGTACCTTCTACTTCTATCTTGTGAAATAGTTTGTGCAGAACTGG	199558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72721	GGTAGAGTACCTTCTACTTCTATCTTGTGAAATAGTTTGTGCAGAACTGG	72770

C  AL589735.12	199557	AATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCACTAAACCCATCTG	199508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72771	AATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCACTAAACCCATCTG	72820

C  AL589735.12	199507	GTCCTGGGCTTTTTTTGGCTGGGAGACTATTAATAACTGCTTCTATTTCT	199458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72821	GTCCTGGGCTTTTTTTGGCTGGGAGACTATTAATAACTGCTTCTATTTCT	72870

C  AL589735.12	199457	TTAGGGGATATGGGACTGTTTAGATGGTCAACTTGATCCTGATTCAACTT	199408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72871	TTAGGGGATATGGGACTGTTTAGATGGTCAACTTGATCCTGATTCAACTT	72920

C  AL589735.12	199407	TGGTACCTGGTATCTGTCCAGAAATTTGTCCATTTCGTCCAGGTTTTCCA	199358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72921	TGGTACCTGGTATCTGTCCAGAAATTTGTCCATTTCGTCCAGGTTTTCCA	72970

C  AL589735.12	199357	GTTTTGTTGAGTATAAGCTTTTGTAGAAGGATCTGATGGTGTTTTGGATT	199308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	72971	GTTTTGTTGAGTATAAGCTTTTGTAGAAGGATCTGATGGTGTTTTGGATT	73020

C  AL589735.12	199307	TCTTCAGGATCTGTTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAAT	199258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73021	TCTTCAGGATCTGTTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAAT	73070

C  AL589735.12	199257	TAGGATTTTGTCCCTTTGCCCTCTAGTGAGTCTAGCTAAGGGCTTATCTA	199208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73071	TAGGATTTTGTCCCTTTGCCCTCTAGTGAGTCTAGCTAAGGGCTTATCTA	73120

C  AL589735.12	199207	TCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAACTCCTCGTTTGGTTAATTCTTTGA	199158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73121	TCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAACTCCTCGTTTGGTTAATTCTTTGA	73170

C  AL589735.12	199157	ATAGTTCTTCTTGTTTCCACTTGGTTAATTTCACCCCTGAGTTTGATTAT	199108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73171	ATAGTTCTTCTTGTTTCCACTTGGTTAATTTCACCCCTGAGTTTGATTAT	73220

C  AL589735.12	199107	TTCCTGCCGTCTACTCCTCTTGGGTGAATTTGCTTCCTTTTTTTCTAGAG	199058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73221	TTCCTGCCGTCTACTCCTCTTGGGTGAATTTGCTTCCTTTTTTTCTAGAG	73270

C  AL589735.12	199057	CTTTTAGATGTGTTGTCAAGCTGCTAGTATGTGCTCTCTCCCGTTTCTTC	199008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73271	CTTTTAGATGTGTTGTCAAGCTGCTAGTATGTGCTCTCTCCCGTTTCTTC	73320

C  AL589735.12	199007	TTGGAGGTACTCAGAGCTATGAGTTTCCCTCTTAGAAATGCTTTCATTGT	198958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73321	TTGGAGGTACTCAGAGCTATGAGTTTCCCTCTTAGAAATGCTTTCATTGT	73370

C  AL589735.12	198957	GTCCCAAAGGTTTGGGTACGTTGTGGCTTCATTTTCATTAAACTCTAAAA	198908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73371	GTCCCAAAGGTTTGGGTACGTTGTGGCTTCATTTTCATTAAACTCTAAAA	73420

C  AL589735.12	198907	AGTCTTTAATTTCTTTCTTTATTCCTTCCTTGACCAAGGTATCATTGAGA	198858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73421	AGTCTTTAATTTCTTTCTTTATTCCTTCCTTGACCAAGGTATCATTGAGA	73470

C  AL589735.12	198857	AGAGTGTTGTTCAGGTTCCACGAGAATGTTGGCTTTCCATTCTTAATGTT	198808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73471	AGAGTGTTGTTCAGGTTCCACGAGAATGTTGGCTTTCCATTCTTAATGTT	73520

C  AL589735.12	198807	GTTATTGAAGATCAGTCTTAGGCCATGGTGGTCTGATAGGATACATGGGA	198758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73521	GTTATTGAAGATCAGTCTTAGGCCATGGTGGTCTGATAGGATACATGGGA	73570

C  AL589735.12	198757	CAATTTCAATATTTTTGTATCTGTTGAGGCCTATTTTGTGACCAATTATA	198708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73571	CAATTTCAATATTTTTGTATCTGTTGAGGCCTATTTTGTGACCAATTATA	73620

C  AL589735.12	198707	TGGTCAATTTTGGAGAAGGTCCCGTGAGGTGCTGAGAAGAAGGTATATCC	198658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73621	TGGTCAATTTTGGAGAAGGTCCCGTGAGGTGCTGAGAAGAAGGTATATCC	73670

C  AL589735.12	198657	TTTTGTTTTAGGATTAAATATTCTGTAGATATCTGTCAGGTCCATTTGTT	198608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73671	TTTTGTTTTAGGATTAAATATTCTGTAGATATCTGTCAGGTCCATTTGTT	73720

C  AL589735.12	198607	TCATAACTTCTGTTAGTTTCACTGTGTCCCTGTTTAGTTTCTGTTTCCAT	198558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73721	TCATAACTTCTGTTAGTTTCACTGTGTCCCTGTTTAGTTTCTGTTTCCAT	73770

C  AL589735.12	198557	GATCTGTCCATTGATGAAAGTGGTGTGTTGAGGTCTCCCACTATTATTGT	198508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73771	GATCTGTCCATTGATGAAAGTGGTGTGTTGAGGTCTCCCACTATTATTGT	73820

C  AL589735.12	198507	GTGAGGTGCAATGTGTGCTTTGAGCTTTACTAAAGTGTCTTTAATGAATG	198458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73821	GTGAGGTGCAATGTGTGCTTTGAGCTTTACTAAAGTGTCTTTAATGAATG	73870

C  AL589735.12	198457	TGGCTGCCCTTGCATTTGGAGCGTAGATATTCAGAATTGAGAGTTCCTCT	198408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73871	TGGCTGCCCTTGCATTTGGAGCGTAGATATTCAGAATTGAGAGTTCCTCT	73920

C  AL589735.12	198407	TGGAGGATTTTACCTTTGATGAGTATGAAGTGTCCCTCCTTGTCTTTTTT	198358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73921	TGGAGGATTTTACCTTTGATGAGTATGAAGTGTCCCTCCTTGTCTTTTTT	73970

C  AL589735.12	198357	GATAACTTTGGGTTGGAAGTCGATTTTATCCGATATTAGAATGGCTACTC	198308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	73971	GATAACTTTGGGTTGGAAGTCGATTTTATCCGATATTAGAATGGCTACTC	74020

C  AL589735.12	198307	CAGCCTGTTTCTTCAGACCATTTGCTTGGAAAATTGTTTTCCAGCCTTTC	198258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	74021	CAGCCTGTTTCTTCAGACCATTTGCTTGGAAAATTGTTTTCCAGCCTTTC	74070

C  AL589735.12	198257	ACTCTGAGGTAGTGTCTGTCTTTTTCCCTGAGATGGGTTTCCTGTAAGCA	198208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	74071	ACTCTGAGGTAGTGTCTGTCTTTTTCCCTGAGATGGGTTTCCTGTAAGCA	74120

C  AL589735.12	198207	GCAGAATGTTGGGTCCTGTTTGTGTAGCCAGTCTGTTAGTCTATGTCTTT	198158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	74121	GCAGAATGTTGGGTCCTGTTTGTGTAGCCAGTCTGTTAGTCTATGTCTTT	74170

C  AL589735.12	198157	TTATTGGGGAATTGAGTCCATTGATATTAAGAGATATTAAGGAAAGGTAA	198108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	74171	TTATTGGGGAATTGAGTCCATTGATATTAAGAGATATTAAGGAAAGGTAA	74220

C  AL589735.12	198107	TTGTTGCTTCCTGTTATTTTTGTTGTTAAAGTTGGCATTCTGTTCTTGTG	198058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	74221	TTGTTGCTTCCTGTTATTTTTGTTGTTAAAGTTGGCATTCTGTTCTTGTG	74270

C  AL589735.12	198057	GCTGTCTTCTTTTAGGTTTGTTGAGGGATTATCTTCTTGTTTTTTCTAGG	198008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	74271	GCTGTCTTCTTTTAGGTTTGTTGAGGGATTATCTTCTTGTTTTTTCTAGG	74320

C  AL589735.12	198007	GCGTGGTTCCCGTCCTTGTATTGGTTTTTTTCTGTTATTATCCTTTGAAG	197958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645533.9	74321	GCGTGGTTCCCGTCCTTGTATTGGTTTTTTTCTGTTATTATCCTTTGAAG	74370

Overview

Query
AL589735.12 - 199957 bps
Hit
AL645533.9 - 74370 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000197958199957-172371743701
Short-link