<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649316.9	1	TGACAGTGTACGTAAACATCACCTCGCATCAGCAACACTGTGGCAGTTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141587	TGACAGTGTACGTAAACATCACCTCGCATCAGCAACACTGTGGCAGTTGT	141636

BX649316.9	51	CAGTTGTTTCAAAACTGACTGAGAAAAACTGCAGTCTGACATTGATCAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141637	CAGTTGTTTCAAAACTGACTGAGAAAAACTGCAGTCTGACATTGATCAGT	141686

BX649316.9	101	TAAGTTATCAAATGAATGCATACCGAGCGAGATGAGGTGATCTGAAGTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141687	TAAGTTATCAAATGAATGCATACCGAGCGAGATGAGGTGATCTGAAGTAG	141736

BX649316.9	151	AAGAACATGCGGCTTTGAGCAGAGTCTGGATGCAGAGCTTGAAATTGCCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141737	AAGAACATGCGGCTTTGAGCAGAGTCTGGATGCAGAGCTTGAAATTGCCG	141786

BX649316.9	201	GATCTCCATTTCAGTGATGGATAACCCATCAGACGCAGATTTCAGCTGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141787	GATCTCCATTTCAGTGATGGATAACCCATCAGACGCAGATTTCAGCTGGC	141836

BX649316.9	251	ACAGTAAAGCAGGAAATATAGTCAGCGAACTTCAGAACAAGGAGTCCAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141837	ACAGTAAAGCAGGAAATATAGTCAGCGAACTTCAGAACAAGGAGTCCAAA	141886

BX649316.9	301	CTAATAATGTACTTTATTTTTTTTGTTTATTTAGAAGTTTTACAAATGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141887	CTAATAATGTACTTTATTTTTTTTGTTTATTTAGAAGTTTTACAAATGCA	141936

BX649316.9	351	CCAATACTGAATAGTGAAAATCTTGCTGATGACAATATATTTACATTTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141937	CCAATACTGAATAGTGAAAATCTTGCTGATGACAATATATTTACATTTAT	141986

BX649316.9	401	GCATTTGTCGAAATTTTATAACAAAATTTTATATTCCTTATACTGCATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	141987	GCATTTGTCGAAATTTTATAACAAAATTTTATATTCCTTATACTGCATAA	142036

BX649316.9	451	ACTGTACATTTTTTTTTGCGGCTACGGAATAATGGATACTGAATGATTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142037	ACTGTACATTTTTTTTTGCGGCTACGGAATAATGGATACTGAATGATTAA	142086

BX649316.9	501	TTCCAAAGTCTGTAGATATTTTCAATCAGAAGCTCAGTTACAGTACACAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142087	TTCCAAAGTCTGTAGATATTTTCAATCAGAAGCTCAGTTACAGTACACAT	142136

BX649316.9	551	TAGAGTTCATGCTGATTTGTTAAAAAAAAAATAATAAAAAAAATAAAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142137	TAGAGTTCATGCTGATTTGTTAAAAAAAAAATAATAAAAAAAATAAAAAC	142186

BX649316.9	601	CTTTTTTGACATCTCTTAATCAACTAATCACACTGTTCTGGTCAAATGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142187	CTTTTTTGACATCTCTTAATCAACTAATCACACTGTTCTGGTCAAATGAT	142236

BX649316.9	651	AAGTTTAAACCACATAAATGAAGTCACTTATTTACCCAGTTGTATTGAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142237	AAGTTTAAACCACATAAATGAAGTCACTTATTTACCCAGTTGTATTGAGG	142286

BX649316.9	701	CAGATCAGGTAGGATGGGACGAGGTGGCACTAGACCGTATCTCTCTCCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142287	CAGATCAGGTAGGATGGGACGAGGTGGCACTAGACCGTATCTCTCTCCCA	142336

BX649316.9	751	GAATGCCAAGCAGCAGCTGACTGCGGCACACCTCTGATAGACAGAGCTCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142337	GAATGCCAAGCAGCAGCTGACTGCGGCACACCTCTGATAGACAGAGCTCC	142386

BX649316.9	801	GCAGCACGGTTGGACTCCTCCTCAGTAACACCCCAGCGCAGCTCCACCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142387	GCAGCACGGTTGGACTCCTCCTCAGTAACACCCCAGCGCAGCTCCACCTC	142436

BX649316.9	851	CTGCAGGTACAGGTAATGTGGCGCTGCTCGCCTCCTGAGCTCTGGAAAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142437	CTGCAGGTACAGGTAATGTGGCGCTGCTCGCCTCCTGAGCTCTGGAAAGA	142486

BX649316.9	901	CGCTACGCACCAGAACATCCCGTTCTGCATGCATGTCCCTGAATGTAGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142487	CGCTACGCACCAGAACATCCCGTTCTGCATGCATGTCCCTGAATGTAGAC	142536

BX649316.9	951	GAGATGAACACTCGCACACCTTTCCATCTAGAAAGAGAGGAAAAAAAACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142537	GAGATGAACACTCGCACACCTTTCCATCTAGAAAGAGAGGAAAAAAAACA	142586

BX649316.9	1001	TTATATTTCAGTAGTAAAAATCCAAAATCAAACAAAAAGTGCTCAGGGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142587	TTATATTTCAGTAGTAAAAATCCAAAATCAAACAAAAAGTGCTCAGGGAT	142636

BX649316.9	1051	AGCTTGAATAATTTTTGGGTGCTCTTTGGGCAAGGGATTCATGAAAATAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142637	AGCTTGAATAATTTTTGGGTGCTCTTTGGGCAAGGGATTCATGAAAATAA	142686

BX649316.9	1101	ACTGAAAGCAGGGCCGGATTAACCAATGGGCCTTATGGGCACAGGCCCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142687	ACTGAAAGCAGGGCCGGATTAACCAATGGGCCTTATGGGCACAGGCCCAG	142736

BX649316.9	1151	GGGCCCGTGCGCACTAGGGGCCCCTGCGAGGAGGGAGAAAAAAAAGACAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142737	GGGCCCGTGCGCACTAGGGGCCCCTGCGAGGAGGGAGAAAAAAAAGACAA	142786

BX649316.9	1201	TTTCGGAGTGTCTTTTTTGGCTAATTGCAAAAAGCGCATCTAGTTGGAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142787	TTTCGGAGTGTCTTTTTTGGCTAATTGCAAAAAGCGCATCTAGTTGGAAT	142836

BX649316.9	1251	AAGCTATTCAGGGTTTACGCCCATCGATGCCTGATTGATAGAGACAAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142837	AAGCTATTCAGGGTTTACGCCCATCGATGCCTGATTGATAGAGACAAAAT	142886

BX649316.9	1301	GAGTAAAGAGCTGTCATACATAACAGCCGCAGTGGCGCACCTTGTAAGGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142887	GAGTAAAGAGCTGTCATACATAACAGCCGCAGTGGCGCACCTTGTAAGGC	142936

BX649316.9	1351	GCACACCAGCATTTTTGGACGCGATTAATCATAAACTCGGTTCGAATCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142937	GCACACCAGCATTTTTGGACGCGATTAATCATAAACTCGGTTCGAATCCA	142986

BX649316.9	1401	CCATCAGCTGAACTTGTGCTACTTTTTTTTTCTCCCCATTACATATCAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	142987	CCATCAGCTGAACTTGTGCTACTTTTTTTTTCTCCCCATTACATATCAGA	143036

BX649316.9	1451	TTGGAAATATATTTATTTTTAACAGGAAAGAAACATTTTTTAAAAATAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143037	TTGGAAATATATTTATTTTTAACAGGAAAGAAACATTTTTTAAAAATAAA	143086

BX649316.9	1501	GCAAATGTGATATAAAGTCACAAATGTCTCGTGGGTATTTAATAATGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143087	GCAAATGTGATATAAAGTCACAAATGTCTCGTGGGTATTTAATAATGTTT	143136

BX649316.9	1551	AGTCTTATTATAGGTGCCTCCCTCTCTGCAAAAACTATATTGCTCAGACG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143137	AGTCTTATTATAGGTGCCTCCCTCTCTGCAAAAACTATATTGCTCAGACG	143186

BX649316.9	1601	ACTGTATTTCCTCTGAGCAAAAAAATCGCGATCACATATTAATATTATTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143187	ACTGTATTTCCTCTGAGCAAAAAAATCGCGATCACATATTAATATTATTA	143236

BX649316.9	1651	TTAAATTTATATTGCCTTTCTTTCTTTAACTAAACAGATGCTGTAATTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143237	TTAAATTTATATTGCCTTTCTTTCTTTAACTAAACAGATGCTGTAATTGG	143286

BX649316.9	1701	TCAAGCGCGGAAACGTCAGTTTTGTAATAACCCGCACTAAACTGAGCGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143287	TCAAGCGCGGAAACGTCAGTTTTGTAATAACCCGCACTAAACTGAGCGCA	143336

BX649316.9	1751	CTTTAGTGTAACGTTATATCTGTCATAGATCAAAAATGAGTGGACAAGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143337	CTTTAGTGTAACGTTATATCTGTCATAGATCAAAAATGAGTGGACAAGTG	143386

BX649316.9	1801	GATTTAGCAAACGCGAGAGAAAGAGGAGATGAGGCATCTTTATTGAGGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143387	GATTTAGCAAACGCGAGAGAAAGAGGAGATGAGGCATCTTTATTGAGGCA	143436

BX649316.9	1851	TTTTTCATACACACTGACTTTTAAACAGACCCATGATCAGGAGAATGAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143437	TTTTTCATACACACTGACTTTTAAACAGACCCATGATCAGGAGAATGAGG	143486

BX649316.9	1901	GTACAGAAGAAGACGTTATGGTAACTTTAAATGATGAGAAGCTAGAATTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143487	GTACAGAAGAAGACGTTATGGTAACTTTAAATGATGAGAAGCTAGAATTA	143536

BX649316.9	1951	ACCAGGCGCCGGCGGAGGAGGCTAACGGCAGCGCAGCGCAGACTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627248.7	143537	ACCAGGCGCCGGCGGAGGAGGCTAACGGCAGCGCAGCGCAGACTGAATTC	143586

Overview

Query
BX649316.9 - 84681 bps
Hit
AL627248.7 - 143586 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196820001200011415871435861
294.2339104392373934018439461
398.823885357303581418539371
486.551392631165211914-1938996631
578.57583331849718829118615189361
698.44326423252388-118961190241
781.788227830463323130332306001
884.53881797318673364-145316454961
985.621442933666636958-145363456611
1090.441101564188142036157262574181
1183.711783506288063229157463578121
1294.5442543666936722157959580131
1381.59892882044620733-170208704951
1487.538782044620523175150752291
1592.167110268256926-175391754921
1694.5543552067920733175391754451
1792.8631426702674311084421084831
1882.3898288204462073311085131088071
1989.8487128550205514711095161096431
2088.51851437317373315-11212041213511
2183.71292834274543027-11212061214811
Short-link