<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL627086.22	1	GATCTGCCTGTCTCTCCCGCCTAAGTGCTGGAATAAAGCTGTGCTCCTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175134	GATCTGCCTGTCTCTCCCGCCTAAGTGCTGGAATAAAGCTGTGCTCCTGA	175183

AL627086.22	51	TAACAAATAGGTCTTGTATTACACAAATCAAGGGGTGGGGGTGGGAATGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175184	TAACAAATAGGTCTTGTATTACACAAATCAAGGGGTGGGGGTGGGAATGA	175233

AL627086.22	101	CAGGGAACATTTGCCTTGACTTTGCTCAAGGTTCCAACAGATTTGACAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175234	CAGGGAACATTTGCCTTGACTTTGCTCAAGGTTCCAACAGATTTGACAGA	175283

AL627086.22	151	ACAGAGAGGAGAAAGAATGACTTGTCGGTTTCAGACAGCAGATCAGCACG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175284	ACAGAGAGGAGAAAGAATGACTTGTCGGTTTCAGACAGCAGATCAGCACG	175333

AL627086.22	201	ACATTATCCTACAGAAACTTTTATTTAAATATTTGGGGGGGCTAATCAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175334	ACATTATCCTACAGAAACTTTTATTTAAATATTTGGGGGGGCTAATCAAA	175383

AL627086.22	251	TCATGTGTTTATTGAGTGCCTGTTATGTGCTAAATATTGTTCAGGGTACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175384	TCATGTGTTTATTGAGTGCCTGTTATGTGCTAAATATTGTTCAGGGTACT	175433

AL627086.22	301	TGGGACACAGCAGAGAATAAAACCAGGAGCCCTGCCCTCTTGGAGCGTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175434	TGGGACACAGCAGAGAATAAAACCAGGAGCCCTGCCCTCTTGGAGCGTTC	175483

AL627086.22	351	AGTCTATCACCTGCGAACTGCTGTGACCTTGGGCAAGTCACTGCACCCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175484	AGTCTATCACCTGCGAACTGCTGTGACCTTGGGCAAGTCACTGCACCCCT	175533

AL627086.22	401	CTGCCCGGCAGACGGAGCTGGGTGTGGTGCAGATGCTGACCAGGACAGGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175534	CTGCCCGGCAGACGGAGCTGGGTGTGGTGCAGATGCTGACCAGGACAGGG	175583

AL627086.22	451	CCCTGACCCACCACCCCAGACAGCAGAGAGGGCTGCAGGTTGCACTTTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175584	CCCTGACCCACCACCCCAGACAGCAGAGAGGGCTGCAGGTTGCACTTTAA	175633

AL627086.22	501	TAATCATGTACACTGGGGAGGGGGAGGGGGAGGGGGAGGGGGAGGGGGAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175634	TAATCATGTACACTGGGGAGGGGGAGGGGGAGGGGGAGGGGGAGGGGGAG	175683

AL627086.22	551	GGGGAGGGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAACGAGTTATACGAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175684	GGGGAGGGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAACGAGTTATACGAGC	175733

AL627086.22	601	TGCCACTGCTGCTGCTTGGTGGCGGCCTTGTTGGCCAGGTCCTTGGCCTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175734	TGCCACTGCTGCTGCTTGGTGGCGGCCTTGTTGGCCAGGTCCTTGGCCTT	175783

AL627086.22	651	CTCTGTAGCTGCCAGTACGGTCTCCTTTGCTTTCTCTTTGGCCTCTTTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175784	CTCTGTAGCTGCCAGTACGGTCTCCTTTGCTTTCTCTTTGGCCTCTTTGG	175833

AL627086.22	701	CTGTCTTAACAAGGGTTTTGGAAGGGGCCTCACCTTGTAGCTTGGCCAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175834	CTGTCTTAACAAGGGTTTTGGAAGGGGCCTCACCTTGTAGCTTGGCCAGG	175883

AL627086.22	751	ATGTATTCAAAGCCCTTCATTGTCTTGGTCACATTGCTTTTGAACCAGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175884	ATGTATTCAAAGCCCTTCATTGTCTTGGTCACATTGCTTTTGAACCAGGC	175933

AL627086.22	801	AAGACCAAATTCCTGAACAGCTCTGGAGATGCCAAATAAGCTAGAGGAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175934	AAGACCAAATTCCTGAACAGCTCTGGAGATGCCAAATAAGCTAGAGGAGA	175983

AL627086.22	851	CCCAGGCTTCCCGACAGATTTCGGTCCAGCCGGTATTGTCAGAGTTCACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	175984	CCCAGGCTTCCCGACAGATTTCGGTCCAGCCGGTATTGTCAGAGTTCACA	176033

AL627086.22	901	CAGTAAACGCATCATTCCTCCATCACCATCAGCCGGGCATGGTTGATGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176034	CAGTAAACGCATCATTCCTCCATCACCATCAGCCGGGCATGGTTGATGTT	176083

AL627086.22	951	CCAGGTGAAGGTGGTCATGGTCTGATTCTGGGGGTCCACTATAGAGTCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176084	CCAGGTGAAGGTGGTCATGGTCTGATTCTGGGGGTCCACTATAGAGTCCT	176133

AL627086.22	1001	CCAGGATGTACACGGAGTGAGCAACGTTGGCAGGAAACAGTCACTCTGCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176134	CCAGGATGTACACGGAGTGAGCAACGTTGGCAGGAAACAGTCACTCTGCC	176183

AL627086.22	1051	CAACGTGGCATCCTGTTGGTCTTGGTCAGGAGTCTCCGGGACAGTAGCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176184	CAACGTGGCATCCTGTTGGTCTTGGTCAGGAGTCTCCGGGACAGTAGCTT	176233

AL627086.22	1101	CTGGTCGGGGGTCACCTCCGACTATGTCTTCCATTAAGACATGTTTGCTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176234	CTGGTCGGGGGTCACCTCCGACTATGTCTTCCATTAAGACATGTTTGCTA	176283

AL627086.22	1151	TAGGGATTCGAGTACCGTTGCCAGAAGGCAGCGAACACTTGGTCCCAGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176284	TAGGGATTCGAGTACCGTTGCCAGAAGGCAGCGAACACTTGGTCCCAGGA	176333

AL627086.22	1201	ACTTCAGAGCATGCTCTGGCCCAGGAAATACTTCATCATCGTCCCGACCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176334	ACTTCAGAGCATGCTCTGGCCCAGGAAATACTTCATCATCGTCCCGACCC	176383

AL627086.22	1251	GGGCGGGCTCAGCACCGGTGCAGCATCAGGGTGAAGAGCCCGGGGGTGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176384	GGGCGGGCTCAGCACCGGTGCAGCATCAGGGTGAAGAGCCCGGGGGTGGG	176433

AL627086.22	1301	GGTGGGGGGAACGTGGCTAGGTGCACGCCCACCAGGCTCGCAGCTCAATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176434	GGTGGGGGGAACGTGGCTAGGTGCACGCCCACCAGGCTCGCAGCTCAATC	176483

AL627086.22	1351	ACCGCGGTGCCGCGCCCAGATCCCTACCGCCGCCATCAGGGGTTATAGGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176484	ACCGCGGTGCCGCGCCCAGATCCCTACCGCCGCCATCAGGGGTTATAGGA	176533

AL627086.22	1401	CTGCCTAAATATTTTTTGAGATTATAATTATATTATTTCCTCCAAGCTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176534	CTGCCTAAATATTTTTTGAGATTATAATTATATTATTTCCTCCAAGCTCT	176583

AL627086.22	1451	CCCATATACCTCCTTCCCTCTTTCAAATTCATGGCCTCTTTATTCATTAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176584	CCCATATACCTCCTTCCCTCTTTCAAATTCATGGCCTCTTTATTCATTAA	176633

AL627086.22	1501	TTGTTTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176634	TTGTTTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	176683

AL627086.22	1551	ACTTCTAAATACATAAATTCAACCTGCCCAGTCTGTCACTTGTATGTATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176684	ACTTCTAAATACATAAATTCAACCTGCCCAGTCTGTCACTTGTATGTATG	176733

AL627086.22	1601	TTTTCAGGGCAGTTGGATACCCAGTTGGAGTGCTCTTCCCTGGAGAAGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176734	TTTTCAGGGCAGTTGGATACCCAGTTGGAGTGCTCTTCCCTGGAGAAGAT	176783

AL627086.22	1651	CCTTTCTCCCTTCTCATCATTTTTTTAAAAGATTTATTTATTTTATGTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176784	CCTTTCTCCCTTCTCATCATTTTTTTAAAAGATTTATTTATTTTATGTAT	176833

AL627086.22	1701	AGCAGTAGTCTATCTGCATGCATACCTGCATGCCAGAAAGGGCATCAGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176834	AGCAGTAGTCTATCTGCATGCATACCTGCATGCCAGAAAGGGCATCAGAC	176883

AL627086.22	1751	CCTATTACAGATAGTTGTGAGCCACCACGTGATTGCTAGGAATTGAACTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176884	CCTATTACAGATAGTTGTGAGCCACCACGTGATTGCTAGGAATTGAACTC	176933

AL627086.22	1801	AGGACCTCTGGAAGAGCAGTCACTGCTCTTAACTTCTGAGCCATTTCTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176934	AGGACCTCTGGAAGAGCAGTCACTGCTCTTAACTTCTGAGCCATTTCTCC	176983

AL627086.22	1851	AGCCCCTCAGCATTCTTTAATTCCATGTACAAGGGCAAGGCCCCCTGGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	176984	AGCCCCTCAGCATTCTTTAATTCCATGTACAAGGGCAAGGCCCCCTGGGA	177033

AL627086.22	1901	TTTCCCTGTTCACGTTAATATATCTGTTGTCCTTGCTCAGCTCCTGTTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	177034	TTTCCCTGTTCACGTTAATATATCTGTTGTCCTTGCTCAGCTCCTGTTTA	177083

AL627086.22	1951	AGCAATAGTGTTTGTTTGTGAGACTTTAATGGGTGTGTCTTTTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL627074.11	177084	AGCAATAGTGTTTGTTTGTGAGACTTTAATGGGTGTGTCTTTTGGAATTC	177133

Overview

Query
AL627086.22 - 106019 bps
Hit
AL627074.11 - 177133 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199920001200011751341771331
289.031021555662256776-1772078741
389.54981513641036560-1772978811
490.261031531303313185-1773078831
588.521101871301113197112434126161
688.27991615661156771112448126091
791.11981351306113195115216153501
891.6971315664256772115216153461
993.831261623639936560117133172941
1094.12134170105569105738117134173031
1181.63130447224802292611145631150301
1288.01334630229362356511151891158141
1387.83372718237442446111158001165051
1486.89115217246652488111167071169271
1589.4211319510554310573711318071319951
1689.94104163363983656011318191319871
1795.21123146364153656011387041388491
1890.07104151235942374411387071388571
1994.49102127364103653611594031595291
2093.79912710557910570511594031595291
2194.37114142105592105733-11600011601421
2289.991001503641136560-11600051601541
2391.111021461304013185-11600061601511
2489.03104173105564105736-11664691666411
2590.181071643639736560-11664771666391
2690.45108159364023656011742141743701
Short-link