<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606920.5	1	AAGCACTAGACATGGACCATGCAGGAGATGCCAGGCTAGACAAAGCAAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184606	AAGCACTAGACATGGACCATGCAGGAGATGCCAGGCTAGACAAAGCAAAC	184655

AL606920.5	51	TCCAGTGTGTGCAGTCAGCGAACACATGAATAATATTAAGAGATTACAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184656	TCCAGTGTGTGCAGTCAGCGAACACATGAATAATATTAAGAGATTACAGA	184705

AL606920.5	101	AAACTGGGAGGAAAAGAATGAAATGGGATTCAGCTTGGAAAATGCCAAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184706	AAACTGGGAGGAAAAGAATGAAATGGGATTCAGCTTGGAAAATGCCAAGT	184755

AL606920.5	151	AATGTATTTGAGAGGAAGTAACCAGAAACACAAAGGCTTGCAGTGTTCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184756	AATGTATTTGAGAGGAAGTAACCAGAAACACAAAGGCTTGCAGTGTTCTG	184805

AL606920.5	201	TGAACTGGGGTTGCCTGCCAGTGGGTGGAAGATGCCTGATCCGAGCACCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184806	TGAACTGGGGTTGCCTGCCAGTGGGTGGAAGATGCCTGATCCGAGCACCC	184855

AL606920.5	251	CCTCAAATGCCACACTTAGGATTTTGAGTTCAAATCCCCCTTTGAATGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184856	CCTCAAATGCCACACTTAGGATTTTGAGTTCAAATCCCCCTTTGAATGTA	184905

AL606920.5	301	TCAAGCGAGAAAGCAAGGAGGCAGGAAGACACAGACTTGAAATTAGGAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184906	TCAAGCGAGAAAGCAAGGAGGCAGGAAGACACAGACTTGAAATTAGGAGA	184955

AL606920.5	351	TTACAAATGATCAAACTCAGGCTGGGGAGATGACTGAGTTAGCTCGCCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	184956	TTACAAATGATCAAACTCAGGCTGGGGAGATGACTGAGTTAGCTCGCCAC	185005

AL606920.5	401	TTAAGCTTGAGGACACGGATTTGGACCCTGAACTGCATGTGAAAGCCAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185006	TTAAGCTTGAGGACACGGATTTGGACCCTGAACTGCATGTGAAAGCCAAG	185055

AL606920.5	451	CATTGTCCTATACCTGCAATGAGGAAGGGGGAATAAAGACAGGTAGATTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185056	CATTGTCCTATACCTGCAATGAGGAAGGGGGAATAAAGACAGGTAGATTC	185105

AL606920.5	501	CTGGAGGTGAGTGACAGCCAGTCTAGCCAAACAAGCAAACACCACACTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185106	CTGGAGGTGAGTGACAGCCAGTCTAGCCAAACAAGCAAACACCACACTCA	185155

AL606920.5	551	CTGAGAGACCATGTCTCAGAAAAATAAAGTAAGAGGAAGTGAAAGAGCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185156	CTGAGAGACCATGTCTCAGAAAAATAAAGTAAGAGGAAGTGAAAGAGCAA	185205

AL606920.5	601	GACACTCGGCATCAACTTCTGGCTCTGATACATGCATGCATGCACACCCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185206	GACACTCGGCATCAACTTCTGGCTCTGATACATGCATGCATGCACACCCA	185255

AL606920.5	651	CAATTGCACAACACACACACACACAAACAAATACTACTAATAAATAATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185256	CAATTGCACAACACACACACACACAAACAAATACTACTAATAAATAATTT	185305

AL606920.5	701	CTAAATGGTTAAACTCACAGAGCAAACTTCTTGGTGCTGTGATGGCTGTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185306	CTAAATGGTTAAACTCACAGAGCAAACTTCTTGGTGCTGTGATGGCTGTA	185355

AL606920.5	751	TAGAACGATATGGATCCTAGTCCATAAATTGGGAGTGTGTGTGCATGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185356	TAGAACGATATGGATCCTAGTCCATAAATTGGGAGTGTGTGTGCATGTGT	185405

AL606920.5	801	TTCTGTGGTTTGTGGGTGTGTGTATACATTGTGAAAATATTTTTAAAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185406	TTCTGTGGTTTGTGGGTGTGTGTATACATTGTGAAAATATTTTTAAAATA	185455

AL606920.5	851	TTTTAAAAATACCTTTAAAAGAGGGGTATTTAATGCCGTCTCTTTCCCAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185456	TTTTAAAAATACCTTTAAAAGAGGGGTATTTAATGCCGTCTCTTTCCCAC	185505

AL606920.5	901	TCAGCATTTGGACACTTTGAAAAGGGTATAGTTTATGGGGGGAGAGTATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185506	TCAGCATTTGGACACTTTGAAAAGGGTATAGTTTATGGGGGGAGAGTATT	185555

AL606920.5	951	AATTTTTTAAACAGATGCTTTGCTAAGAAAGTGCACAACGGTGGTGCTAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185556	AATTTTTTAAACAGATGCTTTGCTAAGAAAGTGCACAACGGTGGTGCTAC	185605

AL606920.5	1001	TCTGATTCCTCTGCCTCTGCCTTCAGAGTGCTGGAATTATAGGTAGGGCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185606	TCTGATTCCTCTGCCTCTGCCTTCAGAGTGCTGGAATTATAGGTAGGGCC	185655

AL606920.5	1051	AACCATGTCTAGCATGTTCAAAGGTTTATGTCTTTAGCCCTAGAAGCACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185656	AACCATGTCTAGCATGTTCAAAGGTTTATGTCTTTAGCCCTAGAAGCACA	185705

AL606920.5	1101	TATGGAACCTCATAGCACCATGGCCACCTAGCGCAGAACACAGAACCCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185706	TATGGAACCTCATAGCACCATGGCCACCTAGCGCAGAACACAGAACCCTC	185755

AL606920.5	1151	TGAAGATAGTCTCATATTTAAACATCAATTTCTTTTGACCCCTGTCCCCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185756	TGAAGATAGTCTCATATTTAAACATCAATTTCTTTTGACCCCTGTCCCCA	185805

AL606920.5	1201	GGTTCCTCTATCTGTCCTTCTTCTCCATAAGGATCATCTTCTGTCTGCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185806	GGTTCCTCTATCTGTCCTTCTTCTCCATAAGGATCATCTTCTGTCTGCAA	185855

AL606920.5	1251	ACCTGTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185856	ACCTGTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	185905

AL606920.5	1301	TGTTCTGCTCATAGAGAAAGCAGAGACACTTGCAGAGTGCCCCCTTTAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185906	TGTTCTGCTCATAGAGAAAGCAGAGACACTTGCAGAGTGCCCCCTTTAAC	185955

AL606920.5	1351	CAGAGCATCTCTGCCCCGATCTGTTCTGCCCAACTCCTTTCAGCTTCTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	185956	CAGAGCATCTCTGCCCCGATCTGTTCTGCCCAACTCCTTTCAGCTTCTCT	186005

AL606920.5	1401	TCATGGCTGTGGTCATGCTTCACTGCAAGTCTGTTGTTCCTTTCACACAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186006	TCATGGCTGTGGTCATGCTTCACTGCAAGTCTGTTGTTCCTTTCACACAT	186055

AL606920.5	1451	CTGCATTTGAGGGAAAGCATGAAGTCCCGGTCATTCCCCTGCCTCTATTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186056	CTGCATTTGAGGGAAAGCATGAAGTCCCGGTCATTCCCCTGCCTCTATTG	186105

AL606920.5	1501	CTCATAAGAAGGCTTGGTATGCTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186106	CTCATAAGAAGGCTTGGTATGCTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAA	186155

AL606920.5	1551	ACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACAAAAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186156	ACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACAAAAGG	186205

AL606920.5	1601	ATGGACCATCTAGAAACTGCCATACCCGAGGATCCATCCCATAATCAGCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186206	ATGGACCATCTAGAAACTGCCATACCCGAGGATCCATCCCATAATCAGCC	186255

AL606920.5	1651	TCCAAATGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186256	TCCAAATGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGAC	186305

AL606920.5	1701	CCTGATATAGCTGTCTCTTGTGAGGCTATGCTGGGGCCTAGCAAACACAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186306	CCTGATATAGCTGTCTCTTGTGAGGCTATGCTGGGGCCTAGCAAACACAG	186355

AL606920.5	1751	AAGTGGATGCTCACAGTCCACTGGATCCATTGGATGGATCACAGGGCCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186356	AAGTGGATGCTCACAGTCCACTGGATCCATTGGATGGATCACAGGGCCCC	186405

AL606920.5	1801	CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186406	CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACC	186455

AL606920.5	1851	CTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCACCCCCAGAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186456	CTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCACCCCCAGAGC	186505

AL606920.5	1901	TCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAGTGGAAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186506	TCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAGTGGAAAG	186555

AL606920.5	1951	AGAGGCCCATTGGTCTTGCAAACTTGATATGCCTCAGTACAGGGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606928.9	186556	AGAGGCCCATTGGTCTTGCAAACTTGATATGCCTCAGTACAGGGGAATTC	186605

Overview

Query
AL606920.5 - 89297 bps
Hit
AL606928.9 - 186605 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199020001200011846061866051
283.684599825305054031-129677306561
382.934379741411615089-129685306561
482.34229785486855845129685306561
582.834058933620337095-129772306561
686.4834161915252143-140967415801
790.3216432305084054069-140976442161
896.27386545335483159363140986455191
995.58152518081331515122-140991428011
1093.437689753613137105-141098420711
1185.923997317281373543-141518422561
1298.058269221239513316142788437091
1381.13379675928160247-166632675991
1489.0812361973548365680811066781086091
1586.331759615222117-11066801072561
1688.44117719585209654053-11066811086011
1789.36113717921331815109-11066901084471
1887.535619713613137101-11067891077181
1992.23350472534645393511861271866021
2090.28318467366233708911861301866021
Short-link