<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606747.13	1	CCCCTCTCCCAAGCTAGATGAGCAGATCTGTCTTCAAGAACTAACCCCCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155429	CCCCTCTCCCAAGCTAGATGAGCAGATCTGTCTTCAAGAACTAACCCCCT	155478

AL606747.13	51	CTGACAGCATACCCTGTTTTCTGGGTATTAGGTACAGCCCTCCACACTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155479	CTGACAGCATACCCTGTTTTCTGGGTATTAGGTACAGCCCTCCACACTTC	155528

AL606747.13	101	TGAGATGGACATGTTCTTCAAGCTGAAGTAGACACTGGGAAGAGTTTCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155529	TGAGATGGACATGTTCTTCAAGCTGAAGTAGACACTGGGAAGAGTTTCTG	155578

AL606747.13	151	TTGCTTTCTAATCACATGTCTCAGCAGCAAGTGTATATGGAATCTCCAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155579	TTGCTTTCTAATCACATGTCTCAGCAGCAAGTGTATATGGAATCTCCAAA	155628

AL606747.13	201	AGTTGCTAATTAGTGGGGTGGGTGAAAGGCAGGGAATAGGTAGCTCTGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155629	AGTTGCTAATTAGTGGGGTGGGTGAAAGGCAGGGAATAGGTAGCTCTGAT	155678

AL606747.13	251	GTTGGGACACTAAAGAGTTATTGTTATGGGAATGAAAGTTTGCTCAAGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155679	GTTGGGACACTAAAGAGTTATTGTTATGGGAATGAAAGTTTGCTCAAGCC	155728

AL606747.13	301	CAGGCCCTAGTAACTGAGTTGCCTGGAGCCCAAGAGGCCAAAAGCAAGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155729	CAGGCCCTAGTAACTGAGTTGCCTGGAGCCCAAGAGGCCAAAAGCAAGCT	155778

AL606747.13	351	TTTCAAGCATGATCTTTACTGGATGCGCCCAGCCTGAGAGGAGTGCTTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155779	TTTCAAGCATGATCTTTACTGGATGCGCCCAGCCTGAGAGGAGTGCTTTG	155828

AL606747.13	401	GATTACCTTCCTGCAAGCAACCACTGGTACCTGCACAAGGATACCCTCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155829	GATTACCTTCCTGCAAGCAACCACTGGTACCTGCACAAGGATACCCTCTC	155878

AL606747.13	451	TACCTGGCTGCACCTCCCATCGGGAAAAGATGGGAAGTGAGCTCCTACCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155879	TACCTGGCTGCACCTCCCATCGGGAAAAGATGGGAAGTGAGCTCCTACCT	155928

AL606747.13	501	CTTTGCTCCATGTTAAAGTAGATTTCATGCTGAAACTGGGACAGACTCCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155929	CTTTGCTCCATGTTAAAGTAGATTTCATGCTGAAACTGGGACAGACTCCA	155978

AL606747.13	551	ATGTGTATTTATAACTGGGCTGGCATTCTTCATCCCATATAAGACAGTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	155979	ATGTGTATTTATAACTGGGCTGGCATTCTTCATCCCATATAAGACAGTTC	156028

AL606747.13	601	TATTGGTGCTTCCCAATATCTAGCCACTTCGCTTGGGTTTCTTGAAGGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156029	TATTGGTGCTTCCCAATATCTAGCCACTTCGCTTGGGTTTCTTGAAGGCA	156078

AL606747.13	651	GGGAGAACCTAGATATGCAATTTGCTTCAGTAAACATACAGGAAGAGAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156079	GGGAGAACCTAGATATGCAATTTGCTTCAGTAAACATACAGGAAGAGAGG	156128

AL606747.13	701	CTAGGGGGTATATGGGGTTAAGAGGGGTTAAGAATTCTGGCTCTGAAGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156129	CTAGGGGGTATATGGGGTTAAGAGGGGTTAAGAATTCTGGCTCTGAAGCA	156178

AL606747.13	751	AGGTTACCTGCACTAAAAGCTGTGATATCCTTGCCAAGTTACATAACTCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156179	AGGTTACCTGCACTAAAAGCTGTGATATCCTTGCCAAGTTACATAACTCC	156228

AL606747.13	801	TTTTTACCTCACAGTTTCTCCGAGTGTAAAATGTGGCTGGTAATACCAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156229	TTTTTACCTCACAGTTTCTCCGAGTGTAAAATGTGGCTGGTAATACCAGT	156278

AL606747.13	851	TCTTGGCTCATAGAAGTCGAAGTGGGTGGAGTGAGTTGGTCCATGTTAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156279	TCTTGGCTCATAGAAGTCGAAGTGGGTGGAGTGAGTTGGTCCATGTTAAG	156328

AL606747.13	901	CACTTAGCACAGGATCCAAAAGGCTCAATAAACATTAGTTCTTTACAAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156329	CACTTAGCACAGGATCCAAAAGGCTCAATAAACATTAGTTCTTTACAAGT	156378

AL606747.13	951	GGTTCAGGCCGGAAAGAAGAGAGAGAGAGGAGGGGGGAGAGGGAGAGAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156379	GGTTCAGGCCGGAAAGAAGAGAGAGAGAGGAGGGGGGAGAGGGAGAGAGG	156428

AL606747.13	1001	GAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156429	GAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	156478

AL606747.13	1051	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGAGTGGGTGGAAAGAGAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156479	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAGAGTGGGTGGAAAGAGAAG	156528

AL606747.13	1101	CAAGCTGTAGGAATACACACTTCTTATCCTTTCTGTCCTGGAAGCCCCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156529	CAAGCTGTAGGAATACACACTTCTTATCCTTTCTGTCCTGGAAGCCCCTG	156578

AL606747.13	1151	TGGTCTATGCATAGCATTGCCTTTTCTTGTTATCTGGGTTGGGTACAAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156579	TGGTCTATGCATAGCATTGCCTTTTCTTGTTATCTGGGTTGGGTACAAAC	156628

AL606747.13	1201	TTTCCAATAGTGAAGAAGCTGGGAGTATCCAAGGACAGACAGCAGCATAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156629	TTTCCAATAGTGAAGAAGCTGGGAGTATCCAAGGACAGACAGCAGCATAG	156678

AL606747.13	1251	TTCTGGCCCACTCCAGTGCCACTAACCCTTGCTTCCAAGAGTCATCCATC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156679	TTCTGGCCCACTCCAGTGCCACTAACCCTTGCTTCCAAGAGTCATCCATC	156728

AL606747.13	1301	TCCCTAATCAATTGGTGTGGCAGACACCATTGAGAGTGAGGAGCATGAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156729	TCCCTAATCAATTGGTGTGGCAGACACCATTGAGAGTGAGGAGCATGAAT	156778

AL606747.13	1351	TCATTTTCCTTTTGGAGAGTGTCTTCACCTGTCTGGACCAGTCAGTTGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156779	TCATTTTCCTTTTGGAGAGTGTCTTCACCTGTCTGGACCAGTCAGTTGTC	156828

AL606747.13	1401	CATATGAAGACTTTGGGAAGAATGTGAACTGAGTAAAAAAGTACCCCGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156829	CATATGAAGACTTTGGGAAGAATGTGAACTGAGTAAAAAAGTACCCCGTT	156878

AL606747.13	1451	AGGGATAGACAATCTTCCTCACTCCTGGATGCCCTGGGTATTTGACTGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156879	AGGGATAGACAATCTTCCTCACTCCTGGATGCCCTGGGTATTTGACTGTG	156928

AL606747.13	1501	AGCTAGAAAGCAAAGCCTCATGGGGTGCTCTTAGTGAAGGGATGGTTTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156929	AGCTAGAAAGCAAAGCCTCATGGGGTGCTCTTAGTGAAGGGATGGTTTTA	156978

AL606747.13	1551	GCCCACCCTTTCCTCAGCAGCAGGCTCATGGTGGCATTGATGCCTCTCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	156979	GCCCACCCTTTCCTCAGCAGCAGGCTCATGGTGGCATTGATGCCTCTCCA	157028

AL606747.13	1601	CAGATACCTACATATGTGTGCCTACTCTAAAAGGCTGACCAGGTTATAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157029	CAGATACCTACATATGTGTGCCTACTCTAAAAGGCTGACCAGGTTATAAA	157078

AL606747.13	1651	AGCAAATCCCAGCCATTTTAAAGGCTCATAGTTTTTTCCCCGGATGAACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157079	AGCAAATCCCAGCCATTTTAAAGGCTCATAGTTTTTTCCCCGGATGAACA	157128

AL606747.13	1701	ACCAGAATTCTGGAACTAGTAATCTGCCCACTGTGTGCATTACCAGGGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157129	ACCAGAATTCTGGAACTAGTAATCTGCCCACTGTGTGCATTACCAGGGAT	157178

AL606747.13	1751	GCTATGTGTAGAATGGTGAATCAGTGAATTGTTCCCATTTGATGTTGAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157179	GCTATGTGTAGAATGGTGAATCAGTGAATTGTTCCCATTTGATGTTGAGG	157228

AL606747.13	1801	CCACAAAGTACCTCATGAATCTGAGACAAAAATCAGAGCTCCCTGTGACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157229	CCACAAAGTACCTCATGAATCTGAGACAAAAATCAGAGCTCCCTGTGACT	157278

AL606747.13	1851	TAGTTTATACCATAACTAGCTCCTGCAACTCCACCTGGCTACAAAAGCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157279	TAGTTTATACCATAACTAGCTCCTGCAACTCCACCTGGCTACAAAAGCAA	157328

AL606747.13	1901	TGTAAGCAGAGCTCCAGCCATGCCTGACATTGACAGGCAAGCAGATCTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157329	TGTAAGCAGAGCTCCAGCCATGCCTGACATTGACAGGCAAGCAGATCTAA	157378

AL606747.13	1951	TTGTCCATCCCCTCTCCAGCAGCTGCACAGTTGTCCACTATGGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606832.4	157379	TTGTCCATCCCCTCTCCAGCAGCTGCACAGTTGTCCACTATGGAGAATTC	157428

Overview

Query
AL606747.13 - 108299 bps
Hit
AL606832.4 - 157428 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199420001200011554291574281
288.441221986470864905-12274251
394.441271625949259653-1441945801
497.96354985352854001578058281
586.28771648826788430-112588127621
692.62114149100961101109-137785379331
786.29711262163821763-142292424151
889.48110168100942101109-145534457041
991.241361946471264905177776779691
1086.8432785955459631-180803808781
1185.04711522161021761187586877321
1292.77121168100942101109187592877571
1384.06471348831688449-11241111242481
1489.52671012555725657-11301891302931
1589.291241976470964905-11346711348661
1689.773288980359812211550641551511
Short-link