<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL590616.23	202629	GAATTCTAGATACCCTTCCTCCAGTTCCCTAGTAGTGTATGGCCTGAAGG	202580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125452	GAATTCTAGATACCCTTCCTCCAGTTCCCTAGTAGTGTATGGCCTGAAGG	125501

C  AL590616.23	202579	TGGTATGATAGAGTATATAGGAGGTGGAAAGTTAACTGAAGGCAAGCCTC	202530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125502	TGGTATGATAGAGTATATAGGAGGTGGAAAGTTAACTGAAGGCAAGCCTC	125551

C  AL590616.23	202529	AACTGAAGAAGCTATCCTCCTTGGGTATCCAAGCTGCAGAGAGACCTCTC	202480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125552	AACTGAAGAAGCTATCCTCCTTGGGTATCCAAGCTGCAGAGAGACCTCTC	125601

C  AL590616.23	202479	AGAGATGCATCTGTCTTTGACTCCGCAATGGTCCTCCTGTAAGTACTGCT	202430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125602	AGAGATGCATCTGTCTTTGACTCCGCAATGGTCCTCCTGTAAGTACTGCT	125651

C  AL590616.23	202429	ATTACTCATGTTCTCCTAGATAATATTAAGAAATGCATTATTTTACCGAG	202380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125652	ATTACTCATGTTCTCCTAGATAATATTAAGAAATGCATTATTTTACCGAG	125701

C  AL590616.23	202379	CTCAGTATGAATGGCCCATGCTTCTTATGTACTCTATCTGGGAAGAGTTA	202330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125702	CTCAGTATGAATGGCCCATGCTTCTTATGTACTCTATCTGGGAAGAGTTA	125751

C  AL590616.23	202329	CCCCTTTTTGTTTTTCATGGATTACCTGAAGTAAGGGAACATAGTTCTGA	202280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125752	CCCCTTTTTGTTTTTCATGGATTACCTGAAGTAAGGGAACATAGTTCTGA	125801

C  AL590616.23	202279	GAAACTTTTTCTTACTCTAAACTGCTGCTGCACAGTAAACTCCTAGACCA	202230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125802	GAAACTTTTTCTTACTCTAAACTGCTGCTGCACAGTAAACTCCTAGACCA	125851

C  AL590616.23	202229	GTAGTTTTTAAAGAGGAGTTTTCTTTCTCCTTAGAAAACACATATCAGTG	202180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125852	GTAGTTTTTAAAGAGGAGTTTTCTTTCTCCTTAGAAAACACATATCAGTG	125901

C  AL590616.23	202179	TCTTGAGATGTTTGGGGTTCTCTTAGTTGGTGTGAGTAAGAAAACCAAAG	202130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125902	TCTTGAGATGTTTGGGGTTCTCTTAGTTGGTGTGAGTAAGAAAACCAAAG	125951

C  AL590616.23	202129	TGTTTCTAGTACATAGTGAGTGGAAACCAGGAATGTTTCTGCACAACCCC	202080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	125952	TGTTTCTAGTACATAGTGAGTGGAAACCAGGAATGTTTCTGCACAACCCC	126001

C  AL590616.23	202079	CTGGCAAAGAACAGTTAGTTACAAATCAAGTATAATTAAAAATTCAAAAT	202030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126002	CTGGCAAAGAACAGTTAGTTACAAATCAAGTATAATTAAAAATTCAAAAT	126051

C  AL590616.23	202029	TGCAGAAATGAAGATTTTTTAAATGAGAACATAAAGAGTCTATTGGTAAT	201980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126052	TGCAGAAATGAAGATTTTTTAAATGAGAACATAAAGAGTCTATTGGTAAT	126101

C  AL590616.23	201979	ATTCTTTCCAGGGACAGTCACTTCTATAAACTGCTAGATCTAAATAAATC	201930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126102	ATTCTTTCCAGGGACAGTCACTTCTATAAACTGCTAGATCTAAATAAATC	126151

C  AL590616.23	201929	TAAAGAAAATTTCAATGCAAAAGACTGAAACAGAAAAGCCTAGCATATGT	201880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126152	TAAAGAAAATTTCAATGCAAAAGACTGAAACAGAAAAGCCTAGCATATGT	126201

C  AL590616.23	201879	GATTATTACACAACTTTGATCATTTCATTCAACCAAAATACCATTTCAAA	201830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126202	GATTATTACACAACTTTGATCATTTCATTCAACCAAAATACCATTTCAAA	126251

C  AL590616.23	201829	AGAAAAAAATGCTAGGGTTAAGTATTTGTCTCTAGAGCCTTGATGATATT	201780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126252	AGAAAAAAATGCTAGGGTTAAGTATTTGTCTCTAGAGCCTTGATGATATT	126301

C  AL590616.23	201779	TTCAAGAATAATGAATTAGTAATAACGATATAATAGATTTTACAAAACAG	201730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126302	TTCAAGAATAATGAATTAGTAATAACGATATAATAGATTTTACAAAACAG	126351

C  AL590616.23	201729	AAAACCAAAATCATCAGTCTCTAAAACATCATATTGGTGAAATTTCTACA	201680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126352	AAAACCAAAATCATCAGTCTCTAAAACATCATATTGGTGAAATTTCTACA	126401

C  AL590616.23	201679	AATAGTTAATATACAAATGTGTATGAGCATAGTTTAATAAAGAGATATAT	201630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126402	AATAGTTAATATACAAATGTGTATGAGCATAGTTTAATAAAGAGATATAT	126451

C  AL590616.23	201629	GTTGAATATAAAAGTTTGGAAATTCTCATGAATTTAAATATATGTAATGT	201580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126452	GTTGAATATAAAAGTTTGGAAATTCTCATGAATTTAAATATATGTAATGT	126501

C  AL590616.23	201579	ATTTGACCACATTATATTATTTTTAGCTGAAAATGTGAAAATTAACTTGT	201530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126502	ATTTGACCACATTATATTATTTTTAGCTGAAAATGTGAAAATTAACTTGT	126551

C  AL590616.23	201529	ATTCTATAGAATTTTTGTATACCTATTGTTTTAATATTTCAATTTAGATG	201480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126552	ATTCTATAGAATTTTTGTATACCTATTGTTTTAATATTTCAATTTAGATG	126601

C  AL590616.23	201479	GTTTACTATTCATGATTCTTTACCAATTTCATACTTTTATATTGGACATT	201430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126602	GTTTACTATTCATGATTCTTTACCAATTTCATACTTTTATATTGGACATT	126651

C  AL590616.23	201429	TCCAAATATTCATTAACTAATTATTCATAAGTATCTATTAAAGGTTATGT	201380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126652	TCCAAATATTCATTAACTAATTATTCATAAGTATCTATTAAAGGTTATGT	126701

C  AL590616.23	201379	GGACATTGGAGTTTTGTATCGGAAATATTTCAGGTTAACGTGGTTAAAGT	201330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126702	GGACATTGGAGTTTTGTATCGGAAATATTTCAGGTTAACGTGGTTAAAGT	126751

C  AL590616.23	201329	CAGGCAGATTTTATTTTCATACATACATACATGTTCAGCCTTTTGAGAGT	201280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126752	CAGGCAGATTTTATTTTCATACATACATACATGTTCAGCCTTTTGAGAGT	126801

C  AL590616.23	201279	GTAAATTATTAGTATGTTACAACTGTGTCACAGTAAATATAATGAAAGGC	201230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126802	GTAAATTATTAGTATGTTACAACTGTGTCACAGTAAATATAATGAAAGGC	126851

C  AL590616.23	201229	AAATTTATGACGAAAGCATGTGCTACTGCAAGCAGGAATAAAATAGACAC	201180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126852	AAATTTATGACGAAAGCATGTGCTACTGCAAGCAGGAATAAAATAGACAC	126901

C  AL590616.23	201179	ATTCAAACTCATAGGCAATCTATGACAACATGCCACTCTTTATATGTAAG	201130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126902	ATTCAAACTCATAGGCAATCTATGACAACATGCCACTCTTTATATGTAAG	126951

C  AL590616.23	201129	GCCAACAATCACAGGCAGCACTGGAGCTAAGGGTCACATGTGTGGCCCCT	201080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	126952	GCCAACAATCACAGGCAGCACTGGAGCTAAGGGTCACATGTGTGGCCCCT	127001

C  AL590616.23	201079	GCCACACACATGCACAGCAAGAGCTCACAGATGTGTAGGATGTAATAAGT	201030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127002	GCCACACACATGCACAGCAAGAGCTCACAGATGTGTAGGATGTAATAAGT	127051

C  AL590616.23	201029	AAAATGCAAAGTTCACAATACGGTCATTCCGACTCAACCCACTGATTCTA	200980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127052	AAAATGCAAAGTTCACAATACGGTCATTCCGACTCAACCCACTGATTCTA	127101

C  AL590616.23	200979	GAACTATGGAAAATCAGGTAACCTCAGTCCACCATCATTTTCATCAATAC	200930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127102	GAACTATGGAAAATCAGGTAACCTCAGTCCACCATCATTTTCATCAATAC	127151

C  AL590616.23	200929	AAAGGGATAATAAAGGATGAGTATGCCAGGTGGCTGCTGTAAAGCTTAGA	200880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127152	AAAGGGATAATAAAGGATGAGTATGCCAGGTGGCTGCTGTAAAGCTTAGA	127201

C  AL590616.23	200879	GTCAGGGCAGGTATTTTGAAGTTTTTAGCAAAGGGACAAAGGTATGTGGT	200830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127202	GTCAGGGCAGGTATTTTGAAGTTTTTAGCAAAGGGACAAAGGTATGTGGT	127251

C  AL590616.23	200829	GACAATGGTAAGATAGAAAATCCATACTATTGGTATTGTTTTCATGGGAG	200780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127252	GACAATGGTAAGATAGAAAATCCATACTATTGGTATTGTTTTCATGGGAG	127301

C  AL590616.23	200779	AACTGTCTTCATCTTCCATGCCAGCAATCCAAGAATCATGTGTTTATTTA	200730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127302	AACTGTCTTCATCTTCCATGCCAGCAATCCAAGAATCATGTGTTTATTTA	127351

C  AL590616.23	200729	GAACACATAGGAAAATGAATCAAATCAGTGAATTGCACTCTCCTTGTCAT	200680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127352	GAACACATAGGAAAATGAATCAAATCAGTGAATTGCACTCTCCTTGTCAT	127401

C  AL590616.23	200679	GTCAGTGCCTAAAATGCTGGTATCTGGCACTGTATTAATGACAAAGTGAT	200630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606783.13	127402	GTCAGTGCCTAAAATGCTGGTATCTGGCACTGTATTAATGACAAAGTGAT	127451

Overview

Query
AL590616.23 - 202629 bps
Hit
AL606783.13 - 127451 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000200630202629-11254521274511
Short-link