<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606832.4	1	AGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATAGAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	191977	AGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATAGAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCC	192026

AL606832.4	51	GGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCACAGTCAGCTATTGGATGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192027	GGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCACAGTCAGCTATTGGATGGA	192076

AL606832.4	101	TCACATGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATTACCCAAGGAGCTAAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192077	TCACATGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATTACCCAAGGAGCTAAAG	192126

AL606832.4	151	GGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGCACCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192127	GGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGCACCCC	192176

AL606832.4	201	GGAGCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192177	GGAGCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCC	192226

AL606832.4	251	ATCACTGCAAAGAAAGGCCCTTTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192227	ATCACTGCAAAGAAAGGCCCTTTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGT	192276

AL606832.4	301	ACAGGGGAACTCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192277	ACAGGGGAACTCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATTGG	192326

AL606832.4	351	GGGGTGGGTGGGTATGGGGAACTTTTGGGATATCATTGAAAATGTAAACG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192327	GGGGTGGGTGGGTATGGGGAACTTTTGGGATATCATTGAAAATGTAAACG	192376

AL606832.4	401	AGAAAAATACCTAATAAAAAATAAATTAATTAATTTTAAAAAAAGAATCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192377	AGAAAAATACCTAATAAAAAATAAATTAATTAATTTTAAAAAAAGAATCA	192426

AL606832.4	451	ATTAATTTATGAAATTCTTAGACAAATGAGTGGATCTGGAGAATATCATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192427	ATTAATTTATGAAATTCTTAGACAAATGAGTGGATCTGGAGAATATCATC	192476

AL606832.4	501	CTAAGTGAGGTAACTCAATCACAAAAGAACACAGATGATATGCACTCACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192477	CTAAGTGAGGTAACTCAATCACAAAAGAACACAGATGATATGCACTCACT	192526

AL606832.4	551	GATAAGTGGATATTAGCCCAGAAGAGCAGAATACCCAAGATAAAATTTGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192527	GATAAGTGGATATTAGCCCAGAAGAGCAGAATACCCAAGATAAAATTTGC	192576

AL606832.4	601	AAAACACATGAAACTCAAGAAGAAGGAAGACCAAAGTCTGGATACTTAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192577	AAAACACATGAAACTCAAGAAGAAGGAAGACCAAAGTCTGGATACTTAGA	192626

AL606832.4	651	TCCTTCTTAGAAGGGGAAACAAATGCTCATGGAAGGAGTTACAGAGACAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192627	TCCTTCTTAGAAGGGGAAACAAATGCTCATGGAAGGAGTTACAGAGACAC	192676

AL606832.4	701	AGTCTAGAGTAGAGACTGAAGGAAGGACCATCCAAAAACTGCCTCACCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192677	AGTCTAGAGTAGAGACTGAAGGAAGGACCATCCAAAAACTGCCTCACCTG	192726

AL606832.4	751	GGGATCCATCCCATGATTAACCACCAAACCCAGACACTATTTCAGATGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192727	GGGATCCATCCCATGATTAACCACCAAACCCAGACACTATTTCAGATGTT	192776

AL606832.4	801	AACAAGAGCAAGAGCTTGCTGACAGGAGCCTCATCAATCTGTCTCCTGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192777	AACAAGAGCAAGAGCTTGCTGACAGGAGCCTCATCAATCTGTCTCCTGAG	192826

AL606832.4	851	ATGCTCTGCCAGTGCCTGACAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192827	ATGCTCTGCCAGTGCCTGACAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCC	192876

AL606832.4	901	ATTGAATGAAGCACAGGGTCCCCAATGAAGTAGCTGTAGGAAGTAAGCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192877	ATTGAATGAAGCACAGGGTCCCCAATGAAGTAGCTGTAGGAAGTAAGCCA	192926

AL606832.4	951	AGGAGCTGAAGGGGTTTGCAGTCCCAAAGGAAGAGCAACAATATGAACTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192927	AGGAGCTGAAGGGGTTTGCAGTCCCAAAGGAAGAGCAACAATATGAACTA	192976

AL606832.4	1001	ACCAGTACCCCCAGAGCTTCCTGGGACTAAACCACCAATCAAAGAAAACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	192977	ACCAGTACCCCCAGAGCTTCCTGGGACTAAACCACCAATCAAAGAAAACA	193026

AL606832.4	1051	CATGGTGGGACTCATGGCTCTAGTTGCATATGTAGCAGAGGATTGCCTAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193027	CATGGTGGGACTCATGGCTCTAGTTGCATATGTAGCAGAGGATTGCCTAG	193076

AL606832.4	1101	TCGGTCATCAATGGAAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGTTCTATGCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193077	TCGGTCATCAATGGAAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGTTCTATGCC	193126

AL606832.4	1151	CCAGTATAGGGAAATGCCAGGTCCAGGAAGCAGGAGTGGGTAAGTTGTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193127	CCAGTATAGGGAAATGCCAGGTCCAGGAAGCAGGAGTGGGTAAGTTGTGG	193176

AL606832.4	1201	AGCAGGGGGAGTGGGGAGGGGATTTTCGGAGGGGAAACTAGGAAAGGGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193177	AGCAGGGGGAGTGGGGAGGGGATTTTCGGAGGGGAAACTAGGAAAGGGGA	193226

AL606832.4	1251	TAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAAATTCAAAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193227	TAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAAATTCAAAGAA	193276

AL606832.4	1301	AAAAGAAATCAATTTATTCTCCCTTATTCAGTCAGTGCCAAGTCTGGGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193277	AAAAGAAATCAATTTATTCTCCCTTATTCAGTCAGTGCCAAGTCTGGGCT	193326

AL606832.4	1351	GGTCGTATACATGCCACTGTGTATGTAACACTTAAAAACTGGGTAGTGAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193327	GGTCGTATACATGCCACTGTGTATGTAACACTTAAAAACTGGGTAGTGAC	193376

AL606832.4	1401	AGACACTACTGTTCCTTTGTCGTATGTTTTGTTTTCAGAAGACACCATGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193377	AGACACTACTGTTCCTTTGTCGTATGTTTTGTTTTCAGAAGACACCATGA	193426

AL606832.4	1451	AAGTGCAAATGCCCACTGACTACCATTCATCATTACTCCTGTGATGCTCG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193427	AAGTGCAAATGCCCACTGACTACCATTCATCATTACTCCTGTGATGCTCG	193476

AL606832.4	1501	GTTAAGTCTGCATTTCCTACAGAGATCTACCGGGGATCTGATATACCATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193477	GTTAAGTCTGCATTTCCTACAGAGATCTACCGGGGATCTGATATACCATT	193526

AL606832.4	1551	CGTTGATCATGAGCCCTTGGTCTATCTCATCTCCATCCTCCTCATTCCAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193527	CGTTGATCATGAGCCCTTGGTCTATCTCATCTCCATCCTCCTCATTCCAG	193576

AL606832.4	1601	GTTCTGTCATTGTCTCTCATTTTACAACAAATACTAAAGCTGTTTAACTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193577	GTTCTGTCATTGTCTCTCATTTTACAACAAATACTAAAGCTGTTTAACTT	193626

AL606832.4	1651	GTATTTTCCTGCTCTTTTCTCTGCCACTTCCAAATTTATGTCAGTTCTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193627	GTATTTTCCTGCTCTTTTCTCTGCCACTTCCAAATTTATGTCAGTTCTCT	193676

AL606832.4	1701	ACATTTAAAGTAATCTTGCCCCCAAAATAGTATTTAAGAATTTGAAAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193677	ACATTTAAAGTAATCTTGCCCCCAAAATAGTATTTAAGAATTTGAAAATG	193726

AL606832.4	1751	ATATTAAAATTTTTTCAAAAATAACAGGCTATGCAGGAAATCTCTAAATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193727	ATATTAAAATTTTTTCAAAAATAACAGGCTATGCAGGAAATCTCTAAATA	193776

AL606832.4	1801	AAATAGAAAGAAATTAAAAAATACTATCTCTCATAAGATAGTGCAGTATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193777	AAATAGAAAGAAATTAAAAAATACTATCTCTCATAAGATAGTGCAGTATA	193826

AL606832.4	1851	TTTTGAAACTTCAATAAATGATAAGGTTTGATATTCAATAAAAATTAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193827	TTTTGAAACTTCAATAAATGATAAGGTTTGATATTCAATAAAAATTAAAA	193876

AL606832.4	1901	ATACATGCAGCATAATAGTTCAGAAACAGATTCAAATGCCTATCAAGTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193877	ATACATGCAGCATAATAGTTCAGAAACAGATTCAAATGCCTATCAAGTTT	193926

AL606832.4	1951	TGGCTTGTCATGAAGGTGACATATCAAACTGGGTAAAGATTGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606756.17	193927	TGGCTTGTCATGAAGGTGACATATCAAACTGGGTAAAGATTGAAGAATTC	193976

Overview

Query
AL606832.4 - 157428 bps
Hit
AL606756.17 - 193976 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196320001200011919771939761
295.7141549077762782511210325911
390.267091041133819134859-1212031561
485.084328596319064048111646125031
592.067661051133818134868111709127531
683.74417859631906404811115251123851
790.54727104513381913486311115891126351
899.84784897776378251-11121601126481
984.32433859631906404811161601170201
1091.21749104613381913486411162241172711
1194.884044877776578251-11167951172821
1293.87724914133953134866-11346371355501
1397.14440490777627825111355621360511
1492.077761044133820134863-11355761366221
1584.924488596319064048-11358261366871
1695.054034854882536611361571366411
1792.77753989133863134851-11587741597691
1884.09425859631906404811811431820031
1991.68761104413382013486311812081822531
2097.144404907776278251-11817781822671
2184.32432859631906404811912861921461
2290.56728104613381813486311913491923971
Short-link