<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606750.13	1	GAATTCTCACCTAAGGAATACTGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184560	GAATTCTCACCTAAGGAATACTGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG	184609

AL606750.13	51	TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184610	TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGGT	184659

AL606750.13	101	TCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184660	TCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC	184709

AL606750.13	151	AGATGCTGGTGAGGATTTAGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184710	AGATGCTGGTGAGGATTTAGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG	184759

AL606750.13	201	GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184760	GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA	184809

AL606750.13	251	GAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184810	GAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGC	184859

AL606750.13	301	ATATATCCAGAAGATGTCCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184860	ATATATCCAGAAGATGTCCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTAT	184909

AL606750.13	351	GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184910	GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGAT	184959

AL606750.13	401	GCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	184960	GCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATG	185009

AL606750.13	451	GAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185010	GAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAA	185059

AL606750.13	501	ATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGTGGTAACCCAATCTCAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185060	ATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGTGGTAACCCAATCTCAAA	185109

AL606750.13	551	GGAATTCACACAATATGTACTCACTGATAAGTGGGTATTAGCCCAGAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185110	GGAATTCACACAATATGTACTCACTGATAAGTGGGTATTAGCCCAGAAAC	185159

AL606750.13	601	TTAGGATATCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAAATCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185160	TTAGGATATCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAAATCAA	185209

AL606750.13	651	GAAGAACAAAGACCAAAGTGTGGACACTTTGCTCCTTCTTAGAATTGGGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185210	GAAGAACAAAGACCAAAGTGTGGACACTTTGCTCCTTCTTAGAATTGGGG	185259

AL606750.13	701	AAAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGATCTGTGACG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185260	AAAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGATCTGTGACG	185309

AL606750.13	751	AAAGGATGGACCATCTAGAGGTTGCCATATCCGTGGATCCATGCCATAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185310	AAAGGATGGACCATCTAGAGGTTGCCATATCCGTGGATCCATGCCATAAT	185359

AL606750.13	801	CAGCTTCTAAACACTGATACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCCTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185360	CAGCTTCTAAACACTGATACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCCTAA	185409

AL606750.13	851	AGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTGTGCCATGGCCTAGCAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185410	AGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTGTGCCATGGCCTAGCAAA	185459

AL606750.13	901	CACAGAAGTGGATGCTCATAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCCCCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185460	CACAGAAGTGGATGCTCATAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCCCCC	185509

AL606750.13	951	AATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAAGGATCTGCAACCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185510	AATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAAGGATCTGCAACCC	185559

AL606750.13	1001	TATAGGTGGAACATCAATATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185560	TATAGGTGGAACATCAATATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACT	185609

AL606750.13	1051	CTAGCTGCATATGTATCAGGGGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185610	CTAGCTGCATATGTATCAGGGGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGA	185659

AL606750.13	1101	GAGGCCCATTGGACATGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185660	GAGGCCCATTGGACATGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCC	185709

AL606750.13	1151	AGGGCCAAAAATTGGGAGTGGGTGGTTAGGGGAGTGGGGGGTGGGTGTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185710	AGGGCCAAAAATTGGGAGTGGGTGGTTAGGGGAGTGGGGGGTGGGTGTGG	185759

AL606750.13	1201	AGGACTTTTGCGTTAGCATTGGAAAAGTAAATGAGGAAAATACCTAAAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185760	AGGACTTTTGCGTTAGCATTGGAAAAGTAAATGAGGAAAATACCTAAAAA	185809

AL606750.13	1251	AATTTAAAAAAAAAGAAACTTGTCAATTTAAAGTCACAAACACACACACG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185810	AATTTAAAAAAAAAGAAACTTGTCAATTTAAAGTCACAAACACACACACG	185859

AL606750.13	1301	TACACAAACACACACACACACACATATATATATATATGGAGAGAGAGAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185860	TACACAAACACACACACACACACATATATATATATATGGAGAGAGAGAGT	185909

AL606750.13	1351	GTGTGTGTATGTGTGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAATGAGAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185910	GTGTGTGTATGTGTGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAATGAGAAT	185959

AL606750.13	1401	ACACTATATAATTTTTGTTAATAGTTTAATATTGATGCAGCCACTGTTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	185960	ACACTATATAATTTTTGTTAATAGTTTAATATTGATGCAGCCACTGTTGT	186009

AL606750.13	1451	TTGTCACCAGGGTAACCCTACCCTATCTTAGAAGATCTCTCTTCTCTCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186010	TTGTCACCAGGGTAACCCTACCCTATCTTAGAAGATCTCTCTTCTCTCCT	186059

AL606750.13	1501	AGAGATCAGCAGTATCTCTAAGGATGCCCTCTACCCAGGATCTAGTTATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186060	AGAGATCAGCAGTATCTCTAAGGATGCCCTCTACCCAGGATCTAGTTATT	186109

AL606750.13	1551	CTGAGAGCCAGGAATCTTGGAATTCCAGTTGTCATAACTCCAGAAATTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186110	CTGAGAGCCAGGAATCTTGGAATTCCAGTTGTCATAACTCCAGAAATTAT	186159

AL606750.13	1601	AGTGGCTCTCATAAAATTTTAACAATTTCTACCCAGTTATTTGGAATATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186160	AGTGGCTCTCATAAAATTTTAACAATTTCTACCCAGTTATTTGGAATATT	186209

AL606750.13	1651	TTCCTACCAGAGACTGAGATCAAAAGGAGAGTTTTCGTGATGTGATGTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186210	TTCCTACCAGAGACTGAGATCAAAAGGAGAGTTTTCGTGATGTGATGTGA	186259

AL606750.13	1701	TGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186260	TGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGA	186309

AL606750.13	1751	TGTGATGTGATGTGATGTGATGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCCACAAGAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186310	TGTGATGTGATGTGATGTGATGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCCACAAGAAT	186359

AL606750.13	1801	GTTGACTCAGTATGTGGCAATGCTGGGTTGCACAGGCATTTGTGCGACCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186360	GTTGACTCAGTATGTGGCAATGCTGGGTTGCACAGGCATTTGTGCGACCC	186409

AL606750.13	1851	AGGGCACCACACACTAATTACATTTCCAGTGAAGATCCTCTCAAGTTGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186410	AGGGCACCACACACTAATTACATTTCCAGTGAAGATCCTCTCAAGTTGCC	186459

AL606750.13	1901	AAGCAGTTGTGTAGTCTCCTCTCTGTCCTCTAGACCACTGGAGTTCCCTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186460	AAGCAGTTGTGTAGTCTCCTCTCTGTCCTCTAGACCACTGGAGTTCCCTC	186509

AL606750.13	1951	TCCCTCTGGGCAGTCTCACCATTGCTACTTTACCAATCAAGCATCCCTTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606742.11	186510	TCCCTCTGGGCAGTCTCACCATTGCTACTTTACCAATCAAGCATCCCTTC	186559

Overview

Query
AL606750.13 - 207366 bps
Hit
AL606742.11 - 186559 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link