<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL627387.5	2000	GAATTCATGGGTAGGGTGGTCCCCTCTGCACTTCAAATTATGTATACCCA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1	GAATTCATGGGTAGGGTGGTCCCCTCTGCACTTCAAATTATGTATACCCA	50

C  AL627387.5	1950	AAATACCAATATTAAAGTACAAACCAAACACAAAGAGGTCCTGTATTAAG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	51	AAATACCAATATTAAAGTACAAACCAAACACAAAGAGGTCCTGTATTAAG	100

C  AL627387.5	1900	CAAGGGAAAGAGACAAGGTGGCTGAATCTGATTCAGGCAGAAACAGCAGC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	101	CAAGGGAAAGAGACAAGGTGGCTGAATCTGATTCAGGCAGAAACAGCAGC	150

C  AL627387.5	1850	ACAGAGCTTTGCAAGTGTTAATTTTTAAGACATAAAAATGGGAGGTCTGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	151	ACAGAGCTTTGCAAGTGTTAATTTTTAAGACATAAAAATGGGAGGTCTGT	200

C  AL627387.5	1800	GTTAGAATGAGCTAGTACCTGTTGGTGAGTTCTGATTGGATATTTTATTC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	201	GTTAGAATGAGCTAGTACCTGTTGGTGAGTTCTGATTGGATATTTTATTC	250

C  AL627387.5	1750	AGGTTACTCAAAATAATGAATTTTGATGGCTGGACCTTCATGTGTCTTAG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	251	AGGTTACTCAAAATAATGAATTTTGATGGCTGGACCTTCATGTGTCTTAG	300

C  AL627387.5	1700	TTTGACCTCAGGAATGAGTCAAGCACAACAAACGGACTAAATAAGTGAAC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	301	TTTGACCTCAGGAATGAGTCAAGCACAACAAACGGACTAAATAAGTGAAC	350

C  AL627387.5	1650	AAGCCTTGATGTCTAGCTTTAGGAATGTAATGTAATGGCTTAGCAAGAAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	351	AAGCCTTGATGTCTAGCTTTAGGAATGTAATGTAATGGCTTAGCAAGAAA	400

C  AL627387.5	1600	GAGAGGAGTGGAAAACTTAAAACCTACTGCTGCCATGTTTGCCATACTTG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	401	GAGAGGAGTGGAAAACTTAAAACCTACTGCTGCCATGTTTGCCATACTTG	450

C  AL627387.5	1550	GGCCTATGTTTGCAATGCTCAGGCCTGCTAGAGCCCTTCAGTTACAATAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	451	GGCCTATGTTTGCAATGCTCAGGCCTGCTAGAGCCCTTCAGTTACAATAT	500

C  AL627387.5	1500	TATAACAGAGAGAAAATCAAGAGAAGGTATCTGTATATTTTCAGATCTGT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	501	TATAACAGAGAGAAAATCAAGAGAAGGTATCTGTATATTTTCAGATCTGT	550

C  AL627387.5	1450	GTGAAGCTTCTCTGAGAAGGCAATTTTCTCCTCTGACAGTGCCAGGGCTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	551	GTGAAGCTTCTCTGAGAAGGCAATTTTCTCCTCTGACAGTGCCAGGGCTT	600

C  AL627387.5	1400	CAACCTATCTCCATCTCAGGGGTAGCGACGGACTCCTGGACAAATGTTAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	601	CAACCTATCTCCATCTCAGGGGTAGCGACGGACTCCTGGACAAATGTTAA	650

C  AL627387.5	1350	TTCTTCACATTTATTGCATTGTTGTGTCTTGTTCTGGAGACCCTAAAGAG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	651	TTCTTCACATTTATTGCATTGTTGTGTCTTGTTCTGGAGACCCTAAAGAG	700

C  AL627387.5	1300	CATCAAGGAGCCAACTCTTATTCAATCACACTCAGCTCTTTATTCATGCT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	701	CATCAAGGAGCCAACTCTTATTCAATCACACTCAGCTCTTTATTCATGCT	750

C  AL627387.5	1250	TGAGCTGTGGTAACACTGCTGTCTCTGCCACAACAGAAAGGGAGTGTGAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	751	TGAGCTGTGGTAACACTGCTGTCTCTGCCACAACAGAAAGGGAGTGTGAA	800

C  AL627387.5	1200	AGCTGAGCTCTCAGCAGGCAAATGCTTTATAGGAAATGAGCACTCAAGAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	801	AGCTGAGCTCTCAGCAGGCAAATGCTTTATAGGAAATGAGCACTCAAGAA	850

C  AL627387.5	1150	GGTTTCAGCCTGGCAAGGATTTAATTGTATGACTCTTGTAAGCCTACAGG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	851	GGTTTCAGCCTGGCAAGGATTTAATTGTATGACTCTTGTAAGCCTACAGG	900

C  AL627387.5	1100	TAGGTTCTCTGAAGCAAAACCATGAACAAATGATCTGAAAGTTCATCTGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	901	TAGGTTCTCTGAAGCAAAACCATGAACAAATGATCTGAAAGTTCATCTGA	950

C  AL627387.5	1050	AATAACCAGAGTAATCTTTGATTGACTGTTGCTAGGAAGTAGCTAGGGAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	951	AATAACCAGAGTAATCTTTGATTGACTGTTGCTAGGAAGTAGCTAGGGAG	1000

C  AL627387.5	1000	TAACTTTGGGTAATGGGCCAAGGATGAGCCATGGAGACGTTCCTGGTACT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1001	TAACTTTGGGTAATGGGCCAAGGATGAGCCATGGAGACGTTCCTGGTACT	1050

C  AL627387.5	950	TGGGTGCACCTTGGGTTCAAAGTTTCTCTTAAGATGGAGACCACTCCCAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1051	TGGGTGCACCTTGGGTTCAAAGTTTCTCTTAAGATGGAGACCACTCCCAA	1100

C  AL627387.5	900	GGTGGAGTAGTTTTGGCCTCTCAGTATTAATACTCTGATTGTGTAAAGGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1101	GGTGGAGTAGTTTTGGCCTCTCAGTATTAATACTCTGATTGTGTAAAGGA	1150

C  AL627387.5	850	GAGGACCAATGTCTCTCTTTAGAATATCTGCTCTGCCTCCAGGACAGTTA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1151	GAGGACCAATGTCTCTCTTTAGAATATCTGCTCTGCCTCCAGGACAGTTA	1200

C  AL627387.5	800	CATCCTGACACCCCTTTCCCTGTTGGTCTCATGCTCATGGCTCCTGGGAG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1201	CATCCTGACACCCCTTTCCCTGTTGGTCTCATGCTCATGGCTCCTGGGAG	1250

C  AL627387.5	750	AGCCCATGACAAATAGGAGGTGCTGGGAACTTCCTTGACCTGATAGCTGT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1251	AGCCCATGACAAATAGGAGGTGCTGGGAACTTCCTTGACCTGATAGCTGT	1300

C  AL627387.5	700	GGAAGCCCATTGAAGGCAAATAAATGTAGATGATCCTTAGTTGTTCGTTC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1301	GGAAGCCCATTGAAGGCAAATAAATGTAGATGATCCTTAGTTGTTCGTTC	1350

C  AL627387.5	650	TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1351	TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT	1400

C  AL627387.5	600	TCTTTCTTTCTTTCAATTCTTTATTTATTTATGTCTAGTTTCCTGGCAAT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1401	TCTTTCTTTCTTTCAATTCTTTATTTATTTATGTCTAGTTTCCTGGCAAT	1450

C  AL627387.5	550	GGAGTTATCTCCATTGTTTTTTGCAAGCAAATGACCCACACTCACATGAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1451	GGAGTTATCTCCATTGTTTTTTGCAAGCAAATGACCCACACTCACATGAT	1500

C  AL627387.5	500	GGGCACACTGGAGAAGAAGGTGGGTAAGAATCTATCATTCTGCTTTCTAG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1501	GGGCACACTGGAGAAGAAGGTGGGTAAGAATCTATCATTCTGCTTTCTAG	1550

C  AL627387.5	450	ATTCCTTGACCAGCCTTTGATGGCCTACGACAGATTACTCTAAAACCAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1551	ATTCCTTGACCAGCCTTTGATGGCCTACGACAGATTACTCTAAAACCAAT	1600

C  AL627387.5	400	GCAAATTTATTTTAAAAGGCCTTAATTAAGTAAATGATTTGATTTATTAG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1601	GCAAATTTATTTTAAAAGGCCTTAATTAAGTAAATGATTTGATTTATTAG	1650

C  AL627387.5	350	ACATTAGGAACTATAGCTAGCTACATATGTCTTAGCATATATACATATAT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1651	ACATTAGGAACTATAGCTAGCTACATATGTCTTAGCATATATACATATAT	1700

C  AL627387.5	300	TTACATATGTATTTTTCATATATTGTGTGTATATGTGCATGTGTATGTAC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1701	TTACATATGTATTTTTCATATATTGTGTGTATATGTGCATGTGTATGTAC	1750

C  AL627387.5	250	TTTTAATTCATCTAGGAATGTGTGTAAAGAGTAACTGATACATTTGTCAG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1751	TTTTAATTCATCTAGGAATGTGTGTAAAGAGTAACTGATACATTTGTCAG	1800

C  AL627387.5	200	TGTGCCCCTCATTCTTTATCCATACTGATCTCCCTGCTAATCTGGACAAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1801	TGTGCCCCTCATTCTTTATCCATACTGATCTCCCTGCTAATCTGGACAAA	1850

C  AL627387.5	150	GGGGCTGAGCACAACAGAGCCAAGCTTTCAAAATATCTTATCATTTAGTG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1851	GGGGCTGAGCACAACAGAGCCAAGCTTTCAAAATATCTTATCATTTAGTG	1900

C  AL627387.5	100	TTATAGATGCATGTATCAAGGCAGTTAAATGTTTTATGTTTAGGAATCAA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1901	TTATAGATGCATGTATCAAGGCAGTTAAATGTTTTATGTTTAGGAATCAA	1950

C  AL627387.5	50	GGGTGATGCTGAGGTGAATTATTTTTTGAGGGTAAGAATTTTATTAGAAG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606513.3	1951	GGGTGATGCTGAGGTGAATTATTTTTTGAGGGTAAGAATTTTATTAGAAG	2000

Overview

Query
AL627387.5 - 70680 bps
Hit
AL606513.3 - 172243 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link