<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606782.10	1	ATATTTATTTTTAGAATATTAACAGAATCAAAAGAATTGCAGAGGTCTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	212871	ATATTTATTTTTAGAATATTAACAGAATCAAAAGAATTGCAGAGGTCTTT	212920

AL606782.10	51	TAATTTTAAGTCAAAACACACTGGCATGCGGCTTTTAAGGCATTTTATTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	212921	TAATTTTAAGTCAAAACACACTGGCATGCGGCTTTTAAGGCATTTTATTT	212970

AL606782.10	101	AACGGGGTAATCTTAAATTGAGGCCGAAACAAATTCAGGAACATTAAGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	212971	AACGGGGTAATCTTAAATTGAGGCCGAAACAAATTCAGGAACATTAAGGA	213020

AL606782.10	151	TTTCTTGCCCAGTATATACAGCACTGAAGGAACATTTTAAAGAAATCGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213021	TTTCTTGCCCAGTATATACAGCACTGAAGGAACATTTTAAAGAAATCGTT	213070

AL606782.10	201	AATGCTCTATAAAAGATGTAACAAAATCCTTCTTGCCATAAAATGTCCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213071	AATGCTCTATAAAAGATGTAACAAAATCCTTCTTGCCATAAAATGTCCTC	213120

AL606782.10	251	CAGATATTGATGAGTACAGTAAAAACTCTCAAGTATGTGTATGTCAAAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213121	CAGATATTGATGAGTACAGTAAAAACTCTCAAGTATGTGTATGTCAAAAG	213170

AL606782.10	301	CTCTGGATGTATGGTATTCTCCTCCCCCATCTCTCTGTCTCTCTGTCTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213171	CTCTGGATGTATGGTATTCTCCTCCCCCATCTCTCTGTCTCTCTGTCTCT	213220

AL606782.10	351	CTGTCTCTGTCTCTCTCTGTCTGTCTTCTTTCCCCCTCTCTCCCCCTCCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213221	CTGTCTCTGTCTCTCTCTGTCTGTCTTCTTTCCCCCTCTCTCCCCCTCCC	213270

AL606782.10	401	TCTGTGAGCTTGTGTACATGTATAGTTTGAGTCTATAAGCCTCCTTGCAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213271	TCTGTGAGCTTGTGTACATGTATAGTTTGAGTCTATAAGCCTCCTTGCAT	213320

AL606782.10	451	CTCCATTCCTTTCTCCCTCTCTGTCTTCCTCATCCTCCCCCTTCCCTCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213321	CTCCATTCCTTTCTCCCTCTCTGTCTTCCTCATCCTCCCCCTTCCCTCCT	213370

AL606782.10	501	TTCCTTCTTTTCCTTCCTGTGTGGGTAGAACATATGAGCTGCTATGGCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213371	TTCCTTCTTTTCCTTCCTGTGTGGGTAGAACATATGAGCTGCTATGGCTC	213420

AL606782.10	551	AGTTGGTAAGGGTACTTGCCCCCAGCTAAGTTTGGTAGCTTGTGTTCAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213421	AGTTGGTAAGGGTACTTGCCCCCAGCTAAGTTTGGTAGCTTGTGTTCAAT	213470

AL606782.10	601	CCCTAAATCCACATGGTAGAGGAGAAAACCAAGTCCTCCAAGTTGTCCTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213471	CCCTAAATCCACATGGTAGAGGAGAAAACCAAGTCCTCCAAGTTGTCCTC	213520

AL606782.10	651	TGATCTCCATATATACACCATGGGTCAAATATGTGTCACTCTGGTCCCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213521	TGATCTCCATATATACACCATGGGTCAAATATGTGTCACTCTGGTCCCTA	213570

AL606782.10	701	CTCTCCTATCTGTAAGGTATGTGTTCTTCTGTTATGGTCACAAGGTGGGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213571	CTCTCCTATCTGTAAGGTATGTGTTCTTCTGTTATGGTCACAAGGTGGGC	213620

AL606782.10	751	TTGGCATTCAAGCCATCCTATCTGTGTCTCCTCATGGAAGGGATGATATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213621	TTGGCATTCAAGCCATCCTATCTGTGTCTCCTCATGGAAGGGATGATATT	213670

AL606782.10	801	GATAGTACATGGGATAACTTAGATACGTCTGTCCACTTCACAAGAGCTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213671	GATAGTACATGGGATAACTTAGATACGTCTGTCCACTTCACAAGAGCTTT	213720

AL606782.10	851	TCTGTTTAGATCCGCTTGCCCACAAACACCCAAATGCTCACTGTGCACTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213721	TCTGTTTAGATCCGCTTGCCCACAAACACCCAAATGCTCACTGTGCACTG	213770

AL606782.10	901	CAAGAGAGGATGAGAAAGGAAATTGGGGTTTTGCTAAGCAACAGGATAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213771	CAAGAGAGGATGAGAAAGGAAATTGGGGTTTTGCTAAGCAACAGGATAAT	213820

AL606782.10	951	GGATAATAGGTGATTCACAGTTGCTTCCAGGCCAATTAATTGTTTCTCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213821	GGATAATAGGTGATTCACAGTTGCTTCCAGGCCAATTAATTGTTTCTCAA	213870

AL606782.10	1001	TAAGAAAGCTGAAATGCAGAGTTGATTCTGAGAAATTCAGGATTCTAATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213871	TAAGAAAGCTGAAATGCAGAGTTGATTCTGAGAAATTCAGGATTCTAATA	213920

AL606782.10	1051	ATGAATACAGTGCCGCTGTGGTAGAACGGACAAATCTCACCACCAAGACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213921	ATGAATACAGTGCCGCTGTGGTAGAACGGACAAATCTCACCACCAAGACA	213970

AL606782.10	1101	GACGGAGAAAGGATTCTCTCCGTCATAAGCTCCTGCACTTTAAAACCCAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	213971	GACGGAGAAAGGATTCTCTCCGTCATAAGCTCCTGCACTTTAAAACCCAT	214020

AL606782.10	1151	CTCTTTCATTTTTATGTATTTGCTGGCTTTTGACACAGCTCTTGCTATGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214021	CTCTTTCATTTTTATGTATTTGCTGGCTTTTGACACAGCTCTTGCTATGT	214070

AL606782.10	1201	AGTCTGACTGCACTTGAACTTCCTGACTCTCCCTGCCCAGCTGCCTAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214071	AGTCTGACTGCACTTGAACTTCCTGACTCTCCCTGCCCAGCTGCCTAAAT	214120

AL606782.10	1251	GCTGGTATCACAAGAGTGTGTGGCCGTGCCTGACTGTTTTTACTTCTAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214121	GCTGGTATCACAAGAGTGTGTGGCCGTGCCTGACTGTTTTTACTTCTAAG	214170

AL606782.10	1301	TCACTGTTATTACAACATTACATTAACTATATTTAATCTAATCTACATCG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214171	TCACTGTTATTACAACATTACATTAACTATATTTAATCTAATCTACATCG	214220

AL606782.10	1351	AATATATCTGAGCTACATTCTATATTCAAGAACATCTCAATGACATGAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214221	AATATATCTGAGCTACATTCTATATTCAAGAACATCTCAATGACATGAAC	214270

AL606782.10	1401	TATATTTGATGAGTTATCTATTATGGTTAGAATCAGCTCCTATTTATCCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214271	TATATTTGATGAGTTATCTATTATGGTTAGAATCAGCTCCTATTTATCCA	214320

AL606782.10	1451	GAATCAAAATGATCAAAAATCATGGCACTATTTTTATTTCTAGTCATATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214321	GAATCAAAATGATCAAAAATCATGGCACTATTTTTATTTCTAGTCATATA	214370

AL606782.10	1501	CCTATCTGTTATATGCTTATTGCTTTTCAATAAGAGCTCCACACATGCAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214371	CCTATCTGTTATATGCTTATTGCTTTTCAATAAGAGCTCCACACATGCAC	214420

AL606782.10	1551	CACAAGTCACGTCTGTGTCACTCTTTATTTATTTATTTACTTACTTAATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214421	CACAAGTCACGTCTGTGTCACTCTTTATTTATTTATTTACTTACTTAATT	214470

AL606782.10	1601	ATTTATATCTCATTGGTTGCTGTATAGTTACCACACAGCTTGGGTAAATC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214471	ATTTATATCTCATTGGTTGCTGTATAGTTACCACACAGCTTGGGTAAATC	214520

AL606782.10	1651	AGAGCACTTCTTCAGAACAAGTTGCCTGGCATCTTATTGCTATGCTTGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214521	AGAGCACTTCTTCAGAACAAGTTGCCTGGCATCTTATTGCTATGCTTGCC	214570

AL606782.10	1701	TTTTGTGGACTATCTTAAAAATGAGACCAGCACTGACTTCTGTTATTGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214571	TTTTGTGGACTATCTTAAAAATGAGACCAGCACTGACTTCTGTTATTGAA	214620

AL606782.10	1751	AGCACCACAGTCCCTCCTCTTTTGGGTTCATTTGGAAGTATACAGAAAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214621	AGCACCACAGTCCCTCCTCTTTTGGGTTCATTTGGAAGTATACAGAAAAG	214670

AL606782.10	1801	AATTCATAAGGAGATAATAGTTTTTCCTCTCATGAATTAGTAAAGAAAGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214671	AATTCATAAGGAGATAATAGTTTTTCCTCTCATGAATTAGTAAAGAAAGG	214720

AL606782.10	1851	CTTCTTGTATCAGGAAGGGAAACAGAATTCTTACCCTTCAGGATTACTTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214721	CTTCTTGTATCAGGAAGGGAAACAGAATTCTTACCCTTCAGGATTACTTC	214770

AL606782.10	1901	ACAAAAGCTGGCAAATCAAAACTCCCTGGGCAATGCTGGGAATTGCACTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214771	ACAAAAGCTGGCAAATCAAAACTCCCTGGGCAATGCTGGGAATTGCACTG	214820

AL606782.10	1951	CAAGGTAAACAAAGATCTAACACATACCCCCTGCTGCTGGAAATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606496.12	214821	CAAGGTAAACAAAGATCTAACACATACCCCCTGCTGCTGGAAATGAATTC	214870

Overview

Query
AL606782.10 - 21882 bps
Hit
AL606496.12 - 214870 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link