<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL606513.3	172243	GAATTCTCCCCGAGTGGATCCTGGCTTGGCATTGGGAAAGAATGGGCTGG	172194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	128722	GAATTCTCCCCGAGTGGATCCTGGCTTGGCATTGGGAAAGAATGGGCTGG	128771

C  AL606513.3	172193	GATAGGTGCCCTCGCTGTGGCCCCTGTTTTGGCATGCATGTTGTGTGTAT	172144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	128772	GATAGGTGCCCTCGCTGTGGCCCCTGTTTTGGCATGCATGTTGTGTGTAT	128821

C  AL606513.3	172143	GGTGTATGTGTTGGTTGCGGAATGCCCAGGTCCGCACTGCCGCCATGGTG	172094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	128822	GGTGTATGTGTTGGTTGCGGAATGCCCAGGTCCGCACTGCCGCCATGGTG	128871

C  AL606513.3	172093	GTGCAAGCTTTTGCCACAGTGGAAGCAGGGTAGTCACCTCAGATTTGGCT	172044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	128872	GTGCAAGCTTTTGCCACAGTGGAAGCAGGGTAGTCACCTCAGATTTGGCT	128921

C  AL606513.3	172043	TGCTGCCATGAAGAATGAACAATGAAGCCATTGCTCTGTAGGGTTGTAAG	171994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	128922	TGCTGCCATGAAGAATGAACAATGAAGCCATTGCTCTGTAGGGTTGTAAG	128971

C  AL606513.3	171993	GCTAAGCACTGCACAGAGGTTAGTCTGGAAGCTGTTTGACAATCTCTGGG	171944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	128972	GCTAAGCACTGCACAGAGGTTAGTCTGGAAGCTGTTTGACAATCTCTGGG	129021

C  AL606513.3	171943	GGGTATGTCTGATTGCATGAGCGTTGAGTGTCCTTCCCCCAGGAAAAACA	171894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129022	GGGTATGTCTGATTGCATGAGCGTTGAGTGTCCTTCCCCCAGGAAAAACA	129071

C  AL606513.3	171893	GCATGGGAGCAGGTCAGGGATGCTCTGGGTAAAAACCTGTGAGCCTAAGA	171844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129072	GCATGGGAGCAGGTCAGGGATGCTCTGGGTAAAAACCTGTGAGCCTAAGA	129121

C  AL606513.3	171843	GTCAATCCTGTACATGGCCCCTATTTCTGCACACTGGGGATCAGACCTCT	171794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129122	GTCAATCCTGTACATGGCCCCTATTTCTGCACACTGGGGATCAGACCTCT	129171

C  AL606513.3	171793	ATCTTCACCCACGGAGCTTGCTTCAAAAGAATATAAAAGGGGGAATTGTA	171744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129172	ATCTTCACCCACGGAGCTTGCTTCAAAAGAATATAAAAGGGGGAATTGTA	129221

C  AL606513.3	171743	GGAAGCCATTCCGGACTCCCTGGCCCGGACAGAAATCTGTGCCAGGCAGT	171694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129222	GGAAGCCATTCCGGACTCCCTGGCCCGGACAGAAATCTGTGCCAGGCAGT	129271

C  AL606513.3	171693	AAACAAGCCCATATTTGGTGGATGGCTCGCCATTAATCCCTGATTGGCTG	171644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129272	AAACAAGCCCATATTTGGTGGATGGCTCGCCATTAATCCCTGATTGGCTG	129321

C  AL606513.3	171643	AGCAAGCCATTGGCTGAGCAAGCCTGCCTGGTGAGGTGATGTGATCTGTG	171594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129322	AGCAAGCCATTGGCTGAGCAAGCCTGCCTGGTGAGGTGATGTGATCTGTG	129371

C  AL606513.3	171593	GTGATTGGTTGAGGCGTGGTTGTGGCTTGAGTGGATAAAAATGCTTGTAC	171544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129372	GTGATTGGTTGAGGCGTGGTTGTGGCTTGAGTGGATAAAAATGCTTGTAC	129421

C  AL606513.3	171543	CCTGAGGCTCGGGGGGGGGGGGGGGGAGTTGAAGAGAGAAACTGCCTGAG	171494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129422	CCTGAGGCTCGGGGGGGGGGGGGGGGAGTTGAAGAGAGAAACTGCCTGAG	129471

C  AL606513.3	171493	TAAACTGCATTAAGAAGAACCTGTGGTTGCGTTTTCCTTGCTGGTCCAGT	171444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129472	TAAACTGCATTAAGAAGAACCTGTGGTTGCGTTTTCCTTGCTGGTCCAGT	129521

C  AL606513.3	171443	TGGATGCAACAATAAATCTTTGTATATTGATAAAAACTTAAGGTTATATT	171394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129522	TGGATGCAACAATAAATCTTTGTATATTGATAAAAACTTAAGGTTATATT	129571

C  AL606513.3	171393	TGGTTATGATATACTATGTATCAACTTTTTAGAGATGTTGTCTAAGTATT	171344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129572	TGGTTATGATATACTATGTATCAACTTTTTAGAGATGTTGTCTAAGTATT	129621

C  AL606513.3	171343	GAAACTTCAATGTTTACTTCTAGTCCTTTTGAAAGATTTTATTAGAAACT	171294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129622	GAAACTTCAATGTTTACTTCTAGTCCTTTTGAAAGATTTTATTAGAAACT	129671

C  AL606513.3	171293	GTTTAAGATAATTAAGAAATGCAAGTTAATAGTTAAATTATGGTCATGTT	171244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129672	GTTTAAGATAATTAAGAAATGCAAGTTAATAGTTAAATTATGGTCATGTT	129721

C  AL606513.3	171243	AAATACTAGTTTAGTCAATGACAGAAAGATGTTTTCTAGGTTGAGCAGTA	171194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129722	AAATACTAGTTTAGTCAATGACAGAAAGATGTTTTCTAGGTTGAGCAGTA	129771

C  AL606513.3	171193	ACTATACAGGCAGAAGGGTAGATATTTTAAAGAAGCACATGTATCCAATG	171144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129772	ACTATACAGGCAGAAGGGTAGATATTTTAAAGAAGCACATGTATCCAATG	129821

C  AL606513.3	171143	CTTTTCAATGGGTATTGATTCAACGAACCCAAAGAATGAGCATTCTCCAC	171094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129822	CTTTTCAATGGGTATTGATTCAACGAACCCAAAGAATGAGCATTCTCCAC	129871

C  AL606513.3	171093	CCTTCGGGAGGAGAATGGCTGAAACCCTGGCTCTGTCAAGGGAGGACATT	171044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129872	CCTTCGGGAGGAGAATGGCTGAAACCCTGGCTCTGTCAAGGGAGGACATT	129921

C  AL606513.3	171043	TCCTTCTCAAGGCTTCATACAGTTCTAATGACATATGCAGCTTTTCTGAT	170994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129922	TCCTTCTCAAGGCTTCATACAGTTCTAATGACATATGCAGCTTTTCTGAT	129971

C  AL606513.3	170993	TTTTCCTTCTGTTATAAAATTCTTGCAATAGAAAATGTGAAAAGAAGGGA	170944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	129972	TTTTCCTTCTGTTATAAAATTCTTGCAATAGAAAATGTGAAAAGAAGGGA	130021

C  AL606513.3	170943	AGAGTCTTTCTCTTTCTAGTTTTGCCAAACATCATTAAAGCCGTTTTTTG	170894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130022	AGAGTCTTTCTCTTTCTAGTTTTGCCAAACATCATTAAAGCCGTTTTTTG	130071

C  AL606513.3	170893	GTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTCAGTTTGTTCTCTGATTT	170844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130072	GTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTCAGTTTGTTCTCTGATTT	130121

C  AL606513.3	170843	GTTTAAGAAAGGAGTGAAAATCTTTTCAGTTTCCATTGTGTGTAGATGTG	170794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130122	GTTTAAGAAAGGAGTGAAAATCTTTTCAGTTTCCATTGTGTGTAGATGTG	130171

C  AL606513.3	170793	TAGGTGGGTGTGCATGTACACATGTACAAGCATGTATGTATTGAATATAT	170744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130172	TAGGTGGGTGTGCATGTACACATGTACAAGCATGTATGTATTGAATATAT	130221

C  AL606513.3	170743	ACACATTTTGTGATTGGGCAGACATAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	170694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130222	ACACATTTTGTGATTGGGCAGACATAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	130271

C  AL606513.3	170693	TGTGTGTATCTGTGTGTACTGTGAAGGCAAACATGTAAGAATGGATGAAC	170644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130272	TGTGTGTATCTGTGTGTACTGTGAAGGCAAACATGTAAGAATGGATGAAC	130321

C  AL606513.3	170643	ATGTGTGTGAATGGTGGGCACATGTATGTTAGTGGGTGAGCACATGTGTG	170594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130322	ATGTGTGTGAATGGTGGGCACATGTATGTTAGTGGGTGAGCACATGTGTG	130371

C  AL606513.3	170593	TGACTGGATGGGCACATGCATGTGAATTGGTGAGCATATATGTGTGTTGG	170544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130372	TGACTGGATGGGCACATGCATGTGAATTGGTGAGCATATATGTGTGTTGG	130421

C  AL606513.3	170543	GTGGACACATATGTGTGAGTGGGTGGGTACATTTGTGTAAGTGAGTAGAT	170494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130422	GTGGACACATATGTGTGAGTGGGTGGGTACATTTGTGTAAGTGAGTAGAT	130471

C  AL606513.3	170493	CCATGAGTATGTGAGGTTACACACTTACATTTGTGCTCATACACATGAGA	170444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130472	CCATGAGTATGTGAGGTTACACACTTACATTTGTGCTCATACACATGAGA	130521

C  AL606513.3	170443	CAGAGACTGAGGCTGACATCAAGAATCATCCTTCCTCTTCCACTTTACTA	170394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130522	CAGAGACTGAGGCTGACATCAAGAATCATCCTTCCTCTTCCACTTTACTA	130571

C  AL606513.3	170393	AGTCAGAATCTTTCTTTAAAAAAAAAAACCCACTAGATATTTTCTTAATT	170344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130572	AGTCAGAATCTTTCTTTAAAAAAAAAAACCCACTAGATATTTTCTTAATT	130621

C  AL606513.3	170343	TACATTTCAAATGTTATCCTCTTTCCCGGTCCCCTCCCCTGAAACTCCCT	170294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130622	TACATTTCAAATGTTATCCTCTTTCCCGGTCCCCTCCCCTGAAACTCCCT	130671

C  AL606513.3	170293	ATCCCATTCCCCATCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGTTCTTACACACACCA	170244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL606472.13	130672	ATCCCATTCCCCATCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGTTCTTACACACACCA	130721

Overview

Query
AL606513.3 - 172243 bps
Hit
AL606472.13 - 130721 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000170244172243-11287221307211
Short-link