<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2105 bps / non-identical: 1450 bps

Full alignment

AL592306.11	5	TTTTTTTTTTTTTTTGCTCTTCCTTATTCTTTTTTTTT-ACGTACTATAA	53
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL596064.3	10271	TTTTTTTTTTTTTTTGCTCTTCCTTATTCTTTTTTTTTTACGTACTATAA	10320

AL592306.11	54	AAGTATTGGATTGGGTTTCGGTATCGGTGGATACTTAAGTCAAACGACTC	103
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10321	AAGTATTGGATTGGGTTTTGGTATCGGTGGATACTTAAGTCAAACGACTC	10370

AL592306.11	104	TGACTCGAGGACAAAAAAAAGCTGATCAGGACAA---TACATCATGGCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
AL596064.3	10371	TGACTCGAGGACAAAAAAAAGCTGATCAGGACAACAATACATCATGGCTA	10420

AL592306.11	151	ACATAAACGTTCTATAGTGGTAAGTTTGCTCACAATGTGCCTCAAATAAA	200
			||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
AL596064.3	10421	ACATAAACTATCTATAGTGGTAAGTTTGCTCACAACGTGCCTTAAATAAA	10470

AL592306.11	201	AATAAAACCAAAAAAAGCTGTTTTGACATTTCCCTGTGGTGGTTTCAAGT	250
			||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10471	AATAATACCACAAAAAA-TGTTTTGACATTTCCCTGTGGTGGTTTCAAGT	10519

AL592306.11	251	AGTTGCGATGATTTTGCATCATCAGATTTGACACTTCTATTGCTTCTTGG	300
			| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL596064.3	10520	ACTTGCGATGATTTTGCATCATCAGATTCGACACTTCTATTGCTTCTTGG	10569

AL592306.11	301	TTTGACGCTTATCATAGCACAATGCAGGAAAGTGTCTTAAACCTTCAGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10570	TTTGACGCTTATCATAGCACAATGCAGGAAAGTGTCTTAAACCTTCAGTA	10619

AL592306.11	351	ACTGCCAGAACTTCATCCGACACAACAGTGGATTGCATTGGCCGAGGATC	400
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL596064.3	10620	ACTGCCAGAACTTCATCCGACACAACAGTGGATTGCGTTGGCCGAGGATC	10669

AL592306.11	401	AGTTGTCTGTAAATACAGTATGTCAAACCAACAATCCAAAACCACAGATT	450
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL596064.3	10670	AGTTGTCTGTAAATACAGTATGTCAAACCAACGATCCAAAACCACAGATT	10719

AL592306.11	451	TTAGACCTAAGGTGTGTCCCAAATGGCACACTTATGCACTTTTCTACGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10720	TTAGACCTAAGGTGTGTCCCAAATGGCACACTTATGCACTTTTCTACGCC	10769

AL592306.11	501	ATTTTGTAGTATAAATAGTGTAAGTAGCGCATTCACACTGAAAACTCTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
AL596064.3	10770	ATTTTGTAGTATAAATAGTGTAAGTAGCGCATTCACACTGAAAACTCTAG	10819

AL592306.11	551	AAATAAGTGCACTTGAAATACCCGGATAATGCATTAATTCAACCGGCAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10820	AAATAAGTGCACTTGAAATACCCGGATAATGCATTAATTCAACCGGCAAA	10869

AL592306.11	601	ATAAAGTGTGGAATGTTGGACACTTCACGCACTCAACAGCCACTGTATTG	650
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL596064.3	10870	ATAAAGTGTGGAATGTTGGACACTTCACCCACTCAACAGCCACTGTATTG	10919

AL592306.11	651	CTCAGGTAGTGAAA-GGGTGGAGCTTTCGGGTGCACATGTTGCACATTAC	699
			|||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10920	CTCAGGTAGTGAAAGGGGCAGAGCTTTCGGGTGCACATGTTGCACATTAC	10969

AL592306.11	700	ATTATTTATTTTGGAT----------------------------------	715
			||||||| ||||||||                                  
AL596064.3	10970	ATTATTTGTTTTGGATTGTGAAAGCAAAATTCTCCTACGAAAGTGTTTAT	11019

AL592306.11	716	AACTCCTCCCGATGGAGAATGCATTTATACTCATGACAGGTATTATTTGG	765
			||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
AL596064.3	11020	AACACCTCCCGATGGTGAATGCATTTATACTCATGGCAGGTATTATTTGG	11069

AL592306.11	766	TACTTTGGTCATTTATTTCACTAATCCGGCAACCGTCAAACATCATCTAG	815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AL596064.3	11070	TACTTTGGTCATTTATTTCACTAATCCGGCAACCGTCAAACGTCATCTAG	11119

AL592306.11	816	GAAACTGTTTGAATTATCGCTTCGTAAAAAACTCATTAGTGTTTCATTTG	865
			||||||||||  ||| |||||| ||||||||| | ||||||||  |||||
AL596064.3	11120	GAAACTGTTTACATTTTCGCTTAGTAAAAAACCCTTTAGTGTTAAATTTG	11169

AL592306.11	866	GGATGACACTACATCTGTATACTATGCTGTTGATAAGTAAGTGTATAAGT	915
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
AL596064.3	11170	GGATGACACTACATCTGTATACTATGCTGTTGATAAATAAATGTATAAGT	11219

AL592306.11	916	ACATAGTGGTTAAAAACATAGTGTAAAATTTGCCATTTGGGACGCAGCTA	965
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL596064.3	11220	ACATAGTGGTTAAAAACATAGTGTAAAATGTGCCATTTGGGACGCAGCTA	11269

AL592306.11	966	TGAATTATAGGAATTTCCAAAATTTGTCTCAGATCACCAAATTCTAAATA	1015
			|| |||||||||                                      
AL596064.3	11270	TGGATTATAGGA--------------------------------------	11281

AL592306.11	1016	CGCAGAGTGTAAGCAAGGCTTAAAGGCGTGTTCATACTACCAATAACCGT	1065
			                                                  
AL596064.3	11282	--------------------------------------------------	11281

AL592306.11	1066	TATATTGATTTGTAATTTTTTTAAAGCATTATGGATTTAAAAAATAGCAG	1115
			                                                  
AL596064.3	11282	--------------------------------------------------	11281

AL592306.11	1116	TCCATACAAAGATAACAATGACAGCACAAAGAAACACTATAGTTGG----	1161
			                    |||||||||||||||||||||||||     
AL596064.3	11282	--------------------ACAGCACAAAGAAACACTATAGTTGATAGA	11311

AL592306.11	1162	-GATAACTCTTCTTGTTCATGAACAATAAAAACAGCCAATCAGATTCAAA	1210
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11312	AGATAACTCTTCTTGTTCATGAACAATAAAAACAGCCAATCAGATTCAAA	11361

AL592306.11	1211	GAGACTGAGTGTTAAGGTGGACAACAAAACTGTAGCAAGCAGTTACACTA	1260
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL596064.3	11362	GAGACTGAGTGTTAAGGTGGACAACAAAACTGTAGCAATCAGTTACACTA	11411

AL592306.11	1261	AACAGATTGATTTTGTCTACTGTTGTGGATGCATCATTTATTCATTAATT	1310
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
AL596064.3	11412	AACAGATTGATTTTGTCTACTGTTGTGGATGCATCATTCATTCATTCATT	11461

AL592306.11	1311	----TTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTCATCAGGGGTCACCACACGGG	1356
			    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11462	CATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTCATCAGGGGTCACCACACGGG	11511

AL592306.11	1357	ATTGAACCACCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACAGCGGATGCTCTTC	1406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11512	ATTGAACCACCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACAGCGGATGCTCTTC	11561

AL592306.11	1407	CAGCTGCAAGCCACCACTGGGAAACACCCATACACTCCCATTCACACATA	1456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11562	CAGCTGCAAGCCACCACTGGGAAACACCCATACACTCCCATTCACACATA	11611

AL592306.11	1457	TACACTACGGACAATTTAGCTTACCCAATTCACCTATAGCGCATGTCTTT	1506
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL596064.3	11612	TACACTACGGACAATTTAGCTTACCCAATTCACCTATACCGCATGTCTTT	11661

AL592306.11	1507	GGACTTATGGGGGAAAACGGAGCACCCTGAGGAAACCCATGCAAACACAG	1556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11662	GGACTTATGGGGGAAAACGGAGCACCCTGAGGAAACCCATGCAAACACAG	11711

AL592306.11	1557	GGAGAGCATGCAAACTCCGAACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGAAGCT	1606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11712	GGAGAGCATGCAAACTCCGAACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGAAGCT	11761

AL592306.11	1607	TGAACCAGCGACCTTCTTGCCCAGATGCATCATTATGATTATCTTTAAAG	1656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11762	TGAACCAGCGACCTTCTTGCCCAGATGCATCATTATGATTATCTTTAAAG	11811

AL592306.11	1657	GTATGGCTATTGGTGTGAACAGTCCTTATATGATGCCTTTCAAATTTCCT	1706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11812	GTATGGCTATTGGTGTGAACAGTCCTTATATGATGCCTTTCAAATTTCCT	11861

AL592306.11	1707	ATATTCTAGTAGTAATCATGTGGTTGATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATG	1756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11862	ATATTCTAGTAGTAATCATGTGGTTGATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATG	11911

AL592306.11	1757	AATAAAGGAATTAAGCCGAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATCGTAATT	1806
			|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11912	AATAAAGGAACTAAGCCAAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATCGTAATT	11961

AL592306.11	1807	AGCTGTCGAACCAGTCAACCACTTTTATTTTTTGGAAATCTTACAAAATA	1856
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11962	AGCTGTCAAACCAGTCAACCACTTTTATTTTTTGGAAATCTTACAAAATA	12011

AL592306.11	1857	CTAAATGTGTTTAAGATATTTAATTATAAAAGAAATGCAGCATCTTATTA	1906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	12012	CTAAATGTGTTTAAGATATTTAATTATAAAAGAAATGCAGCATCTTATTA	12061

AL592306.11	1907	GCTTGAACAGTATGAACATTTATCCTGCTACCTGTTTATAACAAGACAAT	1956
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL596064.3	12062	GCTTGAACAGTATGAACATTTATCCTGCTACCTGTTAATAACAAGACAAT	12111

AL592306.11	1957	ATCAAAGTCTTAAACTACCAATCTGTTTCGATACATATAAATCTCAGCAC	2006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	12112	ATCAAAGTCTTAAACTACCAATCTGTTTCGATACATATAAATCTCAGCAC	12161

AL592306.11	2007	TACCAAACTTTTAACCACCACATTCACTTGTTAGAGAGCTTTTCACACTG	2056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	12162	TACCAAACTTTTAACCACCACATTCACTTGTTAGAGAGCTTTTCACACTG	12211

AL592306.11	2057	TATTACGGCATTCTATTAAAGTCTTTTAACTGGTTCATGGTCAAGCAGTT	2106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	12212	TATTACGGCATTCTATTAAAGTCTTTTAACTGGTTCATGGTCAAGCAGTT	12261

AL592306.11	2107	TTT	2109
			|||
AL596064.3	12262	TTT	12264

Compact alignment

AL592306.11	5	TTTTTTTTTTTTTTTGCTCTTCCTTATTCTTTTTTTTT-ACGTACTATAA	53
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL596064.3	10271	TTTTTTTTTTTTTTTGCTCTTCCTTATTCTTTTTTTTTTACGTACTATAA	10320

AL592306.11	54	AAGTATTGGATTGGGTTTCGGTATCGGTGGATACTTAAGTCAAACGACTC	103
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10321	AAGTATTGGATTGGGTTTTGGTATCGGTGGATACTTAAGTCAAACGACTC	10370

AL592306.11	104	TGACTCGAGGACAAAAAAAAGCTGATCAGGACAA---TACATCATGGCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
AL596064.3	10371	TGACTCGAGGACAAAAAAAAGCTGATCAGGACAACAATACATCATGGCTA	10420

AL592306.11	151	ACATAAACGTTCTATAGTGGTAAGTTTGCTCACAATGTGCCTCAAATAAA	200
			||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
AL596064.3	10421	ACATAAACTATCTATAGTGGTAAGTTTGCTCACAACGTGCCTTAAATAAA	10470

AL592306.11	201	AATAAAACCAAAAAAAGCTGTTTTGACATTTCCCTGTGGTGGTTTCAAGT	250
			||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10471	AATAATACCACAAAAAA-TGTTTTGACATTTCCCTGTGGTGGTTTCAAGT	10519

AL592306.11	251	AGTTGCGATGATTTTGCATCATCAGATTTGACACTTCTATTGCTTCTTGG	300
			| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL596064.3	10520	ACTTGCGATGATTTTGCATCATCAGATTCGACACTTCTATTGCTTCTTGG	10569

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592306.11	351	ACTGCCAGAACTTCATCCGACACAACAGTGGATTGCATTGGCCGAGGATC	400
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL596064.3	10620	ACTGCCAGAACTTCATCCGACACAACAGTGGATTGCGTTGGCCGAGGATC	10669

AL592306.11	401	AGTTGTCTGTAAATACAGTATGTCAAACCAACAATCCAAAACCACAGATT	450
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL596064.3	10670	AGTTGTCTGTAAATACAGTATGTCAAACCAACGATCCAAAACCACAGATT	10719

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592306.11	501	ATTTTGTAGTATAAATAGTGTAAGTAGCGCATTCACACTGAAAACTCTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
AL596064.3	10770	ATTTTGTAGTATAAATAGTGTAAGTAGCGCATTCACACTGAAAACTCTAG	10819

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592306.11	601	ATAAAGTGTGGAATGTTGGACACTTCACGCACTCAACAGCCACTGTATTG	650
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL596064.3	10870	ATAAAGTGTGGAATGTTGGACACTTCACCCACTCAACAGCCACTGTATTG	10919

AL592306.11	651	CTCAGGTAGTGAAA-GGGTGGAGCTTTCGGGTGCACATGTTGCACATTAC	699
			|||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	10920	CTCAGGTAGTGAAAGGGGCAGAGCTTTCGGGTGCACATGTTGCACATTAC	10969

AL592306.11	700	ATTATTTATTTTGGAT----------------------------------	715
			||||||| ||||||||                                  
AL596064.3	10970	ATTATTTGTTTTGGATTGTGAAAGCAAAATTCTCCTACGAAAGTGTTTAT	11019

AL592306.11	716	AACTCCTCCCGATGGAGAATGCATTTATACTCATGACAGGTATTATTTGG	765
			||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
AL596064.3	11020	AACACCTCCCGATGGTGAATGCATTTATACTCATGGCAGGTATTATTTGG	11069

AL592306.11	766	TACTTTGGTCATTTATTTCACTAATCCGGCAACCGTCAAACATCATCTAG	815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AL596064.3	11070	TACTTTGGTCATTTATTTCACTAATCCGGCAACCGTCAAACGTCATCTAG	11119

AL592306.11	816	GAAACTGTTTGAATTATCGCTTCGTAAAAAACTCATTAGTGTTTCATTTG	865
			||||||||||  ||| |||||| ||||||||| | ||||||||  |||||
AL596064.3	11120	GAAACTGTTTACATTTTCGCTTAGTAAAAAACCCTTTAGTGTTAAATTTG	11169

AL592306.11	866	GGATGACACTACATCTGTATACTATGCTGTTGATAAGTAAGTGTATAAGT	915
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
AL596064.3	11170	GGATGACACTACATCTGTATACTATGCTGTTGATAAATAAATGTATAAGT	11219

AL592306.11	916	ACATAGTGGTTAAAAACATAGTGTAAAATTTGCCATTTGGGACGCAGCTA	965
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL596064.3	11220	ACATAGTGGTTAAAAACATAGTGTAAAATGTGCCATTTGGGACGCAGCTA	11269

AL592306.11	966	TGAATTATAGGAATTTCCAAAATTTGTCTCAGATCACCAAATTCTAAATA	1015
			|| |||||||||                                      
AL596064.3	11270	TGGATTATAGGA--------------------------------------	11281

AL592306.11	1016	CGCAGAGTGTAAGCAAGGCTTAAAGGCGTGTTCATACTACCAATAACCGT	1065
			                                                  
AL596064.3	11282	--------------------------------------------------	11281

AL592306.11	1066	TATATTGATTTGTAATTTTTTTAAAGCATTATGGATTTAAAAAATAGCAG	1115
			                                                  
AL596064.3	11282	--------------------------------------------------	11281

AL592306.11	1116	TCCATACAAAGATAACAATGACAGCACAAAGAAACACTATAGTTGG----	1161
			                    |||||||||||||||||||||||||     
AL596064.3	11282	--------------------ACAGCACAAAGAAACACTATAGTTGATAGA	11311

AL592306.11	1162	-GATAACTCTTCTTGTTCATGAACAATAAAAACAGCCAATCAGATTCAAA	1210
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11312	AGATAACTCTTCTTGTTCATGAACAATAAAAACAGCCAATCAGATTCAAA	11361

AL592306.11	1211	GAGACTGAGTGTTAAGGTGGACAACAAAACTGTAGCAAGCAGTTACACTA	1260
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL596064.3	11362	GAGACTGAGTGTTAAGGTGGACAACAAAACTGTAGCAATCAGTTACACTA	11411

AL592306.11	1261	AACAGATTGATTTTGTCTACTGTTGTGGATGCATCATTTATTCATTAATT	1310
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
AL596064.3	11412	AACAGATTGATTTTGTCTACTGTTGTGGATGCATCATTCATTCATTCATT	11461

AL592306.11	1311	----TTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTCATCAGGGGTCACCACACGGG	1356
			    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11462	CATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTCATCAGGGGTCACCACACGGG	11511

skip 100 bps 100% identity alignment

AL592306.11	1457	TACACTACGGACAATTTAGCTTACCCAATTCACCTATAGCGCATGTCTTT	1506
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL596064.3	11612	TACACTACGGACAATTTAGCTTACCCAATTCACCTATACCGCATGTCTTT	11661

skip 250 bps 100% identity alignment

AL592306.11	1757	AATAAAGGAATTAAGCCGAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATCGTAATT	1806
			|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11912	AATAAAGGAACTAAGCCAAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATCGTAATT	11961

AL592306.11	1807	AGCTGTCGAACCAGTCAACCACTTTTATTTTTTGGAAATCTTACAAAATA	1856
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL596064.3	11962	AGCTGTCAAACCAGTCAACCACTTTTATTTTTTGGAAATCTTACAAAATA	12011

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592306.11	1907	GCTTGAACAGTATGAACATTTATCCTGCTACCTGTTTATAACAAGACAAT	1956
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL596064.3	12062	GCTTGAACAGTATGAACATTTATCCTGCTACCTGTTAATAACAAGACAAT	12111

skip 153 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL592306.11 - 122418 bps
Hit
AL596064.3 - 12264 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2105 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link